2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 ◇◇◇◇고등학교 등을 설립・운영하고 있는 학교법인으로서, ① 2002. 3. 1.부터 2003. 2. 28.까지의 사업연도(이하 '2002 사업연도'라 한다) 법인회계 중 수익사업 회계에 5,375,560,000원의 고유목적사업준비금을 설정하고 위 금액을 학교회계로 전출하여 고유목적사업에 지출한 것으로 회계처리를 하였고, ② 2004. 3. 1.부터 2005. 2. 28.사이의 사업연도(이하 '2004 사업연도'라 한다)에 고유목적사업준비금 중 10,874,001,000원을 학교회계로 전출하여 고유목적사업에 지출한 것으로 회계처리를 하였으며, 그에 따라 위 각 사업연도 법인세를 신고하면서 위 각 금액을 고유목적사업준비금 항목에서 차감 하여 신고하였다.

나. 피고는 원고에 대한 감사결과,① 원고가 위 2002 사업연도에 고유목적사업에 지출하였다고 신고한 5,375,560,000원 중 4,085,442,000원은 수익사업회계와 무관한 학교회계 발전기금 항목에 속하는 돈으로서, 실제로 그 항목에서 고유목적사업비로 지출 하였고,② 위 2004 사업연도에 고유목적사업에 지출하였다고 신고한 10,874,001,000 원 중 5,551,922,000원은 수익사업회계와 무관한 국가보조금, 기부금 등의 항목에 속하는 돈으로서, 실제로 그 항목에서 고유목적사업비로 지출하였음을 확인하고, 원고가 2002 사업 연도에 4,085,442,000원을, 2004 사업 연도에 5,551,922,000원을 각 고유목적 사업준비금 항목에서 고유목적사업비로 지출하지 아니하였음에도 고유목적사업준비금에서 위 각 금액만큼씩 차감한 것은 위 각 사업연도에 위 각 금액을 임의로 환업계상한 것에 해당한다고 판단하였다.

다. 피고는 2007. 8. 1. 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제4항, 법인세법 기본통칙 29-56・・・5에 근거하여 2002 사업연도의 익금에 4,085,442,000원을, 2004 사업연도의 익금에 5,551,922,000원을 각 산입하는 것으로 조정하여 원고에게 2002 사업연도 귀속 법인세 1,858,382,720원(가산세 포함) 및 2004 사업연도 귀속 법인세 2,612,544,000원(가산세 포함)을 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 각 부과처분'이라 한다).

[인정근거] 갑 제1, 2, 6호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

이사건각부과처분은다음과같은사유로위법하므로전부취소되어야한다.

(1) 비영리법인의 수익사업회계 중 고유목적사업준비금은 법인의 해산, 고유목적사업 의 폐지, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때 등 법인세법에서 정한 사유에 해당하는 경우에 만 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 익금으로 환입되는 것이고, 법인 세법 등에 명시적인 규정이 없음에도 법규적 효력이 없는 법인세법 기본통칙규정에 의 하여 고유목적사업준비금의 임의환업을 익금산입사유로 보는 것은 조세법률주의 원칙 상 허용되지 아니하는 확장・유추해석에 해당하므로, 고유목적사업준비금의 임의환입은 익금산업사유에 해당하지 아니한다.

(2) 원고가 2002 사업연도 및 2004 사업연도에 고유목적사업준비금 항목에서 고유목 적사업비를 지출하지 않고서 고유목적사업준비금 4,085,442,000원과 5,551,922,000원을 각 차감하였으나, 2005. 3. 1.부터 2006. 2. 28.까지 사이의 사업연도(이하 '2005 사업 연도'라 한다)에 위 각 금액을 고유목적사업준비금으로 환원하고 위 각 금액이 고유목적사업준비금으로 설정・계상된 사업연도로부터 5년 이내에 모두 고유목적사업비로 사용하였으므로, 위 각 금액을 고유목적사업준비금에서 차감한 것만으로는 위 각 금액을 고유목적사업준비금에서 임의로 환입한 것으로 볼 수 없다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고 산하 ◇◇◇◇고등학교는 2003. 2.경까지 동창회를 통하여 기념관 건립 등 을 위하여 4,085,442,948원을 모금하였는데, ◇◇◇◇고등학교 운영위원회는 2003. 1. 16. 위 돈을 법인회계 중 학교회계에 속하는 학교발전기금에 편입하여 운용하기로 결 의하고 2003. 2. 6. 위 돈을 학교발전기금에 편입한 후 2003. 4. 23.부터 2005. 2. 24. 까지 사이에 ◁◁ 기념관 건립공사비용 등 고유목적사업비로 지출하고 이를 회계처리에 반영하였다.

