청구인은 1998.5.21 청구인의 부 OOO으로부터 서울특별시 서초구 OO동 OOOO OOOOOOOO OOOO OOOO(건물 86.86㎡, 대지지분 31.52㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 증여받아 1999.2.25 청구외 OOO 등 2인에게 양도하고 양도가액은 실지거래가액인 매매계약서상의 금액 240,000,000원으로, 취득가액은 환산가액인 250,423,369원으로 하여 납부할 양도소득세가 없는 것으로 1999.2.6 자산양도차익예정신고를 하였다.

처분청은 청구인이 신고한 실지양도가액 240,000,000원은 거래상대방의 확인에 의해 사실로 인정되나, 청구인이 취득가액으로 신고한 환산가액 250,423,369원은 잘못 계상한 가액으로 소득세법시행령 제166조 제2항 제3호의 규정에 의해 증여세 과세가액인 137,199,652원으로 하고, 또한 청구인이 양도소득세 필요경비로 잘못 계산하여 신고한 11,591,900원 등을 부인하여 2001.1.2 1999년도분 양도소득세 47,312,600원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2001.3.29 심판청구를 하였다.

2. 청구인주장 및 처분청의견

가. 청구인주장

당초에는 실지거래가액에 의해 자산양도차익예정신고를 하였으나 처분청으로부터 취득가액 신고내용에 오류가 있다는 조사결과를 2000.12.6 통지받고 이건 고지전인 2002.12.22 기준시가로 수정신고를 하였는 바, 쟁점부동산은 부로부터 증여에 의해 취득한 자산으로 소득세법시행령 제166조 제5항 제1호에 정한 「단기매매차익을 목적」으로 한 것이거나「부정한 방법」으로 거래한 것이 아니므로 기준시가로 과세해야 한다.

나. 처분청의견

청구인은 실지거래가액에 의해 양도차익이 없는 것으로 자산양도차익예정신고를 하였다가 처분청으로부터 양도소득세가 고지된다는 「세무조사결과통지」를 받고 기준시가로 결정해 달라는 수정신고를 하였으나 이와 같은 수정신고가 적법하다는 명문의 규정이 없고, 소득세법시행령 제166조 제2항 제3호에서 상속 또는 증여받은 자산을 양도하고 실지거래가액에 의해 신고하는 경우로서 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 「양도당시의 실지거래가액×(취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가)」와 「상속세및증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의한 상속개시당시 또는 증여당시의 현황에 의하여 평가한 가액」중 낮은 가액을 취득가액으로 하는 것이므로 이건 과세처분에는 잘못이 없다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

이건은 부로부터 증여받은 아파트를 1년이내에 양도하고 실지거래가액에 의해 양도차익이 없는 것으로 자산양도차익예정신고를 하였다가 처분청으로부터 양도소득세가 고지된다는 「세무조사결과통지서」를 받고 청구인이 기준시가 과세방법으로 수정신고를 한 경우, 기준시가로 양도소득세를 과세할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

소득세법 제96조 【양도가액】에서 『양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 시리지거래가액. 다만, 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다』라고 하고 있고,

같은법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】에서 『① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 가목 외의 자산의 경우에는 당해자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다.

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적 지출액

4. 대통령령이 정하는 양도비』라고 하고 있다.

같은법 제100조 【양도차익의 산정】에서 『① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 하고 있고,

같은법 시행령 제166조 【양도차익의 산정】에서 『① 법 제100조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제3항 각호 및 제157조 제4항·제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의 1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다.

② 법 제100조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 가액을 말한다.

1. 제3항 각호 또는 제157조 제4항 제5항에 규정된 자산을 양도한 경우에는 다음 각목에 의하여 계산한 가액.

가. 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액

양도당시의 실지거래가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가

나. 취득당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 양도가액

취득당시의 실지거래가액×양도당시의 기준시가/취득당시의 기준시가

2. 제4항 제1호 및 제2호의 경우에는 다음 각목에 의하여 계산한 가액

가. 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액

양도당시의 실지거래가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(제164조 제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

나. 취득당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 양도가액

취득당시의 실지거래가액×양도당시의 기준시가(제164조 제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)/취득당시의 기준시가

3. 상속 또는 증여받은 자산(제3항 각호 및 제4항 제1호·제2호 또는 제157조 제4항 ·제5항에 규정된 자산을 제외한다)을 제4항 제3호의 규정에 의하여 신고하는 경우로서 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 다음 각목의 가액 중 낮은 가액. 이 경우 제167조 제1항의 규정에 의한 의제취득일 전에 상속 또는 증여받은 자산의 경우에는 의제취득일을 기준으로 평가한 가액으로 한다.

가. 제2호 가목의 가액

나. 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의한 상속개시당시 또는 증여당시의 현황에 의하여 평가한 가액

③ 법 제96조 제1호 본문 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제158조 제1항 제1호·제3호 및 제5호의 기타자산

2. 제158조 제1항 제4호의 기타자산 중 국세청장이 기준시가를 고시하지 아니한 자산

④ 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목단서에서 “당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 단기매매차익을 목적으로 다음의 자산을 양도하는 경우

가. 제157조 제3항 제2호의 자산

나. 취득 후 1년 이내의 부동산

2. 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 법 제104조 제3항에 규정된 자산을 양도하는 경우

3. 양도자가 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다.

