2. 소송비용은 원고가 부담한다

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2012. 2. 6.자 2007년 제1기분 101,032,820원, 2007년 제2기분 160,808,160원, 2008년 제1기분 76,552,370원, 2008년 제2기분 33,355,940원, 2009년 제1기분 83,916,290원, 2009년 제2기분 21,295,740원, 2010년 제1기분 29,570,060원, 2010년 제2기분 25,585,490원, 2011년 제1기분 57,526,210원의 각 부가가치세 부과처분 및 2012. 2. 3.자 2011년 제2기분(예정) 13,996,280원의 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 섬유수출경쟁국 및 해외 섬유시장에 관한 조사・연구와 OO・PP 섬유산지의 생산・수출구조 고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 것을 목적으로 1996. 8. 1. 민법 제32조와 '지식경제부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙'에 따라 설립된 법인이다.

"나. 원고는 부가가치세법상 비과세 영역인 고유목적사업을 수행하여 오다가, 2002. 9. 18. 수익사업 개시신고를 하고 2002. 9. 25. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록(업태 서비스, 종목 수출주선・전시)을 마친 다음, 0000박람회 사업(Preview in Daegu, 이하 'PID 사업'이라 한다)과 0000 국내판로 개척 사업(Daegu Textile Marketing Center, 이하DMC 사업'이라 하고 PID 사업과 통틀어 '이 사건 사업'이라 한다)을 시행하여 왔다.",다. 원고는 이 사건 사업을 부가가치세 과세사업으로 분류한 후 참여기업으로부터 받은 참가비, 부스임대료 등 수입금(이하 '이 사건 과세수입금액'이라 한다)에 대하여 매출세금계산서를 발행・교부하고, 이 사건 사업과 관련하여 OO광역시, PP 등으로부터 지급받은 보조금 등(이하 '이 사건 보조금'이라 한다)은 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제4호에 따라 과세표준에 포함시키지 않는 한편, 이를 재원으로 이 사건 사업에 관하여 비용을 지출하면서 수취한 세금계산서의 매입세액(이하 '이 사건 매입세액'이라 한다)은 관련 매입 세액으로 공제하여 아래 표 기재와 같이 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정) 과세기간까지 부가가치세 신고를 하였으며, 피고는 이에 따라 2007년 제1기부터 2011년 제1기 과세기간까지 부가가치세 환급결정을 하였다.

라. 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지 원고의 사업수입은 이 사건 과세수입금액과 이 사건 보조금으로 이루어져 있는데, 그 내역은 아래 [표 1] 기재와 같고, 위 과세기간 동안 원고는 이 사건 매입세액 외 나머지 매입세액은 공제받지 못할 매입세액으로 하여 아래 [표 2] 기재와 같이 매입세액을 신고하였다.

마. 피고는 2011. 11. 18.부터 2011. 12. 16.까지 원고의 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정)까지 부가가치세 신고에 대하여 각 세무조사를 실시한 후, 이 사건 사업은 고유목적사업으로서 보조금으로 대부분 운영되어 부가가치세가 과세되지 않는 비과세사업에 해당하나, 매출세금계산서를 발행한 수익사업이 포함되어 있고, 이 사건 매입세액은 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이므로, 구 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용하여 그 중 이 사건 보조금에 상당한 부분을 공제받지 못할 매입세액으로 재계산하여야 한다고 보았다.

바. 피고는 위 조사결과에 따라 아래 [표 1] 기재와 같이 불공제할 매입세액을 계산한 다음, 이 사건 과세수입금액에 대한 매출세액에서 이 사건 매입세액 중 나머지 매입세액을 공제하여, 2012. 2. 3. 및 2012. 2. 6. 원고에게 아래 [표 2] 기재와 같이 2007년 제1기부터 2011년 제2기(예정) 부가가치세를 경정·고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 4. 30. OO지방국세청에 이의신청을 하였으나 2012. 5. 16. 기각되었고, 2012. 5. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 10. 2. 기각되었다.

인정근거갑 제1 내지 7호증, 갑 제14, 15호증의 각 기재, 을 제1 내지 3, 7호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 사업은 고유목적사업과 달리 원고가 지역 섬유업체를 해외바이어나 동대문시장의 상인 등과 연결시켜주는 중간 상인역할을 담당함으로써 수익을 창출하기위한 것이고, 그 대상이 이 사건 사업에 참가 신청을 한 기업에 국한되어 있으며, 일부국고보조금으로 운영되었으나 점차 그 비율을 줄여가고 있고 원칙적으로 참가자가 부담한 금원을 사업의 재원으로 하는 하나의 부가가치세 과세사업에 해당한다. 하나의사업을 과세사업과 비과세사업으로 나누어서 매입세액을 공제할 수는 없다.

