다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 3, 5 내지 8, 11 내지 14호증, 을 제1, 2, 19, 20호증의 각 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 7, 을 제4, 5, 7, 14호증, 을 제8, 23호증의 각 1 내지 4, 을 제 18호증의 1 내지 6, 을 제22호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정된다.

가. 원고는 1966. 12. 2. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 877의 1 대지를 취득하여 소유하고 있던 중 위 대지가 1993. 8. 23. 같은 동 877의 1 대 498.9㎡와 같은 동 877의 32 대 550.4㎡로 분할된 후 1994. 5. 9. 소외 주식회사 ㅇㅇㅇ건설 대표이사인 소외 송ㅇㅇ에게 위 2필지를 대금 13억6천만원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하면서 계약금 2억원은 계약 당일 지급받고, 중도금 5억원은 같은 해 6. 15.에, 잔금 6억6천만원을 같은 해 7. 15.에 각 지급받기로 하고, 위 2필지를 대강 101평과 216평으로 분할하기로 약정하였는데, 1994. 5. 27. 위 2필지는 다시 같은 동 877의 1 대 1049.3㎡로 합병되었다가 같은 날 다시 같은 동 877의 1 대 387.5㎡(이하 "1토지"라 한다)와 같은 동 877의 35 대 661.8㎡(이하 "2토지"라 한다)의 2필지(이하 "이 사건 2필지"라 한다)로 분할되었다.

나. 원고는 위 약정에 따라 1994. 7. 15. 잔금까지 모두 수령한 후 같은 달 19. 1토지에 관하여 위 송ㅇㅇ 외 2인 앞으로 소유권이전등기를 마친 다음 1토지에 대한 양도소득세 205,035,710원을 자진 신고하였다. 그러나 피고는 원고가 신고한 양도소득세 중 10,000,000원만을 납부하자 1995. 5. 15. 납부불성실가산세를 합한 1994년 귀속분 양도소득세로 금 213,880,690원을 부과하였다(이하 "제1처분"이라 한다).

다. 한편 원고는 2토지에 관하여는 등기명의를 이전하지 아니한 채 1995. 1. 20. 원고 명의로 연립주택 18세대를 신축하여 그 중 14세대를 분양한 후 1996. 5. 31. 1995년 귀속분 종합소득세를 확정 신고하였다. 그러나 피고는 원고가 이를 납부하지 아니하자 1996. 8.경과 같은 달 10.경 분납할 세액과 무납부한 분납세액에 대하여 고지처분을 하였고, 이에 원고가 위 종합소득세를 납부하지 아니하는 대신 사실은 이 사건 2필지를 1994. 7. 15. 위 송ㅇㅇ에게 양도하였고 그로 인한 제세금을 위 송ㅇㅇ이 납부하기로 약정하였다고 하면서 매매계약서를 제시하자 피고는 다시 위 종합소득세 부과처분을 취소하는 한편, 1997. 9. 11. 이 사건 2필지의 각 기준시가를 기준으로 양도차익을 계산한 다음 원고가 1토지에 관하여 신고납부한 양도소득세액을 공제한 1994년 귀속분 양도소득세로 금 697,400,720원을 부과하였다(이하 "제2처분"이라 한다).

라. 그 후 원고가 1999. 3. 16. 피고를 상대로 제2처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하여 진행하던 중 피고가 같은 해 8. 18.경 제1처분시 취득가액을 환지 전의 면적에 의하여 계산하여야 함에도 환지 후의 면적에 의하여 계산한 잘못이 있음을 이유로 세액을 191,921,420원으로 감액하는 결정(이하 "제1처분의 감액처분"이라 한다)을 하고, 제2처분에 대하여도 같은 사유로 세액을 604,815,020원으로 감액하는 결정을 하였다가, 제2처분과 관련한 납세고지서의 필요적 기재사항에 하자가 있다는 ㅇㅇ지방국세청장의 결정에 따라 같은 해 12. 7. 제2처분과 그 감액처분을 모두 취소하고, 같은 날 2토지에 관한 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산하여 금 428,969,040원의 양도소득세를 부과하였다(이하 "제2처분의 재처분"이라 한다).

