2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 남양주 별내지구 택지개발사업의 사업시행자인 한국토지공사는 2007. 7. 19. 위 사업부지에 편입된 원고 소유의 별지 1 목록 기재 각 토지(이하, '이 사건 토지'라고 한다)를 수용하고, 같은 해 8. 20. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 한편 권영모 등이 '이 사건 토지를 조부인 망 권중면으로부터 상속받았다'고 주장하면서 원고를 상대로 위 토지에 관한 소유권보존등기말소청구소송을 제기하자, 한국토지공사는 2007. 7. 16. '이 사건 토지에 대하여 소유권 분쟁으로 소유권말소등기의 소송이 진행 중이므로 공탁자는 과실 없이 채권자를 알 수 없다'는 이유로 위 토지에 대한 수용보상금을 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제40조 제2항 제2호의 규정에 따라 변제공탁하였다.

다. 원고는 2008. 5. 31. 2007년 귀속 양도소득세 323,760,140원을 자진 납부하였으나, 그 후 권영모 등이 제기한 위 소유권보존등기말소청구소송에서 청구기각 판결이 확정됨에 따라 원고는 2008. 5. 23., 같은 해 6. 27. 이 사건 토지에 관한 위 공탁금을 출급하였고, 2008. 8. 17. '이 사건 토지의 소유권이 원고에게 있음이 확정된 날, 즉 권영모 등의 민사소송의 청구기각 판결이 확정된 날에 비로소 양도소득세의 납세의무자가 확정된 것으로 보아야 하고, 그 양도의 시기는 원고가 실제로 공탁금을 수령한 날을 기준으로 하여야 한다'는 이유로 피고를 상대로 이미 납부한 양도소득세 323,760,145원을 취소해달라는 취지의 과세표준 및 세액 경정청구를 하였으며, 피고는 2008. 8. 19. 원고의 경정청구를 거부(이하, '이 사건 처분'이라고 한다)하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2008. 9. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 같은 해 11. 4. 기각결정을 받고, 2009. 2. 2. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1 내지 7호증, 을 1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

과세물건의 소유권 귀속에 관하여 법적 분쟁이 발생함으로써 납세의무자인 양도인이 누구인지 확정되지 않은 상태에서는 아직까지 납세의무자 및 과세물건의 귀속이 특정 된 것으로 볼 수 없다. 따라서 과세요건이 충족되지 않은 상태에서 한국토지공사가 이 사건 토지의 소유권을 취득하였다는 사정만으로는 원고의 양도소득세 납세의무가 성립 되었다고 볼 수 없고, 원고가 공탁금을 실제 수령한 날을 위 토지에 대한 양도소득세 납세의무가 성립되었다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2기재와 같다.

다. 판단

1) 소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 자산의 취득시기 및 양도시기에 관하여 대통령령에 포괄적으로 위임하고 있고, 그 위임에 의하여 같은 법 시행령 제162조에서 취득시기 또는 양도시기를 구체적으로 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 동일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석ㆍ적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득 시기 및 양도시기를 의제한 규정이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 참조).

2) 소득세법 시행령 제162조는 '당해 자산의 대금을 청산한 날'을 양도차익 계산에 있어 양도시기로 규정하고 있는 이상, 이 사건 토지의 양도시기는 한국토지공사가 그 대금을 청산한 '공탁일'이라고 할 것이고 권영모 등이 원고를 상대로 이 사건 토지에 관한 소유권보존등기말소청구소송을 제기함으로써 일시적으로 대금의 귀속 주체가 불투명해졌다는 사정만으로는 위 양도시기에 관한 소득세법 및 같은 법 시행령 규정의 적용이 배제되어 실제 공탁금 수령일이 양도시기가 되는 것으로 볼 수 없다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다(또한 소득세법 제1조 제1항 제1호, 제4조 제1항 제3호, 제88조 제1항에 의하면, 거주자는 자산의 양도로 인한 소득에 대해 양도소득세를 납부할 의무가 있고, 여기서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것인바 이 사건과 같이 수용을 원인으로 이 사건 토지가 유상으로 이전되는 경우에는 즉시 양도소득세 납세의무가 성립한다고 봄이 상당하므로, 소유권 귀속에 관하여 법적 분쟁이 발생하여 경우에는 양도소득세 납세의무가 자체가 성립된 것으로 볼 수 없다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다).

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.