2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고의 아버지인 이AA는 2003년 이전부터 원고 및 이AA와 특수관계자인 유한회사 XX화랑(이하 'XX화랑'이라 한다)에게 그 소유의 서울 XX구 XX동 112-25 대 41.5㎡, 같은 동 112-60 대 65.9㎡(이하 '이 사건 각 토지'라 한다)를 임대해 왔고, XX화량은 이 사건 각 토지 및 같은 동 112-47 대 7.6㎡(이하 '이 사건 각 토지와 함께 '이 사건 각 토지 등'이라 한다) 등 3필지 위에 지하 1층, 지상 12층, 연면적 1,282.05㎡ 규모의 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 1970. 6. 3. 이에 관한 소유권보존등기를 마친 다음, 그 무렵부터 이 사건 건물을 제3자에게 임대해 왔다.

나. 이AA가 2006. 8. 28. 사망하자, 원고는 공동상속인들과 합의하여 상속재산인 이 사건 각 토지 중 각 18/100 지분을 소유하기로 한 다음, 2007. 2. 6. 이 사건 각 토지 에 관하여 위와 같은 내용으로 협의분할에 의한 상속을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 피고는, XX화랑이 제3자로부터 받은 이 사건 각 토지 등과 건물에 대한 총 임대료를 이 사건 각 토지 등의 각 개별공시지가와 이 사건 건물의 기준시가의 비율에 따라 안분계산하는 방법으로 이 사건 각 토지에 대한 임대료의 시가를 산정한 다음, 이AA 또는 원고를 비롯한 일부 공동상속인들이 그 특수관계에 있는 XX화랑에게 이 사건 각 토지를 저가로 임대하여 토지임대소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 구 소득세법 제41조(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)를 적용하여 2009. 2. 10. 원고에 대하여 2007년도 귀속 종합소득세 2,602,370원의 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

라. 피고는, XX화랑이 제3자로부터 받은 이 사건 각 토지 등과 건물에 대한 전체 임대료 수입금액에서 그 임대차계약서에 임대료와 구분하여 약정한 관리비(전기료, 수도료, 청소비, 오물수거비 등)를 제외한 나머지 금액을 기준으로 순수 임대료를 148,425,750원으로 산정한 다음, 그 순수 임대료를 이 사건 건물의 기준시가와 그 대 지인 이 사건 각 토지 등의 각 개별공시지가와 그 면적을 곱한 금액의 비울에 따라 안분계산하여 이 사건 각 토지 등에 대한 임대료를 구한 다음, 다시 위 금액에서 이 사건 각 토지 등의 각 개별공시지가비율에 따라 안분계산하여 이 사건 각 토지에 대한 임대료를 산정하였다. 그 결과 이 사건 각 토지와 이 사건 건물이 5:1 내지 6:1 정도의 비율이다(이 사건 각 토지의 개별공시지가와 면적을 곱한 금액, 이 사건 건물의 기준시가는 아래 표 기재와 같다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2009. 6. 23. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3, 5, 8호증, 을 1, 2호증(이상 가지번호 포 함), 을 3호증의 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

피고는 XX화랑이 이 사건 각 토지 등과 건물을 임대하고 제3자로부터 받은 임대료 전액에서 이 사건 건물의 직접관리비만을 공제한 금액을 이 사건 각 토지 등과 건물에 대한 임대료로 보고, 이를 이 사건 각 토지 등의 각 개별공시지가와 이 사건 건물의 기준시가의 비율로 안분하였다. 그러나 ① XX화랑이 제3자로부터 받은 임대료는 XX화랑이 제3자로부터 받은 임대료 전액에서 이 사건 건물의 직접관리비뿐만 아니라 인건비 등의 간접관리비도 제외하여야 비로소 이 사건 각 토지 등과 건물에 대한 임대료가 되는 것이고, ② 이 사건 각 토지 일대는 개발이 제한되어 있고 토지나 건물의 매매도 거의 이루어지지 않기 때문에 토지의 개별공시지가나 건물의 기준시가가 토지와 건물의 실제가치를 반영하지 못하고 있으므로 이를 기준으로 안분하는 방법이 타당하다고 할 수 없다. 따라서 위와 같이 계산한 금액을 이 사건 각 토지의 임대료의 시가로 보고 부당행위계산 부인의 규정을 적용하여 세액을 결정한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

