2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 주식회사 디엔피(2005. 12. 19. 주식회사 이수유화에 흡수합병되었다. 이하 ‘디엔피’라 한다)의 주주인 소외 1·소외 2·소외 3·소외 4(이하 ‘소외 1 등’이라 한다)가 2001. 6. 27. 아래 표와 같이 소외 5·소외 6·소외 7·소외 8(이하 ‘소외 5 등’이라 한다)에게 각 해당 디엔피의 주식 합계 9,550주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 액면가인 1주당 10,000원에 각각 양도(이하 ‘1차 양도’라 한다)하기로 하는 각 계약서(이하 '이 사건 제1계약서‘라 한다)가 작성되었고, 소외 5 등이 2004. 12. 31. 아래 표와 같이 이 사건 주식을 주식회사 이수유화(이하 ‘이수유화’라 한다)에 액면가인 1주당 10,000원에 각각 양도(이하 ‘2차 양도’라 한다)하기로 하는 각 계약서(이하 ‘이 사건 제2계약서’라 한다)가 작성되었다.

나. 서울지방국세청장은 디엔피 등에 대한 조사를 통해, 1차 양도에 따른 이 사건 주식의 실제 취득자가 디엔피라는 전제하에, 디엔피가 1차 양도를 통해 이 사건 주식을 취득하면서 소외 5 등에게 명의신탁하여 두었다가 2차 양도를 통해 이수유화에 다시 양도하였다고 보고, 북대구세무서장 등에게 이를 과세자료로 통보하였다.

다. 이에 북대구세무서장은, 디엔피가 1차 양도를 통해 특수관계자인 소외 1 등으로부터 이 사건 주식을 저가매입한 후 2차 양도를 통해 특수관계자인 이수유화에 저가양도한 것으로 보고, 디엔피를 흡수합병한 이수유화에게 법인세법상 부당행위계산부인 규정 등을 적용하여 2001 사업연도 귀속 법인세 2,667,098,000원과 2004 사업연도 귀속 법인세 364,770,330원을 부과·고지하고, 이 사건 주식의 2차 양도에 따른 2004년 12월분 증권거래세 31,788,710원을 부과·고지하였다.

라. 이수유화는 2008. 4. 23. 이 법원 2008구합17387호 로 위 각 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 이 법원은 2009. 1. 16. 디엔피가 이 사건 주식의 실제 취득자라고 볼 수 없다는 이유로 이수유화의 청구를 받아들여 위 각 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였다.

마. 이에 북대구세무서장은 항소하였다가 위 각 부과처분을 직권취소한 후 위 1심 판결 결과 등 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

바. 이에 따라 피고는 원고를 이 사건 주식의 실제 취득자로 보아 원고에게, 2010. 4. 8. 2001 사업연도 귀속 법인세 3,585,798,310원, 2004 사업연도 귀속 법인세 420,154,080원을 각 부과·고지(이하 위 각 법인세 부과처분을 합쳐서 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하고, 2010. 5. 3. 2004년 12월분 증권거래세 32,266,210원을 부과·고지(이하 위 증권거래세 부과처분을 ‘이 사건 증권거래세 부과처분’이라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증권거래세 부과처분을 합쳐서 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2010. 10. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2011. 4. 18. 위 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제1, 4, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 법인세 부과처분

1차 양도에 따른 이 사건 주식의 실제 취득자는 원고가 아니라 이수유화이다. 따라서 이 사건 주식의 실제 취득자가 원고임을 전제로 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다. 설령 이 사건 주식의 실제 취득자를 원고로 본다고 할지라도 이 사건 주식의 명의신탁은 이수그룹의 구조조정과정에서 부득이하게 이루어진 것이고 법인세를 포탈하기 위하여 이루어진 것이 아니므로 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’로 볼 수 없다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 법인세 부과처분은 위 부과제척기간이 경과된 이후에 이루어진 것으로서 위법하다.

2) 이 사건 증권거래세 부과처분

1차 양도에 따른 이 사건 주식의 실제 취득자는 원고가 아니라 이수유화이다. 따라서 이 사건 주식의 실제 취득자가 원고임을 전제로 한 이 사건 증권거래세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 디엔피, 이수유화 및 원고는 이수그룹의 계열사이고, 소외 1 등은 이수그룹의 명예회장인 소외 9의 자녀 또는 손자이다(소외 10은 소외 9의 장남, 소외 1은 차남, 소외 3은 차녀이고, 소외 2·소외 4은 손자이다).

