2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 구리시 교문동 ○○○-○ 답 2,132㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 중 1/2 지분을 1988. 11. 23. 취득하였다가, 2015. 6. 29. 매도하였다.

나. 원고는 2015. 8. 31. 피고에게 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 원고가이 사건 토지 인근에 거주하면서 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였다며 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 일부 개정되기 전의 것) 제69조에 따라 양도소득세 110,212,985원 전액에 대하여 감면신청을 하였다.

다. 그런데 피고는 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였다고 볼 만한 근거가 없다는 등의 이유로 2016. 1. 4. 원고에 대하여 2015년도 귀속 양도소득세 96,238,530원(가산세 포함), 농어촌특별세 3,306,380원을 결정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

라. 이에 원고는 2016. 4. 6. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 11. 10. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 이 사건의 쟁점

원고가 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였는지 여부

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 증인 남BB은 이 사건 토지 중 나머지 1/2 지분을 소유한 남AA의 아들로서 이 법정에서 '원고가 이 사건 토지를 취득한 무렵부터 매도할 무렵까지 직접 농작물을 경작하여 왔다'는 취지로 증언하였다. 그 증언 내용이 매우 구체적이고 일관성이 있을 뿐만 아니라 그 증언 내용에서 객관적 합리성을 결여하였다고 보이는 부분도 발견되지 아니한다. 그 밖에 증인의 이 법정에서의 증언 태도 등을 종합하여 볼 때, 증인의 증언 내용은 신빙할 수 있다고 판단된다. 그 밖에 갑 제11호증, 갑 제16호증 내지 19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 원고는 2000년 전부터 씨앗, 비료 등을 구입하고 받은 각 간이세금계산서를 보관하고 있었던 점, 이 사건 토지 인근에 거주하는 안CC, 방DD, 김EE, 이FF은 원고가 1980년대부터 이 사건 토지에서 농작물을 직접 자경하였다는 취지의 확인서를 작성한 바 있는 점까지 고려하여 보았을 때, 원고는 이 사건 토지에서 최소한 8년 이상 농작물을 직접 경작하였다고 봄이 상당하고, 달리 이를 뒤집을 만한 반증이 없다.

2) 나아가 피고는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항(이하 '이 사건 규정'이라한다)에 따라 원고의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간을 원고가 경작하였다는 기간에서 제외하면 원고가 경작하였다는 기간은 8년에 미치지 못하므로 이 사건 처분은 적법하다는 취지로 주장하나, 이 사건 규정은 2014, 2. 21. 신설된 규정으로서 그 부칙(제25211호) 제1조가 시행일을 2014. 7. 1.로 정하는 한편, 제2조는 '양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다'고 규정하고 있기는 하나, 이 사건 규정을 그 시행 전에 이미 사실관계가 완성된 경우, 즉 자경기간이 이미 8년을 넘어선 경우까지 적용한다면 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라 볼 것인바, 이 사건 규정은 그 시행 전 이미 8년 이상 직접 자경을 하여 왔던 원고에게는 적용될 수 없으므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 소결론

따라서 앞서 인정한 사실과 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

■ 구 조세특례제한법(2015. 12. 14. 법률 제13560호로 일부 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이조에서 농업법인 이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 주거지역등 이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

■ 구 조세특례제한법 시행령(2015. 6. 15. 대통령령 제26316호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

④ 법 제69조제1항 본문에서 대통령령으로 정하는 토지 란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작 이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항・제6항・제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업・임업에서 발생하는 소득, 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

부칙 <제25211호, 2014.2.21>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조제14항, 제66조의2제13항, 제67조제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2제4항 및 제100조의6제2항제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례)

③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. 끝.