1. 2000년 1기 ～ 2001년 2기 부가가치세 과세기간O에 청구법인이 “OO물산” 양OO으로부터 매입한 금액 OOO,OOO,OOO원과 “OO수산” 조OO으로부터 매입한 금액 OOO,OOO,OOO원의 합계 OOO,OOO,OOO원에 대하여 의제매입세액을 공제하고,

2. 청구법인이 103분의 3의 의제매입세액공제율을 적용하여 신고한 2000년 1기 및 2000년 2기의 의제매입세액은 105분의 5의 의제매입세액공제율을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 1971.9.28.부터 고급음식점업(음식 및 숙박업)을 영위하는 법인으로서, 2000.1.1. ～ 2001.12.31. 기간O 부가가치세의 면제를 받아 총 O,OOO,OOO,OOO원의 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 한다)을 매입하고 2000년 1기 예정 ～ 2001년 2기 확정 부가가치세 과세기간O 총 OO,OOO,OOO원의 의제매입세액을 공제받았다.

처분청은 청구법인이 청구외 OO물산 양OO, OO수산 조OO, (주)OOOO용품센타, O에이스, OO상회, OO피아, OO식품, OO통상으로부터 면세농산물등을 매입하였으나 매입한 금액O OOO,OOO,OOO원에 대하여는 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니하고 의제매입세액공제신고서만을 제출하였음을 확인한 다음 위 매입액 OOO,OOO,OOO원에 대한 의제매입세액 OO,OOO,OOO원을 불공제하고 2002.12.13. 청구법인에게 부가가치세 2000년 1기분 O,OOO,OOO원, 2000년 2기분 OO,OOO,OOO, 2001년 1기분 OO,OOO,OOO원, 2001년 2기분 OO,OOO,OOO원, 합계 OO,OOO,OOO원을 경정고지하였다.

O OOOOO OO OOOOOOOOO OO O OOOO

청구법인은 이에 불복하여 2003.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 지불전표, 무통장입금표 등에 의하여 청구법인이 면세농산물등을 매입한 사실이 입증되고 쟁점매입액O OO물산 양OO(이하 “OO물산”이라 한다)으로부터 매입한 OOO,OOO,OOO원과 OO수산 조OO(이하 “OO수산”이라 한다)으로부터 매입한 OOO,OOO,OOO원은 매입계산서를 교부받은 사실이 OO물산과 OO수산 대표자의 확인서 및 인감증명서, 매입계산서교부내역 및 매입계산서 사본 등에 의하여 확인될 뿐만 아니라 청구법인이 부가가치세신고시 제출한 의제매입세액공제신고서에 매입처별계산서합계표상의 기재사항이 다 포함되어 있기 때문에 청구법인이 실질적으로는 동 합계표를 제출한 것으로 볼 수 있는 것임에도 동 합계표를 제출하지 아니하였다고 하여 의제매입세액의 공제를 부인한 당초처분은 부당하다. 이 건 심판청구시 청구법인은 OO물산과 OO수산 이외의 매입처들로부터의 매입에 대한 의제매입세액불공제처분에 대하여는 당초주장을 취하하였다.

(2)청구법인이 2000년 1기 및 2000년 2기 부가가치세신고시 착오로 103의 3의 의제매입세액공제율을 적용하여 의제매입세액을 공제받았으나,2000.3.31. 개정된 부가가치세법시행령은 2000.3.31. 이후에 신고하는 분부터는 의제매입세액공제율 105분의 5를 적용하는 것으로 규정하고 있는 바, 과세관청이 납세의무자가 신고한 내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 과세표준과 세액을 증액경정하는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃고 그 효력이 소멸되어 납세의무자는 당초 신고하거나 결정된 과세표준에 대하여도 취소를 청구할 수 있는 것이므로105분의 5의 동 공제율에 따라 청구법인의 2000년 1기 및 2000년 2기의 의제매입세액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 부가가치세 관련법령에 의하면 의제매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 “ 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조의 규정에 의한 합계표”와 “여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표 또는 직불카드영수증”을 제출하여야 하는 바 동 규정에 의한 매입처별계산서합계표의 제출은 면세사업자의 과세표준양성화를 도모하기 위하여 규정한 법정요건이므로 매입계산서를 수취하지 아니하여 합계표를 제출하지 아니한 청구법인에 대하여 의제매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없고, 청구법인은 OO물산과 OO수산으로부터의 매입금액에 대하여는 매입계산서를 교부받았다고 주장하고 있으나다른 매입거래에 대하여는 대부분 매입계산서를 받은 것으로 하여 합계표를 제출하면서도 OO물산과 OO수산과의 거래에 대하여는 청구법인과 OO물산 및 OO수산이 모두 매입처별 및 매출처별계산서합계표를 제출하지 아니한 점, 다수 거래에 대하여 다수 기간 동안 여러 사업자가 일치되게 모두 동 합계표를 제출하지 아니하였다는 것은 이 건 거래에 대하여 계산서를 수수하지 않는 경우에나 가능한 것이라는 점 등의 경험칙으로 보아 청구법인이 OO물산과 OO수산으로부터 매입계산서를 교부받지 않았다고 보는 것이 타당한 바 이와 같이 매입계산서조차도 받지 아니한 경우에까지 의제매입세액을 공제할 수는 없는 것이므로 당초처분은 정당하다.