마. 그 후 이 사건 제1심 소송 진행 중인 2000. 2. 10. ㅇㅇ지방국세청장이 제1처분의 송달이 부적법하다는 원고의 주장이 이유 있다는 결정을 하자, 피고는 같은 해 3. 6. 제1처분의 감액처분과 제2처분의 재처분을 전부 직권 취소하고, 같은 날 이 사건 2필지에 대하여 모두 양도가액은 실지거래가액에 의하여, 취득가액은 기준시가에 의하여(1977. 1. 1. 취득한 것으로 의제함) 양도차익을 계산하여 최종적으로 원고에 대하여 1994년 귀속 양도소득세로 금 541,956,520원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 그동안 이 사건 2필지에 대한 택지초과소유부담금으로 금 209,888,658원을 납부하였는바, 그 근거법률인 택지소유상한에관한법률이 헌법재판소 1999. 4. 29. 94헌바37 등 결정에 의해 그 법률자체가 위헌으로 선언되었으므로(그렇지만 원고는 취소소송의 제기기간을 도과하여 그 취소를 구하는 행정소송도 제기할 수 없게 되었고, 위헌인 법률에 의하여 이루어진 행정처분이 당연무효인 것은 아니므로 이미 납부한 택지초과소유부담금을 부당이득이라 하여 그 반환을 구할 수도 없게 되었다) 원고가 부당하게 납부한 위 택지초과소유부담금만큼은 양도차익 산정시 필요경비로서{구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 소정의 "취득에 소요된 실지거래가액" 또는 같은 조 제2항 제2호 및 제3호 소정의 "양도자산의 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용" 또는 같은 조 제3항 제2호가 정하고 있는 "대통령령이 정하는 자본적 지출액"에 해당하거나 구 소득세법시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제1항 제6호에서 규정한 수익자부담금ㆍ개발부담금과 유사한 비용에 해당할 뿐만 아니라 양도소득 산정시 필요경비로 공제할 수 있는 경우로 관계법령에 열거되어 있지 않다는 이유로 국가가 부당히 징수한 택지초과소유부담금을 필요경비로 공제하지 않는 것은 실질과세의 원칙에도 어긋난다} 공제하여야 할 것임에도 불구하고, 이 사건 처분은 원고가 납부한 택지초과소유부담금을 필요경비로 인정하지 아니하였으므로 위법하다.

(2) 소득세법 시행령 제162조에 "양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날"이라고 규정되어 있는데 이 사건 계약은 통상적인 매매의 경우와는 달리 매수인이 세액이 확정되지 않은 각종 세금을 납부하여야 매매가 성립되는 조건부 매매라 할 것이고, 매수인이 위 조건을 자진 이행하지 않음으로 인하여 원고 명의로 되어 있던 주택에 대하여 공매처분이 이루어져 체납세액에 충당된 1997. 12. 8. 또는 그로 인하여 2토지에 관한 소유권이전등기가 마쳐진 같은 달 22.을 양도시기로 보아야 하며, 따라서 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정된 소득세법 부칙 제8조가 "1984. 12. 31. 이전에 취득한 자산 중 1997. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 자산에 대하여는 1985. 1. 1.에 취득한 것으로 본다"라고 규정한 이상, 2토지의 취득일은 1985. 1. 1.로 보아 취득가액을 계산하여야 함에도 불구하고, 이 사건 처분은 1977. 1. 1.을 2토지의 취득일로 보아 취득가액을 계산하였으므로 위법하다.

나. 판단

⑴ 택지초과소유부담금을 필요경비로 공제하여야 한다는 주장에 관한 판단

㈎ 관계법령

구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제45조 (양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 게기하 는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제23조 제1항 제1호, 제2호 및 제5호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적 지출액

4. 대통령령이 정하는 양도비

제48조(필요경비불산입) 거주자가 당해 연도에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각호에 게기하는 것은 …양도소득금액…의 계산에 있어 이를 필요경비로 산입하지 아니한다.

