소송비용은 원고들이 부담한다.

가. CCCC 주식회사와 DDD 사이의 매매계약

CCCC 주식회사(2010. 3. 30. 'EEEE 주식회사'에서 그 상호가 변경되었다,

아래에서는 변경 전후를 불문하고 'CCCC'이라 한다)는 2005. 10. 6. DDD과 사이

에, CCCC이 DDD 소유의 별지1 부동산목록 기재 각 토지(아래에서는 '이 사건 각

토지'라 한다)를 매매대금 751,298,000원에 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고,

2005. 11. 2. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 이 사건 각 토지의 토지거래계약에 관한 허가구역 지정

이 사건 각 토지는 2005. 11. 3.경 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(아래에서는

'국토계획법'이라 한다)에 따라 2005. 11. 8.부터 2010. 11. 7.까지 토지거래계약에 관한 허가구역으로 지정되었다.

다. 원고들 및 FFF과 CCCC 사이의 매매계약

원고들 및 FFF은 2006. 1. 26. CCCC과 사이에, 원고들 및 FFF이 CCCC으로부터 이 사건 각 토지를 매매대금 585,130,000원(계약금 100,000,000원, 중도금 300,000,000원, 잔금 185,130,000원)에 매수하는 내용의 매매계약(아래에서는 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하고, 2006. 1. 26.부터 2006. 2. 21.까지 CCCC에게 위 매매대금 585,130,000원을 모두 지급하였으나, 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기절차를 마치지는 않았으며, 이 사건 매매계약 중 위약금, 특약사항에 관한 내용은 다음과 같다.

6. 매도인이 위약한 때에는 위약금으로 계약금의 배액을 매수인에게 배상하고 매수인이

위약한 때에는 계약금을 위약금으로 보고 그 반환청구권이 상실된다. 계약이행 착수 후

에도 또한 같다.

○ 특약사항

1. 중도금 중 일부금(이억원)은 매도인이 담보제공하기로 하고 채무자는 매수인으로 하

여 은행대출로서 지급하기로 한다.

2. 매도인과 매수인은 혁신도시로 편입을 전제로 소유권이전등기를 보류하고 매매대금의

120% 범위의 근저당권설정등기를 이행하기로 약정하고 관련서류 구비하기로 한다. 단

위 중도금지급대출금의 차액부분에 대하여 근저당권설정하기로 함.

3. 특약사항 제2항에 의거하여 위 토지가 혁신도시지역으로 편입되어 수용협의보상금을

수령하게 될시는 금일 약정한 매매대금의 차액에 부분에 대한 양도세는 매수인이 부담,

정산한 후 매도인은 매수인에게 전액 지급하여야 한다.

4. 매도인과 매수인은 위 매매에 대하여 토지거래허가신청을 보류하고 서로간에 토지거

래에 대하여 추후 이의신청을 하지 않기로 하며 서로간에 공동으로 민형사상 책임을 진

다.

라. 이 사건 각 토지의 수용에 따른 CCCC의 보상금 수령 등

이 사건 각 토지는 00공동혁신도시개발사업(건설교통부고시제0000-00호)에 따른 수용대상토지로 선정되었고, 위 사업의 사업시행자인 00광역시도시공사 및 한국토지공사(아래에서는 '한국토지공사 등'이라 한다)는 협의취득을 거쳐 아래 표 기재와 같이 CCCC에 수용보상금 합계 1,042,826,641원을 지급하고, 2007.11. 19. 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 원고들 및 FFF의 수용보상금 수령

CCCC은 위 수용보상금을 수령한 후, 원고 AAA에게 2007. 10. 23.

585,130,000원, 2007. 12. 21. 306,656,750원을, FFF에게 2007. 12. 21. 25,173,315원, 2008. 1. 25. 125,866,576원을 각 지급하는 방법으로 원고들 및 FFF에게 위 토지수용보상금 합계 1,042,826,641원을 지급하였다.