이 사건 보조금은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 의하여 과세표준에서 제외될 뿐이고, 원고가 이 사건 보조금을 지원받는다고 하여 과세사업이 비과세사업으로 될 수 없으며, 이 사건 사업이 비과세사업이 아닌 이상 이 사건 매입세액은 모두 매출세액에서 공제되어야 한다. 이 사건 보조금이 부가가치세 과세표준에서 제외된다는 이유만으로 관련 매입세액을 불공제할 수는 없다.

2) 원고가 이 사건 사업으로 수익사업과 비과세사업을 겸영하고 있는 것으로 보더라도, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호는 면세사업에 관련된 매입세액만을 불공제세액으로 규정하고 있다가 2011. 12. 31.에야 면세사업에 비과세사업을 포함하는 것으로 개정되었고, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산방법에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항도 2013. 2. 15. 면세사업에 비과세사업을 포함하는 것으로 개정되었으므로, 이 사건 처분 관련 과세기간에 위 규정을 적용할 수 없다. 나아가 이 사건 보조금은 원고가 이 사건 사업을 수행하기 이전에 미리 지급되는 것으로서, 사업자의 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니어서 비과세사업의 공급가액으로 볼 수 없으므로 이 사건 보조금이 비과세사업의 공급가액임을 전제로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 본 각 증거에 갑 제16 내지 18호증, 을 제4, 5호증, 을 제8 내지 12호증의

각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 각 사실을 인정할 수 있다.

1) 원고가 2002. 9. 25. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 마친 이래 원고의

정관 중 수행사업 및 재원 등에 관한 주요 내용은 다음과 같다.

제2조 (목적) 본 협회는 민법 제32와 '지식경제부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙'에 의한 사단법인으로서 섬유수출경쟁국 및 해외섬유시장에 관한 조사, 연구와 OOPP섬유산지의 생산, 수출구조고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 것을 목적으로 한다.

제4조(사업) 본 협회는 제2조의 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 수행한다.

1. 섬유수출시장동향에 관한 조사연구사업

2. 섬유수출경쟁국 동향에 관한 조사연구사업

3. 섬유수입 동향에 관한 조사연구사업

4. 해외시장개척과 수요창출에 관한 사업

5. 수출경쟁력 강화를 위한 산지구조개선사업

6. 섬유동업자간의 수출질서확립에 관한 사업

7. OO섬유의 국내외 홍보, 선전에 관한 사업

8. 섬유정보센터 설치운영에 관한 사업

9. 섬유자료실(리소스센터) 설치 운영에 관한 사업

10. 기타 섬유산업진흥을 위하여 필요한 사업 (2004.4.12.)

제5조(수익사업) 본 협회는 제2조의 목적과 제4조의 사업을 수행하는데 소요되는 경비를 충

당하기 위하여 다음 각 호의 수익사업을 한다.

1. 섬유정보지, 섬유통계집, 연구보고서 등 출판물의 발행사업

2. 전산정보의 이용료 징수

3. 심포지움, 세미나 등의 참가비 징수

4. 유관기관 및 섬유업계의 연구용역사업

5. 기타 협회의 목적과 수출진흥 및 운영을 위해 필요한 수익사업(2004. 4. 12)

제34조(수익금) 본 협회의 수익금은 다음의 것으로 한다.

1. 회원의 입회금, 회비

2. 수익사업에 수반된 수입

3. 재산으로부터 생기는 과실

4. 보고금, 기부금, 출연금, 찬조금

5. 기타 수입

2) PID사업은 OO광역시, PP, 한국섬유산업연합회가 주최하고, 원고가 주관하며, 산업통상자원부, 관세청, OO상공회의소 등의 후원으로 시행되었다. PID사업은 지역 섬유산업의 활성화를 목적으로 지역의 섬유산업업체로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 국내외 바이어・기타 참관객 등을 대상으로 한 마케팅 기회를 제공하고, 설명회, 패션쇼 등을 통해 상호간에 최신 섬유소재, 섬유 트렌드에 대한 정보공유를 가능하게 하는 박람회이고, DMC사업은 OO에 소재하는 섬유생산업체들로부터 참가신청을 받아 위 업체들에게 신제품 개발 및 기획, 내수시장 등에 대한 정보를 제공하고, 서울에 소재하는 브랜드 업체 및 동대문시장상인 등과 연결해줌으로써 지역 섬유생산업체들의 거래선 개척 및 경쟁력 강화를 꾀하는 사업이다.