11. 대통령령이 정하는 공과금 이외의 공과금

(구 소득세법 시행령 제100조가 위 공과금의 내역을 자세히 규정하고 있는데, 택지초과소유부담금은 여기에 포함되어 있지 아니함)

구 소득세법시행령

제94조 (양도자산의 필요경비)

① 법 제45조 제1항 제1호 가목 단서에서 "취득에 소요된 실지거래가액"이라 함은 다음 각 호 의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제86조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액

② 법 제45조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 설비비와 개량비"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

2. 양도자산의 개량을 위하여 지출한 비용

3. 양도자산의 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재무부령이 정하는 것

③ 법 제45조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 자본적 지출액"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소 송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요 경비에 산입된 것을 제외한 금액

구 소득세법시행규칙

제47조 (양도자산의 필요경비 계산)

① 영 제94조 제2항 제4호에서 "재무부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 하천법, 특정다목적댐법, 기타 법률에 의하여 시행하는 사업으로 인하여 당해 사업구역내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금, 환지청산금 등의 사업비용과 개발이익환수에관한 법률에 의한 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금 상당액을 말한다). 다만, 개발이익환수에관한법률 제12조의 규정에 의하여 양도소득세가 개발비용에 계상된 경우의 개발부담금 상당액을제외한다.

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

㈏ 판단

원고가 주장하는 택지초과소유부담금의 근거 법률인 택지소유상한에관한법률(1998. 9. 19. 법률 제5571호로 폐지됨)은 헌법재판소 1999. 4. 29. 94헌바37 등 결정에 의해 그 법률자체가 위헌으로 선언되었다. 그러나 인간다운 생활의 가장 근본적인 요소라고 할 수 있는 주거문제를 해결하기 위하여 국민 각자가 생활함에 있어 반드시 필요로 하는 택지를 적정한 한도내에서만 소유할 수 있도록 함을 입법목적으로 하여 제정된 위 택지소유상한에관한법률은 개인이 가구별로 정한 소유상한을 초과하여 택지를 소유할 수 없도록 하고(제7조), 법인에 대하여는 아예 택지의 소유를 금지하면서(제8조) 개인이 가구별 소유상한을 초과하여 택지를 취득하거나 법인이 택지를 취득하고자 하는 경우에는 그 처분 또는 이용ㆍ개발에 관한 사용계획서를 제출하고 시장ㆍ군수의 허가를 받도록 하고(제10 내지 12조), 택지의 처분 및 이용ㆍ개발의무를 부과하는(제16조 제1항, 제18조 제1항) 한편, 가구별 소유상한을 초과하는 가구별 택지와 법인이 소유하는 택지에 대하여는 예외사유(제20조)에 해당되지 않는 한 택지가격(제23조)에 부과율(제24조)을 곱한 금액을(제22조 제2항) 택지초과소유부담금으로 부과하도록(제19조) 정하고 있는바, 이에 의하면 택지초과소유부담금은 법률이 부과한 택지의 처분 및 이용ㆍ개발의무를 이행하지 아니한데 따른 금전적 제재라고 할 것이므로 구 소득세법 제45조 제1항이 자산의 양도 당시의 양도가액을 형성하는데 기여하였다고 판단되는 비용으로서 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비로 예정하고 있는 취득가액, 설비비와 개량비, 자본적 지출액, 양도비와는 그 성질을 달리하는 점에 비추어 보면 원고가 납부한 택지초과소유부담금은 구 소득세법 제45조 제1항 제1호 가목, 동시행령 제94조 제1항 소정의 "당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액" 및 구 소득세법 제45조 제1항 제2호, 동시행령 제94조 제2항 제2 내지 3호 소정의 "양도자산의 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용"에 해당하지 아니함은 물론, 구 소득세법 제45조 제1항 제3호, 동시행령 제94조 제3항 제2호 소정의 "양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용"에 해당한다고도 볼 수 없으며, 소득세법시행령 제94조 제2항 제4호, 동시행규칙 제47조 제1항 제6호 소정의 "수익자부담금ㆍ개발부담금"과도 성질을 달리하여 그에 유사한 비용에 해당한다고도 볼 수 없고, 구 소득세법시행령 제100조의 규정상 양도소득금액의 계산에 있어 필요경비 불산입의 예외에 해당하는 구 소득세법 제48조 제11호 소정의 "대통령령이 정하는 공과금"에도 포함되지 아니함은 명백하다.