바. 피고의 양도소득세 부과처분

피고는 2014. 2. 5. 원고들에 대하여 '원고들 및 FFF이 2006. 1. 26. CCCC으

로부터 CCCC 소유의 이 사건 각 토지를 매매대금 585,130,000원에 매수한 후, 소

유권이전등기를 경료하지 않은 상태에서 2007. 11. 21. 한국토지공사 등에

1,042,826,000원에 매도(수용)함으로써 미등기전매하였다'는 이유로, 산출세액

106,793,549원에(과세표준 양도가액 347,605,547원1), 취득가액 195,043,333원2)으로 양도차익 152,562,214원에 세율 70%를 적용), 가산세 108,043,032원을 포함한 2007년 귀속 양도소득세 214,836,580원(=본세 106,793,549원 + 가산세 108,049,032원, 10원 미만버림)을 결정・고지하였다(아래에서는 '이 사건 처분'이라 한다).

1) 피고는 이 사건 각 토지에 대한 원고들 및 FFF의 지분을 각 1/3로 본 후 양도가액을 산정한 것으로 보이고, 원고들 및 DDD이 수령하였다는 수용보상금 1,042,826,000원(양도가액의 산정기준)의 1/3은 약 347,608,666원으로 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 기준으로 삼은 양도가액 347,605,547원과 일치하지 않으나, 피고가 산정한 위 양도가액이 위 347,608,666원보다 낮으므로, 피고가 위 양도가액을 기준으로 양도차익을 산정하였다고 하여 원고들에게 불이익하다고 볼 수 없다.

2) 피고는 이 사건 각 토지에 대한 원고들 및 FFF의 지분을 각 1/3로 본 후 취득가액을 산정한 것으로 보이고, 원고들 및 DDD이 CCCC에게 지급한 매매대금 585,130,000원(취득가액의 산정기준)의 1/3은 약 195,043,333원이다.

사. 전심절차

원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2014. 4. 29. 조세심판원에 심판 청구를 제기하

였으나, 2014. 7. 23. 기각당하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 15호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각

가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장 및 관계법령

가. 원고들의 주장

1) 이 사건 매매계약이 합의해제로 소멸하였으므로 양도소득세를 부과할 수 없음

원고들 및 FFF은 이 사건 매매계약 체결 이후 이 사건 각 토지에 대한 토지

거래허가절차이행 등의 곤란함 등을 이유로 관할관청인 00시청으로부터 토지거래허

가를 받는 것을 포기하게 되었고, 원고들 및 FFF과 CCCC은 2006. 4. 21. 이 사

건 매매계약을 무효화 하기로 하면서, 향후 CCCC이 이 사건 각 토지에 관한 보상

금을 수령할 경우 그 보상금에서 반환할 매매대금과 제세공과금을 제외한 나머지를 위

약금으로 한다는 합의(갑 제9호증)를 하였다. 위와 같이 이 사건 매매계약은 이 사건

각 토지가 한국토지공사 등에 수용되기 전에 당사자의 합의해제로 소멸하였고, 이 사

건 매매계약은 토지거래허가를 받지 않아 국토계획법 제118조 제2항에 따라 무효이므

로, 원고들에게 양도소득세를 부과할 수 없다.

2) 미등기양도제외 자산에 해당함

설령, 이 사건 매매계약의 효력이유지되었다고 하더라도, 이 사건 매매계약은

국토계획법 제118조 제1, 2항에 의하여 무효의 계약이었고, 이에 따라 2007. 11.경 한

국토지공사 등이 이 사건 각 토지를 수용할 당시엔 그 자산의 취득에 관한 등기가 불

가능한 자산에 해당하였다고 할 것이므로, 이 사건 각 토지는 구 소득세법 시행령

(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 아래에서도 같다) 제168조 제1항 제2호의 미등기양도'제외' 자산에 해당한다. 그럼에도 피고가 이와 다른 전제에서 이 사건 각 토지가 미등기양도자산에 해당함을 전제로 100분의 70의 세율을 적용한 것은 위법하다.

