처분청은 1999.12월 청구법인에 대한 원천세 표본조사를 실시하고, 건설업을 영위하고 있는 청구법인이 관계회사인 OOO건설(주)로부터 자금을 대여 받고 1994년부터 1997년까지 이에 대한 이자를 지급하면서 지급조서를 제출하지 않았음을 확인하고, 2000.3.4 청구법인에게 지급조서미제출가산세로서의 법인세 58,526,290원(1994사업연도분 21,718,810원, 1995사업연도분 17,767,690원, 1996사업연도분 18,606,120원, 1997사업연도분 433,670원)을 부과하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.4.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

1997.12.28 법인세법 제63조「지급조서의 제출의무」에 관한 규정의 개정으로, 지급조서 제출 의무자가 이자소득 등을 지급하는 자에서 원천징수의무자로 개정된 점을 볼 때, 법인에게 지급하는 이자소득 등으로서 원천징수 대상에서 제외되는 경우라면 지급조서의 제출의무도 면제되는 것으로 해석하여야 한다.

나. 처분청 의견

법인이 신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 이자소득을 지급하는 때에는 법인세법시행령 제100조의 4의 규정에 의하여 원천징수 대상에서 제외되는 것은 이론의 여지가 없으나, 이 경우에도 동법 시행령에 지급조서 제출 면제 또는 제출특례등 열거규정이 없어, 지급조서 제출의무가 면제되는 것은 아니므로 지급조서미제출가산세로서의 법인세 부과는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

법인에게 지급하는 이자소득으로서 원천징수 대상에서 제외되는 경우, 지급조서 제출의무도 면제되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구 법인세법(97.12.31, 법률 제5418호로 개정되기 이전의 것) 제39조(원천징수) 제1항은 『 소득세법 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다), 동법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서장에게 납부하여야 한다. 이 경우 이자소득의 지급시기등에 관하여는 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제100조의 4(원천징수 대상소득의 범위)는 『법 제39조에 규정하는 이자소득금액, 증권투자신탁수익의 분배금에는 다음 각호의 소득은 포함되지 않는 것으로 한다. 제4호 신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급소득』이라고 규정하고 있다.

같은 법 제63조(지급조서의 제출의무) 제1항은 『제1조의 규정에 의하여 납세의무 있는 법인에게 소득세법 제16조 제1항의 이자소득 또는 소득세법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁 분배금을 지급하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 지급조서를 제출하여야 한다』고 규정하고 있고, 제2항은 『지급조서의 제출에 대해서는 소득세법 제164조의 규정을 준용한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제128조(지급조서의 제출) 제1항은 『법 제63조 제1항에 규정하는 지급조서를 소득세법의 규정에 의하여 납세지관할 세무서장에게 제출하여야 한다』고 규정하고 있고, 제2항은 『다음 각호의 금액에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 지급조서를 제출하지 아니할 수 있다. 제1호 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 소득, 제2호 법 제59조 제1항의 규정에 의하여 원천징수하는 소득』이라고 규정하고 있다.

또한, 소득세법 제16조(이자소득) 제1항은 『이자소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 제12호 비영업대금의 이익』이라고 규정하고 있고, 같은 법 제127조(원천징수의무) 제1항은 『국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. 제1호 이자소득금액』이라고 규정하고 있으며, 같은 법 제164조(지급조서의 제출) 제1항은 『제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각호의 1의 소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 의하여 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자를 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급조서를 그 지급일이 속하는 분기 종료일의 다음달 말일까지 원천징수 관할세무서장·지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 근로소득에 대한 지급조서는 다음 연도 2월 말일까지 제출하여야 한다. 제1호 이자소득』이라고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제213조(지급조서의 제출) 제1항은 『법 제164조 제1항에 규정하는 지급조서는 그 지급을 받는 소득자별로 총리령이 정하는 지급조서에 의하여 원천징수 관할세무서장·관할지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제214조(지급조서 제출의 면제 등) 제1항은 『다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 법 제164조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 제1호 법 및 조세감면규제법에 의하여 소득세 또는 법인세가 비과세되는 소득, 제2호 조세감면규제법 제83조 제1항의 규정에 의하여 분리과세되는 기타소득, 제3호 법 제156조 및 법인세법 제59조 제1항의 규정에 의하여 원천징수하는 소득, 제4호 기타 총리령으로 정하는 소득』이라고 규정하고 있으며, 제2항은 『다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 법 제164조 제1항의 규정에 의한 지급조서의 제출을 면제한다. 다만, 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제1호 예금등의 잔액이 30만원 미만으로서 1년간 거래가 없는 계좌에서 발생하는 이자소득 또는 배당소득, 제2호 계좌별로 1년간 발생한 이자소득 또는 배당소득이 3만원 미만인 경우의 당해 소득, 제3호 조세감면규제법 제81조의 2의 규정에 의한 가계생활자금저축에서 발생한 이자소득, 제4호 조세감면규제법시행령 제76조의 3의 규정에 의한 근로자장기증권저축, 동법시행령 제76조의 4의 규정에 의한 근로자 증권저축 및 동법시행령 제77조의 규정에 의한 소액채권저축에 편입된 채권등의 보유기간이자상당액. 다만, 당해 저축의 만기일 또는 중도해지일에 지급하는 보유기간 이자상당액의 합계액은 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

청구법인이 관계회사인 청구외 (주)OOO건설에 지급한 이자는 신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 이자소득을 지급하는 경우로서 법인세법시행령 제100조의 4의 규정에 의하여 원천징수 의무가 면제되는 것이며, 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

청구법인은 1997.12.13 법인세법 제63조의 개정으로 법인세 지급조서 제출의무자가 『납세의무 있는 법인에게 소득세법 제16조 제1항의 이자소득을 지급하는 자』에서 『 법인세법 제39조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자』로 개정된 점으로 보아, 같은 법 제1항은 법인세법에서 원천징수 하도록 한 이자소득 등을 법인에게 지급할 때의 지급조서 제출의무를 규정하는 것이고, 같은 법 제2항은 소득세법등의 규정에 의해 개인에게 이자소득 등을 지급할 때의 지급조서 제출의무를 규정한 것으로 보아야 하며, 법인에게 지급하는 이자소득 등으로서 원천징수의무가 면제되는 경우에는 지급조서의 제출도 면제되어야 한다는 주장인 바,

원천징수와 지급조서의 제출은 제도의 취지가 다르다 할 것이고, 법인세법상 원천징수의무와 지급조서제출의무에 대하여 그 대상소득, 면제대상소득, 미이행시 가산세 등이 별도로 규정되어 있는 점과 법인세법 시행령 제128조 제2항 각호에 규정된 지급조서를 제출하지 아니할 수 있는 금액에 청구법인이 주장하는 이자소득 등은 열거되어 있지 아니한 점을 감안하면 법인에게 지급하는 이자소득으로서 신고한 과세표준에 이미 산입된 미지급 이자소득을 지급하는 것으로서 원천징수가 면제되는 경우라 하더라도 지급조서의 제출이 면제되는 것은 아니라 할 것이다(국세청예규 법인 46013-776, 1999.3.9 같은 뜻).

그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.