91.2 사업년도분 법인세 238,939,450원의 과세처분은,

당해 사업년도의 소득금액계산에 있어 충청남도 연기군 서면

OO리 OOOOOO등 14필지의 과수원 등 토지면적 합계

29,524㎡에 대한 89.1.1 현재의 취득가액을 218,479,200원으로

하여 이를 경정하고,

나머지 청구부분은 이를 기각한다.

학교법인인 청구법인은 68.10.14 기부를 받아 무상 취득한 연기군 서면 OO리 OOOOOO등 14필지의 과수원 등 토지 합계 29,524㎡를 다른 수익용 기본재산으로 대체하기 위하여 90.2.5 대전직할시 동부교육구청장의 허가를 얻어 90.4.20 청구외 OOO등 10인에게 매매대금 합계 379,567,500원에 분할 양도하였으나, 위 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 90.3～91.2 사업년도분 법인세신고를 하지 아니하였고, 또한 특별부가세 면제신청서도 제출하지 아니하였다.

처분청은 당해 사업년도분 소득금액계산에 있어 위 토지의 실지처분가액 379,567,500원에서 89.1.1 의제취득일 현재의 과세시가표준액 22,397,046원을 공제한 후의 처분이익 357,170,454원을 익금에 산입하고, 양도차익의 계산에 있어서는 양도가액은 실지거래가액인 379,567,500원으로 하고, 77.1.1 의제취득일 현재의 취득가액은 법인세법시행령 제124조의 2 제7항(90.1.1부터 시행)의 규정에 의한 “환산가액”으로 하여 양도차익을 산정하여 91.12.16 청구법인에게 90.3～91.2 사업년도분 법인세 238,939,450원을 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 92.2.11 심사청구를 거쳐 92.5.9 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

(가) 청구법인 주장

① 각 사업년도 소득계산시 위 토지의 89.1.1 현재의 취득가액은 법인세법(법률 제4020호) 부칙 제14조의 특례규정의 취지에 따라 한국감정원의 감정가액 218,479,200원으로 하여야 하며,

② 정부의 시책에 따라 고수익용 재산을 취득하기 위하여 위 자산을 양도한 후 대체자산을 취득함으로써 그 실질적인 의무를 이행한 청구법인의 경우에 있어서 형식적인 면제신청이 없다는 이유로 위 자산의 양도차익에 대하여 특별부가세를 과세하는 것은 부당하다고 주장한다.

(나) 국세청장 의견

① 89.1.1의 취득가액을 소급감정가액으로 할 수 없는 것이므로 과세시가 표준액에 의한 과세가 정당하며,

② 조세감면규제법 제67조의 3 제4항에서 “세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 세액을 면제한다”고 규정하고 있으므로, 신고기한 내 면제신청이 없는 이 건의 경우 특별부가세의 면제배제는 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 건 심판청구는 청구법인의 위 토지의 양도로 인한 각 사업년도 소득을 계산함에 있어서 위 토지의 89.1.1의 취득가액을 “감정가액”으로 할 수 있는지 아니면 “과세시가표준액”으로 하여야 하는지 여부(쟁점 1)와 특별부가세의 면제신청이 없는 경우에도 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부(쟁점 2)에 그 쟁점이 있다.

(가) 쟁점 1에 대하여 :

법인세법 개정법률(법률 제4020호, 88.12.26 개정) 제1조 제1항 제6호에서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 “수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입”은 수익사업에서 생긴 소득으로 보아 법인세를 부과한다는 규정을 신설하면서 동법 부칙 제3조 제3항에서 이 법 시행 후(89.1.1) 최초로 처분하는 분부터 적용한다고 하고, 동 부칙 제14조에서 『88.12.31 이전에 취득한 토지의 취득가액은 “장부가액”과 “89.1.1 현재의 상속세법 제9조 제1항의 가액(시가 또는 보충적 평가방법에 의한 가액)”으로 평가한 가액중 높은 금액으로 할 수 있다』고 규정하고 있어, 89.1.1의 시가를 알 수 있고 당해 가액이 장부가액보다 많은 경우에는 그 시가에 의한 가액을 취득가액으로 볼 수 있도록 하고 있으며, 또한 상속재산의 가액평가방법을 규정한 상속세법 제9조 제1항 및 동법시행령 제5조 제1항 소정의 ‘시가’란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로, 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있다 할 것이다(대법원 90누4761, 90.9.28 판결도 같은 뜻이다).

학교법인인 청구법인이 당초 위 수익용 기본재산을 처분하기 위하여는 관할관청인 대전직할시 동구교육구청장의 허가를 받아야 하므로 그 허가신청과정에서 한국감정원에 감정 의뢰하여 가격시점을 89.9.27로 한 감정가액 218,479,200원의 시가감정을 받은 사실이 있으며, 또한 이 건 과세처분 후 처분청에 제출하기 위하여 92.1.27 소급 감정한 89.1.1 가격시점의 감정가액 218,479,200원의 시가감정을 받은 사실이 있다.

즉, 위 토지에 대한 감정평가의 조사시점이 89.9.27 또는 92.1.27로서 상이한 시점이지만 가격시점인 89.9.27의 감정가액과 89.1.1의 감정가액이 동일한 것으로 되어 있어 89.1.1부터 89.9.27까지의 사이에 가격의 변동이 없었던 사실이 인정되고, 89.9.27의 감정가격은 그 당시에 조사하여 감정 평가된 금액으로서 소급 감정가액이 아닌 사실이 인정된다.

그렇다면, 위 토지의 89.1.1의 시가를 218,479,200원으로 볼 수 있으므로 위 법조의 규정에 의하여 당해 가액을 위 토지의 취득가액으로 하는 것이 적법 타당하다 할 것이다(대법원 89누6907, 90.6.26 판결도 같은 뜻이다).

(나) 쟁점 2에 대하여 :

조세감면규제법 제67조의 3 제1항 제1호에서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 85.12.31 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정하면서 그 제4항 및 동법시행령 제55조의 3 제4항에서 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정함으로써, 면제신청을 요건으로 하는 면제규정을 두고 있음을 알 수 있다.

그런데, 앞의 1. 과세처분 개요에서 본 바와 같이 청구법인이 법 소정기한 내에 세액면제신청서를 제출하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건의 경우 그 세액의 면제를 주장하는 청구법인의 주장은 이유없다.

(다) 이 건 심판청구는 청구법인의 각 사업년도 소득계산에 대한 청구부분은 이유있다고 판단되고, 나머지 부분은 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.