2. 소송비용은 원고가 부담한다

가. 원고는 2009. 11. 27. 주식회사 XX종합건설(이하 '소외 회사'라고 한다)과 사이에 전주시 완산구 XX가 1541-8 지상 상가건물 신축공사(이하 '이 사건 공사'라고 한다)에 관하여 부가가치세를 제외한 공사도급금액을 000원으로 하는 도급 계약(이하 '이 사건 도급계약'이라고 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 소외 회사로부터 2010. 11. 22.자 공급가액 000원의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 수취하여 2011. 1. 25. 2010년 제2기분 부가가치세 신고시 매출세액에서 매입세액 000원을 공제하여 부가가치세 000원의 환급을 신청하였다.

다. 피고는 2011. 5. 11. '이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다'는 이유로 원고의 환급신청을 거부하고, 아울러 원고에게 신고를 누락한 임대수입금액 000원을 과세표준에 가산하고 신고불성실가산세 등을 부과하여 2010년 제2기 부가가치세 000원을 경정 • 고지(이하 위 거부처분과 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라고 한다)하였다.

(아래 내역 생략)

라. 원고는 이에 불복하여 2011. 7. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2011. 10. 27. 위 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

국세환급금결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정은 납세의무자가 갖는 환급 청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 이 사건 각 처분 중 부가가치세 환급처분에 대한 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나. 판단

국세기본법 제51조 제1항, 부가가치세법 제24조 제1항, 부가가치세법시행령 (1998. 12. 31. 대통령령 제15973호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조의 각 규정은 정부가 이미 부당이득으로 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액이 있는 때에는 납세자의 환급신청을 기다릴 것 없이 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있는 것이므로, 이미 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액은 납세자가 부당이득의 반환을 구하는 민사소송으로 그 환급을 청구할 수 있다고 할 것이나, 과세관청이 납세자가 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액이나 환급세액에 누락•오류가 있다고 하여 부가가치세법 제21조 제1항 등에 의하여 환급세액을 줄이거나 납부세액을 증액하는 경정결정을 한 경우에는 당초의 신고에 의하여 발생한 조세채무의 확정력은 더 이상 유지될 수 없는 것이라 할 것이므로 납세자가 위와 같은 과세관청의 경정결정에 대하여 불복하여 당초 신고한 환급세액을 지급받기 위하여는 경정결정에 대한 취소소송을 제기하는 방법에 의하여야 할 것인 바(대법원 1996. 9. 6. 선고 95다4063 판결 참조), 이 사건 처분 중 원고의 부가가치세 환급신청을 거부하는 부분도 원고의 조세채무에 직접 영향을 미치는 것으로서 독립하여 권리 • 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 할 것이다. 따라서 피고의 본안전 항변 은 이유 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장

소외 회사는 이 사건 공사의 실제 시공자이므로 이 사건 세금계산서 기재가 사실에 부합함에도, 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

▣ 구 부가가치세법(2011. 12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)

제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또 는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항•제2항•제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 인정사실

1) 원고는 2009. 11. 27. 소외 회사와 사이 에 전주시 완산구 XX가 1541-8 지상에 상가건물 신축공사를 대금 000원(부가가치세 별도), 준공예정일 2010 11. 30.로 정하여 도급하는 내용의 계약을 체결하였는데, 위 계약서에는 계약보증금, 선급금, 기성부분금 부분이 전혀 기재되어 있지 아니하다

2) 이AA는 원고의 친오빠로 소외 회사의 대표이사인 김BB과는 선후배 사이이다. 소외 회사의 법인등기부에는 이AA가 2010. 7. 28. 소외 회사의 사내이사로 취임 하였다가 2011. 7. 25. 해임된 것으로 기재되어 있다.