2) 2001년경 이수그룹이 계열사인 이수화학(원고)을 중심으로 한 그룹의 구조조정을 위하여 계열사를 정리하는 작업을 추진하면서 이수그룹의 또 다른 계열사인 디엔피의 주식을 보유하고 있던 소외 1 등에게 그룹 구조조정에 협력해 달라고 요청하였고, 이에 소외 1 등은 자신들이 보유하고 있던 이 사건 주식 전부를 액면가에 원고에게 양도하기로 하면서 원고의 경영기획팀 실무자에게 이 사건 주식에 대한 처분권한을 위임하였다.

3) 소외 5 등은 2001년 6월 당시 원고 회사에 근무하던 직원의 배우자들인바, 소외 5의 남편 소외 11, 6의 남편 소외 12, 7의 남편 소외 13, 8의 남편 소외 14는 원고의 경영기획팀 팀장인 소외 15로부터 각 배우자 명의로 주식 매수인이 되어 줄 것을 요청받고 이를 승낙하였다.

4) 소외 15와 소외 11, 12, 13, 14는 2001. 6. 27. 원고의 경영기획팀 사무실에서 매매대금을 주식의 액면가액인 1주당 10,000원으로 계산하여 소외 1은 소외 5에게 43,000,000원에, 소외 2는 소외 6에게 20,510,000원에, 소외 3은 소외 7에게 18,390,000원에, 소외 4은 소외 8에게 13,600,000원에 각 보유주식을 매도하는 내용의 이 사건 제1계약서를 작성하였고, 소외 11, 12, 13, 14는 소외 15로부터 위 각 매매대금 상당액의 돈을 지급받아 소외 15의 지시에 따라 각 소외 1 등 명의의 은행계좌로 이를 입금하였다.

5) 이 사건 제1계약서 작성 당시 소외 1 등과 소외 5 등은 계약서 작성 현장에 참석하지 않았다.

6) 그 후 2004년 12월경 소외 11, 12, 13, 14는 원고로부터 배우자 명의의 이 사건 주식을 이수유화에 매도하라는 지시를 받고 2004. 12. 31. 매매대금을 주식의 액면가액인 1주당 10,000원으로 계산하여 소외 5 등이 이수유화에 이 사건 주식을 모두 매도하는 내용의 이 사건 제2계약서를 작성하였다.

7) 이수유화는 이 사건 제2계약서가 작성되기 이전인 2004. 12. 8. 소외 5 등 명의의 은행계좌로 위 각 매매대금 상당액의 돈을 입금하였다.

[인정 근거] 을 제4, 7, 9, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 법인세 부과처분에 대한 판단

가) 원고가 이 사건 주식의 실제 취득자인지 여부

먼저 이 사건 법인세 부과처분의 전제사실인 원고가 1차 양도를 통하여 이 사건 주식을 실제 취득하였는지에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 1차 양도 당시 원고의 직원들이 소외 1 등에게 이수그룹의 구조조정의 필요상 자신들이 보유하고 있는 이 사건 주식을 원고에게 매도하라고 요청하는 등 실질적인 계약관계의 형성을 주도한 점, ② 소외 1 등은 자신들이 보유하고 있던 이 사건 주식 전부를 액면가에 원고에게 양도하기로 하였고 소외 5 등은 원고 회사에 근무하던 직원의 배우자들로 원고의 요청을 받고 계약상의 매수인이 될 것을 승낙한 점, ③ 이 사건 제1계약서 작성 당시 소외 1 등과 소외 5 등은 계약서 작성 현장에 참석하지 않았고 소외 5 등의 남편들이 원고로부터 매매대금 상당액의 돈을 지급받아 원고의 지시에 따라 소외 1 등 명의의 은행계좌로 이를 입금한 점, ④ 그 후 소외 5 등은 원고의 지시에 따라 매매대금을 주식의 액면가액으로 계산하여 자신들 명의의 주식을 이수유화에 모두 매도하는 내용의 이 사건 제2계약서를 작성한 점, ⑤ 이수유화는 2차 양도에서 양수인의 지위에 있었을 뿐 1차 양도에 관여되었다고 볼 아무런 증거가 없는 점 등을 종합해 보면, 1차 양도에 따른 주식 취득을 위한 자금은 원고의 출연에 의한 것으로 보이므로, 1차 양도에 따른 이 사건 주식의 실제 취득자는 원고라고 봄이 타당하다.

