원심판결 이유에 의하면 원심은, 종래 도로에 의존하던 벌크시멘트의 수송을 철도수송으로 전환하기 위하여 조성한 수도권 남부철도화물 기지 내의 일부 토지 상에 원고가 양회저장시설(Cement Silo, 기계장치, 전력설비, 건물 등으로 구성됨)을 건설하여 철도청에 기부채납하기로 하되 기부의 범위는 차후에 정하기로 하고 그 설치부지에 대한 사용료를 납부하면서 원고의 부담과 책임하에 공사를 추진한다는 조건으로 1985. 1. 15.경 재산관리관인 철도건설청장으로부터 국유토지사용허가를 받은 뒤 같은 해 12. 5.부터 건축허가를 받지 아니한 채 공사를 시작하여 1986. 8.경에 이를 완료한 후 그 시설물을 사용하여 벌크시멘트를 출하하기 시작한 사실, 그런데 위 시설물의 부지가 개발제한구역 내에 있었던 관계로 건축허가절차가 계속 지연되다가 1986. 11. 10.에 이르러 건축주 명의를 철도건설청장으로 하여 시흥군수와의 사이에 건축법 제8조 에 의한 건축협의가 성립되긴 하였으나, 이후에도 개발제한 문제가 걸려 장기간 후속절차가 지체되던 끝에 1988. 11. 30.에 가서야 비로소 원고를 비롯한 각 시멘트회사들이 설치한 양회저장시설에 대하여 일괄적으로 준공검사를 받게 된 사실, 이어 기부범위에 관한 수차에 걸친 협의결과에 따라 원고는 결국 1989. 8. 31. 시설물 일체를 국가에 기부한다는 의사를 표시하고 철도건설청장이 이를 채납한 후 같은 해 10. 17. 그 중 건물 등의 소유자 명의를 국가로 하여 소유권보존등기를 하는 한편 같은 해 11. 9. 원고에게 기간을 위 준공일로부터 1991. 11. 29.까지로 하여 위 시설물에 대한 무상사용수익허가를 하여 준 사실, 원고는 1989. 2기에 재화의 공급이 있은 것으로 보고 사실상 완공일부터 그 때까지의 토지사용료가 포함되지 아니한 공사비 총액에서 같은 기간 중의 감가상각비를 공제한 잔액을 과세표준으로 한 부가가치세의 세액을 신고납부한 사실, 피고는 이에 대하여 원고가 위 시설물의 준공일인 1988. 11. 30. 건설용역만을 공급한 것이어서 위 시설물은 국가가 원시적으로 준공일에 그 소유권을 취득한 것이라는 이유로 같은 날까지의 공사비 총액(감가상각비를 공제하지 아니한 금액)을 1988년 2기분의 부가가치세 과세표준으로 보고 1993. 2. 16. 원고에 대하여 이 사건 부가가치세의 차감세액을 부과고지한 사실을 차례로 인정한 다음, 위 인정사실에 의하면 위 시설물의 설치부지 사용허가시 원고는 위 시설물의 건설용역을 제공하기로 한 것이 아니라 그 지상에 양회저장시설을 지어 이를 기부채납하기로 한 것으로서 원고는 시설부지의 사용권을 따로이 취득하고 토지사용료를 위 시설물의 기부채납시까지 철도청에 계속 지급하여 오면서 사실상 완공일 이후 그 지상에 건설된 위 시설물을 기부당시까지 약 3년간에 걸쳐 사업용 고정자산으로 사용하여 왔을 뿐 아니라, 위와 같이 사실상 완공된 후에도 기부 범위 등에 관한 여러 차례의 협의를 거쳐 절차가 모두 마무리된 다음에야 비로소 철도청이 위 시설물을 국가 소유로 관리하기 시작하게 된 점과 기부채납 전의 소유권 귀속에 관한 특별한 약정이 없는 상태에서 원고가 도시계획사업시행 등의 허가를 받음이 없이 앞서 본 바와 같이 자기의 비용과 책임으로 위 시설물을 완공한 점 등에 비추어 원고가 위 시설물의 소유권을 일단 원시취득한 후 다시 이를 철도청에 기부채납하는 절차를 거쳐 그 소유권을 국가에 이전한 것으로 보는 것이 타당하다(사실상 완공 이후의 건축협의는 후속절차 진행을 위한 편의적인 조치에 지나지 아니하여 이로 인하여 결론이 달라지는 것은 아니다)고 할 것이고, 그 공급시기도 기부채납절차가 완료된 1989. 9.경이거나 피고(국가의 오기임이 명백하다)명의로 보존등기가 된 같은 해 10. 17.경이라고 하여 1988. 2기에 용역을 공급하였음을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다 고 판단하였다.

기록과 관계 법령의 규정내용에 비추어 보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 채증법칙을 위반하여 사실을 오인하거나 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다. 상고이유에서 원용하고 있는 판례는 행정청이 아닌 자가 도시계획사업허가를 받고 특수삭도 시설물을 설치함으로써 관계 법령에 따라 준공과 동시에 그 소유권이 지방자치단체에 귀속되는 경우에 관한 것으로서 이 사건과는 사안을 달리하는 것이다. 상고이유의 주장은 그 이유가 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.