2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2006. 1. 4. 원고에 대하여 한 37,589,080원의 2000년 귀속 종합소득세 부과처분을 취소한다.

"가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○○번지에서○○'라는 상호로 음식점 영업을 하던 중, 2000년 귀속 종합소득세 신고를 하면서 자료상으로부터 허위 세금계산서를 수취하여 필요경비를 계상하였다가 피고에게 발각되자 2002. 5, 1. 수정신고를 하였다.", "나. 피고는 원고가 수정신고하면서 추가로 계상한 수산물 매입액과 직원 급여는 증빙자료의 신빙성이 없다는 이유로 이를 인정하지 않고, 원고가 당초 신고한 필요경비에서 가공매입액을 공제한 금액을 기초로 소득세액을 산정하여 2006. 1. 4. 원고에게 기납부세액을 공제한 나머지 37,589,080원의 종합소득세를 부과하는 경정처분(이하이사건 처분'이라 한다)을 하였다.",(인정 근거) 다툼 없는 사실

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 주식회사 ○○마트로부터 허위 세금계산서를 수취하여 필요경비를 계상하여 소득금액을 신고한 것은 사실이지만, 위 세금계산서상의 매입금액 전부가 허위인 것은 아니고, 원고는 2000년 가락동 수산물시장 내 3명의 수산물 판매업자로부터 40,508,450원 상당의 수산물을 매입하였고 종업원 3명에게 28,000,000원을 급여로 지급하였으나, 증빙자료를 갖추기가 어려워 허위 세금계산서를 활용하여 신고한 것일 뿐 수산물 매입액과 급여를 지출한 것은 사실이므로 이를 필요경비에 산입하여야 한다.

(2) 원고는 2000년 당해 과세연도의 조사에 의하여 가공매입액을 불산입하고 실제 거래가 있었던 정당한 거래 상대방을 입증하여 수정신고하고 납세를 완료하였는데, 이에 대하여 3년이 지나 피고가 다시 경정에 의한 조세부과처분을 한 것은 부당한 이중 처분이므로 위법하다.

나. 관계법령

○ 국세기본법 제45조수정신고

①과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1, 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

○ 소득세법 제80조 결정과 경정

①납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

②납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

④납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○국세 기본법 제81조 의4세무조사권 남용 금지

②세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2000년 귀속 종합소득세 신고를 하면서 주식회사○○마트로부터 56,978,000원, 주식회사○○유통으로부터 9,970,000원 주식회사○○유통으로부터 2,454,000원 합계 69,402,000원의 허위 세금계산서를 수취하여 필요경비를 그 금액만큼 부풀려 종합소득세과세표준신고를 하였으나 위 세금계산서들은 실제 거래 없이 허위로 작성된 것임이 밝혀졌다.

(2) 그리하여 원고는 2002. 5. 1. 2000년 귀속 종합소득세를 수정신고⋅납부하게 되었는데, 이 때 위 허위 세금계산서에 의한 가공매입액을 필요경비에 산입하지 않는 대신 아래 표와 같이 수산물 매입액으로 40,508,450원, 직원 급여로 28,000,000원을 추가 계상하였다.

수정 전 신고내역

수정 후 신고내역

매출액

현금매출

카드매출

354,975,212원

43,828,849원

311,146,363원

354,975,212원

43,828,849원

311,146,363원

매출원가

생선 등 원재료

주류대

기타 매출원가

219,859,440원

-

60,785,194원

159,074,246원

190,965,890원

40,508,450원

60,785,194원

89,672,246원

인건비

44,995,000원

72,995,000원

소득세액(가산세 제외)

7,723,691원

7,991,756원

(3) 피고는 2005. 10. 현지확인조사를 실시한 결과 원고가 수정신고하면서 추가계상한 수산물 매입액과 직원 급여는 증빙자료의 신빙성이 없다는 이유로 이를 인정하지 않고, 원고가 당초 신고한 필요경비에서 가공매입액을 공제한 금액을 기초로 과세표준 및 세액을 결정하여 2005. 10. 27. 37,589,080원의 종합소득세를 부과한다는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.

(4) 원고의 과세전 적부심사청구에 대하여 피고는 2005.12.29. 불채택결정을 하고 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1∼4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의취지

라. 판단

납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고, 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결).

이 사건에서 원고가 필요경비라고 주장하는 수산물 매입대금과 인건비에 관하여 살피건대, 갑 제3호증에 들어 있는 수산물 구입처 대표자들인 김○○(○○상회), 김○○(○○수산), 이○○(○○수산) 작성의 각 확인서와 ○○의 종업원이었다는 변○○, 장○○, 한○○ 작성의 각 확인서는 원고가 허위 세금계산서를 제출하여 종합소득세신고를 한 것이 발각된 후 수정신고를 하기 위하여 그 사람들에게 요구하여 받은 것들로서, 각 수산물 구입처가 세무서에 제출한 과세자료에는 ○○와의 거래사실이 나타나지 않는 점, 갑 제4호증에 들어 있는 원가내역서는 원고가 기장한 장부에 기재된 매입내역에 근거한 것으로 보이는데, 여기에 위 각 구입처로부터의 수산물 매입사실이 나타나 있지 않은 점, 원고는 ○○에 통상 7 내지 8명의 종업원을 고용하고 있었다고 주장하나 ○○에서 1년 반 가까이 근무한 변○○은 자신이 근무하는 동안 ○○의 종업원은 평균 3 내지 4명이었다고 증언한 점, 원고는 변○○, 장○○, 한○○의 근로소득세를 원천징수한 사실이 없는 점 등에 비추어 보면 이를 믿기 어렵고, 위와 같은 내용인 증인 변○○과 김○○의 각 증언도 믿을 수 없으며, 그밖에 갑 제5, 6호증, 제7호증의 1에서 123의 각 기재만으로는 원고의 주장사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

이 사건 처분이 재조사금지규정에 위반한 이중처분이어서 위법하다는 주장에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 의하면 원고는 2000년 귀속 종합소득세신고를 법정기한 내에 신고하였다가 허위 세금계산서에 의한 신고임이 밝혀지자 2002. 5. 1. 수정신고를 하였으나, 피고가 현장확인조사 후 신고내용에 탈루 또는 오류가 있다고 인정하여 이를 경정하는 이 사건 처분을 하게 된 것으로서, 원고의 당초 신고에서 이 사건 처분에 이르기까지를 국세기본법 제45조 제1항, 소득세법 제80조 제2항에 의한 1회의 세무조사를 통한 1개의 처분으로 봄이 상당하고, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 여러 번 세무조사를 한 것이라고 할 수 없으므로 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 피고가 허위 세금계산서에 따른 거래를 가공거래로 인정하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하고, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.