(2) 원고는 2002 사업연도 결산일인 2003. 2. 28. 위 모금액 4,085,442,948원을 법인 회계 중 수익사업회계에 편입하여 고유목적사업준비금으로 설정・계상한 후 다시 이를 학교회계로 전출하여 고유목적사업준비금에 계상된 위 돈을 고유목적사업에 지출한 것으로 회계처리하여 위 금액만큼 고유목적사업준비금을 차감한 다음 이를 기초로 2002 사업연도 법인세 신고를 하였다.

(3) 원고는 2004 사업연도에 ▽▽시 교육청으로부터 시설비 보조금 2,243,200,000 원, ☐☐☐ 주식회사 등으로부터 기부금 1,003,154,318원, 고유목적사업용 자산인 ○○수련관 양도대금 2,305,568,600원 등 5,551,922,000원을 수령하여 위 사업연도에 ◁◁ 기념관 건립공사비, 교육환경개선사업비, 학교운영비, 기숙사・식당 신축비 등 고유목적사업비로 지출하였다.

(4) 원고는 2004 사업연도 결산일인 2005. 2. 28. 위 보조금 등 5,551,922,000원을 법인회계 중 수익사업회계에 편입한 후 이를 학교회계로 전출하여 고유목적사업에 지 출한 것으로 회계처리하여 위 금액만큼 고유목적사업준비금을 차감하고 가수금으로 계 상한 다음 이를 기초로 2004 사업연도 법인세 신고를 하였다.

(5) 원고는 2006. 2. 28. 결산조정을 하면서 ① 2002 사업연도에 수익사업회계 중 고 유목적사업준비금 항목에 계상하고 고유목적사업에 지출하였다고 신고한 5,375,560,000 원 중 4,085,442,000원은 위 사업연도에 법인회계 중 학교회계의 발전기금 항목에도 계상되었다가 지출되었음을 발견하여 이를 정정하고, ② 2004 사업연도에 수익사업회계 중 고유목적사업준비금 항목에서 고유목적사업에 지출하였다고 신고한 10,874,001,000원 중 5,551,922,000원은 수익사업회계를 거치지 않고 곧바로 비영리사업회계에 편입되어 지출된 것으로 정정하기 위하여, 위 각 사업연도 고유목적사업준비금 항목에서 학교회계로 위 각 금액을 전출하였던 회계처리를 전부 환원하는 방식으로 회계처리를 정정함으로써 위 각 금액만큼 차감되었던 위 각 사업연도 고유목적사업준비금을 원래대로 환원하였고, 이를 반영하여 2005 사업연도 법인세 신고를 하였다.

(6) 원고는 2002 사업연도와 2004 사업연도에 수익사업회계에서 발생한 수입 전부를 고유목적사업준비금으로 설정・계상하여 이를 위 각 사업연도 손금에 산입하였고, 위 (5)항과 같이 차후에 2002 사업연도 고유목적사업준비금 항목으로 환원된 4,085,442,000원과 2004 사업연도 고유목적사업준비금 항목으로 환원된 5,551,922,000 원을 위 금액이 고유목적사업준비금으로 설정・계상된 사업연도로부터 5년 이내에 모두 고유목적사업비로 사용하였다.

