2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 30%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 토지 및 기존건물의 취득과 면세

⑴ 원고는 2006. 6. 20. 건물을 신축하여 부곡지점을 개설할 목적으로 의왕시 삼동 (지번 생략) 대 446㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 기존건물’이라 한다)을 대금 1,618,900,000원에 매수하고, 2006. 6. 21. 이 사건 토지 및 건물에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

⑵ 원고는 위와 같이 이 사건 토지 및 건물을 취득할 당시 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 지방세법 제272조 제3항 본문에 따라 취득세와 등록세의 감면을 신청하면서, 아래와 같이 취득세 및 등록세 등을 신고·납부하였다(과세표준액 중 서민주택에 해당하는 742,427,540원에 대하여는 농어촌특별세 비과세 대상이므로, 나머지 876,472,460원에 대하여만 농어촌특별세를 신고·납부함).

나. 신축건물의 취득과 면세 등

⑴ 원고는 2007. 2. 26. 이 사건 토지 지상에 부곡지점으로 사용할 건물(이 사건 신축건물‘이라 한다)의 건축허가를 받고, 2007. 10. 13. 이 사건 기존건물을 철거한 후, 이 사건 토지 및 건물의 소유권을 취득한 날로부터 1년이 경과한 2007. 11. 15.에 이르러서야 비로소 이 사건 신축건물의 건축공사에 착공하여 2008. 6. 4. 이 사건 신축건물{지하 1층 제1종근린생활시설(소매점) 211.92㎡, 제2종근린생활시설(금융업소) 53.58㎡, 지상 1층 제2종근린생활시설(금융업소) 265.5㎡, 지상 2층 제1종근린생활시설(소매점) 219㎡, 옥탑 물탱크/계단실 28.11㎡}의 사용승인을 받았고, 2008. 7. 4. 이 사건 신축건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였으며, 2008. 7. 5. 이 사건 신축건물에 부곡동지점을 설치하고, 2008. 7. 25. 분사무소 설치 등기를 마쳤다.

⑵ 원고는 2008. 7. 3. 이 사건 신축건물에 대한 소유권보존등기를 신청하면서, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분(이하 ‘금융업소 부분’이라 한다)에 대하여 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 취득세와 등록세의 면제를 신청하면서 아래와 같이 해당 취득세와 등록세 등을 신고·납부하였고, 소매점 부분(이하 ‘소매점 부분’이라 한다)에 대하여는 지방세법 제272조 제3항 에 따른 면제 대상이 아니라고 보고 아래와 같이 해당 취득세와 등록세 등을 신고·납부하였다.

다. 피고의 취득세 및 등록세 등 부과처분

⑴ 피고는 원고가 이 사건 토지 및 이 사건 기존건물을 취득한 날부터 1년이 경과한 2007. 10. 16. 착공한 것을 정당한 사유 없이 1년 이내에 새마을금고 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보고, 지방세법 제272조 제3항 단서에 따라 2010. 2. 3. 아래와 같이 산정한 이 사건 토지 및 이 사건 기존건물에 대한 취득세, 등록세 등을 부과하는 처분(이하 ‘제1처분’이라 한다)을 하였다(과세표준액에는 종전의 매매대금 1,618,900,000원에 감정평가 및 중개수수료 12,162,950원을 추가하였다).

또한, 피고는 같은 날 이 사건 토지의 소유권이전등기는 중과세율 적용대상인 지방세법 제138조 제1항 제3호 의 ‘대도시에서 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로, 이 사건 토지에 대하여 아래와 같이 산정한 등록세 및 지방교육세를 부과하는 처분(이하 ‘제2처분’이라 한다)을 하였다(원래 등록세 중과세율을 적용하면 세율이 과세표준액의 6%인데, 위에서 본 바와 같이 피고는 이미 일반세율인 과세표준의 2%를 부과하였으므로, 나머지 4%에 대하여만 세액을 산출하였다. 피고는 이 사건 토지와 기존건물의 총 과세표준 1,631,062,950원에서 이 사건 토지의 가격이 차지하는 비율을 적용하여 이 사건 토지의 과세표준액을 1,622,607,320원으로 산정하였다).

