2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

가. 원고 XX인터내쇼날은 1997. 6. 12., 원고 OO치킨은 2005. 5. 2. 각 설립되어 치킨 체인업 등을 영위하는 회사이다.

나. 서울지방국세청은 2009. 3. 10.부터 2009. 6. 18.까지 원고들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 아래와 같은 내용의 세무조사결과를 피고에게 통보하였다.

1) 원고 XX인터내쇼날

① 2005년 1기 부가가치세 과세기간 중에 가맹점에 공급한 닭(공급가액 : 2,473,909,654원)이 부가가치세법상 과세대상인 재화에 해당함에도 이를 면세로 신고하였다.

(2) 2006. 4. 6. 이BB과 사이에 'OO치킨 부산 ・ 경남동부지사' 계약을 체결한 후 계약금 2억 원을, 2007. 1. 12. 이CC과 사이에 'OO치킨 호남지사' 계약을 체결한 후 계약금 1억 5,000만 원을 각 수령하였음에도 위 각 계약금 합계 3억 5,000만 원을 신고누락하였다.

② 2005 사업연도 중에 합계 2,245,900,000원의 매출신고를, 2006 사업연도 중에 합계 328,150,407원의 매출신고를 각 누락하였다.

③ 2004 ~ 2007 사업연도 기간 중에 가맹점들로부터 가맹점당 500만 원의 가맹비 합계 3억 8,500만 원을 수령하였음에도 이를 신고누락하였다.

④ 2004. 12. 31. 정DD에게 급여로 지급하였다며 노무비로 계상한 301,296,615원이 가공경비에 해당하고, 2006. 6. 20. 원고 OO치킨으로부터 임대차보증금 50,000,000원을 수령하였음에도 이를 신고누락하였다.

2) 원고 OO치킨

① 2005년 1기부터 2006년 l기까지의 부가가치세 과세기간 동안 가맹점들에 공급한 닭(공급가액 합계 11,892,233,836원)이 부가가치세법상 과세대상인 재화에 해당함에도 이를 면세로 신고하였다.

② 원고 XX인터내쇼날에게 2007. 5. 16.부터 2008. 12. 31.까지 사이에 지급한 합계 2,420,036,000원이 업무무관 무상대여금에 해당한다.

다. 피고는 위 세무조사결과를 근거로 2009. 7. 1. 원고들에 대하여 별지 1 <표 1, 2>의 '부과세액'란 기재와 같이 법인세 및 부가가치세를 각 경정 ・ 고지하면서, 위 각 익금산입 및 손금불산입된 금액이 사외유출되어 그 귀속이 불분명하다고 보고 용AA를 원고들의 대표자로 보아 용AA에 대한 대표자 인정상여로 소득처분한 후, 2009. 7. 2. 원고들에 대하여 별지 1 <표 3, 4> 기재와 같이 각 귀속 사업연도별로 소득자를 용AA로 하는 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지 처분'이라 한다)를 하였다.

라. 원고들은 이에 불복하여 2009. 9. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 11. 9. 모두 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 l 내지 5호증, 갑 8호증의 1 내지 8, 을 1 내지 3호증 (각 가지변호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 원고들의 공통 주장(원고들이 공급한 닭이 부가가치세법상 과세대상인지 여부)

원고들은 당초 염지작업(구입한 생닭에 각종 양념을 넣고 염지액에 침지시키는 작업)을 거쳐 저온숙성한 가공육을 가맹점에 공급하였으나, 2005.경부터 2006. 6.경까지 원고 XX인터내쇼날 소유의 김포시 하성면 OO리 000 소재 공장(이하 '김포공장' 이라 한다)의 폐수처리시설이 정상적으로 가동되지 아니한 탓에 2005년 1기부터 2006 년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안에는 가맹점들에게 가공하지 않은 생닭과 양념을 별도로 공급하였는바, 생닭은 '가공되지 않은 식료품'으로서 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 소정의 부가가치세 면세대상에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 원고 XX인터내쇼날에 대한 2005년 1기분 부가가치세 부과처분, 원고 OO치킨에 대한 2005년 1기 및 2기분, 2006년 l기분 각 부가가치세 부과처분은 모두 위법하다.