3) 국세징수권의 소멸시효가 도과되어 이 사건 처분은 무효임

이 사건 각 토지는 2007. 11.경 한국토지공사 등에 양도되었으므로 이 사건 각

토지에 관한 과세표준 확정신고기간은 2008. 5. 1.부터 2008. 5. 31.까지이고, 그 양도소득세의 부과징수권의 소멸시효 기산일은 2008. 6. 1.부터 기산하여야 하며, 국세기본법에 따른 징수권의 소멸시효기간은 5년이라 할 것인데, 위 2008. 6. 1.부터 5년이 경과하였음이 달력에 의한 계산상 명백한 2014. 2. 5. 이루어진 이 사건 처분은 그 징수권의 소멸시효기간이 도과된 후에 이루어진 것으로서 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 판단

가. 이 사건 매매계약이 합의해제로 소멸되어 양도소득세를 부과할 수 없는지

1) 인정사실

앞에서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실들이 인정된다.

① 원고들 및 FFF과 CCCC 명의로 다음과 같은 내용의 2006. 4. 21.자 합

의서(갑 제9호증, 아래에서는 '이 사건 합의'라 한다)가 작성되어 있다.

합의서

갑: EEEE주식회사(CCCC) 대표이사 000

을: AAA, FFF, BBB

위 당사자간에 다음과 같이 합의한다.

갑은 을에게 매매하기로 한 00시 00면 00리 산 00-0 외 7필지에 대하여 00시청의 토지거래 불허가처분[사유 : 법정지목은 임야이나 현실적으로 농지(밭)로 이용중임]으로 인하여 거래가 불가하여 즉시 매매계약을 취소하고 해지를 요청하였으나 갑이 사업부지 대체취득으로 대금전액을 사용하여 대금반환이 어려운 처지이므로 서로간의 협의로 다음과 같이 조정이행하기로 한다.

제1항. 갑과 을이 체결한 00시 00면 00리 산 00-0 외 7필지 매매계약은 토지거래허가가 불가하므로 매매계약을 취소하기로 하고 본 약정과 동시 효력을 발생한다.

제2항. 을은 갑에게 매매대금 반환에 대한 소송 및 강제집행 등 일체의 보전행위를 하

지 않기로 한다.

제3항. 갑은 00면 00리 산 00-0 외 7필지에 대한 토지보상금 수령시 갑이 처리한

제세공과금을 제외한 나머지 금액을 지급한다.

위 지급된 대금은 다음과 같이 처리한다.

을이 갑이 지급한 매매대금과 위 토지를 담보로 설정한 3억 원에 대한 이자 및 설정비

용을 공제하고 남은 금액을 제1항의 해지에 대한 위약금으로 한다.

② 이 사건 각 토지에 관하여 2006. 2. 17.자로 '채권최고액 390,000,000원, 채무

자 원고 AAA, 근저당권자 00000협동조합'의 각 근저당권설정등기가 마쳐졌고,

2007. 10. 23. 위 각 근저당권설정등기는 2007. 10. 23. 해지를 원인으로 각 말소되었다.

2) 판단

가) 앞에서 인정한 사실관계, 앞에서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인

정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 갑 제9호증의 기재 및 증인 GGG의 증

언만으로는 이 사건 합의로 이 사건 매매계약이 합의해제 되었음을 인정하기 부족하

고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 이 사건 합의서는 공증인의 인증도 받지 아니한 문서로서 일자를 소급하여

작성하였을 가능성을 배제할 수 없다.

② 이 사건 합의서에 기재된 해제사유는 '이 사건 각 토지에 대한 00시청의

토지거래 불허가처분[사유 : 법정지목은 임야이나 현실적으로 농지(밭)로 이용중임]으

로 인하여 거래가 불가능하다'는 것이나, ㉠ 원고들 및 FFF은 이 사건 각 토지가 토지거래계약 허가구역으로 지정된 이후인 2006. 1. 26. 이 사건 각 토지를 매수한 것이므로, 이 사건 각 토지가 토지거래계약 허가구역으로 지정되었음을 알고 이 사건 매매계약을 체결하였을 것으로 보이는 점, ㉡ 원고들 및 FFF이 00시청에 이 사건 매매계약에 대한 토지거래허가신청을 하였다거나 그에 대한 00시청의 토지거래불허가 처분이 있었음을 인정할 증거가 없는 점 등에 비추어 이 사건 합의서에 기재된 해제사유를 그대로 믿을 수 없다.

