가.청구인은 2005.1.7. 서울특별시 OOO OOOOOOOOO 잡종지1,004㎡, 357-23 잡종지 1,553㎡, 372-5 잡종지 762㎡, 378-3 잡종지 2,725㎡ 중 103/2725 지분 등 잡종지 4필지(합계3,422㎡로서이하“쟁점토지”라 한다)와 같은 동 357-4 대지 1,319㎡등 대지 2필지, 같은 동 357-20 도로 180㎡ 등 도로 2필지를 취득하였고, 2006.3.3. 같은 동 357-10 전 1,449㎡를 취득 한 후 2009.7.1. 쟁점토지를 포함한 9필지 합계잘못된 계산식㎡를 11,793,993,700원에 한국토지공사에 양도(수용)한 후, 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를적용하여 양도소득세 1,495,723,717원을 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점토지는「지방세법」상 종합합산과세대상으로서 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 해당 장기보유특별공제 193,296, 390원을 부인하여 2010.12.30. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 78,101,700원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지에 연접한 서울특별시 OOO OOO OOOOO, OOOOO 지상에는 사무실 및 창고시설로 사용되는 건축면적 805.06㎡의 경량철골 건축물이 건축되어 있고 동 건물은 송파구청장의 사용승인까지 받은 건물인데, 쟁점토지는 주차장, 사무실 비품 적치 등을 건축물 부속토지로사용되고 있으며, 양도토지 중 357-10 소재 전 1,449㎡ 및 357-20, 21소재 도로 305㎡를 제외할 경우 나머지 면적인 5,480㎡는 건축물 바닥면적에 용도지역별 적용배율(이 건의 경우는 7배)을 곱한 기준면적(5,635.42㎡) 이내이므로 모두 별도합산과세대상으로 보아 비사업용토지에서 제외하여야 함에도 사실상 현황이 아니라 공부상 지목이 잡종지에 해당되어 종합합산과세대상이라는 이유로 비사업용토지로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 잡종지로서 공부상 건축물이 없고, 상시 사업에 사용되지 않아서 사업에 필수적인 부수토지로 볼 수 없으며, 현재 있는건물은 임시사용 가건물로서 재산세는 과세되더라도 용도지역별 배율 적용시에는 이를 제외하므로 별도합산과세대상에 해당하는 당해 토지의 이용상황이 없을 뿐 아니라, 쟁점토지는 취득일 이후 양도시까지「지방세법」상 종합합산과세대상이었고 비사업용토지 여부는「지방세법」상 종합합산과세대상인지 여부로 판단하는 바, 별도합산과세대상에 해당한다는 명백한 지방자치단체 등의 자료가 없는 한 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 부인한 당초 결정은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

지목상 잡종지인 쟁점토지가 재산세 종합합산과세대상으로 비사업용토지인지 아니면 건축물 부속토지인 재산세 별도합산과세대상으로서 비사업용토지에서 제외되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표1

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

4년 이상 5년 미만

100분의 12

5년 이상 6년 미만

100분의 15

6년 이상 7년 미만

100분의 18

7년 이상 8년 미만

100분의 21

8년 이상 9년 미만

100분의 24

9년 이상 10년 미만

100분의 27

10년 이상

100분의 30

표2 (생 략)

제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

4. 농지，임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

(2) 소득세법 시행령

제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의7【토지지목의 판정】법 제104조의3의 규정을 적용함에있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

(3) 구 지방세법 제182조【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

(4) 구 지방세법 시행령 제131조의2【별도합산과세대상토지의 범위】① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

1. 특별시지역ㆍ광역시지역 및 시지역(다음 각목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지

가. 읍ㆍ면지역

나.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지

다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의하여 지정된 공업지역

2. 건축물(제1호의 규정에 의한 공장용 건축물을 제외한다)의 부속토지 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지

가.법 제182조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 토지 안의 건축물의부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지

다. (삭제, 2006.12.30.)

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

용 도 지 역 별

적용배율

도시지역

1. 전용주거지역

5배

2. 준주거지역ㆍ상업지역

3배

3. 일반주거지역ㆍ공업지역

4배

4. 녹지지역

7배

5. 미계획지역

4배

도시지역외의 용도지역

7배

제143조【재산세의 현황부과】재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지 등의 등기부등본, 당시 한국토지공사와 체결한 매매계약서, 동 공사가 발행한 보상토지내역, 수용확인원, 이 건 양도소득세 신고서 및 경정결의서 등에 의하면,

(가) 쟁점토지 포함 9필지는 아래 <표1>과 같이 2008.8.5. 개발계획승인된 OOOO 택지개발사업에 편입되어 합계 11,793,993,700원에 한국토지공사에 수용되었으며,

OOOOOOOOOO OOOO O OOO OO OO O OOOO

(OO O O, O)

(나)청구인은 당초 신고시 총 9필지 중 결손이 발생한 도로 2필지를제외한 7필지에 장기보유특별공제를 적용(합계 : 681,975,380원)하였으나, 처분청에서는 쟁점토지에 대하여 이의 적용을 배제하여이 건 과세처분을 한 사실이 심리자료 등에 나타난다.

