2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1991. 12. 30. 서울 서초구 ○○동 154-2 ○○아파트 105동 603호를 취득하여 보유하다가 2003. 8. 19. 김태○에게 4억 원에 양도한 다음, 2004. 5. 31. 피고에게 위 아파트의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당한다며 양도소득세 비과세대상으로 신고하였다.

나. 그러나 피고는, 위 아파트의 양도 당시 원고의 처 정예○이 소유하고 있던 서울 서초구 ○○동 475 외 1필지 지상 2층 건물(1층 근린생활시설 116,81㎡, 2층 주택 82.97㎡. 이하 '이 사건 건물'이라 한다) 중 2층 부분이 주택에 해당한다는 이유로 원고를 1세대 2주택 소유자로 보아 실지거래가액을 기준으로 위 아파트의 양도차익을 산정한 다음, 2006. 1. 3. 원고에게 2003년 귀속 양도소득세 50,783,420원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을1

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 위 아파트의 양도 당시 정예○은 이 사건 건물 1층에서 떡집을 운영하면서 위 건물 2층을 떡 재료의 보관장소 내지는 작업장, 휴게실 등 위 떡집의 부속공간으로 사용하였을 뿐 주거용으로 사용한 사실이 없으므로 위 2층은 주택에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 위 2층이 주택에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 가사 이 사건 건물 2층이 주택에 해당한다고 하더라도, 이 사건 건물은 원고 부부가 2001. 5. 22. 위 건물 소재지에 있던 구 건물을 취득하여 이를 철거하고 새로 신축한 건물로서, 당시 원고는 위 건물 소재지가 개발제한구역 내인 까닭에 신축이 불가능한 것으로 알고 이 사건 건물을 증축한 것으로 신고하였을 뿐이므로, 이후 2001. 9. 28. 사용승인받은 이 사건 건물은 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 제2호 소정의 신축주택에 해당하여 같은 조 제2항에 따라 원고 세대의 소유주택에서 제외되어야 한다. 그렇다면 위 아파트의 양도는 1세대 1주택의 양도로서 양도소득세 비과세대상에 해당하므로, 위 아파트의 양도소득에 대하여 과세한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

소득세법 제89조 (비과세양도소득)

소득세법 시행령 제154조 (1세대1주택의 범위)

조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

다. 판단

(!) 원고의 첫째 주장에 대하여

소득세법상 주택에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계 없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조・기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지・관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것이다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 등),

갑2-1, 3, 7-4,5, 을2 내지 8, 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 건물은 2001. 9. 28. 사용승인된 건물로서 이 사건 처분 당시까지 건축물대장 등 공부상 용도가 1층은 근린생활시설, 2층은 주택으로 각 등재되어 있었던 사실, 정예○은 그간 이 사건 건물에서 ○○떡집이라는 상호로 떡집을 운영해 왔는데, 위 아파트의 양도 당시 이 사건 건물 1층은 기계실, 작업장, 창고, 화장실 등으로 구성되어 있었고 2층은 방 2개, 거실, 수납공간 등으로 구성되어 있었던 사실, 한편 정예○은 위 사용승인 무렵인 2001. 8. 2.부터 현재까지 이 사건 건물 소재지에 그 주소지를 두고 있으며, 원고 또한 위 아파트의 양도시점인 2003. 7. 14.부터 2003. 10. 23.까지 그 주소지가 이 사건 건물 소재지로 등재되어 있었던 사실, 원고는 이후 2003. 11.경 이 사건 건물 2층에 추가로 화장실 등 시설을 설치한 뒤 거주해 왔다고 밝힌 바 있고, 2004. 9. 17. 피고의 현지확인시에도 이 사건 건물 2층은 방 2개와 거실, 화장실, 주방 등의 구조를 갖춘 상태로 방에는 장롱, 침대, 옷장 등이 구비되어 있는 등 실제 주택기능이유지되고 있다고 조사된 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 보면 이 사건 건물 2층은 위 아파트의 양도 당시 그 실제 용도가 주거에 공하고 있는 상태였거나 그 구조・기능, 시설 등이 주거용에 적합한 상태에 있어 언제든지 주택으로 사용할 수 있는 상태에 있었다고 할 것이므로 소득세법상 주택에 해당한다고 봄이 상당하고, 그 밖에 2-4, 4, 6, 7-2,3, 12, 증인 임숙○ 등만으로 이 사건 건물 2층이 근린생활시설인 ○○떡집의 작업장 등 부속공간으로 사용되어 그 실제 용도가 위 공부상 용도와 달리 근린생활시설에 해당하는 것이었다고 볼 수는 없다.

따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대하여

갑2-1, 7-5, 을2, 3, 4에 의하면 정예○은 2001. 5. 22. 이 사건 건물 소재지에 있던 구 건물인 1층 주택 89.58㎡ 등을 취득한 다음 2001. 7. 2. 서초구청장에게 위 1층 주택(조적조) 89.58㎡를 1층 근린생활시설(조적조) 132.98㎡로 증축 및 용도변경하겠다는 내용의 건축신고를 하고 다시 2001. 9. 3. 당초의 위 신고내용을 1층 근린생활시설(조적조) 116.81㎡ 및 2층 단독주택(목구조) 82.97㎡의 이 사건 건물로 증축하는 내용으로 변경신청하여 이후 2001. 9. 28. 이 사건 건물에 대하여 사용승인을 받은 사실을 인정할 수 있는바, 과연 원고가 주장하는 바와 같은 경위로 이 사건 건물이 구 건물을 철거한 뒤 신축한 건물임에도 위와 같이 증축으로 처리한 것인지에 관하여 보면, 갑8, 10, 11-1, 17, 20 내지 23, 증인 임숙○, 이석○, 서울 서초구청장의 각 사실조회 등만으로 이를 인정하기 어렵고, 오히려 갑11-2(=19), 서울 서초구청장의 사실조회(2007. 11. 19. 접수분)에 의하면 이 사건 건물은 위 건축신고 및 변경신청내용과 같이 증축 및 용도변경된 것임을 알 수 있을 뿐이다.

따라서 이 사건 건물이 신축된 것임을 전제로 한 원고의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 위 아파트의 양도 당시 원고가 1세대 2주택 소유자에 해당한다고 보아 위 아파트의 양도차익에 대하여 과세한 이 사건 처분은 적법하고, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 받아들일 수 없으므로 이를 기각한다.

심급 사건

참조조문

참조판례