가. OOOOOO주식회사(이하 “사업시행자”라 한다)는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 OOOO OOO OO OOO OOOOOO OOOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 4,754,450천원에 수용하였으나, 2008.2.20. 쟁점토지에 대한 수용보상금 피공탁자를 OOOOOOOOOO(이하 “청구종중”이라 한다)로 하여 공탁한 후 2008.3.18. 쟁점토지의 소유권을 이전등기하였다.

나. 청구종중은 쟁점토지에 대한 소유권말소등기청구 소송에서 OOOOOO으로부터 승소판결(OOOOOOO, OOO OOOOOOOOOO)을 받음에 따라 2008.7.25. 공탁금을 수령하고 2008.9.30. 예정신고납부세액공제를 적용하여 양도소득세를 예정신고·납부하였다.

다. 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 보상금 공탁일인 2008.2.20.로 보아 청구종중의 양도소득세 예정신고를 부인하고 기공제한 예정신고납부세액공제액의 적용을 배제한 후 2009.4.6. 청구종중에게 2008년 귀속 양도소득세 93,430,310원을 결정고지하였다.

라. 청구종중은 이에 불복하여 2009.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

쟁점토지의 양도소득이 청구종중에게 귀속되는 시점은 쟁점토지에 대한 소유권말소등기 소송의 판결이 확정되어 청구종중이 공탁금을 수령한 2008.7.25.이다. 따라서, 청구종중은 그 날이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 2008.9.30. 양도소득세를 예정신고·납부하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도시기가 보상금 공탁일인 2008.2.20.이라는 의견인데, 2008.2.20.은 제3자인 김OO과 청구종중간에 소유권말소등기청구 소송이 진행중인 때이어서 청구종중이 양도대금(보상금)을 수령할 수 없는 상황임에도 그 날을 기준으로 하여 양도소득세를 예정신고·납부하여야 한다는 의견은 불합리하다. 따라서, 청구종중의 분쟁이 종료한 후 공탁금을 실제수령한 2008.7.25.을 기준으로 양도소득세를 예정신고·납부한 것은 적법·타당한 것이므로 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 예정신고납부세액공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

수용으로 인한 토지의 양도시기는 대금청산일 전에 공탁한 경우에는 공탁일이고, 대금청산일(공탁일을 포함) 전에 소유권이전등기한 경우는 등기접수일(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)이므로 수용된 쟁점토지의 양도시기는 보상금을 공탁한 날인 2008.2.20.이어서 청구종중이 쟁점토지의 양도에 대한 예정신고기한인 2008.4.30.을 도과하여 2008.9.30. 예정신고를 한 것에 대하여 예정신고납부세액공제의 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 적법·타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구종중은 쟁점토지의 수용보상금을 공탁일(2008.2.20.)이 아니라 소유권분쟁 승소판결(2008.7.10.)을 받아 보상금을 수령하고 법정신고기한이내에 적법하게 양도소득세를 예정신고·납부한 이상 예정신고납부세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(3) 소득세법 제105조【양도소득과세표준예정신고】① 제94조 제1항각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월.(단서 생략)

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다.

(4) 소득세법 제106조【예정신고자진납부】① 거주자가 예정신고를하는때에는 제107조의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 조세특례제한법 기타 법률에 의하여 감면되는 세액과 제108조의 규정에 의한예정신고납부세액공제를 한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부는 이를 예정신고자진납부라 한다.

(5) 소득세법 제108조【예정신고납부세액공제】① 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점토지의 양도시기는 사업시행자가 보상금을 공탁한 날(2008.2.20.)임에도 청구종중이 양도일이 속한 달의 말일부터 2월이 지나 양도소득세 예정신고를 하였으므로 예정신고납부세액공제를 적용할 수 없다는 의견인 반면, 청구종중은 쟁점토지에 대한 소유권분쟁으로 인하여 예정신고를 할 수 없었고 소송을 통하여 양도자를 확정할 수 밖에 없었던 점 등을 감안하면 판결확정일(2008.7.10.)이후 실제수령일(2008.7.25.)이 속하는 달의 말일부터 2월내에 신고한 쟁점토지에 대하여 예정신고납부세액공제를 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 쟁점토지는 1985.5.6. 청구종중의 명의로 소유권보존등기가 되었다가 채권자 김OO의 신청에 의하여 2007.6.13. OOOOOO으로부터 가처분(OOOOOOOOO)이 내려져 매매, 증여 등의 처분행위가 금지된 사실과 김OO이 소유권말소등기의 소를 2007.10.10. OOOOOO에 제기(OOOOOOOOOO)함에 따라 소유권말소예고등기가 된 사실 등이 쟁점토지의 등기부등본에 등재되어 있다.

(나) 사업시행자는 2008.2.20. 청구종중을 피공탁자로 하여 쟁점토지에 대한 보상금을 공탁한 사실과 수용을 원인으로 하여 2008.3.18. 쟁점토지의 소유권을 사업시행자 명의로 이전한 사실 등이 공탁통지서와 쟁점토지의 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(다) OOOOOO 판결문(OOOOOOOOOO, OO OOOOOOOOOO)에 의하면 쟁점토지에 대한 청구종중명의 소유권보존등기의 말소등기를 구하는 김OO의 소를 부적합한 것으로 보아 각하한 사실이 판시되어 있으며, OOOOOOO OOO(OOOOOOO, OOO OOOOOOOOOO)에는 OOOOOO의 판결에 불복하여 항고장을 제출한 김OO의 소를 기각한 사실이 적시되어 있다.

(라) 청구종중은 위 확정판결일 이후인 2008.7.25. 보상금을 수령한 뒤 그 날이 속하는 달의 말일부터 2월이내가 되는 2008.9.30. 예정신고납부세액공제액을 93,430,410원으로 하여 양도소득세를 예정신고·납부하였음이 청구종중이 제출한 신고서에 의하여 확인된다.

(2) 「소득세법 시행령」제162조에 의하면 자산의 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일로 하고, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 예정신고납부세액공제는 납세자의 성실 신고 및 납세를 유도하기 위한 제도로 보상적 의미를 가지고 있으며, 세액의 선납에 대한 이자할인의 성격도 아울러 가지고 있는 바, 사업시행자가 쟁점토지의 보상금을 공탁한 날이 2008.2.20.(소유권이전등기일 2008.3.18.)이어서 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 예정신고에 있어서 세액의 선납이 있었다고 보기 어려운 점, 청구종중이 예정신고를 하지 못한 것도 쟁점토지에 대한 소유권분쟁 때문이며 이는 결국 청구종중의 귀책사유에 기인하는 것으로 인정되는 점 등을 종합하면, 처분청이 청구종중이 예정신고기한인 2008.4.30.을 도과하여 2008.9.30.예정신고를 한 것을 부인하고 예정신고납부세액공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법·타당하다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO O OO OO OO).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.