가. 청구인은 2015.12.31. 현재 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 총 발행주식 69,855주 중 3,959주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 소유(지분율 5.667%)하다가 2016.6.27. 양도하면서 20% 세율을 적용하여 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.

나. 이후 청구인은 2018.5.4. 「소득세법」상 비상장법인의 대주주에 대해 따로 규정하고 있지 않으므로, 주권발행법인이 비상장 중소기업인 경우에는 대주주 여부와 관계없이 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 취지로 2018.5.4. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 청구인이 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호의 대주주에 해당하므로 20%의 세율을 적용하는 것이 타당하다는 이유로 2018.6.27. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2016.12.20. 개정 전 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 ‘대주주’에는 비상장법인의 주주가 포함되지 않는다.

쟁점규정은 ‘대주주’를 정의하면서 ‘제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무’에서 동일한 의미로 사용하도록 정하면서 “「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인의 주식등으로서”라는 제한적 문구를 두고 있으므로, 비상장법인의 주주는 ‘대주주’에 포함되지 않는 것으로 해석하는 것이 타당하다.

(2) 쟁점규정의 위헌여부를 다툰 헌법재판소 판례(헌재2013헌바460, 2015.7.30.)를 보더라도 ‘대주주’는 ‘주권상장법인의 대주주’로 제한하여 해석하여야 한다.

헌법재판소는 쟁점규정의 의의 및 입법취지를 밝히면서 “이 사건 법률조항의 입법취지는 주권상장법인의 대주주가 상장주식을 양도한 경우 그 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세함으로써 상장주식을 이용한 변칙증여 방지와 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세의 형평을 도모하려는 데 있다”고 하였다.

또한, 쟁점규정의 입법연혁을 밝히면서 “위와 같이 상장주식 양도차익에 대한 과세제도를 도입한 이후에도 과세대상이 지나치게 제한됨으로써 과세의 실효성이 떨어지는 문제점이 대두되었고, 이를 보완 하고자 1999.12.31. 대통령령 제16682호로 개정된 「소득세법 시행령」은 ‘주권상장법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자가 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 합계액의 3% 또는 시가총액 OOO억원 이상을 소유한 경우’로 과세대상의 범위를 확대하였다. 그 후 2000.12.29. 법률 제6292호로 개정된 「소득세법」은 과세대상을 ‘증권 거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식으로서 소유 주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주가 양도하는 것’이라고 규정함으로써 상장주식 양도차익 과세대상이 ‘대주주’임을 법률에 명문화하였다”고 명시하였다.

나. 처분청 의견

2015.12.15. 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목에서 규정하고 있는 ‘대주주’는 쟁점규정에서 대통령령에 위임하고 있는 ‘대주주’의 범위와 동일한 것으로 보아야 하고, 같은 법 시행령 제157조는 ‘대주주’를 상장주식 및 비상장주식의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 규정하고 있다. 따라서 2015.12.15. 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 ‘대주주’를 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 해석해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 대주주에 해당되지 않으므로 쟁점주식의 양도에 대하여 10%의 세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되고, 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.(후단 생략)

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것)

제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO은 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당되고, 청구인은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(2015.12.31.) 현재 OOO 주식의 5.667%를 소유한 점에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(2) 처분청이 제출한 경정청구 검토서(2018.6.20.)의 주요내용은 다음과 같다.

(3) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하고 있었으나, 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 정하였고, 이와 관련하여 쟁점규정(2016.12.20. 개정 전 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목)은 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”을 양도소득 과세대상으로 규정하면서, “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 ‘대주주’는 모두 쟁점규정의 ‘대주주’와 동일한 의미인 것으로 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.15. 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 ‘대주주’는 ‘주권상장법인 중 중소기업의 대주주’를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나,

2015.12.15. 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 ‘대주주’는 쟁점규정에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 ‘대주주’와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점규정의 위임을 받은 「소득세법 시행령」제157조 제4항 및 각 호에서는 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “주주 1인과 그의 특수관계인이 해당법인의 주식등을 2% 이상 소유한 경우” 등으로 규정하였을 뿐, 대주주를 주권상장법인의 주주로만 한정하고 있지 아니한 점, 2016.2.17. 「소득세법 시행령」제157조 제4항이 개정되면서 대주주의 범위가 확대되었는데, 같은 령 부칙 제1조 단서에서 상장주식의 경우(2016.4.1.부터 시행)와 비상장주식의 경우(2017.1.1.부터 시행)의 시행시기를 별도로 구분하여 정하고 있으므로, “대통령령으로 정하는 대주주”란 상장주식 및 비상장주식의 주주를 모두 포함하는 개념으로 보아야 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식에 대하여 20%의 세율을 적용하는 것이 타당하다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2016전4299, 2016.12.29. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.