2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 105,652,650원의 부과처분 중 68,391,194원을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고는 2003. 12. 31. ○○시 ○○면 ○○리 53 전 1,771㎡와 같은 리 54 전 2,354㎡를 매매로 취득하였고, 위 두 토지는 2005. 12. 4. 지목 변경 및 합병을 거쳐 ○○시 ○○면 ○○리 53 공장용지 4,125㎡(이하 지목 변경 및 합병 전후를 통틀어 '분할 전 토지'라고 한다)가 되었다.

나. 원고는 2002. 10. 31. 분할 전 토지 위에 2동의 공장건물(제1동의 연면적 755.23㎡, 제2동의 연면적 788.5㎡. 이하 제1동 건물을 '이 사건 제1동 건물', 제2동 건물을 '이 사건 제2동 건물'이라고 하고 이를 통틀어 '이 사건 각 건물'이라고 한다) 신축에 대한 건축허가를 받아 이를 신축하였고 2005. 12. 8. 그 사용승인을 받았다.

다. 분할 전 토지로부터 ○○시 ○○면 ○○리 53-4 공장용지 1,639㎡, 같은 리 53-12 공장용지 76㎡, 같은 리 53-13 공장용지 1,710㎡가 분할되었고(이하 분할된 위 각 토지를 지칭할 때에는 '이 사건 53-4 토지'와 같은 형식으로 지번만으로 특정한다) 이 사건 제1동 건물은 이 사건 53-4 토지 위에, 이 사건 제2동 건물은 이 사건 53-12, 53-13 토지 위에 위치하고 있다.

라. 원고는 2009. 3. 29. 이 사건 53-4 토지 및 그 지상 이 사건 제1동 건물과 ○○시 ○○면 ○○리 53-11 공장용지 12㎡를 김BB에게 양도하였고, 이에 대한 양도소득세 신고를 하면서 토지에 대한 취득가액은 합계 304,406,669원, 양도가액은 합계 489,250,528원, 이 사건 제1동 건물에 대한 취득가액은 254,685,886원(원고가 신고한 이 사건 각 건물의 신축에 소요된 공사대금 등 합계 520,591,400원 × 이 사건 제1동 건물의 연면적 755.23㎡ / 이 사건 각 건물의 연면적 합계 1,543.73㎡. 원 미만 버림. 이하 같다), 양도가액은 260,749,472원으로 신고하였다.

마. 원고는 2012. 4. 24. 이 사건 53-12, 53-13 토지 및 그 지상 이 사건 제2동 건물 및 기계장치를 CC엘엔에스 주식회사에 양도하고 이에 대한 양도소득세 신고를 하면서 토지에 대한 취득가액은 합계 512,000,000원, 양도가액은 합계 725,000,000원, 이 사건 제2동 건물 및 기계장치에 대한 취득가액은 합계 666,943,889원, 양도가액은 합계 450,000,000원(= 건물 250,000,000원 + 기계장치 200,000,0000원)으로 신고하였다.

바. 피고는 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 원고가 2012년 귀속 양도소득세를 신고함에 있어 이 사건 제2동 건물의 취득가액을 과다신고한 것으로 보아, 이 사건 제1동 건물의 양도와 관련하여 원고가 신고한 이 사건 각 건물의 신축에 소요된 공사대금을 이 사건 각 건물의 연면적 비율에 따라 안분 계산하여 이 사건 제2동 건물의 취득가액을 265,905,513원(= 이 사건 각 건물의 신축에 소요된 공사대금 등 합계 520,591,400원 × 이 사건 제2동 건물의 연면적 788.5㎡ / 이 사건 각 건물의 연면적 합계 1,543.73㎡)으로 경정하여 2013. 12. 1. 원고에 대하여 2012년 귀속 양도소득세 107,784,840원을 부과하는 처분을 하였다. 이에 대하여 원고가 2014. 3. 3. 화성세무서장에게 한 이의신청을 통해 이 사건 각 건물에 대한 취득가액으로 11,982,000원이 추가 인정되었고, 이 사건 제2동 건물에 대하여 추가 인정된 취득가액은 6,120,117원(= 11,982,000원 × 이 사건 제2동 건물의 연면적 788.5㎡ / 이 사건 각 건물의 연면적 합계 1,543.73㎡)이다. 이에 따라 원고에 대한 2012년 귀속 양도소득세는 105,652,650원으로 감액경정되었다(이하 이와 같이 감액된 양도소득세 부과처분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

사. 원고는 2014. 7. 16. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 12. 23. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지4호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 각 건물을 신축하면서 한DD에게 공사대금 161,631,000원을 지급

하였고, 한DD이 이 사건 각 건물에 대한 공사를 중단한 후 원고가 직접 100,948,450원의 공사비를 부담하여 공사를 완료하였으므로 그 공사대금 합계 262,579,450원은 이 사건 각 건물에 대한 취득가액에 추가되어야 한다. 따라서 위 공사대금을 이 사건 각 건물의 연면적 비율에 따라 안분하면 이 사건 제2동 건물에 대한 취득가액에 추가되어야 하는 공사대금은 128,466,408원이 되고 이를 취득가액에 포함하여 산정한 양도소득세는 68,391,194원이 되므로 이 사건 처분 중 68,391,194원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

나. 판단

원고가 이 사건 각 건물의 신축에 따른 공사대금 등으로 532,573,400원(= 원고가 신고한 공사대금 등 합계 520,591,400원 + 이의신청을 통해 추가로 인정된 공사대금 11,982,000원)을 지출한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 갑 제7 내지 15호증의 각 기재 및 증인 한DD, 황EE의 각 증언만으로는 원고가 이 사건 각 건물을 신축하면서 위와 같이 인정된 공사대금 532,573,400원 외에 추가로 원고 주장의 262,579,450원을 공사대금으로 지급하였다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 이 사건 각 건물의 신축공사대금으로 262,579,450원을 추가로 지급하였음을 전제로 하는 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.