(2) 이 건 과세처분은 의제매입세액공제를 부인한 처분이지 의제매입세액공제율의 적용과 관련한 처분이 아니므로 불복대상이 존재하지 않는 바 각하되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건의 쟁점은 (1) 청구법인이 OO물산과 OO수산으로부터 면세농산물등을 매입하고 의제매입세액공제신고서는 제출하였으나 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니하여 의제매입세액을 불공제한 처분의 당부와 (2) 청구법인이 2000년 1기 및 2000년 2기 부가가치세신고시 의제매입세액공제율을 3/103으로 하였으나 처분청이 당해 과세기간의 과세표준을 증액경정한 경우 2000.3.31. 이후 신고분부터 적용되는 의제매입세액공제율 105분의 5에 의하여 청구법인의 의제매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다..

나. 관련 법령

<부가가치세법, 1999.12.28. 법률 제6049호로 개정된 것 >

제17조(납부세액) ③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

④ 제3항의 규정은 사업자가 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

<부가가치세법시행령, 1998.12.31. 대통령령 제15973호로 개정된 것 >

제62조 (의제매입세액계산) ③ 법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별계산서합계표 또는 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조의 규정에 의하여 교부받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류)을 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

<부가가치세법시행령, 1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정된 것 >

제62조(의제매입세액계산) ① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것을 포함한다. 이하 "면세농산물등"이라 한다)의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조의 규정에 의한 매입처별계산서합계표

2. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표 또는 직불카드영수증

3. 제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류

<부가가치세법시행규칙, 2000.3.31. 재정경제부령 133호로 개정된 것 >

제19조(의제매입세액계산) ① 영 제62조 제1항에서 "재정경제부령이 정하는 율"이라 함은 103분의 3(음식업의 경우에는 105분의 5)을 말한다.

부칙 제3조(의제매입세액공제율 등에 관한 적용례) 제19조 제1항 및 제20조 제7항의 개정규정은 이 규칙 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.

<소득세법, 1999.12.28. 법률 제6051호로 개정된 것 >

제78조(사업장 현황보고) 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업장의 현황을 과세기간 종료후 31일 이내에 사업장소재지 관할세무서장에게 신고(이하 “사업장현황신고”라 한다)하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.

제163조(계산서의 작성·교부등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

③ 사업자는 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 교부하였거나 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 "매출·매입처별계산서합계표"라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 사업장소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

<소득세법시행령, 1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 것 >

제211조(계산서의 작성·교부) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그O 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭

3. 공급가액

4. 작성년월일

5. 기타 참고사항

제212조(매출·매입처별계산서합계표의 제출 등) ① 사업자는 법 제78조의 규정에 의한 기한내에 재정경제부령이 정하는 매출·매입처별계산서합계표를 제출하여야 한다. 이 경우 매출·매입처별계산서합계표에는 제211조 제5항의 규정에 의하여 계산서를 교부한 것으로 보는 것을 포함하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 지불전표, 무통장입금표사본, 매입계산서사본, OO물산과 OO수산의 종합소득세과세표준 수정신고서 및 대표자의 확인서 등과 처분청의 전산자료 및 결의서 등에 의하면 다음의 사실이 확인된다.