3) 이 사건 공사는 2010. 11.경 완공되어 2010. 11. 22. 건물에 대한 준공검사가 이루어졌는바, 위 공사기간 동안 소외 회사 및 소외 회사의 대표이사인 김BB이 이AA의 계좌(계좌번호: 전북은행 803-21-0400000)로 입금한 금액과 원고 또는 이AA가 소외 회사(계좌번호: 전북은행 528-23-0300000)의 계좌로 입금한 금액의 내역은 각 아래와 같다.

(아래 내역 생략)

4) 원고는 소외 회사 및 이 사건 공사의 하도급업체들과 사이에, 원고가 당해 하도급부분에 대한 대가를 하수급인에게 직접 지급하는 것에 대하여 상호 합의한다는 내용의 직불약정서를 작성하였는데, 위 각 직불약정서는 모두 동일한 양식으로 공사대금 직불에 대한 합의 내용만이 간략하게 기재되어 있을 뿐, 공사대금, 계약기간 등 공사계약에 관한 내용은 전혀 나타나 있지 아니하다. 원고와 이AA는 각 직불합의 체결일 무렵부터 자신들의 개인 통장을 이용하여 개별 하도급업체에 공사대금을 지급하였다.

(아래 직불약정서 생략)

5) 원고는 피고에게 2010년 제1기 부가가치세 예정신고를 하면서 소외 회사로부터 선발행받은 세금계산서 2매(공급가액 합계 000원)에 따른 매입세액을 매출세액 에서 공제하여 부가가치세의 환급을 신청하였으나, 피고는 2010. 10. 5. 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 원고의 위 환급신청을 거부하고 아울러 원고에게 신고불성실가산세 등을 포함한 2010년 제1기분 부가가치세 16,690,908원을 경정 • 고지하였다.

6) 김BB은 2011. 4. 4. 전주세무서 조사과에서 부가가치세 자료상 조사를 받으며 이 사건 세금계산서 발행 경위에 대하여 다음과 같이 진술한 바 있다. 즉, 김BB은 이AA로부터 상가를 짓자는 제의를 받고, 이AA에게 약간의 커미션을 지급하고 공사를 진행하였으나, 선급금과 기초공사에 대한 기성금이 지급되지 아니하여 사실상 이 사건 공사를 포기하였고, 이AA가 2010. 8.경 직접 송CC를 현장소장으로 고용하고 하도급 업체를 통해 공사를 진행하였다. 그 후 김BB은 이AA로부터 투자한 원금과 기초공사에 들어간 공사대금을 지급할테니 공사계약금액으로 세금계산서를 발행해 달라는 제의를 받고 이 사건 세금계산서를 발행하였다.

7) 이 사건 공사에 레미콘을 납품한 OO공업(주)의 전무이사 민DD은 2011. 3.경 세무공무원에게, 이AA로부터 물량공급을 요청받고 2009. 9.부터 2010. 12. 까지 000원의 용역을 공급하였으나, 이AA의 요청으로 공급받은 자를 소외 회사로 기재한 000원의 매출세금계산서를 발행하였고, 외상매출금은 원고와 이AA로부터 직접 입금받았다는 내용의 거래사실 확인서를 제출하였다.

8) 전주세무서 담당 공무원은 2011. 4.경 소외 회사에 대한 세무조사를 마친 뒤 가공세금계산서 교부 혐의로 소외 회사와 그 대표이사인 김BB을 경찰에 고발하였다. 김BB은 이에 따라 이루어진 경찰 수사과정에서, 이AA가 소외 회사의 사내이사 자격으로 이 사건 공사를 진행하였고, 2009. 11.부터 소외 회사의 직원인 임EE가 이 사건 공사 현장에 파견되어 현장책임을 맡았으며, 원고가 자금난을 겪으면서 소외 회사가 하도급업체에 공사대금을 지급하지 못하여 대금 독촉을 받게 되자 이AA가 보증인 성격으로 공사대금을 직접 지급하기로 하면서 자신과 합의하에 하도급 공사대금 직불 합의서를 작성하였으므로, 어디까지나 이 사건 공사는 소외 회사가 직접 수행한 것이라는 취지로 세무서에서 한 진술을 번복하였고, 이에 따라 2011. 8. 5. 전주지방검찰청에서 소외 회사와 김BB에 대한 조세범처벌법위반죄에 대한 혐의없음(증거불충분) 결정이 내려졌다.