나) 부과제척기간 도과 여부

구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 국세 부과의 제척기간에 관하여 그 제3호 에서 원칙적으로 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하면서, 제1호 에서 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있는데, 위 제1호 의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’는 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항 의 ‘사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈한 경우’와 동일한 의미로 해석할 수 있다.

한편 구 조세범처벌법 제9조 제1항 은 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈한 자는 조세포탈죄로 처벌하도록 규정하되, 같은 법 제9조의2 제1호 는 ‘법에 의한 소득금액결정에 있어서 세무회계와 기업회계와의 차이로 인하여 생긴 금액’은 사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의하면, 법인세법상의 부당행위계산 부인으로 인한 세무조정금액은 특별한 사정이 없는 한 위 제9조의2 제1호 소정의 세무회계와 기업회계와의 차이로 인하여 생긴 금액에 해당한다고 할 것이므로, 이는 사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 볼 수 없고, 따라서 조세범처벌법 제9조 제1항 의 ‘사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈한 경우’에 해당하지 않는다( 대법원 2006. 6. 29. 선고 2004도817 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실관계에 앞서 든 증거들 및 갑 제15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 주식을 실제 취득하였음에도 소외 5 등에게 명의신탁하여 이 사건 주식을 취득하지 않은 것으로 결산 장부를 정리함으로써 이 사건 주식의 저가매입에 따른 법인세법 제15조 제2항 제1호 의 규정에 의한 세무조정 소득금액 상당의 법인소득과 이 사건 주식의 저가양도에 따른 법인세법상 부당행위계산부인 규정에 의한 세무조정 소득금액 상당의 법인소득을 탈루시켰으나, 위 탈루소득금액은 구 조세범처벌법 제9조의2 제1호 소정의 세무회계와 기업회계와의 차이로 인하여 발생한 금액에 해당하는 점, ② 원고가 당초 이 사건 주식을 소외 5 등 명의로 취득하게 된 것은 당시 주식회사 이수를 지주회사로 설립할 계획이었는데, 지주회사가 설립될 경우 원고는 지주회사의 자회사가 되고, 지주회사의 자회사는 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2004. 12. 31 법률 제7289호로 개정되기 전의 것) 제8조의2 제2항 에 의하여 지배목적으로 다른 국내회사의 주식을 소유하는 것이 금지되어 있었기 때문에 이러한 법률상의 규제를 피하기 위하여 편의상 소외 5 등의 명의로 이 사건 주식을 취득하였다가 지주회사가 설립된 이후 이 사건 주식의 소유 문제를 해결하기 위한 것으로 보이는 점, ③ 원고가 단지 이 사건 주식의 취득 사실을 감추기 위하여 소외 5 등에게 이 사건 주식을 명의신탁한 행위만으로는 구 조세범처벌법 제9조의2 제1호 의 적용을 배제하고 조세포탈에 해당한다고 볼 정도의 적극적인 부정한 행위가 있었다고 보기는 어려운 점 등을 종합해 보면, 원고가 이 사건 주식을 실제 취득하였음에도 소외 5 등에게 명의신탁한 행위는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

그렇다면 법정 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 원고의 2001 사업연도 귀속 법인세와 2004 사업연도 귀속 법인세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년이라 할 것이고, 2001 사업연도 귀속 법인세와 2004 사업연도 귀속 법인세의 각 신고기한은 2002. 3. 31. 및 2005. 3. 31.인데, 피고가 이 사건 법인세 부과처분을 한 2010. 4. 8. 당시에 이미 위 5년의 부과제척기간이 도과하였음은 역수상 명백하다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분은 부과제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효라 할 것이다.

2) 이 사건 증권거래세 부과처분

앞서 본 바와 같이 1차 양도에 따른 이 사건 주식의 실제 취득자는 원고라고 봄

이 타당하므로, 이 사건 주식의 실제 취득자가 원고가 아니라 이수유화임을 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없고, 이 사건 증권거래세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

[별지 관계 법령 생략]

판사 조일영(재판장) 김용태 김동관

심급 사건

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