(가)청구법인이 제출한 지불전표, 무통장입금표사본 등에 의하면 2000.1.1. ～ 2001.12.31. 기간O에 청구법인이 OO물산으로부터 OOO,OOO,OOO원과 OO수산으로부터 OOO,OOO,OOO원, 합계 OOO,OOO,OOO원의 면세농산물등(이하 “쟁점면세농산물매입액”이라 한다)을 매입한 사실이 확인되며 이에 대하여 다툼이 없다.

(나) 매입처별계산서합계표의 법정서식과 청구법인이 제출한 의제매입세액공제신고서를 비교하여 보면, 동 합계표에는공급받는 자의 상호, 사업자등록번호, 대표자성명, 사업장소재지, 거래기간, 작성일자, 공급자의 상호, 사업자등록번호, 매입금액, 계산서매수를 기재토록 되어 있고, 동 신고서에는 계산서매수를 기재하는 란은 없으나공급받는 자의 상호, 사업자등록번호, 대표자성명, 사업장소재지, 공급일자, 작성일자, 공급자의 상호, 사업자등록번호, 매입금액을 기재하도록 되어 있을 뿐만 아니라 동 합계표에는 기재란이 없는품명, 수량, 공급자의 주소까지도 기재하도록 되어 있다.

(다) 청구법인은 처분청의 담당자가 면세농산물등을 매입하고 계산서 등을 교부받아 의제매입세액공제신고서를 제출하는 경우에도 의제매입세액을 공제를 받을 수 있다고 하여2000.1.1. ～ 2001.12.31. 기간에 대한 부가가치세신고시 계속하여 동 신고서만을 제출하였으며 신고서를 제출한 후 처분청으로부터 매입처별계산서합계표를 제출하라는 구두 또는 서면요구도 없어 당연히 의제매입세액이 공제되는 것으로 알았기 때문에 동 합계표를 제출하지 아니한 것이라고 주장하고 있다.

(라) OO물산과 OO수산 대표자는 OO물산과 OO수산이 쟁점면세농산물매입액을 청구법인에게 공급하고 대금을 전액 영수하였으며 계산서를 교부하였다고 인감증명서를 첨부하여 확인하고 있을 뿐만 아니라 OO수산은 2002.12.27., OO물산은 2003.3.11. 쟁점면세농산물매입액에 대한 매출처별계산서합계표를 제출하면서 해당사업연도에 대한 종합소득세과세표준을 수정신고·납부하였으며, 청구법인도 이들로부터 매입당시에 교부받았다는 매입계산서 사본을 제출하고 있다. 이에 대하여 처분청은 객관적인 증빙은 제시하지 않고 경험칙으로 청구법인이 쟁점면세농산물을 매입할 당시에 매입계산서를 교부받지 아니하였다고 보고 있다.

(2) 청구법인이 OO물산과 OO수산으로부터 쟁점면세농산물등을 매입하고 의제매입세액공제신고서는 제출하였으나 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 의제매입세액을 공제할 수 있는지 여부에 대하여 본다.

(가) 의제매입세액공제제도는 O간단계에 면세를 적용하고 그 후의 거래단계에서 과세함으로 인한 누적효과를 완화하고 최종소비자의 세부담을 경감하기 위한 제도이므로 실질적으로 청구법인이 쟁점면세농산물을 매입한 사실이 있는지 여부가 O요하다고 할 것인 바 청구법인이 제시하는 증빙에 의하면 쟁점면세농산물을 매입하고 대금을 지급한 사실이 확인되며 이에 대하여 처분청과 다툼이 없다.

(나)OO물산과 OO수산 대표자가 거래당시에 계산서를 교부하였다고 인감증명서를 첨부하여 확인하고 있을 뿐만 아니라 쟁점면세농산물매입액에 대한 매출처별계산서합계표를 제출하면서 해당사업연도의 종합소득세과세표준을 수정신고·납부하였고 청구법인도 이들로부터 매입당시에 교부받았다는 매입계산서 사본을 이 건 심판청구시 제출하고 있는 상황에서 객관적인 증빙은 제시하지 않고 경험칙으로 볼 때 쟁점면세농산물을 매입할 당시에 청구법인이 매입계산서를 교부받지 아니하였다는 처분청의 주장은 그 근거가 부족한 것으로 보여진다.