3) 원고는 PID사업과 관련하여 보조금의 사용내역을 전시장 사용료, 전시장 조성비, 전시장 운영비, 행사 진행비, 홍보비, 전시업체 유지 및 지도 지원비, 바이어 유치및 지원비, 일반 운영비(도서 인쇄비, 인건비, 여비 등) 등으로 나누어 소요되는 경비를계산한 다음 OO광역시 및 PP에 보조금의 지급을 신청하였고, DMC 사업과 관련하여 인건비, 직접비(전시활동비, 홈페이지 운영, 판촉지원, 정보지원, 인적네크워크구축지원, 홍보비), 간접비(교통비, 위원회 운영, 잡비)로 나누어 소요되는 경비를 산정한 다음 OO광역시 및 PP에 보조금의 지급을 신청하였으며, OO광역시는 구OO광역시 보조금관리 조례(2014. 12. 22. 조례 제4643호로 개정되기 전의 것) 제4, 6조에 의하여, PP는 구 PP 보조금 관리 조례(2014. 12. 29. 조례 제3588호로 개정되기 전의 것) 제4, 6조에 의하여 원고에게 각 보조금을 지급하였다.

4) 원고는 이 사건 보조금을 이 사건 사업에만 사용할 수 있고, 이 사건 보조금을 사용하면서 별도 계정으로 수입・지출을 구분하여 정리하여야 하며, 이 사건 사업을 완료한 후 OO광역시 및 PP에 보조사업 실적보고서 및 집행경비를 재원별로 명확히 한 사업비 정산서 등을 제출하여야 한다.

라. 판단

1) 이 사건 사업에 비과세사업이 포함되어 있는지 여부

가) 구 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 '부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부과한다'고 규정하고, 제3항은 '용역'이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다고 규정하며, 제7조 제1항은 '용역의 공급'은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하면서 제3항은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 사업 중 대가를 받지 않고 타인에게 용역을 공급한 부분이 포함되어 있다면, 그 부분은 부가가치세 비과세 영역으로서 일반적으로 말하는 비과세사업에 해당한다.

나) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정을 모두 종합하여 보면, 이 사건 사업에는 비과세사업도 포함되어 있다고 충분히 인정할 수 있다.

① 원고 정관 제4조는 원고의 고유목적사업으로 섬유수출・수입 관련 조사연구사업, 해외시장조사와 수요창출에 관한 사업, OO섬유의 국내외 홍보・선전에 관한 사업, 기타 섬유산업진흥을 위하여 필요한 사업 등을 들고 있고, 제5조는 심포지움, 세미나 등의 참가비 징수를 수익사업으로 규정하고 있어 고유목적사업(비과세사업)과 수익사업을 모두 규정하고 있다.

② 원고가 이 사건 사업을 진행하면서 참가기업으로부터 참가비 및 부스임대료 등을 지급받기는 하지만, 2010년 제1기 및 제2기 과세기간을 제외하고 전체 사업비의 20%를 넘지 않는다. 나머지 사업비는 전부 이 사건 보조금으로 충당하고 있으며, 그 평균비율이 89.01%에 이른다. 2011년 제1기 80.50%, 2011년 제2기(예정) 92.00%로 2007년 제1기부터 2009년 제2기까지의 비율과 유사하여, 보조금 비율이 축소되는 추세에 있는 것도 아니다.

③ 이 사건 사업을 통하여 원고가 제공하는 용역의 수혜자는 1차적으로 참가기업이기는 하지만, 참가기업 이외에도 박람회에 참관한 다른 섬유업체, 국내외 바이어, 일반인이 포함되어 있으며 그들에 대한 용역 공급 중 상당 부분은 무상이다(국내외 바이어 들이 전시회에 참가할 수 있도록 교통 용역을 제공하는 것 등). 무엇보다도 이 사건 사업은 지역 섬유산업의 국내외 홍보・선전을 통한 활성화 및 경쟁력 강화를 꾀하려는 것으로 OO광역시와 PP가 행하여야 할 공공 서비스인데, 원고가 OO광역시와 PP를 대신하여 사업을 하는 것이므로 원고가 OO광역시와 PP에 그 용역을 제공하는 것이다. 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 보조금을 그 용역 제공에 대한 대가로 볼 수 없는 이상 원고는 OO광역시와 PP에 무상으로 용역을 공급하고 있다고 볼 수밖에 없다.

④ PID와 DMC 사업이라는 하나의 이름으로 사업이 진행된다고 하더라도, 참가기업 뿐만 아니라 OO광역시와 PP 등 다수의 당사자들에 대한 용역공급도 포함되어 있고, 그 중 무상으로 제공되는 부분이 있으므로, 이 사건 사업에는 과세사업과 비과세사업이 동시에 존재한다.