③ 원고들은 이 사건 합의에 따라 토지수용보상금 1,042,826,000원에서 이 사

건 매매대금 585,000,000원 및 제세공과금 121,036,576원을 공제한 약 336,789,424원을 이 사건 매매계약의 해제로 인한 위약금으로 하기로 하였다고 주장한다. 그러나, 이사건 합의서에 기재된 이 사건 매매계약의 해제사유는 '이 사건 각 토지에 대한 00시청의 토지거래 불허가처분'으로서 CCCC이 이 사건 매매계약의 해제에 귀책사유가 없어서 합의해제를 한다는 것인데도 위약금을 지급하기로 한다는 것이나 그 금액을 이 사건 매매계약서 제6항에 따른 위약금(200,000,000원)보다 훨씬 많은 금액(위 합의서 작성 당시에는 확정되지 않았으나 결국 원고들의 주장과 같이 336,789,424원으로 확정됨)으로 정하였다는 것은 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고들의 위 주장을 쉽게 믿기 어렵다.

④ 원고들은 원고들 및 FFF이 CCCC에게 제세공과금을 지급하였고, 이는 이 사건 합의에 따른 것으로서 이 사건 합의가 유효하다는 정황증거라는 취지의 주장을 하나, 원고들 및 FFF이 CCCC에게 제세공과금을 지급하였다고 하더라도 이는 이 사건 합의에 따라 이 사건 매매계약이 무효로 되었기 때문일 수도 있지만, 이 사건 매매계약이유효한 것으로 과세신고를 할 경우 CCCC은 양도차익이 없어 양도소득세를 부담하지 아니하고 원고들은 CCCC이 한국토지공사에 양도하는 경우보다 더 많은 양도소득세를 부담하여야 하므로, 만약 원고들 및 FFF이 미등기자산 양도 사실을 숨기고 CCCC이 한국토지공사에 양도하는 것으로 하여 CCCC으로 하여금 양도소득세를 납부하도록 하기 위해서는 CCCC이 납부하지 않았어도 되는 양도소득세를 CCCC에게 지급해주어야 함은 당연한 것이므로 위와 같은 사정을 이 사건 합의가 유효하다는 정황증거로 볼 수 없다.

⑤ 이 사건 합의서 작성 당시 CCCC의 대표이사였던 GGG은 이 법정에 증인으로 출석하여 '원고들 및 FFF에게 위약금을 지급하기로 하는 내용의 이 사건 합의를 자신이 직접 진행한 것이 아니고, 후에 보고만 받았다'는 취지로 증언하였다.

나) 나아가 원고들 및 FFF이 이 사건 각 토지를 매수한 후 관할 관청으로부터 토지거래계약허가를 받지 못하여 그 소유권이전등기를 마치지 못하였으나, 원고들 및 FFF이 CCCC에게 그 매수대금 전액을 지급하고 원고 AAA 명의로 이 사건

각 토지에 관하여 근저당권설정등기를 설정하는 등으로 사실상 이를 소유해 오다가,

한국토지공사 등에 의하여 이 사건 각 토지가 수용됨으로써 한국토지공사 등에 이를

미등기 양도하고 그 손실보상금 전액을 수령하였으므로, 이는 구 소득세법(2007. 12.

31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 소정의 자산이 사실상 유상으로 이전된 것으로서 양도소득세 부과대상인 '양도'에 해당한다고 봄이 상당하다(대법원 2005. 6. 24. 선고 2004두5058 판결, 대법원 2011. 7. 21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결 등 참조).

나. 미등기양도제외 자산에 해당하는지

미등기양도자산에 대하여 양도소득세를 중과한다고 한 취지는 자산을 취득한 자가

양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 양도소득세, 취득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급 없이 전전매매하는 따위의 부동산투기 등을 억제, 방지하려는 데 있으므로, 애당초 그 자산의 취득에있어서 양도자에게 자산의 미등기양도를 통한 조세회피목적이나 전매이득 취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 부득이한 사정이 인정되는 경우에는 구 소득세법 제104조 제3항 단서, 구 소득세법 시행령 제168조 제1항의각호의 경우에 준하여 양도소득세가 중과되는 미등기 양도자산에서 제외된다. 그리고 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령 조항이 미등기 양도자산에서 제외되는 것 중 하나로 들고 있는 "법률의 규정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산"이라 함은 그 자산의 취득자에 대하여 법률상 일반적으로 그 취득에 관한 등기를 제한 또는 금지함으로 인하여 그 등기절차의 이행이 불가능한 경우를 가리키는것이며, 취득자의 사정에 기인한 상대적 불능의 경우에는 이에 해당하지 아니한다(대법원 1995. 4. 11. 선고 94누8020 판결 등 참조).

