2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 원고의 부담한다.

피고가 2005. 10. 20. 원고에 대하여 한 1995년 근로소득원천징수세액 1,189,800,583원, 1996년 근로소득원천징수세액 1,071,341,298원 중 5,780,124원을 초과하는 부분, 1997년 근로소득원천징수세액 2,033,497,485원 중 6,858,136원을 초과하는 부분, 1998년 근로소득원천징수세액 36,367,400원, 1999년 근로소득원천징수세액 6,971,860원, 2000년 근로소득원천징수세액 83,749,038원, 2001년 근로소득원천징수세액 29,687,506원의 환급경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2005. 10. 20. 원고에 대하여 한 1998년 근로소득원천징수세액 36,367,400원, 199년 근로소득원천징수세액 6,971,860원, 2000년 근로소득원천징수세액 83,749,038원, 2001년 근로소득원천징수세액 29,687,506원의 환급경정청구 거부처분을 취소한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 반도체 클린룸 내부공사업, 반도체 제조장비의 제작 · 수출 · 수입업 등을 영위하기 위하여 1987. 6. 23. 김OO와 그의 처남인 조OO 등이 설립한 회사로 법인등기부상 1987. 6. 23.부터 1996. 12. 31.까지는 조OO이, 1997. 1. 1.부터 2005. 9. 1.까지는 김OO의 동생인 김△△이 대표이사로 재임하였다.

나. 원고는 1995 사업년도부터 2001 사업년도까지 사이에 주식회사 OOOO 외 26개 업체로부터 합계 10,331,942,292원 상당의 매입세금계산서를 취득하여 당해 과세기간에 법인세를 신고하면서 위 매입세액을 손금에 산입하였다. 또한 원고는 김☆☆에게 급여로 1996 사업년도 14,450,310원, 1997 사업년도 17,145,340원, 1998 사업년도 15,768,400원, 1999 사업년도 18,699,300원, 2000 사업년도 20,134,050원, 2001 사업년도 19,768,400원, 합계 105,870,200원을 지급한 것으로 회계처리를 하고 당해 과세기간에 법인세를 신고하면서 위 급여액을 손금 산입하였다.

다. 대전지방국세청장은 2003. 3. 11.부터 2003. 7. 18.까지 사이에 원고 회사의 1995사업년도부터 2002 사업년도에 대한 세무조사를 실시하였는데, 위 매입세금계산서를 실물 거래 없이 교부된 가공의 세금계산서로 김☆☆에게 지급하였다는 급여를 가공의 경비로 판단하고, 그 결과를 관할 세무서인 피고에게 통보하였다.

라. 이에 피고는 2003. 8. 5. 원고에 대하여 위 손금산입된 매입세금계산서의 매입액과 김☆☆에 대한 급여를 손금불산입하여 산출한 1995 사업년도 법인세 1,619,686,930원, 1996 사업년도 법인세 1,288,094,000원, 1997 사업년도 법인세1,926,709,900원, 1998 사업년도 법인세 80,896,940원, 1999 사업년도 법인세 28,538,740원, 2000 사업년도 법인세 582,286,270원 합계 691,721,950원을 부과하였다.

또한 피고는 위 손금산입된 금액이 모두 사외 유출되어 그 귀속이 불분명하다는 이유로 1995년분 2,629,970,763원, 1996년분 2,661,467,745원, 1997년분 5,120,724,216원, 1998년분 81,603,400원, 199년분 39,859,300원, 2000년분 193,528,269원, 2001년분 56,823,314원 합계 10,783,977,007원을 김OO에게 귀속되는 것으로 인정상여처분을 하고 2003. 8. 11. 원고에 대하여 위 인정상여처분에 따른 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라고 한다.)를 하였다.

마. 원고는 위 소득금액변동통지에 따라 1995년 귀속분 1,189,800,583원, 1996년 귀속분 1,071,341,298원, 1997년 귀속분 2,033,497,485원, 1998년 귀속분 36,367,400원, 1999년 귀속분 6,971,860원, 2000년 귀속분 83,749,038원, 2001년 귀속분 29,687,506원 합계 4,451,415,170원의 근로소득세를 원천징수하여 피고에게 납부하였다.