2) 원고 XX인터내쇼날의 주장

① 부산 ・ 경남동부지사 및 호남지사 계약금 수입 누락 여부

원고 XX인터내쇼날은 2006. 4. 6. 이BB과 사이에 계약금을 2억 원으로 정하여 'OO치킨 부산 ・ 경남동부지사' 계약을 체결하였으나, 이BB이 자금사정이 어려 위 계약금을 지급하기 어렵다고 호소하여 2006. 5. 2. 이BB과 사이에 당초 계약내용을 일부변경하여 부산 경남지역 내 추후 가맹점이 30개에 도달할 때에 계약금을 지급 하기로 약정한 후 현재까지 계약금을 수령한 바 없다. 또한 2007. 1. 12. 이CC과 사이에 계약금을 1억 5,000만 원으로 하여 'OO치킨 호남지사' 계약을 체결하고 같은 달 15. 계약금 중 일부로 5,000만 원을 지급받은 사실은 있으나, 이CC이 자금사정이 어려워 나머지 계약금 1억 원을 지급하지 못하게 되자 2007. 3: 13. 이CC과 사이에 당초 계약내용을 일부변경하여 추후 가맹점이 30개에 도달할 때에 계약금을 지급하기로 약정하면서 수령하였던 계약금 5,000만 원도 이CC에게 반환하였다. 결국 원고 XX 인터내쇼날은 위 각 지사계약금 합계 3억 5,000만 원을 수령한 사실이 없음에도 이와 다른 전제에서 이루어진 2006, 2007 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분, 2006년 1기, 2007년 1기 각 부가가치세 부과처분은 모두 위법하다.

② 2005, 2006 사업연도 매출누락 여부 등

피고는 원고 XX인터내쇼날의 2005년 상품 매출누락금액을 산정함에 있어, 원고들의 금전출납부상의 현금수입금액과 법인 명의의 금융계좌에 입금된 상품매출대금을 합산한 후 원고들의 각 매출신고금액을 차감하여 원고들의 총 매출누락액을 산출 (금전출납부에 원고들의 상품매출금액이 회사별로 구분되어 있지 않음)한 다음, 이를 원고들의 각 부가가치세 신고매출액을 기준으로 원고 XX인터내쇼날 69.6%, 원고 OO치킨 30.4%의 비율로 안분하여 2005년 1기분 원고 XX인터내쇼날의 매출누락액을 705,403,430원, 원고 OO치킨의 매출누락액을 307,752,205원으로 산정하였는바, 위와 같은 안분방법은 장부나 증빙에 근거하지 아니한 것으로 근거과세의 원칙에 위배되어 위법할 뿐만 아니라, 원고 OO치킨은 사업자등록을 마친 2005. 4. 1. 이후 가맹점 사업 중 닭 공급부문을, 원고 XX인터내쇼날은 가맹점 개설 ・ 유지관리 부분을 각 전담하여 왔고 원고들의 전산시스템상 매출자료에 의하더라도 닭 매출의 비율은 원고 XX 인터내쇼날이 10.86%, 원고 OO치킨이 89.14%이므로 이와 같은 매출비율에 의하여 매출누락액을 산정할 경우 원고 XX인터내쇼날의 매출누락액은 110,028,701원, 원고 OO치킨의 매출누락액은 903,126,934원이 되어야 하므로, 원고 XX인터내쇼날의 2005년 1기분 매출누락액은 595,374,729원(= 705,403,430원 - 110,028,701원)이 과다산정된 위법이 있다.

또한, 원고 XX인터내쇼날의 전산시스템상 2006년 2기분 매출공급가액과 같은 기간 매출신고금액 사이에 328,150,407원의 차이가 확인되나, 원고 XX인터내쇼날의 2006 사업 연도 매출신고액은 2,449,254,748원, 매출공급가액은 2,446,667,241원으로서 2006 사업연도 전체를 보면 원고 XX인터내쇼날이 매출금액을 신고누락한 사실이 없음에도 피고는 2006년 2기분에 대한 세무조사내용만을 근거로 원고 XX인터내쇼날이 2006 사업연도 매출신고를 328,150,470원만큼 누락하였음을 전제로 한 2006 사업연도 법인세 및 부가가치세 부과처분은 모두 위법하다.