XX화랑이 제3자로부터 받은 임대료는 정상적인 거래로 인하여 형성된 시가로 볼 수 있고, 그 임대료에서 임대차계약서에 구분하여 약정한 관리비를 제외하였으므로, 이를 이 사건 각 토지의 임대료 산정을 위한 일응의 기준으로 삼은 것은 정당하고, ② 위와 같은 임대료를 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 각 토지 등의 각 개별공시지가를 기준으로 안분하는 것은 토지와 건물에 대한 임대료가 구분되지 않은 경우의 합리적인 구분방식이며, 이 사건의 경우에 이와 같이 계산한 이 사건 건물의 임대료가 XX화랑이 지출한 비용보다 낮아서 XX화랑에게 순수익이 발생하지 않은 이유는 원고를 비롯한 종업원에 대한 인건비 등이 과다하게 지출되는 등 경영상 사유로 인한 것 일뿐, 위와 같은 계산 방식이 불합리하기 때문이 아니다. ③ 설령 이 사건 각 토지와 건물에 대한 감정가액에 따른 비율에 비추어 이 사건 각 토지의 개별공시지가와 이 사건 건물의 기준시가가 시가를 제대로 반영하지 못하는 등 그에 따른 안분이 불합리하다고 하더라도, 관련 사건에서 감정한 이 사건 각 토지와 건물에 대한 감정가액을 기준으로 재계산한 세액의 범위 내에서는 정당하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 먼저, 이 사건 각 토지의 임대료를 산정하기 위한 일응의 기준으로 삼은 이 사건 각 토지 등과 건물에 대한 임대료 산정 방법에 관하여 보건대, 특수관계에 있지 않은 제3자와 사이에 체결된 임대차계약의 임대보증금이나 윌 임대료 등은 통상 당해 재산의 사용권에 대한 객관적인 교환가치에 따라 정해지는 것이므로 그러한 금액이 비교 적 시가에 가장 근접하다고 볼 수 있는바, 이와 같은 관점에서 피고가 XX화랑과 특수관계에 있지 않은 제3자 사이의 임대차계약에서 정한 바에 따라 이 사건 각 토지 등 과 건물의 임대료 전액에서 관리비를 제외한 금액을 이 사건 각 토지 등과 건물의 임대료로 보고 이를 이 사건 각 토지의 임대료를 산정하기 위한 일응의 기준으로 삼은 조치는 일응 수긍할 수 있다(한편, 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물의 관리비에 관하여 XX화랑이 제3자와의 임대차계약에서 별도의 항목으로 규정하고 이를 정수한 이상, 추가로 인건비 등의 비용을 다시 간접관리비라는 명목으로 임대료에서 제외하여야 한 다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 실제로 해당 과세기간 동안 XX화랑이 지출한 인건비가 이 사건 건물의 관리와 관련하여 지출된 비용이라고 볼 만한 자료도 없다).

2) 다음으로, 이 사건 각 토지 등과 건물의 임대료를 이 사건 건물의 기준시가와 이 사건 각 토지 등의 개별공시지가에 비례하여 안분계산한 방법이 적절한지 여부에 관하여 보건대, 과세관청이 법령의 규정에 의하여 거주자가 특수관계에 있는 자에게 토지를 무상 또는 낮은 이울 등으로 대부하거나 제공함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에 그 행위를 부인하고 그로 인한 거주자의 임대료 상당 소득 금액을 추계의 방법으로 계산함에 있어서 소득세법 시행령 제98조 제4항은 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다고 명시하고 있으므로, 피고로서는 그 규정이 정하고 있는 바에 따라 임대소득금액을 산정하면 족하다.

만약 앞서 본 바와 같이 피고가 이 사건 건물과 관련된 XX화랑의 임대소득에 이 사건 건물뿐만 아니라 이 사건 각 토지에 관한 임대소득도 포함되어 있음을 전제로 관리비 등을 공제한 실제 임대소득금액을 이 사건 각 토지 및 건물 가액의 합계액 중 이 사건 각 토지의 가액이 차지하는 비율로 안분하여 임대소득을 산정하는 경우, 그와 같은 안분 방식이 합리성을 갖기 위해서는 토지기준시가인 개별공시지가와 건물기준시가가 통일한 비율로 시가를 반영하고 있어야 하는데, 이 사건에서 이를 인정할 아무런 증거가 없는 점, 개별공시지가와 건물기준시가는 그 산정주체, 산정방법 등이 전혀 다른 제도로서 일반적으로 건물기준시가의 시가반영률은 개별공시지가의 그것에 미치지 못하여 왔던 것으로 알려진 점, 따라서 위와 같은 안분방법은 합리성을 갖지 못할 뿐 만 아니라 토지에 대한 임대료를 과대평가하게 됨으로써 토지임대소득에 대한 종합소득세액이 많아지는 결과를 초래하는 점, 건물의 미임대 부분이 있는 경우 그 부분은 실제 임대소득에 반영되지 않아 실제 거래가액을 그대로 반영하지 못할 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 피고의 임대료 산정방식이 객관적이거나 합리적이라고 보이지도 않는다(피고는 대법원 1997. 3. 14. 선고 96누3517 판결 등을 들어 앞서 본 바와 같은 산정 방식이 객관적이고 합리적이라고 주장하나, 위 판결은 소득세법 시행령 제98조 제4항이 1998. 12. 31. 신설되어 1999. 1. 1.부터 시행되기 전의 사안으로 이 사건에 원용할 바가 못 된다).

3) 따라서 피고가 위와 같이 산정한 금액이 이 사건 각 토지에 대한 임대료 시가라는 전제 아래 원고가 이 사건 각 토지의 임대소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시키기 위하여 XX화랑에 저가로 임대한 것으로 보고 부당행위계산 부인을 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하고, 나아가 이 사건 소송에 제출된 자료만으로는 이 사건 각 토지에 대한 임대료를 알 수 없으므로 이 사건 처분을 전부 취소할 수밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.