2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2008. 8. 4. 원고에 대하여 한 1995년 귀속 양도소득세 20,301,550원의 부과 처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 원고는 그 소유의 ○○ ○○구 ○○동 25-19 대지 336㎡(이하 '이 사건 토지'라 하고, 그 지상 공장을 '구공장'이라 한다)가 ○○광역시의 ○○지방공단 조성사업 대상 토지로서 1995. 12.8. 수용되자 1996. 11. 20. 구 조세감면규제법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조감법'이라 한다) 제71조의 규정에 따라 양도소득세 20,785,868원의 과세이연을 신청하여 과세이연을 받았다.

나. 피고는 원고가 이 사건 토지를 양도한 후 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 않았다는 이유로 2001. 1. 8. 원고에게 양도소득세 33,946,649원의 과세예고 통지를 하였다.

다. 이에 대하여 원고는 2001. 1. 27. 신공장의 준공이 ○○광역시의 공장부지 조성 사업 지연 등 부득이한 사유로 지연되었다고 주장하면서 과세전 적부심사를 청구하였고, 피고는 원고의 위 주장을 받아들여 공장이전부지 조성사업 완료예정일인 2001. 6. 30.까지 과세유보 조치를 하였다.

라. ○○광역시 건설 본부가 2002. 6.30. 공장이전부지 조성공사를 준공하자, 원고는 2003. 7. 4. ○○광역시와 사이에 신공장 부지인 ○○ ○○구 ○○동 291-12 대지 830.2㎡에 관하여 매매계약을 체결하여 2006. 7. 4. 잔금을 전부 납부하였고, 2007. 1. 30. 신공장 부지 지상에 신공장을 준공한 뒤, 2007. 2. 1. 신공장에서 건설자재 제조업 및 부동산임대업을 시작하였다.

마. 피고는 2008. 8. 4. 원고가 이 사건 토지를 양도한 후 3년 이내에 신공장을 준공 하여 구공장의 업종인 해태가공업이 아닌 새로운 사업을 시작하였다는 이유로 양도소득세 33,946,640원(10원 미만 버림, 이하 같다)을 부과하였다가 당심 소송 계속 중에 이자상당 가산액 13,645,090원을 직권으로 감액하여 현재 남은 부과세액은 20,301,550원이다(이하 감액 경정되고 남은 20,301,550원의 양도소득세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 위 양도소득세 20,301,550원은 아래 ① 내지 ④의 합계이다.

① 추징세액 14,550,108원(= 과세이연 세액 20,785,868원 - 토지수용에 따른 감면액 6,235,760원).

② 이자상당 가산액 4,379,581원(2003. 6. 1.부터 760일간, 1일 4/10,000).

③ 농어촌특별세 1,247,152원(= 6,235,760원 x 20%).

④ 농어촌특별세 가산세 124,715원(= 1,247,152원 x 10%).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1 내지 16호증의 각 기재, 변론 전 체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구공장을 양도한 날로부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하였기 때문에 과세이연을 받기 위한 조건이 성립되지 않았고, 따라서 구공장 양도 후 3년이 되는 1998. 12. 8. 또는 과세유보일 다음날인 2001. 7. 1.이 국세부과제척기간의 기산일이 된다고 할 것이므로, 위 각 일자로부터 5년이 경과하여 부과제척기간이 만료된 후에 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 하고, 가사 이와 달리 보더라도 원고와 같이 과세이연 조건을 충족하지 못한 경우에는 구 조감법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제68조 제5항 제1호에 따라 과세이연세액만 추정하여야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 양도소득세 부과의 제척기간 도과 여부

아래의 규정과 법리 등에 비추어 보면, 이 사건 토지에 관한 양도소득세 부과의 제척기간의 기산일, 즉 과세이연 받은 양도소득세를 징수할 사유가 발생한 날 또는 과세이연된 양도소득세를 부과할 수 있게 된 때는 2005. 7. 1.이라 할 것이고, 이 사건 처분은 2005. 7. 1.로부터 5년의 제척기간이 도과하기 이전인 2008. 8. 4.에 이루어진 것이어서 적법하다.

① 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제3항, 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호, 제2항 제3호의 각 규정에 의하면, 양도소득세 부과의 제척기간은 부과할 수 있는 날부터 5년간이고, 이 때 부과할 수 있는 날이란 원칙적으로 과세표준 신고기한의 다음날이지만, 공제 또는 면제받은 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날을 말한다.

② 구 조감법 제71조 제1항은, 내국인이 5년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는, 양도소득세의 50%에 상당하는 세액을 감면받는 방법과 과세이연을 받는 방법 중에서 선택하여 감면받을 수 있도록 규정하고 있는바, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호 소정의 "면제" 에는 구 조감법 제71조 제1항 소정의 "감면" 뿐 아니라 "과세이연"도 포함된다고 봄이 상당하다. 따라서 과세이연 받은 양도소득세를 징수할 사유가 발생한 날은 구 조감법 제71조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호, 제5항 제l호에 의하여 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하거나 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때이다.