③ 가맹비 수입 누락 여부

원고 XX인터내셔날은 2004 - 2007 사업연도 기간 동안 가맹점들로부터 가맹점당 500만 원의 가맹비 합계 3억 8,500만 원을 수령한 사실이 없음에도 이와 다른 전제에서 이루어진 2004 - 2007 사업연도 법인세 및 부가가치세 부과처분은 모두 위법하다.

④ 정DD에 대한 급여의 가공비용 여부

정DD은 2005. 10. 28.까지 원고 XX인터내쇼날의 이사로 근무하면서 직원인사, 자금조달 등의 업무를 처리하여 왔음에도 원고 XX인터내쇼날의 업무에 전혀 관여하지 아니하였음을 전제로 정DD에게 지급한 2004년도 급여 301,296,615원을 가공 경비로 보아 손금부인하여 이루어진 2004 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

3) 원고 OO치킨의 주장(업무무관 무상대여 여부)

원고 OO치킨은 원고들의 공동사옥 신축을 위한 토지를 매입할 목적으로 2007. 5. 16.부터 2008. 12. 31.까지 사이에 원고 XX인터내쇼날 명의의 예금계좌에 합계 24 억 여원을 송금한 것일 뿐 업무와 관련 없이 무상으로 대여한 것이 아님에도 이와 다른 전제에서 위 금원을 업무무관 대여금으로 보아 그 인정이자 상당액을 익금산입하고, 관련 지급이자 상당액을 손금불산입하여 한 2007, 2008 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

4) 이 사건 소득금액변동통지 처분 관련 주장

① 원고들

위 1), 2), 3)항에서 본 바와 같은 사유에 의하여 원고들의 매출금액 등을 누락 한 사실이 없으므로, 그와 같은 매출누락 등이 있음을 전제로 한 이 사건 소득금액변동통지 처분도 위법하다.

② 원고 XX인터내쇼날

원고 XX인터내쇼날이 2006. 6. 20. 원고 OO치킨과 사이에 작성한 김포공장에 대한 임대차계약서는 형식상 작성된 것일 뿐 원고 OO치킨으로부터 임차보증금 5,000만 원을 수령한 사실이 없음에도 이와 다른 전제에서 위 5,000만 원이 사외로 유출되었음을 전제로 한 원고 XX인터내쇼날에 대한 이 사건 소득금액변동통지 처분은 위법하다.

③ 원고 OO치킨

용AA는 원고 OO치킨의 법인등기부상 대표이사나 이사로 등재되지 아니하여 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서에서 규정하고 있는 '대표자'에 해당하지 아니하므로, 용AA를 원고 OO치킨의 대표자로 보아 한 원고 OO치킨에 대한 소득금액변동통지 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고들이 공급한 닭이 부가가치세법상 면세대상인지 여부(원고들 공통 주장)에 대한판단

부가가치세법 제12조 제1항 제1호는 '가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물 ・ 축산물 ・ 수산물과 임산물을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것'의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제28조 제1항 제12호는 부가가치세 면제대상인 위 '가공되지 아니한 식료품'은 식용에 공하는 농산물 ・ 축산물 ・ 수산물 또는 임산물 중 가공되지 아나하거나 탈곡 ・ 정미 ・ 정맥 ・ 제분 ・ 정육 ・ 건조 ・ 냉동 ・ 염장 ・ 포장 기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용에 공하는 것을 포함하는 것으로 규정하고 있다.

