1. 피고의 상고이유에 대하여

원심은 그 채택 증거에 의하여, ① 남대문세무서의 세무조사 결과, 주식회사 ○○○쥬얼리(이하 '○○○쥬얼리'라 한다)가 2002년 2기부터 2003년 1기까지 거래한 금지금 매입처들은 대부분 자료상이고, ○○○쥬얼리가 2001년 1기부터 2003년 2기까지 주식회사 ☆☆케이골드 등에게 금지금을 매출하였다는 내용의 세금계산서를 교부하였으나 이들도 대부분(매출액의 81.3%) 자료상 등의 범칙이력이 있는 업체들로 밝혀진 사실, ② 원고는 자신의 사업장과는 무관한 우리은행 을지로 지점, 한빛은행 종로3가 지점, 국민은행 종로3가 지점(오히려 ○○○쥬얼리의 사업장과 가깝다) 등에서 ○○○쥬얼리의 계좌에 금지금 대금을 입금하였으며, 그 돈은 곧바로 자료상으로 밝혀진 △△골드시스템 주식회사, □□금은유통 주식회사, 주식회사 ◇◇골드퀸 등의 계좌로 재차 입금된 사실, ③ ○○○쥬얼리는 2001년 1기부터 2003년 2기까지 실물거래가 없는 100% 자료상이라는 이유로 그 대표이사인 조AA가 수사기관에 고발되었으나 조AA의 주소불명으로 기소중지된 사실 등을 인정하면서도, 이러한 사실들만으로는 원고와 ○○○쥬얼리 사이의 이 사건 금지금 거래가 명목상의 거래임을 인정하기에 부족하다고 보아 그에 관하여 원고가 ○○○쥬얼리로부터 수취한 이 사건 세금계산서가 실물거래를 수반하지 않은 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 본 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.

그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

원심이 인정한 사실관계에 의하면, ○○○쥬얼리에게 금지금을 공급하였다는 업체들은 대부분 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상들이었으므로 그 당연한 귀결로서 ○○○쥬얼리가 원고를 비롯한 자신의 매출처에 대하여도 실제로 금지금을 공급하였을 가능성이 희박하고, 원고가 ○○○쥬얼리에게 금지금 대금을 송금할 때 폰뱅킹이나 인터넷뱅킹으로 간단히 송금하거나 원고의 사업장 근처에 있는 은행 등에서 송금할 수 있었을 것임에도 도난과 분실의 위험을 무릅쓰고 고액의 현금을 ○○○쥬얼리의 사업장 근처의 은행까지 들고 가서 무통장으로 입금한다는 것은 매우 이례적인바, 이러한 사정들을 논리칙과 경험칙에 비추어 보면 원고가 ○○○쥬얼리로부터 수취한 이 사건 매입세금계산서는 실물거래를 수반하지 않은 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 여지가 많다.

그렇다면 원심으로서는 원고가 ○○○쥬얼리로부터 매입하였다는 금지금의 실물흐름을 확인할 수 있는 장부와 증빙이 존재하는지 여부, ○○○쥬얼리와의 거래를 전후한 기간 동안의 금지금 매입수량 및 매출액 대비 매입액 비율의 변동추이 등을 자세히 심리하여 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부를 판단하였어야 함에도 이러한 심리 없이 이 사건 세금계산서가 실물거래를 수반하였다고 볼 아무런 근거도 제시하지 아니한 채 그것이 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 사실과 다른 세금계산서에 관한 법리를 오해하거나 채증법칙을 위반하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

2. 원고의 상고이유에 대하여

원심판결 이유에 의하면, 원심은 이 사건 세금계산서가 실물거래를 수반하지 않는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다는 이유로 이 사건 부가가치세 부과처분이 위법하다고 판단하면서도, 이 사건 세금계산서상의 매입액은 허위가 아니므로 종합소득세 과세표준 산정시 필요경비로 인정되어야 한다는 원고의 주장에 대하여는 아무런 판단도 하지 아니한 채 이 사건 세금계산서상의 매입액을 필요경비로 인정하지 아니한 이 사건 종합소득세 부과처분이 적법하다고 하였는바, 이러한 원심판결에는 원고의 위 주장에 대한 판단을 제대로 하지 아니한 판단누락의 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다