1. 제4항 제1호 및 제2호의 경우 부동산 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 하지 아니하거나 부정한 방법으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 경우

2. 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우

국세기본법 제45조 【수정신고】에서 『① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

② 삭 제

③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관하여는 대통령령으로 정한다』라고 하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

건축물관리대장과 건물등기부등본 등에 의하면 쟁점부동산은 1998.1.24 사용검사를 받은 것으로 확인되고, 청구인은 쟁점부동산을 1998.5.21 부 OOO으로부터 증여받고 증여세과세가액을 137,199,652원(토지:개별공시지가, 건물:지방세법상의 과세시가표준액)으로 하여 1998.5.27 1998년도분 증여세 4,211,900원을 납부(추가고지분)하였으며, 국세청기준시가액표에 의하면 쟁점부동산은 1998.7.1 170,000,000원으로 아파트기준시가가 고시된 사실이 확인된다.

청구인은 1999.2.25 쟁점부동산을 청구외 OOO 등 2인에게 240,000,000원에 양도하고 실지거래가액에 의해 자산양도차익예정신고를 하였는바, 양도가액은 매매계약서상의 금액 240,000,000원으로 하고 취득가액은 환산가액 250,423,369원[양도당시의 실지거래가액(240,000,000원)×취득당시의 기준시가(177,383,220원)/양도당시의 기준시가(170,000,000원)]으로 하여 납부할 양도소득세가 없는 것으로 신고하였다.

처분청은 상속 또는 증여받은 자산을 양도하고 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우로서 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 소득세법시행령 제166조 제2항 제3호규정에 따라「양도당시의 실지거래가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가」로 한 금액과 「상속세및증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의한 상속개시당시 또는 증여당시의 현황에 의하여 평가한 가액」중 낮은 금액을 취득가액으로 하는 것이므로 쟁점부동산의 취득가액은 250,423,369원으로 할 것이 아니라 137,199,652원으로 해야 하고, 또한 청구인이 잘못 계산한 필요경비 11,591,900원등을 부인하게 되면 양도소득세 47,312,600원이 고지된다는 내용의 세무조사결과통지를 한 사실이 처분청심리자료에 의해 확인된다.

위 통지를 받은 청구인은 2000.12.22 취득가액은 162,429,572원, 양도가액은170,000,000원으로 하여 수정신고를 하고 양도소득세 94,810원을 납부하였으나 처분청은 청구인의 이러한 수정신고에 불구하고 당초 세무조사결과통지내용대로 2001.1.2 양도소득세 47,312,600원을 결정고지하였다.

청구인은 쟁점부동산을 양도하고 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하면서 취득가액을 250,423,369원으로 한 것은 250,423,369원(환산가액)과 137,199,652원(증여세과세가액)중 낮은 가액인 137,199,652원으로 해야 한다는 소득세법시행령 제166조 제2항 제3호의 규정내용을 몰랐던데 기인하는 것으로 쟁점부동산은 부 조영원으로부터 증여받아 1년이내 양도한 것이긴 하나 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이거나 부정한 방법으로 거래한 것이 아니므로 실지거래가액에 의한 과세대상이 아니고, 또한 국세기본법 제45조규정에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 경우 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다고 하고 있어 2000.12.22 청구인이 한 수정신고는 적법한 수정신고이며, 따라서 쟁점부동산의 양도에 따른 양도소득세는 기준시가에 의해 과세해야 한다는 주장이다.

구 소득세법(1999.12.28 법률제6051호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 제94조 제1호 등의 규정에 의한 자산의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도당시 기준시가에 의하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 이에 따라서 구 소득세법시행령(1999.12.31 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제3호에서 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적인 경우의 하나로서 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 규정하고 있는 바, 위에서 규정한 실지거래가액에 의한 과세는 기준시가과세원칙에 대한 예외로서 양도자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 과세보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 규정으로 해석되므로, 양도자가 실지거래가액이라고 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되는 경우에는 그 가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 그와 같은 신고가 없거나 신고가 있었다 하더라도 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하면 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 조사등에 의하여 달리 실지거래가액이 확인된다 하더라도 그 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것은 아니라 할 것이다(국심 2001중513, 2001.7.14. 합동회의, 대법원 2000두314, 2000.7.28외 다수, 같은 뜻).

따라서 처분청이 2001.1.2 실지거래가액에 의해 쟁점부동산의 양도에 대한 1999년도분 양도소득세 47,312,600원을 결정고지 하기전인 2000.12.22 청구인이 적법하게 수정신고를 한 이건의 경우, 취득 및 양도당시의 기준시가에 의해 양도차익을 산정해야 하는 것임에도 처분청이 달리 조사한 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 처분은 위 법리를 오인한 잘못이 있다고 판단된다.

라. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정 의하여 주문과 같이 결정한다.