이 사건의 경우, 을 9호증의 1 내지 20의 각 기재와 변론 전체의 취지를 통하여 인정되는 아래의 사실관계 및 사정, 즉 ① 원고들은 2003. 11. 30. 경기도지사로부터 축산물가공업(식육가공) 허가를 받아 그 때부터 김포공장에서 생닭에 염지작업을 한 후 저온숙성시킨 가공닭을 가맹점들에 공급하여 왔는데, 원고들이 주장하는 2005. 1. 1.부터 2006. 6. 30.까지의 기간 동안에는 가공닭이 아닌 생닭을 가맹점들에 공급하였다고 볼 만한 아무런 객관적인 자료가 없고 원고들의 가맹점주들도 원고들로부터 생닭을 공급받은 적이 없으며 가맹점 내부에서는 염지작업을 할 수 있을 만한 공간이나 시설을 갖추는 것이 불가능하다는 취지로 진술하고 있는 점, ② 서울지방국세청은 2005. 1. 10.부터 2005. 2. 23.까지 원고들에 대한 세무조사(이 사건 세무조사 이전에 실시된 것임)를 실시한 결과 원고들이 2004년 1기분 부가가치세 과세기간 동안에 염지 ・ 숙성작업을 마친 가공닭을 가맹점들에 공급하였음에도 면세로 신고하였음을 적발하였는데, 당시 원고들의 대표이사 용AA의 남편인 정DD(용AA와 함께 원고 OO치킨을 설립 함)이 작성한 확인서에 의하면 원고들이 가맹점들에 가공닭을 공급하였으나 세무지식이 부족하여 면세로 잘못 신고한 사실을 시인하면서도 당시 김포공장의 가동이 중단되었다거나 그로 인하여 가공닭이 아닌 생닭을 공급하고 있다고 언급한 사실은 없는 점에 비추어 볼 때 2005년경부터 2006. 6.경까지 사이에 김포공장의 폐수처리시설이 정상적으로 가동되지 않는 바람에 위 기간 동안에 가맹점들에 생닭을 공급하였다는 원고들의 주장은 믿기 어려운 점, ③ 원고들은 2005. 3. 23. 가맹점주들에 대하여 '세금계산서 발생으로 인한 부가세가 발생되어 부득이 4월 1일부터 현재 단가에서 200원 인상 합니다.'라는 내용의 문서를 작성 ・ 발송하였는바, 이는 앞서 본 바와 같이 서울지방국세청이 2005. 1. 10.부터 2. 23.까지 실시한 세무조사결과 원고들이 가맹점에 공급하는 가공닭이 부가가치세 과세대상임이 확인됨에 따라 부가가치세로 인한 가격인상을 통보 한 것으로 보이는 점, ④ 원고들은 2003. 3. 7.부터 2003. 4. 30.까지 김포공장의 폐수 처리설비공사를 마친 후 2003. 5. 6. 김포시장으로부터 설치허가를 받고 2006. 12. 10. 부터 2007. 2. 28.까지 및 2008. 12. 1.부터 같은 달 31.까지 각 폐수처리시설 보수공사를 한 적이 있을 뿐, 2005년 1기부터 2006년 1기까지 기간 동안에 폐수처리시설 보수 공사를 하였다거나 폐수처리시설이 가동되지 아니한 것으로는 보이지 않고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없는 점 등을 종합해 보면, 원고들은 위 2005년 1기부터 2006년 1기까지의 기간 동안 생닭이 아닌 염지 ・ 숙성작업을 거친 가공닭을 가맹점들에 공급하였다고 봄이 상당하고, 이는 부가가치세법 제2조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제28조 제1항 소정의 부가가치세 면제대상인 '가공되지 아니하거나 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거친 축산물'에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고 XX인터내쇼날의 주장에 대한 판단