앞에서 본 사실관계에 의하면, 원고들 및 FFF은 이 사건 각 토지가 토지거래계약 허가구역으로 지정된 관계로 토지거래계약허가를 받지 아니하면 그 취득에 관한 등기가 불가능함을 알고도 이를 취득하였으며, 그 후 이 사건 각 토지가 수용될 때까지 약 1년 10개월이 경과하도록 그 허가를 받기 위하여 애쓴 흔적도 찾아 볼 수 없음을 알 수 있고, 토지거래허가구역 내에 있는 토지의 권리이전에 토지거래계약허가를 받도록 하는 제한은 그 취득에 관한 등기절차의 이행이 법률상 일반적으로 불가능한 경우에 해당한다고 볼 수 없으며, 원고들 및 FFF의 의사와 관계없이 이 사건 각 토지가 수용되었다는 사정만으로는 원고들 및 FFF이 이 사건 각 토지의 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 못한 데에 부득이한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 각 토지를 구 소득세법 시행령 제168조 제1항 제2호 소정의 미등기 양도자산에서 제외되는 자산으로 볼 수 없다고 할 것이다.

다. 국세징수권의 소멸시효가 도과되어 이 사건 처분이 무효인지

구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27

조 제1항은 "국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부

터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다."고 규정하고 있고, 제3항은 "제1항

의 규정에 의한 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때는 대

통령령으로 정한다."고 규정하고 있으며, 구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령

제22038호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의4 제1항은 "법 제27조 제3항에서

'국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때'라 함은 다음 각 호의 날을 말한다."고 하면서, 제1호에서 '과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 국세에 있어서 신고한 당해 세액에 대하여는 그 법정 신고납부기한의 다음날'을, 제2호에서 '과세표준과 세액을 정부가 결정, 경정 또는 수시부과 결정하는 경우에고지한 당해 세액에 대하여는 그 납세고지에 의한 납부기한의 다음날'을 규정하고 있다.

위 관련규정에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고들이 이 사건 양도소득세와

관련하여 과세표준과 세액을 신고하지 않아 과세표준과 세액을 피고가 결정하여 고지

한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 구 국세기본법 시행령 제12조의4 제1항 제

2호에 따라 그 납세고지에 의한 납부기한의 다음날부터 소멸시효가 진행된다 할 것인

데, 갑 제1, 2호증의 각 기재에 의하면, 원고들에 대한 이 사건 양도소득세 납세고지의

납부기한이 이 사건 처분이 있었던 2014. 2. 5. 이후인 사실이 인정되므로, 이 사건 처분 당시 그 징수권의 소멸시효기간 5년이 도과하지 아니하였음은 달력에 의한 계산상 명백하다.

따라서 국세징수권의 소멸시효가 도과되었다는 원고들의 위 주장은 이유 없다

한편, 원고들의 주장을 부과제척기간에 관한 주장으로 선해하여 보더라도, 구 국

세기본법 제26조의2 제1항 제2호는 '납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를

제출하지 아니한 경우'의 부과제척기간을 7년으로 규정하고 있고, 구 소득세법 시

행령 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해

국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한의 다음 날을 국세

부과 제척기간의 기산일로 규정하고 있으며, 구 소득세법 제110조에서 정하는 양

도소득세 과세표준확정신고기한은 양도소득금액이 있는 당해 연도의 다음 연도 5.

1.부터 5. 31.까지인바, 이 사건 각 토지가 한국토지공사 등에게 양도된 날은 2007.

11.경이므로 이 사건 양도소득세 부과처분의 기산일은 2008. 6. 1.이 되고, 이 사건

처분이 그로부터 7년이 경과하기 전인 2014. 2. 5. 이루어졌음은 달력에 의한 계산

상 명백하므로, 그 부과제척기간이 도과된 것도 아니라고 봄이 상당하다.

라. 소결

결국 피고의 원고들에 대한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문

과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례