한편 원고는 구 소득세법 제48조 제11호와 같은 형식으로 "대통령령이 정하는 것 이외의 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다"라고 규정하고 있던 구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호가 헌법재판소 1997. 7. 17. 96헌마36 등 결정으로 위헌선언되었으므로 비록 구 소득세법 제48조 제11호가 대통령령이 정하는 공과금 이외의 공과금은 양도소득금액의 계산에 있어 이를 필요경비로 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 동시행령 제100조가 구 소득세법 제48조 제11호 소정의 "대통령령이 정하는 공과금"의 하나로 택지초과소유부담금을 들고 있지 않다고 할지라도 동시행령 제100조 규정은 예시적 규정으로 보아 원고가 납부한 택지초과소유부담금도 공과금으로서 당연히 필요경비에 산입하여야 한다고 주장한다.

그러므로 살피건대 헌법재판소가 위 구 법인세법 제16조 제5호를 위헌이라고 결정한 이유는 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것으로 법인세법상 손금에 산입됨이 원칙이고, 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에서 손금에 산입함이 바람직하지 아니하여 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것이 소득에 대한 과세로서의 법인세법의 본질 및 구조에 부합하므로 위 조항은 실질적 조세법률주의에 위반된다는 것이어서 위와 같은 위헌결정이 사업경비의 성격을 띤다고 볼 수 없는 택지초과소유부담금을 필요경비에 산입하여야 한다는 해석의 근거가 될 수는 없다고 할 것이고, 또한 위에서 본 바와 같이 구 소득세법 제45조 제1항이 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비로 예정하고 있는 취득가액, 설비비와 개량비, 자본적 지출액, 양도비는 택지초과소유부담금과는 그 성질이 전혀 다를 뿐만 아니라 위 택지초과소유부담금은 소득금액의 계산에 있어 필요경비 불산입의 예외에 해당하는 구 소득세법 제48조 제11호 소정의 "대통령령이 정하는 공과금"에도 포함되지 아니하므로(게다가 택지초과소유부담금은 구 소득세법시행령 제100조가 정하고 있는 공과금, 예컨대 상공회의소회비, 조합비, 대한적십자회비 등과 성질이 비슷한 공과금도 아니다) 원고가 납부한 택지초과소유부담금도 공과금으로서 당연히 필요경비에 산입하여야 한다는 원고의 주장은 받아 들일 수 없다.

나아가 위헌결정이 된 근거법령에 기하여 이미 납부한 택지초과소유부담금에 대하여 위헌결정의 소급효가 이미 취소소송의 제기기간을 경과하여 확정력이 발생한 행정처분에 미치지 않는 관계로 원고로서는 그 반환을 구할 방법이 없게 되었다고 하더라도 이미 납부한 택지초과소유부담금을 이 사건 양도소득세 계산시 고려해 주지 않는다고 하여 이것이 실질과세의 원칙에 어긋난다고도 할 수 없다.

따라서 결국 원고의 위 첫째 주장은 이유 없다.

⑵ 양도시기에 관한 판단

㈎ 관계법령

구 소득세법

제27조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에관하여는 대통령령으로 정한다.