가) 부산 ・ 경남동부지사 및 호남지사 계약금 수입 누락 여부

과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제 로서명 ・ 날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결, 대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 을 10호증의 1(확인서), 을 10호증의 2, 3(각 지사계약서)의 각 기재에 의하면, 앞서 본 서울지방국세청의 원고들에 대한 세무조사 당시 원고 XX인터내쇼날의 대표이사인 용AA는 원고 XX인터내쇼날이 이BB과 사이에 부산 ㆍ 경남동부지사 계약을 체결하고 받은 계약금 2억 원, 이CC과 사이에 호남지사 계약을 체결하고 받은 계약금 1억 5,000만 원을 부가가치세 및 법인세 신고시 누락하였다는 내용의 확인서(을 10호증의 1)를 작성하여 제출하였는데, 위 확인서에는 이BB, 이CC과의 위 각 지사계약의 계약체결일, 계약금, 계약기간 등과 수령한 계약금의 금액이 구체적으로 기재되어 있고, 위 각 지사계약서 사본이 첨부되는 등 그 내용이 명확하게 되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 달리 위 확인서가 용AA의 의사에 반하여 작성되었다거나 그 기재내용의 객관적 진실성을 의심할 만한 특별한 사정은 엿보이지 않는다(위 원고 또한 이러한 주장을 하고 있지도 않다). 또한 위 원고 주장과 같이 위 각 지사계약 체결 이후 원고 XX인터내쇼날과 이BB, 이CC과 사이에 위 지사계약 내용 변경에 관한 합의가 있었다면 용AA가 위 확인서 작성 당시 그와 같은 주장을 하거나 그에 부합하는 갑 6호증의 1, 2(각 계약내용 변경합의서) 및 갑 7호증의 1, 2 (각 확인서)를 제출하는 것이 당연함에도 불구하고 그와 같은 주장이나 위 증거들을 제 출한 바는 없는 것으로 보이는 점, 원고 XX인터내쇼날은 이CC으로부터 받은 위 계 약금 5,000만 원을 계약내용 변경합의가 있은 후 이CC에게 반환하였다고 주장하나, 위 금원의 반환사실을 인정할 만한 아무런 증거가 없는 점 등을 보태어 보면, 원고 XX인터내쇼날은 이BB, 이CC으로부터 위 각 지사 계약금 합계 3억 5,000만 원을 지급받은 것으로 보이고, 이에 반하는 갑 6, 7호증의 각 1, 2의 각 기재는 위와 같은 사실관계에 비추어 믿기 어렵다.

따라서 위 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

나) 2005, 2006 사업연도 매출 누락 여부

(1) 2005 사업 연도의 경우

일반적으로 납세의무자의 과세표준과 세액 등 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙 등에 의함이 원칙이겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되는 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 경정할 수 있다고 할 것이고, 실지조사에 의한 수입금액의 결정은 그것이 실제 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 5호증, 을 11호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, 피고는 원고 XX인터내쇼날의 2005 사업연도의 매출누락액을 산정함에 있어, 원고들의 2005년도 금전출납부상의 수입금액에 원고들 법인 명의의 예금계좌에 입금된 금액을 합한 금액을 실제 매출금액으로 보아 매출신고 금액과의 차액을 원고들의 총 매출누락 금액으로 산출한 다음(원고 XX언터내쇼날도 원고들의 위 총 매출누락금액에 대하여는 다투지 않고 있다), 원고들의 금전출납부상 수입금액이 원고 회사별로 구분되어 기재되어 있지 않고 예금계좌에 입금된 금원 역시 원고 회사별로 특정되지 않는 관계로, 원고들의 2005년 171분 부가가치세 신고시의 각 신고 매출액의 비율(원고 XX인터내쇼날 69.6%, 원고 OO치킨 30.4%)에 따라 안분하여 원고 XX인터내쇼날의 매출누락액을 22억 45,904,232원(2005년 l기분 20억 43,135,599원, 2분기 2억 2,768,633원), 원고 OO치킨의 매출누락액을 23억 89.046.805원(2005년 1기분 3억 7,752,205원, 2기분 20억 81,294,600원)으로 산정한 사실, 원고 XX인터내쇼날의 대표이사인 용AA는 서울지방국세청의 원고들에 대한 세무조사 과정에서 원고들의 매출누락부분이 밝혀지고 앞서 본 원고 회사별 2005년 1기분 부가가치세 신고매출액 비율에 따라 안분하여 산출한 원고들의 2005 사업연도의 매출누락액(을 11호증의 2, 원고들의 과세기간별 총수 금액과 매출액 집계 및 배분표)이 제시되자, 2005. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지 금전출납부상 원고 XX인터내쇼날과 원고 OO치킨의 상품매출액에 대한 총수금액, 신고금액과의 차액, 즉 매출누락액이 위와 같이 안분하여 산출한 금액과 같음을 확인하는 내용의 확인서(을 11호증의 1)를 작성한 사실, 위 확인서에 첨부된 원고들의 과세기간별 총수금액과 매출액 집계 및 배분표에는 각 기간별 현금수입금, 통장입금액, 계좌수금액 등을 기초로 한 총수금액과 원고들의 수입금액 배분기준 및 배분액 등이 구체적으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실 및 위 확인서가 용AA의 의사 에 반하여 작성되었다거나 그 기재내용이 객관적 진실성을 의심할 만한 특별한 사정은 엿보이지 않는 점, 원고 XX인터내쇼날의 주장과 같이 원고들의 전산시스템상 원고 XX인터내쇼날과 원고 OO치킨의 닭 공급매출의 비율이 10.86% : 89.14%라고 볼 만한 아무런 증거도 없는 점 등을 종합하면, 피고가 위 확인서 등에 근거하여 원고 XX 인터내쇼날의 2005 사업연도 매출누락액을 산정한 것은 객관성이 있는 방법으로서 적법하다고 할 것이다.