다) 이 사건 사업은 과세사업과 비과세사업이 모두 포함되어 있으므로, 원고는 이 사건 사업을 통하여 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있다고 볼 수 있다. 이 사건 사업이 단일한 과세사업이라거나, 이 사건 사업에 비과세 영역이 포함되어 있지 않다는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 매입세액 중 비과세사업에 해당하는 부분의 산정

가) 공통매입세액의 안분계산

구 부가가치세법 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액을 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 등(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정한 다음, 제2항 제3호에서 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있으므로, 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하고 있는 경우 과세사업에 관한 매입세액만 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 하고, 비과세사업과 관련된 매입세액은 공제할 수 없다. 이러한 부가가치세 세액 계산 원리는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우와 동일하고, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분 계산하도록 규정하며, 그 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(제1호), 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(제2호), 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(제3호)의 순서에 의하도록 규정하고 있으므로, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용할 수 있다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 참조).

나) 이 사건 매입세액의 안분계산

원고의 이 사건 사업에는 과세사업과 비과세사업 영역이 함께 존재하고 있다는 것은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건 매입세액은 과세사업뿐 아니라 비과세영역으로서 원고의 고유목적사업에도 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없고, 비과세영역에 관련된 매입세액은 과세사업으로 인한 매출세액에서 공제할 수 없으므로, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항을 유추 적용하여 이 사건 매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 안분 계산할 수 있다.

다만 이 사건 사업 중 비과세영역은 그 용역의 공급에 대한 대가가 주어지지 않는 영역으로서 성질상 그 공급가액을 산정할 수 없고, 이 사건 보조금을 원고가 재화 또는 용역을 제공하고 받은 대가 그 자체로 볼 수도 없어, 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분 계산하도록 규정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 바로 유추 적용할 수는 없고, 그 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산법들 중에서 이 사건 매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾을 수밖에 없다. 원고의 수입 중 80% 상당이 이 사건 보조금으로 이루어져 있고 이 사건 보조금 중 대부분이 이 사건 매입세액 관련 매입금액으로 사용되었는데도, 원고의 주장과 같이 비과세영역을 제외한 과세사업의 공급가액 매출세액에서 이 사건 매입세액을 모두 공제하게 되면, 원고가 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액이 부당히 증가하여 오히려 부가가치세를 환급받게 되는 결과를 초래하는바, 이는 과세사업에 관련된 매입세액만을 매출세액에서 공제하도록 한 구 부가가치세법 제17조의 취지에 명백히 위배되는 것이어서 이러한 계산방식은 채택할 수 없기 때문이다.

구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항 각 호의 방법 등을 모두 고려하고, ① 이 사건 보조금은 이 사건 사업 수행에 필요한 경비로서 지원되었고, 원고는 이사건 보조금을 이 사건 사업 외의 다른 용도로 사용할 수 없는 점, ② 원고는 이 사건 사업에 소요되는 총 경비를 세부적으로 나누어 각 항목별로 교부받고자 하는 금액을 보조금으로 신청하고 이 사건 보조금을 지급받았으며, 이 사건 보조금은 원고의 보조금 신청 내용과 같이 전시장 사용료, 전시장 시설비, 전시관 설치비, 전시장 운영비, 행사진행비, 홍보비, 전시업체 유치 및 지도지원비, 바이어 유치비, 일반운영비 등으로 나누어 집행되어 이 사건 매입세액 관련 매입금액으로 사용된 점, ③ 이 사건 사업을 종료한 후 원고는 이 사건 사업에 관한 실적보고서 및 이 사건 보조금의 사용내역에 관한 사업비 정산서 등을 제출한 점 등을 모두 종합하여 보면, 이 사건 사업에 사용된 재원을 기준으로 과세사업과 비과세사업의 비율을 정하는 것이 가장 합리적인 방법으로 인정된다. 이 사건 사업에는 이 사건 과세수입금액과 보조금이 재원으로 사용되었으므로 그 비율에 따라 과세사업과 비과세사업의 비율을 정하고, 그 비율에 의하여 이 사건 매입세액 중 과세사업으로 인한 부분을 정할 수밖에 없다.

위 방법에 따라 이 사건 매입세액 중 매출세액에서 공제될 금액을 계산하면, '과세사업 매입세액 = 이 사건 매입세액 x 이 사건 과세수입금액/(이 사건 과세수입금액 + 이 사건 보조금)'이 된다. 결과적으로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 유추적용한 것과 동일한 금액이 되기는 하였으나, 이는 이 사건 보조금이 이 사건 사업에만 사용된 사정 등을 종합하여 합리적으로 도출한 것이므로, 그대로 적용할 수 있고, 그 외의 합리적인 방법은 없다. 피고가 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 바로 유추 적용한 것은 잘못이지만, 결과적으로 위와 같은 계산방식에 따라 각 과세기간별 매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 계산하여 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하고 부가가치세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.