가. 청구인은 서울특별시 동대문구 ○○동 96-24에서 ○○실크라는 상호로 1996.12.1.∼2005.12.31.까지 제조업을 영위한 사업자이고, ○○세무서장은 (주)○○섬유에 대한 자료상 조사 결과 청구인의 1999년 제2기 매입신고분 12,205천원(이하 "쟁점 금액"이라 한다)을 가공매입 혐의자료로 처분청에 통보하였다.

나. 처분청은 청구인이 거래처인 (주)○○섬유와 가공거래를 한 것으로 보아 필요경비를 부인하여 2009.5.25. 청구인에게 1999년 귀속 종합소득세 6,805,460원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 당시 수출업체를 운영하면서 내국신용장을 발급받아 (주)○○섬유로부터 영세율로 물품을 매입하였음에도 단지 (주)○○섬유가 일부 가공거래하였다는 이유만으로 처분청이 청구인의 매입을 가공거래로 보아 과세한 이건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인의 부가가치세 매입금액 12,205천원(영세율대상)에 대하여 부가가치세 매입금액 불공제 결정되었으며, 실제거래임을 입증할 객관적인 거래증빙을 제시하지 못하므로 이건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매입처인 (주)○○섬유로부터 쟁점 금액상당의 물품을 실제로 매입한 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제27조(필요경비의 계산) ① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(결정과 경정) ② 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1애 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

(2) 소득세법 시행령 제142조(과세표준과 세액의 결정 및 경정) ① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) ○○세무서장은 청구인의 거래처인 (주)○○섬유에 대한 자료상 조사 결과 1999년 제2기에 발생한 쟁점 금액을 가공매입 혐의자료로 처분청에 통보하였으며, 처분청은 청구인이 쟁점 금액을 (주)○○섬유로부터 가공으로 매입한 것으로 보아 필요경비를 부인하여 2009.5.25. 청구인에게 1999년 귀속 종합소득세 6,805,460원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구인은 수출업체로서 내국신용장을 발급받아 (주)○○섬유로부터 실제로 물품을 매입하였다고 주장한다.

(3) 청구인의 거래처인 (주)○○섬유에 대한 조사내용을 보면, 1996.10.25. 개업하여 수출입 업을 영위하면서 섬유제품 및 비철금속을 수입하여 공급하는 업체로서 1999년 제2기∼2000년 제1기에 재화나 용역의 공급없이 허위의 매출세금계산서 50억원상당(영세율매출세금계산서 196백만원 포함)을 교부하여 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받도록 한 것으로 나타나며, (주)○○섬유의 세금계산서 수취, 발행과 적출 내역은 아래 (표)와 같고, 청구인에게 매출한 1999년 제2기 12,205천원은 미소명하여 가공매출 혐의자료로 처분청에 파생한 것으로 나타난다.

(단위: 천원)

(4) 처분청은 당초 쟁점 금액에 대하여 부가가치세 매입세액 불공제하여 경정하였다가 영세율로 매입한 것을 확인하고 결정취소하였으며, 청구인의 가공매입 혐의에 대하여 실거래 여부를 확인하지 못하고 청구인이 실거래 여부를 입증하지 못한다 하여 이건 종합소득세를 과세한 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 과세관청의 조사 등에 의하여 세금계산서를 발행한 사업자가 자료상 행위를 한 사실이 확인된 경우, 그 사업자로부터 수취한 세금계산서가 가공자료가 아니라는 사실은 그 사업자로부터 세금계산서를 수취하여 공제받은 사업자가 입증하는 것이 원칙이라 하겠으나, 「소득세법」제160조의 2 제1항에서 사업자는 자신이 비치ㆍ기장한 장부와 증빙자료를 확정신고기간 종료일로부터 5년간 보관하도록 하고 있는 점을 감안할 때 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이다(국심2006중4069, 2007.4.27. 같은뜻임).

이건의 경우 ○○세무서장이 (주)○○섬유가 발행한 세금계산서가 실물거래없이 발행되었다고 확인한 것이 아니라 자료상 혐의가 있다고 통보한 점, 장부 및 증빙자료 보관기간(2005.5.31.)이 이미 경과된 2006.3. (주)○○섬유가 자료상 조사대상으로 선정되어 조사받은 점, 청구인에게 자료의 보관기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부당시키기 어려운 점, (주)○○섬유는 전부 자료상이 아닌 일부자료상으로 조사된 점 등 비추어 볼 때 처분청이 청구인의 쟁점 금액이 가공거래인지 여부를 확인하지 아니한 상태에서 청구인이 실지거래사실을 입증하지 못한다는 사실만으로 1999년 제2기에 (주)○○섬유로부터 수취한 세금계산서를 실물거래없이 수수된 가공의 매입세금계산서라고 단정하기는 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점 금액을 가공거래로 보아 필요경비 부인한 이건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.