가. 청구인은 2015.10.15. OOO 토지 176.9㎡ 및 주택 193.46㎡(아래 <표1>과 같이 멸실 및 용도변경 등을 거쳐 양도된 것으로 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO원에 양도하고, 1세대 1주택(고가주택) 비과세 및 장기보유특별공제 40%를 적용하여 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

OOO

나. 청구인은 2015.12.15. 장기보유특별공제를 적용함에 있어 재건축한 주택의 부수토지는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택의 보유기간을 통산하여야 하므로 아래 <표2>와 같이 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 기납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.2.18. 이를 거부하였다.

OOO

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

주택을 점포로 용도변경하여 사업장으로 사용하다가 이를 다시 주택으로 용도변경하여 양도한 경우, 보유기간은 해당 건물의 취득일부터 양도일까지의 기간 중 주택으로 사용한 기간을 통산하여야 하므로(임의재건축의 경우도 1세대 1주택의 요건을 충족하는 부수토지에 대한 장기보유특별공제는 구주택과 신축주택의 보유기간을 통산하여 적용하는 것임, 조심 2013서4445, 2014.1.15.), 쟁점주택 부수토지의 경우 종전주택의 1세대 1주택 부수토지 기간 12년 10개월에 용도변경 후의 보유기간 5년 10개월을 더하면 보유기간이 10년 이상이므로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

한편, 처분청은 멸실 전의 종전주택을 겸용주택(상가면적이 주택면적보다 큰 경우)으로 보고 있으나 이는 사실관계를 오인한 것으로 건축물대장 등에 의하면 종전주택은 주택의 용도로만 사용되었다.

나. 처분청 의견

(1) 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 「소득세법」제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이다(대법원 2014.9.4. 선고 2012두28025 판결). 또한, 「소득세법 시행령」제154조 제8항 제1호의 내용은 종전주택과 재건축한 주택과의 보유기간을 통산하는 것으로서, 청구인의 경우에는 건축물 신축 전후의 용도가 주택이 아닌 상가 건물로 해당 조문의 내용과 다르므로 청구주장은 이유 없다.

(2) 보유기간을 통산할 경우에도 종전 건축물의 면적을 확인해보면 상가의 연면적(67.14㎡)이 주택의 연면적(18.88㎡)보다 큰 것으로 확인되는바, 겸용주택의 상가부분과 주택부분은 「소득세법」제95조 제2항의 표1과 표2에 규정된 장기보유특별공제율을 각각 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주택을 상가로 용도변경하여 멸실한 후 상가를 신축하였다가 다시 주택으로 용도변경하여 1세대 1주택을 양도한 경우, 그 부수토지에 대한 장기보유특별공제를 적용함에 있어 멸실 전 종전주택의 보유기간을 통산하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정된 것)

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(괄호 생략)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표 1

표 2

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.(단서 생략)

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정된 것)

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(단서 및 각 호 생략)

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다.

1.거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기 양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.(각 호 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 멸실 전의 종전주택의 부동산 등기부등본에 의하면 청구인이 1984.8.27. 취득한 종전주택은 벽돌조 시멘기와지붕 단층주택 67.14㎡, 지하실 18.88㎡로 되어 있다가 1997.12.15. 멸실된 것으로 나타나고, 건축물대장에 의하면 용도변경 전의 주택 면적이 86.02㎡로 되어 있으며 1997.6.18. 1층 67.14㎡가 소매점으로 용도변경된 사실이 나타나는바, 종전주택이 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택이라는 처분청의 의견은 사실과 다른 것으로 확인된다.

(2) 청구인은 지상 건축물의 용도변경 등이 있는 경우에도 1세대 1주택 부수토지의 경우 실제로 부수토지로 사용된 기간을 통산하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하면서 아래와 같은 예규 및 집행기준 등을 제시하였다.

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」제95조 제2항은 보유기간 및 보유한 용도별로 장기보유특별공제를 차등하여 적용하도록 하고 있고 같은 조 제4항은 제2항을 적용함에 있어 자산의 보유기간을 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 토지를 보유한 1984.8.27.부터 2015.10.15.까지의 기간 중 1세대 1주택인 종전주택 및 쟁점주택의 부수토지인 기간을 통산(1997.6.18. 주택 일부를 주택 이외의 부분으로 용도변경하여 보유한 기간을 제외하고도 1세대 1주택의 부수토지로 보유한 기간을 통산하면 10년 이상이 된다)하는 것이 위 규정의 문언에 부합하는 점,

국세청의 예규나 집행기준은 주택을 주택 외의 용도로 변경한 후 다시 주택으로 용도변경한 경우 그 주택 부수토지의 보유기간을 통산하도록 해석·집행하고 있는 것으로 나타나는바, 이는 토지 보유기간 중에 발생한 지상 건축물의 멸실이나 용도변경에 불구하고 주택의 부수토지로서 보유하면 그 기간을 통산하여 장기보유특별공제를 적용하고자 하는 취지로 보이는 점,

장기보유특별공제는 부동산을 장기간 보유함으로써 형성된 소득이 양도시점에 일시에 실현되는 점을 고려하여 보유기간 중의 물가상승분을 공제하여 주기 위한 것인바, 실제로 청구인이 1세대 1주택의 부수토지로 약 13년간 보유한 기간이 있음에도 이를 제외하고 양도직전 주택으로서의 보유기간만을 인정하는 것은 장기보유특별공제의 취지에 어긋나 보이는 점 등에 비추어 처분청이 주택 부수토지로서의 보유기간을 통산하지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.