2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 양도소득세의 납부경위

원고는 행정중심복합도시건설 예정지역 내의 토지인 별지 목록 기재 부동산(이하 ′이 사건 부동산′이라고 한다)을 2006. 7. 25.자로 ○○토지공사에게 양도하고 2006. 8. 21. ○○세무서장에게 2006년도 공시지가를 기준으로 양도가액을 계산하여 그에 따른 양도소득세 40,220,240원과 주민세 4,022,020원을 납부하였다.

나. 양도소득세 경정청구 경위 및 그 결과

(1) 원고는, 원고의 처 ○○○가 2003. 12. 20.경 원고에게 그 용도를 제대로 알리지 않고 원고의 인감도장을 받아 가 이 사건 각 부동산에 관하여 2003. 12. 23. 원로로부터의 증여를 원인으로 하여 2003. 12. 24.자로 각 ○○○의 소유로 소유권이전등기 해버렸다는 이유로, 2006. 3. 7. ○○○를 상대로 이 법원 2006가단 ○○○○○호로 소유권말소등기청구소송을 제기하여 2006. 6. 16. 변론을 거치지 않고 승소판결을 받았고, 위 판결은 2006. 6. 28. ○○○의 항소포기로 확정되었으며, 원고는 위 판결에 기하여 2006. 7. 4자로 이 사건 부동산에 관한 ○○○ 명의의 각 소유권이전등기를 말소하였다.

(2) 건설교통부가 2006. 6. 28.자로 결정한 공시지가에 따른 양도소득세 산출 지침에 따르면 부동산의 매매시기가 2006. 5. 31. 이전일 경우에는 당해 부동산의 2005. 1. 1.자 공시지가를 기준으로, 2006. 6. 1. 이후일 경우에는 당해 부동산의 2006. 1. 1.자 공시지가를 기준으로 양도소득세를 산출하도록 되어 있다.

(3) 원고는, ○○○가 위와 같이 임의로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐 버린 것을 2006. 2.초순경에야 비로소 알게 되어 소송을 통하여 이를 회복하기로 하여 2006. 7. 4.이 되어서야 소유권말소등기절차를 마치게 되었으므로, 이 사건 부동산은 원래 원고의 소유임에도 이러한 불가항력적인 사유에 의해 2006. 5. 31. 이전에 ○○토지공사와 협의매매절차를 이행하지 못하게 된 것이므로, 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세 계산은 2005. 1. 1.자 공시지가가 기준이 되어야 하며 그 액수는 539,000원이라고 주장하면서 ○○세무서장을 상대로 양도소득세 경정청구를 하였는데, ○○세무서장은 2006. 12. 8.자로 원고에게 "귀하께서 2006. 10. 13. 양도소득세 경정청구하신 사항은 당초 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 정하는 양도시기를 적용하여 적법하게 신고납부한 것으로 당초 신고납부 사항에 대하여 경정하여야 할 이유가 없음을 알려드리니 양지하시기 바랍니다"라는 내용의 양도소득세 경정청구 처리결과 통보를 하였다.

다. 이 사건 부동산에 관하여는 각 2006. 7. 14. 공공용지의 협의취득을 원인으로, ○○지방법원 ○○○등기소 2006. 7. 25. 접수 제31203호로 ○○토지공사 앞으로 소유권 이전등기가 마쳐졌고, 원고에게는 2006. 7. 27.경 보상액 780,000,000원 상당이 지급되었다.

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 3호증, 갑4호증의 1 내지 3호증, 갑 5, 6호증이 각 1내지 5, 갑 7호증의 1, 2, 갑 8호증, 갑 9호증, 갑 10, 11, 12호증의 각 1, 2, 갑 13, 14호증, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지 및 판단

가. 원고 주장의 요지

원고는 ○○○가 위와 같이 임의로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐 버린 것을 2006. 2.초순경에야 비로소 알게 되어 2006. 7. 4.이 되어서야 소송을 통하여 소유권말소등기절차를 마치게 되었으므로, 2006. 5. 31. 이전부터 원고의 소유이던 이 사건 부동산에 관하여 그 불가항력적인 사유에 의해 2006. 5. 31. 이전에 ○○토지공사와 협의매매절차를 이행하지 못하게 된 것이므로, 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세의 계산은 2005. 1. 1.자 공시지가가 기준이 되어야 하며 그 액수는 593,429원(양도소득세 539,481+주민세 53,948원)이다. 따라서 피고는 원고가 이미 납부한 세액 44,242,260원에서 593,429원을 뺀 43,648,831원을 부당이득하고 있는 셈이므로, 원고에게 이를 반환하여야 한다.

나. 판단

살피건대, 양도소득세를 계산하는 근거가 되는 소득세법 제98조와 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호에 의하면 이 사건과 같이 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 양도소득세 산정의 근거일이다. 따라서 원고가 이 사건 부동산에 관한 ○○토지공사 명의의 소유권이전등기의 접수일 무렵을 기준일로 하여 양도소득세를 납부한 것은 특별한 사정이 없는 한 정당하다고 할 것이고, 원고가 주장하는 사유가 위 규정의 적용을 배제할 만한 불가항력적인 사유에 해당한다는 원고의 주장은 근거가 없다.

또한 양도소득세와 같은 신고납세방식의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고(과세관청은 납세의무자로부터 신고가 없는 경우에 한하여 비로소 부과처분에 의하여 이를 확정하게 된다), 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며, 국가는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다 할 것인바, 앞서 본 이 사건 양도소득세 신고 및 납부행위의 동기 및 경위, 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기 및 그 말소의 경위 등에 비추어 볼 때, 이 사건 양도소득세 신고 및 납부행위의 하자가 중대하다거나 명백하다고는 보기 어렵다고 할 것이므로, 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 결 론

따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.