원심판결 이유에 의하면, 원심은, 원고는 1985. 2. 7. 판시와 같은 토지와 건물(이하 구 공장이라 한다)을 취득하여 공장으로 사용하여 오다가 1990. 4. 13. 소외 회사에 이를 대금 3,349,850,000원에 양도하고, 1991. 3. 30. 피고에게 1990 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 구 공장의 양도는 원고의 골프장 영업을 영위하기 위한 것으로서 위 양도소득에 대한 특별부가세는 구 조세감면규제법(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되기 전의 것, 이하 같고 조감법이라고만 한다) 제67조의13의 규정에 의한 면제대상이 된다 하여 특별부가세 금 696,510,354원의 면제신청을 한 사실, 한편 원고는 골프장 부지로 사용할 목적으로 1988. 4. 13.부터 1990. 4. 12.까지 사이에 판시와 같은 66필지 토지 및 1990. 4. 13.부터 1993. 4. 13.까지 사이에 판시와 같은 7필지 토지를 매수하는 한편 1992. 12. 28. 골프장 건설공사에 착공하여 1995. 6. 24. 준공검사를 마친 사실, 피고는 원고가 위 대체취득 토지를 구 공장 양도일로부터 3년 이내에 법인의 업무용으로 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 원고에게 특별부가세 금 913,055,420원을 추징한 사실을 인정한 다음, 원고가 위 대체취득 토지를 골프장업의 업무용으로 직접 사용한 시점은 골프장 건설공사 착공일인 1992. 12. 28.로 보아야 할 것이므로 원고는 구 공장 양도일인 1990. 4. 13.로부터 3년 이내에 대체자산을 취득하여 이를 원고의 업무용으로 직접 사용하였다 할 것이고, 위 대체취득 토지 중 판시 순번 제1 내지 72의 각 토지취득에 대하여는 취득명세서 등을 제출하여 면제의 절차적 요건을 갖추었다고 할 것이나, 판시 순번 제73의 토지에 대하여는 그 취득명세서를 제출하지 아니하여 면제의 절차적 요건을 갖추었다고 할 수 없으므로 이 사건 특별부가세는 위 순번 제1 내지 72의 각 토지취득과 관련된 부분에 한하여 면제되고, 또한 원고 주장의 취득 부대비용, 분묘이장비, 골프장 조성비, 농지전용 부담금, 대체조림비, 골프장 토목공사 대금 등 비용에 대하여도 원고가 이에 관한 취득명세서를 제출하였다고 볼 만한 아무런 증거도 없다 하여 위 순번 제1 내지 72의 토지의 취득대금만을 구 조감법시행령(1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의11 제3항 규정에 따라 합당하게 사용된 금액으로 보아 산출한 특별부가세액 금 222,862,890원을 초과하는 이 사건 추징처분 부분을 취소하였다.

조감법 제67조의13 제1항은 법인이 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고, 제4항은 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있고, 그에 따라 조감법시행령 제55조의11 제4항은 법 제67조의13 제1항 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지 등의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 하며, 새로운 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 때에는 그 취득일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 취득명세서 등을 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 한편 조감법 제67조의13 제2항은 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다고 규정하면서 제1호에서 대통령령이 정하는 바에 의하여 고정자산을 취득하지 아니한 때를, 제2호에서 고정자산을 취득한 후 2년 이내에 당해 사업을 폐업한 때를, 제3호에서 고정자산을 취득한 후 2년 이내에 당해 고정자산을 처분한 때를 들고 있고, 조감법시행령 제55조의11 제3항은 법 제67조의13 제1항 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지 등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지 등의 양도일로부터 3년 이내에 토지·건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있으며, 제5항은 법 제67조의13 제2항의 규정에 의하여 추징할 세액의 계산은 다음 각 호에 의한다고 규정하면서, 제1호에서 위 제3항의 요건을 갖추지 아니한 경우에는 '면제세액×(제3항의 규정에 의하여 사용하지 아니한 금액/토지 등의 양도가액)'으로 한다고 규정하고 있다[구 법인세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 삭제되기 전의 것, 이하 같다) 제124조의6 제3항, 제5항의 규정 내용도 위 조감법시행령 제55조의11 제3항, 제5항의 규정 내용과 같다].

위 조감법 제67조의13 제2항 소정의 추징처분은 특별부가세를 면제받은 자가 당초 면제받은 취지에 합당한 사용을 하지 않은 것을 요건으로 한 처분으로서 본래의 특별부가세 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 조감법상의 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수는 없다고 할 것인바 (대법원 1992. 4. 28. 선고 91누8487 판결, 1996. 10. 15. 선고 96누8109 판결 등 참조), 위 조감법 규정에 의하면 취득명세서의 제출은 특별부가세 면제의 절차적 요건으로 볼 여지가 있음은 별론으로 하고, 그 부제출이 추징요건이 된다고 볼 근거는 없으므로 당초 추징요건에 해당하지 아니하는 합당한 자산의 취득이나 비용의 지출에 대하여 취득명세서를 제출하지 아니하였다 하여 이를 추징요건에 해당하는 것과 동일하게 취급하여 추징처분의 위법 여부를 판단할 수는 없다 고 할 것이다.

따라서, 원심이 확정한 바와 같이, 이 사건 대체취득 토지가 구 공장의 양도일로부터 3년 이내에 원고 법인의 업무용으로 직접 사용된 것이라면, 그에 대한 취득명세서 제출 여부에 관계없이 그 취득대금 및 취득 부대비용은 모두 조감법시행령 제55조의11 제3항 규정에 따라 합당하게 사용된 금액으로 보아 이 사건 추징처분의 위법 여부를 판단하여야 할 것임에도, 이와 달리 판단한 원심은 추징 요건에 관한 법리를 오해한 위법을 저지른 것이라 할 것이다. 이 점을 지적하는 취지의 상고이유 부분은 이유가 있다.

2. 피고의 상고이유를 본다.

가. 제1점에 대하여

구 법인세법시행령 제124조의6 제3항 단서 소정의 '업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치'라 함은 '향후 업무용으로 직접 사용할 토지·건물 또는 기계장치'를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로(대법원 1995. 12. 22. 선고 95누2746 판결 참조), 이와 같은 취지의 원심 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 부분 상고이유는 받아들일 수 없다.

나. 제2점에 대하여

상고이유의 요지는, 원고가 이 사건 구 공장의 양도 이전에 취득한 66필지 토지에 대하여는 그 취득일이 속하는 사업연도(1988 및 1989 사업연도)의 법인세 과세표준신고서 제출기한까지 취득명세서 및 양도계획서를 제출하지 아니하여 면제의 절차적 요건을 갖추었다고 할 수 없으므로 면제세액 중 위 토지의 취득대금에 상응하는 부분은 추징되어야 한다는 취지이나, 앞서 본 바와 같이 면제의 요건을 갖추지 못하였다 하더라도 이를 추징요건을 갖춘 것과 동일하게 볼 수는 없으므로 이 부분 상고이유도 받아들일 수 없다.

3. 그러므로 원고의 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하여 이 부분 사건을 원심법원에 환송하고, 피고의 상고를 기각하며, 상고기각된 부분의 상고비용은 피고의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.