바. 원고는 2005. 9. 2. 피고에게 위와 같이 납부한 근로소득세원천징수세액 중 1995년분부터 2001년분 근로소득세원천징수세액 합계 4,438,776,910원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2005. 10. 20. 원고의 환급경정청구를 거부하는 회신(이하 '이 사건 회신' 이라고 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1 내지3, 갑 제8호증의 1 내지 7, 갑 제9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안건 항변에 대한 판단

가. 당사자의 주장

원고가 국세기본법 제45조의2 제4항에 따라 경정청구권이 있음을 전제로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 회신은 거부처분에 해당한다고 주장하면서 그 취소를 구함에 대하여, 피고는 국세기본법 제45조의2 제4항은 그 부칙 제4조에 의하여 2003년도 귀속분부터 적용되므로, 원고가 경정을 청구하고 있는 1995년분부터 2001년분 근로소득세에 대해서는 경정청구권을 인정할 수 없고, 따라서 그 경정청구에 대하여 피고가 이를 거부하는 회신을 하였다 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로 이 사건 회신이 거부처분임을 전제로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다.

나. 판단

2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정된 국세기본법은 제45조의2 제4항을 신설하여 원천징수의무자가 소득세법 제137조, 제138조, 제144조의2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우이거나 원천징수의무자가 소득세법 제146조의 규정에 의하여 원천징수한 소득세를 납부하고 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우에 한하여 원천납세의무자 또는 그 원천징수의무자는 경정청구를 할 수 있다고 규정함으로써 일정한 요건하에서는 원천징수의 경우에도 경정청구권을 인정하고 있는데, 같은 법 부칙 제1조, 제4조에 의하여 위 규정은 2003 과세연도분부터 적용된다.

국세기본법 제45조의2 제4항의2 제4항의 취지는 종전에 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자에 대하여만 경정청구를 허용함에 따라 원천징수절차만으로 납세의무가 종결되는 근로소득자 또는 그 원천징수의무자가 경정청구의 방법으로 과세표준 및 세액에 대해 다툴 수 없었으나, 일정한 요건하에서는 이들에게도 경정청구권을 인정하여 납세자의 권익을 충분히 보호하려는 데에 있다고 할 것인바, 이와 같은 입법취지 및 위 규정의 문언 내용 등을 종합적으로 살펴보면, 같은 법 부칙 제4조 소정의 '과세연도분'은 원천납세의무인 소득세의 귀속년도를 의미하는 것으로 봄이 상당하다.

따라서 이 사건과 같이 상여처분에 따른 소득금액변동통지에 의하여 원천징수의무를 부담하는 경우 국세기본법 제45조의2 제4항의 적용을 받아 그 원천징수의무자에게 경정청구권을 인정할 수 있는지 여부는 원천징수의무의 성립시가 아닌 원천납세의무인 소득세의 귀속연도를 기준으로 정하여야 할 것이다.

그런데 상여처분이 있게 되면 그 소득의 귀속자에 대하여 당해 소득금액은 소득세법 제20조 제1항 (다)목 소정의 '법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액'에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고 소득세법 제39조 제1항 및 같은 법시행령 제49조 제1항 제3호에 따라 그 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업년도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로 소득의 귀속자의 소득세 납세의무는 국세기본법 제21조 재1항 제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다.

위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건데, 이 사건 상여처분에 따른 김OO의 1995년 귀속분부터 2001년 귀속분까지의 소득세 납세의무는 각 당해 과세기간이 종료하는 때에 성립하였다고 할 것이므로 위 소득세 및 그 원천징수세에 대해서는 국세기본법 제45조의2 제4항이 적용되지 않아 원고에게 이에 대한 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수도 없다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체판결에 의하여 소득금액변동통지가 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분으로 인정되어 원천징수세액을 자진 납부한 원천징수의무자도 권리규제를 받을 수 있는 수단이 갖추어졌으므로 이와 같은 해석이 원고에게 불리하다고 할 수 없다).

따라서 이 사건 회신은 경정청구권 없는 자의 경정청구에 대하여 한 것으로서 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당한다고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.