구 소득세법시행령

제53조 (양도 또는 취득의 시기)

① 법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 본다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다 만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부, 등록부 또는 명부 등에 기재 된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명부의 개서를 포함한다)를 한 경우에는등기부, 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

㈏ 판단

살피건대 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제8 내지 10호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 이 사건 2필지에 대한 매매계약을 체결하면서 특약사항으로 16개 조항의 단서를 두었는데 그 단서의 내용은, 토지초과과다보유세금은 잔금일을 기준으로 그 이전에는 원고가 그 이후부터는 매수인이 부담하기로 하고(제1항) 양도소득세, 종합토지세(잔금기준일로 산정함), 종합소득세(1994년도분), 사업소득세, 주민세 등의 각종세금은 매수인이 전액 납부하기로 하며(제2항), 잔금시기는 계약일로부터 2개월로 하는데 원고가 대출서류를 매수인에게 제공하여 주고 매수인은 대출을 받아 원고에게 현금으로 넘겨주기로 하고(제5항), 원고가 잔금을 받을 때에는 이 사건 2필지 중 1필지만 등기명의를 이전해주고 나머지 1필지는 매수인이 부담하기로 한 세금납부를 확보하기 위해 원고의 명의로 남겨 두며, 등기명의를 이전받은 1필지에 대한 양도소득세도 매수인이 자진 신고납부하여야 하고(제7항) 건물이 완공되어 준공검사를 받게 되면 매수인이 각종 세금을 정산한 후 나머지 1필지에 관한 등기이전에 관한 일체의 서류를 7일 이내에 매수인에게 교부하기로 하고(제13항), 건축공사 중 제반 사고 등 민,형사상의 책임이나 자재대 내지 인건비 등 지출 일체와 인접지주 및 가옥주와의 문제, 건축관련 행정문제 등을 모두 매수인이 책임지기로 하는 등(제9 내지 12항)으로 이루어져 있는 사실, 원고는 위 주식회사 ㅇㅇㅇ 건설을 상대로 서울지방법원에 97가합30955호로 약정금 지급 청구의 소를 제기하여 1997. 9. 5. 의제자백에 의하여 원고가 위 소에서 구한 대로 이 사건 2필지의 매수인인 위 회사가 납부하기로 약정하였으나 원고에게 부과된 양도소득세와 주민세 및 가산금 등 합계 766,457,198원과 그에 대한 지연이자를 원고에게 지급하라는 원고 승소의 판결을 받은 사실을 인정할 수 있고 반증 없는바, 앞서 인정한 사실과 위 인정사실에 의하면 원고가 이 사건 2필지에 대한 매매대금을 필지별로 나누어 지급받은 것이 아니라 2필지 전부에 대한 총매매대금을 정한 후 계약금, 중도금, 잔금으로 지급시기에 따라 나누어 지급받은 점, 이 사건 2필지 중 제2토지에 관한 등기명의를 원고 앞으로 남겨둔 것은 양수인이 부담하기로 한 제세금 납부의 이행을 담보하기 위하였던 것일 뿐 2필지 중 1필지에 대한 매매대금을 다 받지 못하여 남겨둔 것으로는 보이지 않는 점, 위와 같은 특약을 두게 된 것은 원고가 택지초과소유부담금 등 이 사건 2필지에 부과되는 제세공과금에 시달려온 나머지 공시지가보다 싼 가격에 매도하는 대신 제세공과금은 모두 매수인측에서 부담하도록 약정하게 된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 원고의 주장과 같이 위 특약사항에서 정한 바대로 매수인측에서 제세금을 납부하여야 매매대금이 특정되고 이 사건 매매계약이 성립되는 조건부매매라거나, 이 사건 2필지를 필지별로 나누어 각각 이전등기가 이루어진 날 별도로 대금이 청산되었다고는 볼 수 없고, 이 사건 2필지에 대한 매매대금은 13억6천만원이고 그 잔대금 6억6천만원을 지급받았다고 원고가 자인하는 1994. 7. 15. 이 사건 매매대금이 청산되었다고 보아야 하며, 위 특약사항에서 언급된 매수인이 부담하기로 한 제세금액은 원고가 이미 앞선 소송에서 구하였듯이 매매대금의 일부가 아니라 별도의 약정금이라 할 것이어서, 그 약정금까지 매매대금에 포함하여야 함을 전제로 양도시기 및 의제취득일을 주장하는 원고의 위 둘째 주장은 더 나아가 따질 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.