(7) 원고는 법인세법상 수익사업회계에서 속하는 수입 외에 비영리사업회계에 속하는 기부금, 정부보조금, 학교발전기금 등의 수입이 있는데, 원고가 사립학교법에 따라 학교회계에 속하는 교비회계와 부속병원회계, 법인회계에 속하는 수익사업회계와 일반 업무회계로 구분경리를 실시할 뿐 법인세법에 따라 위 각 회계를 다시 수익사업회계와 비영리사업회계로 구분하여 경리하지는 않았던 관계로, 수익사업회계에 속하는 수입과 비영리사업회계에 속하는 수입 중 어느 것에서 고유목적사업비를 지출하는 것인지를 명확히 구분하지 않았고, 다만, 사업연도말 결산시에 사립학교법에 따른 각 회계별 구 분경리자료를 기초로 합산 재무제표를 작성하고 이에 대하여 법인세법에 의한 결산조 정사항 또는 세무조정사항을 반영한 세무조정계산서를 작성하여 법인세 신고를 하였 다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제3, 5, 7 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 법인세법 제29조 제1 내지 4항, 같은 법 시행령(2003. 11. 29. 대통령령 제18146 호로 개정되기 전의 것) 제56조 제6, 7항, 조세특례제한법(2003. 5. 10. 법률 제6867호로 개정되기 전의 것) 제74조에 의하면, 비영리법인이 수익사업을 통하여 얻은 소득으로써 고유목적사업을 안정적으로 영위할 수 있도록 그 소득이 발생하는 사업연도에 이를 고유목적사업준비금으로 설정・계상할 경우 이를 당해 사업연도의 손금에 산입하여 과세대상에서 제외하고(사립학교법에 의한 학교법인에 대하여는 2009. 12. 31. 이전에 종료하는 사업연도까지 당해 학교법인의 수익사업에서 발생한 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입할 수 있다), 그 대신 이마 손금에 산업된 고유목적 사업준비금을 실제 고유목적사업비로 지출하는 사업연도에는 고유목적사업준비금에서 그 지출금액을 차감하도록 하는 한편, 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때 등의 경우에는 손금에 산입한 고유목적사업준비금 중 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 잔액을 위 환입사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고, 그에 따른 법인세액과 위 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 과세되지 않은 법인세액의 차액에 대한 이자상당액을 합하여 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 조세의 종목과 세율뿐만 아니라 과세대상・과세표준 등 조세의 부과징수에 관한 구체적인 사항은 모두 법률에 의하여서만 규정되어야 하는 것이고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석함 으로써 납세의무자에게 불리한 결과를 초래하는 것은 허용되지 아니하므로, 비영리법인의 수익사업회계에 고유목적사업준비금으로 계상되어 손금에 산입된 금원을 환원하여 익금에 산입하기 위하여는 법령에 정한 사유에 해당하여야 할 것이다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 원고가 2002 사업연도에 학교회계에 전출함과 동시에 고 유목적사업준비금에서 차감한 4,085,442,000원과 2004 사업연도에 학교회계에 전출함과 동시에 고유목적사업준비금에서 차감한 5,551,922,000원에 관하여 수익사업에 지출 ・ 전용하거나 법인해산, 고유목적사업 폐지, 고유목적사업준비금으로 설정・계상된 사업연도로부터 5년 이내에 미사용 등 이를 익금에 산업할 법인세법 제29조 제3항 등의 법령상 사유가 발생하였다고 볼 수 없고, 그 밖에 이에 관하여 아무런 자료도 없다(피고는 위 각 금액이 법인세법 기본통칙 29-56・・・5에 정한 익금산업사유에 해당한다고 주장하나, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내무에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니고, 따라 서 법인세법 기본통칙 규정의 법규적 효력도 인정할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다).

(3) 또한, 비영리법인이 이전 사업연도에 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산업한 금원을 법령에 정한 기간 내에 고유목적사업비로 사용하지 아니하고 환원하여 익금에 산업함으로써 법인세 과세이연의 혜택을 포기하고 익금산업에 따른 법인세 및 과세이연된 동안의 법인세 이자상당액을 납부한다는 것은 법인의 해산, 고유목적사업 의 폐지 등과 같은 불가피한 사정이 있는 이외에는 매우 이례적인 것이므로, 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산입한 금원을 환원하여 익금에 산입한 것으로 인정할 수 있으려면 비영리법인이 위 금원을 고유목적사업준비금에서 차감하였다는 사정 이외에 실질적으로 수익사업에 지출 ・ 전용하는 등 더 이상 고유목적사업에 지출하지 아니하겠다는 사정이 회계처리과정에서 분명히 드러나야 할 것인데, 위 인정 사실에 의하면, 원고는 2002 사업연도에 고유목적사업준비금에서 차감한 4,085,442,000 원과 2004 사업연도에 고유목적사업준비금에서 차감한 5,551,922,000원을 각 학교회계 로 전출하고 이를 학교회계에서 전입받아 기념관 건립공사비, 교육환경개선사업비, 학교운영비, 기숙사・식당 신축비 등 고유목적사업비로 사용한 것으로 회계처리를 하였으므로, 원고가 위 각 금원을 고유목적사업비로 사용하지 아니하고 수익사업에 사용하기 위하여 고유목적사업준비금에서 환원하여 익금에 산입한 것으로 보기도 어렵다.

(4) 따라서, 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 인용한다.