따라서 2005 사업연도 매출누락액 부분이 근거과세 원칙에 위배된다거나 2005년 1기분 매출누락액이 과다산정되어 위법하다는 원고 XX인터내쇼날의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 2006 사업연도의 경우

앞서 본 다. 2)의 가)항 및 나)의 (1)항에서 본 법리에 비추어 이 부분 주장에 관하여 보건대, 을 11호증의 5, 6의 각 기재에 의하면, 서울지방국세청의 원고들에 대한 세무조사 당시 원고 XX인터내쇼날의 대표이사인 용AA는 2006년 2기 부가가 치세 과세기간 중 원고 XX인터내쇼날의 전산시스템(FCWIN) 프로그램상 매출거래내역은 13억 96,718,918원이고 세무신고내역은 10억 68,568,511원으로 그 차액 3억 28,150,407원의 매출을 신고누락하였다는 내용의 확인서(을 11호증의 5)를 작성하여 제출하였고, 위 확인서에 첨부된 자료에는 상품매출액의 구체적인 내역과 거래처, 거래금액 등이 자세히 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있으며, 위 확인서가 용AA의 의사에 반하여 작성되었다거나 그 기재내용이 객관적 진실성을 의심할 만한 특별한 사정은 엿보이지 않는다. 또한, 원고 XX인터내쇼날의 주장과 같이 위 원고의 2006 사업연도 전체의 매출신고금액이 2,449,254,748원, 실제 매출공급가액이 2,446,667,241원이라고 볼 만한 아무런 증거도 없는 점 등을 종합해 보면, 피고가 위 확인서 등에 근거하여 위 원고의 2006 사업연도 매출누락액을 산정한 것에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

따라서 위 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다) 가맹비 합계 3억 8,500만 원의 수입 누락 여부

을 12호증의 기재에 의하면, 서울지방국세청의 원고들에 대한 세무조사 당시 원고 XX인터내쇼날의 대표이사인 용AA는 원고 XX인터내쇼날이 2004 ~ 2007 사업연도 기간 동안에 79개 가맹점들로부터 지급받은 가맹비 합계 3억 8,500만 원을 부가가치세 및 법인세 신고시 누락하였다는 내용의 확인서(을 12호증)를 작성하여 제출 하였는데, 위 확인서에는 가맹비를 지급한 각 가맹점의 명칭과 지급금액 및 일자까지 구체적으로 기재되어 있고, 달리 위 확인서가 용AA의 의사에 반하여 작성되었다거나 그 기재내용이 객관적 진실성을 의심할 만한 특별한 사정은 엿보이지 않는다. 따라서 원고 XX인터내쇼날은 2004 - 2007 사업연도 기간 동안에 가맹점들로부터 가맹비 합계 3억 8,500만 원을 지급받았다고 보이므로, 위 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라) 정DD에게 급여 명목으로 지급된 301,296,615의 손금산입 여부