③ 가사 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호 소정의 "면제"에 구 조감법 제71조 제1항 소정의 "과세이연"이 포함되지 않는다고 하더라도, 공장 이전에 따른 양도소득세의 과세이연의 경우와 같이 일정기간 동안 납세의무자가 과세이연 요건을 충족하는지 여부를 기다려야 하는 경우, 과세관청으로서는 납세의무자에게 바로 당해 양도소득세를 부과할 수는 없고 납세의무자가 과세이연 요건을 갖추지 못하였음이 확정되는 때에 비로소 이를 부과할 수밖에 없어 그만큼 과세권을 행사할 수 있는 기간이 축소되는 결과를 낳게 되므로, 이와 같은 경우 그 제척기간의 기산일은 납세의무자가 과세이연 요건을 갖추지 못하였음이 확정되어 과세관청이 당해 세금을 부과할 수 있게 된 때라고 보아야 할 것이다.

④ 한편, 5년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 구 공장의 토지 등을 먼저 양도하여 구 조감법 제71조 제1항 제2호에 의하여 양도소득세를 과세이연 받은 경우에, 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호 소정의 유예기간을 넘겨 새로운 공장을 준공하여 사업을 개시하였다고 하더라도, 그 과세이연된 세액의 추정을 규정한 구 조감법 제71조 제2항, 제3항, 같은 법 시행령 제68조 제5항의 입법취지는 과세이연의 혜택이 부동산투기 등 비생산적인 목적에 악용됨을 방지하여 과세이연의 본뜻을 살리고자 하는 사후관리의 측면에서 규정된 것이므로, 그 지연의 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 사유에서 비롯되었을 때에는 구 조감법 시행령 조항을 적용하여 과세이연된 양도소득세를 추정할 수 없다(대법원 2000. 10. 6. 선고 98두922 판결 등 참조).

⑤ 이 사건의 경우, 원고가 공장을 이전하기 위하여 1995. 12. 8. 이 사건 토지를 양도한 후 구 조감법 제71조의 규정에 따라 양도소득세 20,785,868원의 과세이연을 받았음에도 구공장의 양도일인 1995. 12. 8.부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 한편 ○○광역시 건설 본부가 공장이전부지 조성공사를 2002. 6. 30.에야 준공하였으므로, 2002. 6. 30.까지는 구공장의 양도일부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 것에 관하여 원고에게 아무런 귀책사유가 없어, 과세관청인 피고로서는 과세이연된 양도소득세를 추정할 수는 없고, 한편 2002. 6. 30. 이후에도 원고에게 귀책사유 없이 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못하였음을 인정할 증거는 없는바, 그렇다면 이 사건 토지의 양도일부터 2002. 6. 30.까지의 기간은 이 사건 과세이연 요건의 충족 여부를 판단함에 있어서 제외되어야 한다. 따라서 이 사건 과세이연 요건의 충족 여부를 판단하기 위한 3년의 기간, 즉 원고가 공장을 이전하기 위하여 이 사건 토지를 양도한 때로부터 구 조감법 시행령 제68조 제1항 제3호 소정의 유예기간인 3년이 되는 날은 2005. 6. 30.이다(가사 2002. 6. 30. 이후에도 신공장을 준공하여 사업을 개시하지 못한 것에 관하여 원고에게 아무런 귀책사유가 없다고 하더라도, 이 사건 토지에 관한 양도소득세 부과의 제척기간의 기산일은 원고가 신공장을 준공하여 새로운 사업을 개시한 날인 2007. 2. 1.이라고 할 것이므로, 제척기간 도과의 문제는 생기지 않는다).

(2) 이자상당 가산액 부과의 적법 여부

구 조감법 제71조 제2항, 제3항, 제31조 제6항, 같은 법 시행령 제28조 제9항, 제68조 제5항에 의하면, 양도소득세를 과세이연 받은 내국인이 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하거나 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 과세 이연세액 전액과 과세표준 신고기한의 다음 날부터 징수사유가 발생한 날까지의 기간 동안의 이자상당가산액을 가산하여 징수하여야 한다.

이 사건의 경우, 위 각 규정에 따른 이 사건 과세이연 받은 세액에 대한 이자상당 가산액의 기산일은 과세표준 신고기한의 다음날인 2003. 6. 1.{ = 구 조감법 제68조 제1항 제3호 소정의 유예기간인 3년의 기간(즉, 2005. 6. 30.까지) 중 첫 1년이 도래하는 연도는 2003년이므로, 2003. 5. 31.이 과세표준 신고기한이다}이고, 종료일인 징수사유가 발생한 날은 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하거나 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때인 2005. 7. 1.이다.

따라서 피고가 2003. 6. 1.부터 760일간 이자상당액을 가산한 것은 정당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 주문과 같이 판결한다.