(다) 그렇다면, 소득세법시행규칙상의 별지서식 “매입처별합계표”를 보면 공급받는 자의 상호, 사업자등록번호, 대표자성명, 사업장소재지, 거래기간, 작성일자, 공급자의 상호, 사업자등록번호, 매입금액, 계산서매수를 기재토록 되어 있고, 청구법인의 “의제매입세액공제신고서”를 보면공급받는 자의 상호, 사업자등록번호, 대표자성명, 사업장소재지, 공급일자, 작성일자, 공급자의 상호, 사업자등록번호, 매입금액을 기재하고 있을 뿐만 아니라 매입처별계산서합계표에는 기재할 필요가 없는품명, 수량, 공급자의 주소까지도 기재하도록 되어 있는 바, 청구법인이 부가가치세법시행령 제62조 제3항 제1호에서 요구하는 매입처별계산서합계표를 제출한 것이 아니라 제3호에서 정한 의제매입세액공제신고서를 제출한 이 건의 경우 청구법인이 쟁점면세농산물을 매입한 사실에 다툼이 없고 동 매입사실이 의제매입세액공제신고서에 나타날 뿐만 아니라 청구법인이 제출해야 하는 매입처별계산서합계표상의 기재사항이 의제매입세액공제신고서의 신고내용에 다 포함되어 있다면, 청구법인은 실질적으로 매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 단순히 그 제출서류의 형식을 문제삼아 OO물산 및 OO수산으로부터의 쟁점면세농산물매입액에 대하여 의제매입세액의 공제를 부인한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(국심2002서677, 2002.7.29. 같은 뜻).

(라) 따라서, 2000년 1기 ～ 2001년 2기 부가가치세 과세기간O에 청구법인이 OO물산 및 OO수산으로부터 매입한 쟁점면세농산물(각 OOO,OOO,OOO원과 OOO,OOO,OOO원의 합계 OOO,OOO,OOO원)에 대하여 의제매입세액을 불공제한 처분은 이를 취소함이 타당하다 하겠다.

(3) 청구법인이 2000년 1기 및 2000년 2기 부가가치세신고시 의제매입세액공제율을 103분의 3으로 하여 신고하였으나 당해 과세기간의 과세표준을 처분청이 증액경정하였으므로 흡수설에 근거하여 2000.3.31. 이후 신고분부터 적용되는 의제매입세액공제율 105분의 5에 의하여 청구법인의 의제매입세액을 공제하여야 하는지 여부에 대하여 본다.

(가) 과세관청이 납세의무자의 과세표준 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 증액경정하는 경우 증액경정처분은 당초 신고하거나 결정된 과세표준과 세액을 그대로 두고 탈루부분만을 추가하는 것이 아니라 증액부분을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃고 그 효력이 소멸되어 납세의무자는 그 증액경정처분만을 청구대상으로 하여 당초 신고하거나 결정된 과세표준 및 세액에 대하여도 함께 취소를 청구할 수 있다 할 것이다(OOOOOOOOOO, 2002.8.23. ; 국심2002서2942, 2003.1.24. 같은 뜻).

(나) 따라서, 부가가치세법시행규칙(2000.3.31. 재정경제부령 133호로 개정된 것) 제19조(의제매입세액계산) 제1항은 음식업의 경우에는 105분의 5의 의제매입세액공제율을 적용하고 부칙 제3조(의제매입세액공제율 등에 관한 적용례)에서 제19조 제1항의 개정규정은 이 규칙 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구법인이 2000년 1기 및 2000년 2기 부가가치세신고시 의제매입세액공제율을 103분의 3으로 하여 신고하였으나, 이 건의 경우 처분청이 청구법인이 당초 신고한 세액을 그대로 두고 탈루부분만을 추가한 것이 아니라 증액부분을 포함시켜 전체로서 하나의 세액을 다시 결정한 것으로 보여지므로 청구법인이 103분의 3의 의제매입세액공제율에 의하여 2000년 1기 및 2000년 2기의 의제매입세액을 공제받았으나 위 개정된 부가가치세법시행규칙의 규정에 따라 105분의 5의 의제매입세액공제율을 적용하여 청구법인의 의제매입세액을 공제하여야 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다