1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조 제2항 은 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 일정한 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 ‘대손금’이라 한다)을 당해 사업연도의 소득금액계산에서 손금에 산입하도록 규정하면서도, 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 , 제28조 제1항 제4호 (나)목 , 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제1항 본문 등(이하 ‘ 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 등’이라 한다)은, 법인이 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 자금의 대여액(이하 ‘업무무관 가지급금’이라 한다)에 대하여는 그 대손금을 손금에 산입할 수 없다고 규정하고 있다.

나. 원심은, 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 등에 따른 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부는 그 대여행위 당시를 기준으로 판단하여야 한다고 전제한 다음, 대여 당시에 한국디디에스제약 주식회사(이하 ‘한국DDS’라 한다)가 원고의 특수관계자였던 이상 원고의 한국DDS에 대한 대여금은 위 규정에 따른 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금에 해당하여 이후 원고와 한국DDS의 특수관계가 소멸하였다고 하더라도 그 대손금을 손금에 산입할 수 없다는 이유로, 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 그에 관한 부분이 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.

다. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.

구 법인세법 제34조 제3항 제2호 등의 입법 취지는 법인이 특수관계자에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공하고 그 회수에 노력을 기울이지 아니하다가 대손사유가 발생하여 채권 회수가 불가능하게 된 경우에는 그 대손금을 손금불산입함으로써 특수관계자에 대한 비정상적인 자금대여관계를 유지하는 것을 제한하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있는 점, 법인이 특수관계자에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공한 후 대손사유가 발생하기 전에 특수관계가 소멸하였다면 더 이상 비정상적으로 자금을 대여하고 있는 것이라고 볼 수 없으므로 업무무관 가지급금에 대한 세법적 규제를 가할 필요가 없는 점 등을 종합하여 보면, 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 등에 따라 대손금을 손금에 산입할 수 없는 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부는 그 대손사유가 발생할 당시를 기준으로 판단하여야 할 것이다.

따라서 원심으로서는 원고의 한국DDS에 대한 대여금 채권에 관하여 대손사유가 발생한 시점, 원고와 한국DDS의 특수관계가 소멸한 시점 등을 추가로 심리하여 그 대손사유가 발생할 당시에 원고와 한국DDS의 특수관계가 존재하는지 여부에 따라 원고 주장의 당부를 판단하였어야 한다.

라. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 원고의 한국DDS에 대한 대여금이 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금에 해당하여 그 대손금을 손금에 산입할 수 없다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 등이 규정하는 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금에 해당하는지 여부를 판단하는 기준시점에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

가. 구 법인세법 제19조 제1항 은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 규정하고 있다.

나. 원심은, 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 전부 보유하다가 합병을 하면서 보유하던 피합병법인의 주식을 전부 소각한 경우에 그 소각으로 인한 손익은 합병차손익에 포함된 자본거래로 인한 것으로 보아야 한다고 전제한 다음, 원고가 2004. 4. 13. 피합병법인인 주식회사 닥터즈메디코아(이하 ‘(주)DMC’라 한다)의 주식 전부를 인수하여 보유하다가 2006. 5. 29. (주)DMC를 흡수합병하면서 그 주식을 모두 소각함으로써 합병으로 승계한 (주)DMC의 순자산가액 14,915,814,160원이 소멸된 주식가액 22,409,326,540원에 미달하여 지분법투자평가손실 7,493,512,380원이 발생하였더라도 이는 자본거래로 인한 것이어서 그 주식 소각으로 발생한 손실은 손금산입의 대상이 되지 않는다는 등의 이유로, 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 그에 관한 부분이 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.

다. 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 합병 당시 보유하던 피합병법인의 주식 소각으로 인한 손익의 성질 등에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

3. 상고이유 제3점에 관하여

가. 구 법인세법 제23조 제2항 의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 은 제2호 (가)목 에서 ‘영업권’을 감가상각자산의 하나로 규정하고 있는데, 같은 조 제4항 은 “ 제1항 제2호 (가)목 의 영업권 중 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.”라고 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 제80조 제2항 본문은 “합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식(이하 ‘포합주식’이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다.”라고 규정하고 있다.

나. 원심은, 원고가 (주)DMC 주식의 장부가액 약 148억 원 중 순자산가액 약 37억 원을 초과하는 약 111억 1,400만 원을 영업권으로 계상하여 2006 및 2007 사업연도에 그중 합계 35억 4,600만 원을 상각하였으나, 원고의 주장에 의하더라도 원고가 합병 당시 피합병법인인 (주)DMC의 자산을 장부가액으로 승계하였다는 것이고 달리 (주)DMC의 자산을 평가하여 승계하였음을 인정할 증거가 없는 이상, 이를 감가상각자산으로 볼 수 없어 그 감가상각비를 손금에 산입할 수 없다는 이유로, 2006 및 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 그에 관한 부분이 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.

다. 피합병법인의 주식을 취득한 이후 2년이 지난 시점에 합병이 이루어지고 합병신주의 발행 없이 피합병법인의 주식을 소각함으로써 그 취득가액이 합병대가에 포함되지 아니하여 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 경우에는 피합병법인의 주식을 취득하면서 지급한 금액은 합병으로 취득한 영업권의 대가에 해당하지 않으므로 합병법인이 계상한 영업권을 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (가)목 , 제4항 에 따른 감가상각자산으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 원심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유 주장과 같이 합병법인이 계상한 영업권 중 감가상각자산이 되는 범위에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나 사실을 인정하는 등의 위법이 없다.

4. 결론

그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 2007 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.