[인정근거] 갑 제5, 6, 9호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제3 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급 받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다. 그리고 이러한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 본 인정사실과 을 제8, 9, 11, 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 공사는 실제로 이AA와 송CC의 지시를 받은 하도급업체들에 의하여 수행되었으나, 위 업체들이 공사완료 후 대금을 수령하면서 소외 회사를 공급받는 자로 기재한 세금계산서를 발급한 것으로서 소외 회사는 이 사건 공사 시공자 명의만을 대여하였다고 봄이 상당하므로, 이 사건 세금계산서는 그 기재 내용이 사실과 다른 경우에 해당한다. 따라서 피고의 이 사건 각 처분은 적법하다.

① 원고와 하도급업체들 사이의 각 직불합의서(갑 제6호증의 1 내지 13)의 작성일자는 2009. 11.경부터 2010. 6.경 사이인데, 이는 김BB이 세무서와 경찰 수사과정에서 이AA가 직접 공사를 추진하였다고 주장한 2010. 8.보다 앞서고, 그 중 YY과 △△세라믹스의 각 직불합의서의 작성일자는 각 2009. 11. 20.과 2009. 11. 25.으로 원고와 소외 회사 사이에 작성된 도급계약일자보다도 우선하며, 뜸)제일철강의 직불합의서 (갑 제6호증의 1) 하단에는 2011. 2. 10. 팩스로 수신되었다는 취지의 기재가 있어 위 각 직불합의서들이 진정하게 작성된 것인지 의문이 든다.

② 하도급업체들에 대한 공사대금은 대부분 원고나 이AA의 개인 통장에서 이체되거나 현금으로 지급되었고, 원고가 직접 하도급업체에 공사대금을 지급한 내역이 전혀 확인되지 아니한다. 또한, 원고는 공사대금 명목으로 합계 000원을 자신의 계좌에서 소외 회사의 계좌로 이체하였다고 주장하나, 동일 기간 소외 회사의 계좌에서 이AA의 계좌로 이체된 금액(000원)이 훨씬 많아 위 돈이 소외 회사에 대한 공사대금 명목으로 교부된 것이라고 인정하기 어렵다.

③ OO공업(주)의 전무이사는 이AA의 부탁으로 용역을 제공하였고 공급자를 소외 회사로 기재한 세금계산서를 발행하였다고 진술하였다. 또한, 유한회사 □□에서 작성한 청구서(을 제8호증)에는 '공급받는 자'란에 '이AA'가 기재되어 있다.

④ 김BB은 2010. 9. 14. 이AA와 송CC의 급여 명목으로 이AA의 통장으로 000원을 입금하였다고 주장하나, 소외 회사는 이AA에 대한 근로소득지급조서를 세무서에 제출한 사실이 없고, 이AA에 대한 2010년도 귀속 근로소득자료가 전혀 없어 위 돈이 실제 이AA 등의 임금 명목으로 지급된 것이라고 믿기 어렵다.

⑤ 원고는 이 사건 이전에도 소외 회사로부터 공급받은 세금계산서 기재 공급가액을 매입세액에서 공제하여 2010년도 제1기분 부가가치세 환급신청을 하였다가 피고의 현지조사 후 소외 회사가 실제 시공자가 아니라는 이유로 그 신청이 거부된 전력이 있는 바, 원고는 이에 대해 이의를 제기하지 아니하고 경정 • 고지된 부가가치세액을 납부하였다.

⑥ 소외 회사는 토목공사 전문 건설업체로서 2009년 이전에는 관급공사 매출액이 대부분을 차지하며 연간 수입금액이 000원 이하에 불과하였다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.