⑵ 피고는 2010. 2. 8. 이 사건 신축건물에 관한 소유권보존등기에 대하여 등록세 및 취득세 등을 신고하면서 그 과세표준에 ‘365자동화코너’ 시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다) 공사비 25,300,000원을 누락하고, 간판류 5,060,000원을 과다산입하여 총 20,240,000원의 과세표준이 누락되었다면서, 위와 같이 누락된 과세표준을 아래와 같이 금융업소 부분과 소매점 부분에 안분하여 취득세 319,870원, 농어촌특별세 91,140원(= 43,910원+17,570원+29,660원), 등록세 127,940원, 지방교육세 23,730원을 부과하는 처분(이하 ‘제3처분’이라 한다)을 하였다{피고는 각 과세표준액을 원고가 신고한 1,048,979,673원(= 금융업소 부분 446,235,953원 + 소매점 부분 602,743,720원)에 위 20,240,000원을 더한 1,069,219,673원 중 각 부분이 차지하는 비율을 적용한 금액으로 산정하였다}.

또한, 피고는 같은 날 이 사건 신축건물 중 소매점 부분의 소유권보존등기는 중과세율 적용대상인 지방세법 제138조 제1항 제3호 의 ‘대도시에서 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로, 이 사건 신축건물 중 소매점 부분에 대하여 아래와 같이 산정한 등록세 및 지방교육세를 부과하는 처분(이하 ‘제4처분’이라 한다)을 하였다(원래 등록세 중과세율을 적용하면 세율이 과세표준액의 2.4%인데, 위에서 본 바와 같이 피고는 이미 일반세율인 과세표준의 0.8%를 부과하였으므로, 나머지 1.6%에 대하여만 세액을 산출하였다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4, 7, 15 내지 18호증, 을 1 내지 4, 10, 14, 17(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

⑴ 원고가 이 사건 토지 및 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 새마을금고의 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 이와 다른 전제에 선 제1, 2처분은 위법하다.

⑵ ① 이 사건 시설은 금융업소의 부속시설일 뿐이지 소매점 부분과는 전혀 상관이 없는 것이므로, 이를 소매점 부분의 과세표준에 안분하여 산입할 수는 없는 점, ② 소매점 부분은 금융업소 부분과 마찬가지로 원고의 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 취득세와 등록세의 면제에 관한 지방세법 제272조 제3항 의 규정이 적용되는 점, ③ 설령, 소매점 부분이 원고의 새마을금고 업무와 직접 관련이 없는 부동산이라고 하더라도, 이는 등록세 중과대상인 지점의 용도로 사용하기 위한 등기에 해당하지 않으므로, 중과세 대상이 아닌 점에 비추어 보면, 제3, 4처분 역시 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 제1, 2처분의 위법 여부에 대한 판단