을 13호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, 서울지방국세청의 원고들에 대한 세무조사 당시 원고 XX인터내쇼날의 대표이사인 용AA는 남편인 정DD이 2004 사업연도 기간 동안 원고 XX인터내쇼날에서 근무한 적이 없음에도 2004. 12. 31. 정DD에게 301,296,615원을 급여로 일괄 지급한 것으로 하여 비용처리하였다는 내용의 확인서(을 13호증의 1)를 작성하여 제출한 사실을 인정할 수 있고, 달리 위 확인서가 용AA의 의사에 반하여 작성되었다는 등 위 확인서의 신빙성을 배척할 만한 사정도 엿보이지 않는다. 또한 위 확인서에 첨부된 원고 XX인터내쇼날의 2004 사업연도 급여대장의 기재내용에 의하더라도 위 원고가 2004 사업연도 기간 동안에 정DD에게 매월 정기적으로 급여를 지급한 적이 전혀 없고 2004. 12. 31.에 301,296,615원을 일시불로 지급한 것으로 되어 있을 뿐이어서 위 금원이 정DD에게 2004 사업연도 기간 동안의 급여로 지급된 것이라고 믿기 어려운 점 등을 보태어 보면, 위 금원이 정DD 에게 2004년도 급여로 지급되었다고 보이지 아니하고, 위 원고가 주장하는 바와 같은 정DD이 2006년경 중구청장에 취임하였다는 사정만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족 하므로, 위 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 원고 OO치킨의 주장(원고 XX인터내쇼날에게 2007. 5. 16.부터 2008. 12. 31. 까지 사이에 지급한 합계 2,420,036,000원이 업무무관 대여금에 해당하는지 여부)에 대한 판단 을 15호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 서울지방국세청의 원고들에 대한 세무조사 당시 원고 OO치킨의 실질 대표자인 용AA는 원고 XX인터내쇼날에게 2007. 5. 16. 1,420,000,000원을, 2007. 10. 29. 1,000,036,000원을 선급금계정 과목으로 지 급하고 30,647,898원을 이자비용으로 계상하였으나 실제로는 2008. 12. 31.까지 원고 XX 인터내쇼날에게 위 각 금원 합계 2,420,036,000원을 무상으로 대여한 것이라는 내용의 확인서(을 15호증의 1)를 작성하여 제출하였는데, 위 확인서에는 대여일시, 대여금액 및 일수 등이 구체적으로 기재되어 있고, 그와 같은 내용이 기재된 원고 OO치킨의 거래처 원장이 첨부되는 등 그 내용이 명확하게 되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 달리 위 확인서가 용AA의 의사에 반하여 작성되었다거나 그 기재내용이 객관적 진실성을 의심할 만한 특별한 사정은 엿보이지 않는다. 또한, 원고 OO치킨은 위 금원이 원고들의 공동사옥을 신축할 토지를 매입하기 위한 조성자금이라고 주장하나, 원고들이 공동사옥 신축을 위한 토지를 매입하였다거나 이를 매입하기 위한 절차를 진행하였음을 인정할 만한 아무런 증거가 없는 점 등을 보태어 보면, 피고가 원고 OO치킨이 업무와 관련 없이 원고 XX인터내쇼날에게 위 금원을 무상 대여한 것으로 보아 그 인정 이자 상당액을 익금산입하고 관련 지급이자 상당액을 손금불산입한 것은 적법하다고 할 것이므로, 원고 OO치킨의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 원고들의 이 사건 소득금액변동통지 처분 취소주장에 대한 판단

가) 원고들의 위 1), 2), 3)항 관련 주장에 대한 판단

위 1), 2), 3) 항에서 본 바와 같이 이 부분 원고들의 주장은 모두 이유 없으므로, 원고들의 이 부분 주장이 받아들여질 것을 전제로 하여 이 사건 소득금액변동통지 처분이 위법하다는 내용의 원고들의 위 주장 또한 이유 없다.

