1. 구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하고, 그 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(제1호), 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순서에 의하도록 규정하고 있다.

시행령 제61조 제1항, 제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어, 위 각 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 참조).

2. 원심은 그 채용증거를 종합하여, ① 원고는 XX방송공사법에 따라 2000. 3. 12. 설립되어 텔레비전 교육방송, 라디오 교육방송, 위성 교육방송을 실시하고 방송시설의 설치ㆍ운영 및 관리, 프로그램 제작 및 공급사업 등을 하는 법인인 사실, ② 원고는 2001년부터 2002년까지의 부가가치세를 신고함에 있어 원고가 수령한 수신료와 방송발전기금, 국고보조금(이하 '수신료 등'이라 한다)이 원고가 제공하는 방송용역의 대가로서 면세사업의 공급가액에 해당한다고 보고 그 사업과 다른 과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 '이 사건 공통매입세액'이라 한다)을 시행령 제61조 제1항에 따라 공급가액의 비율로 안분계산하여 그 중 면세사업에 해당하는 부분을 매출세액에서 공제하지 아니한 사실, ③ 그 후 원고는 2003. 7. 25. 수신료 등은 방송용역의 대가가 아니어서 그 방송용역의 제공은 과세사업은 물론 면세사업에도 해당되지 아니하므로 면세사업의 공급가액에서 수신료 등을 제외하면 그 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율이 5% 미만이 되어 시행령 제61조 제3항에 따라 이 사건 공통매입세액 전부가 매출세액에서 공제되어야 한다는 이유로 부가가치세 감액경정청구를 하였으나 피고가 이를 받아들이지 아니한 사실(피고의 이러한 행위를 '이 사건 거부처분'이라 한다) 등을 인정하였다.

원심은 이러한 사실을 토대로 하여, 수신료 등은 그 성격상 원고가 제공하는 방송용역의 대가로 볼 수 없으므로 그 방송용역의 제공은 무상의 용역공급으로서 비과세사업에 해당하고, 이러한 비과세사업에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는 점에서 면세사업에 관한 매입세액과 별 차이가 없으므로 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여는 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있고 원고의 당초 부가가치세 신고내용은 위 규정을 유추 적용한 결과와 동일하다는 이유로 이 사건 거부처분이 적법하다고 판단하면서, 이 사건 공통매입세액 전부가 매출세액에서 공제되어야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.

3. 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 공통매입세액을안분계산하여 그 중 비과세사업에 해당하는 부분은 매출세액에서 공제하지 않아야 한다는 이유로 이 사건 공통매입세액 전부가 매출세액에서 공제되어야 한다는 원고의 주장을 배척한 부분은 정당하고, 이 점을 다투는 상고이유의 주장은 이유 없다.

그러나 원심이 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있다고 판단한 부분은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

원심이 판시하였듯이 원고의 방송용역(유상의 광고방송용역은 제외한다) 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하고 수신료 등은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결 참조).

따라서 원심으로서는 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 그 적용결과와 원고의 당초 부가가치세 신고내용을 비교하여 이 사건 거부처분의 당부를 판단하였어야 함에도 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 관하여 시행령 제61조 제1항이유추 적용될 수 있다고 단정한 나머지 이 사건 거분처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 공통매입세액의 안분계산에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.