구 지방세법(2007. 5. 25. 법률 제8485호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제272조 제3항 에 규정된 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 그러한 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과세하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 해당 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다( 대법원 2009. 1. 15. 선고 2006두14926 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 8 내지 13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 이 사건 토지와 기존건물을 취득한 무렵인 2006. 6. 29. 및 같은 해 7. 26. 2차례에 걸쳐 종전의 상가임차인인 소외 1, 소외 2에게는 임대차기간 만료일(소외 1은 2006. 12. 15., 소외 2는 2006. 9. 15.)에 해당 기존건물 부분을 인도할 것을, 소외 3에게는 건물을 신축하려고 할 경우 조건없이 해당 기존건물 부분을 인도한다는 종전 소유자와의 특약에 따라 2006. 11. 15.까지 위 기존건물 부분을 인도하여 달라고 통고한 사실, ② 그런데 위 임차인들은 종전 소유자와의 사이에 5년의 임대차기간 보장, 시설투자비용 보상 등의 구두약정을 하였다면서 해당 기존건물 부분의 인도를 거부하기 시작한 사실, ③ 원고는 2006. 8. 30. 위 임차인들을 상대로 점유이전금지가처분 집행을 한 후 해당 기존건물 부분을 인도받기 위하여 노력하였으나, 2006. 12. 15. 소외 1로부터(7,000,000원의 이사비용을 주었다) 해당 기존건물 부분을 인도받았을 뿐, 나머지 임차인들과는 합의가 이루어지지 못한 사실, ④ 이에 원고는 2006. 12. 21. 나머지 임차인들을 상대로 인도소송을 제기하여 2007. 5. 1. 승소판결(수원지방법원 2006가단118490 판결) 을 선고받았고, 이후 위 임차인들과도 이사비용으로 각 5,000,000원씩을 지급하고 항소를 포기받기로 합의하여 2007. 6. 10.에 이르러서야 해당 기존건물 부분을 모두 인도받게 된 사실, ⑤ 한편 원고는 2007. 7. 6. 주식회사 미래지반기술로부터 지하 1.2m에 지하수면이 존재한다는 지반조사 실시 결과를 통보받은 사실, ⑥ 이후 원고는 2007. 8월경 착공을 시도하였으나 장마로 인한 물고임으로 토사가 무너질 우려가 있다는 판단에 따라 착공을 가을로 미루게 되었고, 2007. 10월경에는 위 물고임이 장마로 인한 것이 아닌 것임을 확인하고 설계공법을 바꾸고, 2007. 10. 16.에 이르러서야 비로소 이 사건 신축건물의 신축공사에 착공한 사실을 인정할 수 있다. 사정이 이와 같다면, 원고가 이 사건 토지 및 기존건물을 취득한 날부터 1년 이내에 그 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 제1, 2처분은 위법하다. 원고의 위 주장은 이유 있다.

라. 제3, 4처분의 위법 여부에 대한 판단

먼저, ① 주장에 관하여 보건대, 이 사건 시설은 그 용도, 설치된 위치와 그 위치에 해당하는 건물의 용도, 건물의 형태, 목적, 용도에 대한 관계를 종합하여 볼 때, 이 사건 신축건물에 연결되거나 부착하는 방법으로 설치되어 이 사건 신축건물의 효용과 기능을 다하기에 필요불가결한 시설로서 이 사건 신축건물의 상용에 제공된 종물에 해당하므로, 이 사건 시설을 설치하는 데 들어간 비용을 과세표준에 포함시킨 피고의 조치는 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

다음으로, ② 주장에 관하여 보건대, 갑 3, 20호증, 을 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ⓐ 원고는 이 사건 신축건물을 신축하면서 소매점 부분을 금융업소 부분과 달리 제1종근린생활시설인 소매점 용도로 건축허가를 받은 점, ⓑ 이 사건 신축건물이 준공된 이후 현재까지 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호 에서 정하는 사업에 사용하고 있지 않고 공실로 남겨 둔 상태인 점, ⓒ 이 사건 신축건물이 준공되기 전 원고의 임원들은 소매점 부분을 임대할 것인지 여부를 논의하기도 한 점 등의 사정에 비추어 보면, 원고가 소매점 부분을 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고는 보기 어렵다. 따라서 피고가 취득세 및 등록세의 면제에 관한 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 소매점 부분에는 적용되지 않는다는 전제에서 한 제3, 4처분은 적법하고, 이와 다른 원고의 위 주장은 이유 없다.

끝으로, ③ 주장에 관하여 보건대, 구 지방세법 제138조 제1항 본문 제3호 , 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항 에서는 대도시내에서 지점 또는 분사무소의 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기의 경우에는 그 세율을 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 지점의 그 설치와 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 의미하고, 반드시 그 부동산의 전부가 지점의 업무에 사용되어야 하는 것은 아닌바( 대법원 206. 9. 8. 선고 2005두4205 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원고는 부곡지점을 설치하기 위하여 그 이전에 이 사건 신축건물을 취득하는 등기를 하였으므로, 이 사건 신축건물에 대한 등기는 금융업소 부분과 소매점 부분을 모두 포함하여 구 지방세법 제138조 제1항 본문 제3호 에 의한 대도시내에서 지점 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기에 해당하고, 따라서 이 사건 신축건물에 대한 등기 중 소매점 부분은 중과세 면제 대상에 해당하지 아니하는 이상 중과세를 면할 수 없다. 결국 피고의 제4처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 최재혁(재판장) 황인경 민규남

심급 사건

본문참조판례

본문참조조문