(2) 처분청이 제출한 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 쟁점토지는 취득부터 양도까지「지방세법」상 재산세 종합합산과세대상이었고,현재에는 임시사용 가건물만 있는 잡종지로 그 이전에 건축물이 없던 토지인 바, 상시 사업에 사용하지 않아 사업에 필수적 부수토지로 볼 수 없는 등별도합산과세대상에 해당하는 토지의 이용상황이 확인되지 아니하여 재산세 종합합산과세대상인 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였는데,

청구인에 대한 2009년도분 재산세(토지) 정기분 과세내역서를 보면, 송파구청장은 청구인이 양도한 9필지 중 재산세 비과세인 도로 2필지를 제외한 7필지에 대하여 재산세를 과세하였는데, 농지(OOO OOOOOO)는 분리과세, 건물이 소재하는 대지 2필지(OOO OOOOO, OOOOO)는 별도합산과세, 쟁점토지 4필지는 종합합산과세한 사실이 나타나고, 2009년 재산세과세대상 토지 7필지의 재산세 과세표준액은3,494,906,200원이며, 소재하는 건물의 과세표준액은 합계236,039,258원이어서 토지 과세표준액의 6.75%로서 3%이상인 것으로 나타난다.

(3) 이에 대하여, 쟁점토지는 건축물 부속토지로서「지방세법」상 재산세 별도합산과세대상이므로 비사업용토지에서 제외하여야 한다고 주장하면서 청구인이 제출하는 증빙은 다음과 같다.

(가) 쟁점토지 인근 OOO OOOOO, OOOOO 소재 건물에 대한 건축물대장 및 부동산등기부등본에 의하면 위 토지 상에는 아래 <표4>와 같이 바닥면적 합계 805.6㎡인 건축물이 존재하고 있었던 바, 「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제131조의2 제2항이 규정한 도시지역 내 녹지지역에 대한 적용배율(7배)을 적용하여 산출한 건축물 부속토지는 5,635.42㎡이고, 쟁점토지 및 건물소재 대지(합계 5,480㎡)는 그 범위내에 있으므로 이를 건축물 부속토지로인정하여야 한다는 주장이다.

OOOOOOOOOO OOOO OO OO OO OO OOO OO

(나) 쟁점토지의 실제 이용현황과 관련하여 청구인이 제출한 증빙에는 다음 사실이 나타난다.

1) (주) OO상사가 2011.4.22. 제출한 확인서에는 2005.1.7.～2009.7.1.까지 청구인으로부터 쟁점토지(잡종지 4필지)와 OOO OOOOO, OOOOO 소재 토지(대지 2필지)를 임차하여 주차장과 상품적치장 등으로 점유·사용한 사실이 있다는 내용이 기재되어 있는데, 동 법인 등기부등본에는2005.8.30. OOO OOOOO로,2005.12.1. 1OOO OOOOO으로 본점을 이전한 사실이 기재되어 있다.

2) 2004.10.17. 촬영한 항공사진 및 2009.3.26. 촬영한 쟁점토지 및 건물사진 등에는 동 사진 촬영시점에 쟁점토지가 건축물이 소재한 토지와 연접한 상태에서슬라브담으로 둘러쌓여서 건축물을 위한 주차장등으로 사용되고 있는 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 지목이 잡종지인 쟁점토지는 그 이용현황이 건축물 부속토지로서「지방세법」상 재산세 별도합산과세대상이므로 이를 비사업용토지에서 제외하여야 한다고 주장하고 있는 바,

(가) 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것이므로, 여러 필지의 토지가 하나의 지상정착물의 부속토지가 될 수 있는 반면, 1필지의 토지라도 그 일부가 지상정착물의 효용과 편익을 위해서가 아니라 명백히 별도의 용도로 사용되고 있는 경우에는그 부분은 지상정착물의 부속토지라고 볼 수 없다고 할 것인 바(대법원 1995.11.21. 선고 95누3312),

(나) 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제168조의6 제2호 등에 의하면, 청구인이 약 4년 6개월 소유한 쟁점토지를 비사업용토지로 보기 위해서는 그 소유기간에서 3년을 차감한 기간, 직전 3년 중 1년을 초과한 기간, 소유기간의 20%에 상당하는 기간이 모두 재산세 종합합산과세대상으로서 별도합산 또는 분리과세대상이 아니어야 하는 바, 쟁점토지를 관할하는 송파구청장은 쟁점토지를 취득시부터 양도시까지 전 기간 재산세 종합합산과세대상으로 보았고, 위에서 본 바와 같이 비록 쟁점토지가 인근 토지에 소재한 건물의 부속토지로서 사용되었다고 하더라도 청구인이 그 사용기간을 특정할 수 있는 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있으므로 이를 이유로 하여 비사업용토지가 아니라고 단정할 수 없으며, 아울러 청구인이 관할 지방자치단체가 재산세 종합합산과세대상으로 본 과세처분에 대하여 불복을 제기하지 아니하여 동 과세처분이 확정된 이상 그 지목이 잡종지인 쟁점토지는 재산세 종합합산과세대상으로서 보아야 할 것이다.

(다) 따라서, 쟁점토지를 재산세 종합합산과세대상으로 보아 비사업용토지로 하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.