나) 원고 XX인터내쇼날의 주장(김포공장 임차보증금의 사외유출 여부)에 대한 판단

을 16호증의 1 내지 5의 각 기재에 의하면, 서울지방국세청의 원고들에 대한 세무조사 당시 용AA는 원고 XX인터내쇼날이 2006. 7. 20. 그 소유의 김포공장을 원고 OO치킨에게 임차보증금 5.000만 원, 월 차임 500만 원으로 임차하는 내용의 임대차계약을 체결하였으나, 원고 XX인터내쇼날의 장부상으로는 위 임차보증금 5,000만 원의 계상을 누락하여 동 금액이 사외유출되었으며, 임차인인 원고 OO치킨 장부상으로는 2007. 1. 1. 임차보증금으로 2억 원을 계상하여 그 차액인 1억 5,000만 원이 사외 유출되었다는 취지의 확인서 2장(을 16호증의 1)을 원고 XX인터내쇼날의 대표이사 및 원고 OO치킨의 사실상 대표자로서 작성하여 제출한 사실, 위 확인서들에는 위와 같은 내용을 뒷받침하는 임대차계약서 사본(을 16호증의 2) 및 원고 회사들의 계장별 원장이 첨부되어 있고, 원고 OO치킨의 계장별원장(을 16호증의 5) 기재내용에 의하면 원고 OO치킨이 2006. 7. 31.부터 원고 XX인터내쇼날에게 매월 500만 원의 차임을 지급하여 온 것으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있으며, 달리 위 확인서가 용AA의 의사에 반하여 작성되었다거나 그 기재내용이 객관적 진실성을 의심할 만한 특별한 사정은 엿보이지 않는 점 등을 종합해 보면, 원고 XX인터내쇼날은 원고 OO치킨과 사이에 위 임대차계약을 체결하고 위 임차보증금을 수령한 것으로 보이므로, 원고 XX인터내쇼날의 이 부분 주장도 이유 없다.

다) 원고 OO치킨의 주장(용AA가 위 원고의 대표자에 해당하는지 여부)에 대한 판단

구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하면서 괄호 안에 예외적으로 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 한다고 규정하여 대표자가 아니면서 사실상 대표자로 간주할 수 있는 경우를 위 규정상의 괄호 안의 사유로 제한하고 있는 점에 비추어 보면, 위 규정상 상여처분이 의제되는 대표자는 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자이거나, 위 괄호 안의 요건을 갖춘 주주 등 임원 중 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자이어야 할 것이므로, 법인 등기부상 대표자로 등재되어 있지 아니하고 괄호 안의 주주 등인 임원으로서의 요건도 갖추지 못한 자의 경우에는 설령 그 자가 법인의 경영을 사실상 지배하고 있다고 하더라도 위 규정에서 말하는 대표자에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조). 한편 위 규정에서 말하는 '주주 등인 임원'이라 함은 구 법인세법 시행령 제42조 제1항, 제43조 제6항 제1호 내지 제4호를 종합하여 볼 때 주주 ・ 사원 또는 출자자로서 등기나 정관에 기재된 임원은 아니나 사실상 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자를 포함한다고 할 것이다.

이러한 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 소장에 첨부된 원고 OO치킨의 법인 등기부 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 용AA가 2005. 4. 19. 원고 OO치킨의 대표이사에서 사임한 후 법인등기부상 대표이사나 이사로 등재되어 있지 않고, 원고 OO치킨의 법인등기부상 용AA의 시누이인 정EE(정DD의 누나)이 2005. 4. 19.부터 현재까지 대표이사로 등재되어 있는 사실은 인정되나, 한편 을 5호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합해 보면, 용AA는 남편 정DD과 함께 원고 OO치킨을 설립하고 발행주식 10,000주 전부를 소유하면서 이를 정EE(40%), 한FF(30%), 안GG(30%), 이HH (5%)에게 명의신탁한 후 사실상 대표로 불리면서 원고 OO치킨의 경영권을 실질적으로 행사하여 왔고, 정EE은 용AA가 선임한 명목상 대표이사에 불과한 사실을 인정할 수 있으므로, 용AA는 원고 OO치킨의 발행주식총수를 소유한 주주 등인 임원으로서 원고 OO치킨의 경영을 사실상 지배하고 있다고 봄이 상당하다.

따라서 용AA를 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에서 정하고 있는 인정상여 처분의 상대방이 되는 대표자로 보아 한 원고 OO치킨에 대한 소득금액변동 통지 처분은 적법하므로, 원고 OO치킨의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각한다.