따라서 구 지방세법 제105조 제6항 본문, 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제78조 제3항 , 제2항 에 의하여 과점주주의 주식 비율이 증가되었는지 역시 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단하여야 한다.

1. 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항 본문은 간주취득세 납세의무에 관하여 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있는데, 여기서 과점주주란 구 지방세법 제22조 제2호 에 정한 바와 같이 주주 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계가 당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51 이상인 자들을 말한다.

한편 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 는 제2항 에서 이미 과점주주가 된 주주가 당해 법인의 주식을 취득함으로써 그가 가진 주식의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 취득세를 부과하도록 규정하면서, 제3항 에서는 과점주주이었다가 주식의 양도 등으로 과점주주에 해당하지 아니하게 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 취득세를 부과하도록 규정하고 있다.

2. 원심은 그 채택 증거들을 종합하여, ① 원고 1이 2004. 1. 6. 주식회사 ○○건설(이하 ‘○○건설’이라 한다)의 발행주식총수인 60,000주에 대한 주식인수대금 전액을 납입하고, 소외 1 및 매형으로서 원고 1과 특수관계에 있는 원고 2와, 소외 1 및 원고 2 명의의 주식 전부의 소유자는 원고 1이므로 소외 1 및 원고 2는 원고 1의 의사에 따라 의결권을 행사하고, 원고 1의 요청이 있는 경우 즉시 주식을 반환한 후 명의개서 절차를 이행하여야 한다는 내용의 각 주식명의신탁약정을 체결한 사실, ② ○○건설 설립 당시인 2004. 1. 6. ○○건설의 주주명부에는 대표이사인 원고 1이 30,000주(50%), 원고 2가 27,000주(45%), 소외 1이 3,000주(5%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 각 소유하고 있는 것으로 기재된 사실, ③ 소외 2, 소외 3이 2004. 3. 2.경 원고 1 명의의 5,400주와 원고 2 명의의 21,600주 및 소외 1 명의의 이 사건 주식 3,000주 등 합계 30,000주(50%)의 ○○건설 주식을 양수하였다가 2007. 3. 30.경 그 전부를 다시 원고 1에게 양도한 사실, ④ 피고가, ○○건설 설립 당시 그 소유주식의 합계가 발행주식총수의 95%가 되어 과점주주로 되었던 원고들이 그 소유주식의 양도로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주가 되었다가 그로부터 5년 이내에 그 소유주식의 합계가 발행주식총수의 100%인 과점주주가 됨으로써 소유주식의 비율이 5% 증가되었다는 이유로, 구 지방세법 제105조 제6항 및 구 지방세법 시행령 제78조 제3항 을 적용하여 2009. 7. 6. 원고들에게 가산세를 포함하여 취득세 63,711,430원과 농어촌특별세 6,371,130원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고 1과 소외 1의 위 주식명의신탁약정은 무효이고, 이 사건 주식의 주주는 명의대여자인 소외 1이므로, 원고들 소유주식의 합계는 ○○건설 설립 당시 발행주식총수의 95%였고, 그로부터 5년 이내에 원고 1이 다시 소외 2, 소외 3으로부터 이 사건 주식을 포함한 ○○건설 주식을 취득함으로써 발행주식총수의 100%가 되어 과점주주로서 주식 소유 비율이 이전보다 5% 증가되었으므로, 피고가 원고들에게 구 지방세법 제105조 제6항 , 구 지방세법 시행령 제78조 제3항 을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

가. 실질과세의 원칙 중 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이고, 이러한 원칙은 구 지방세법 제82조 에 의하여 지방세에 관한 법률관계에도 준용된다 ( 대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조). 그리고 구 지방세법 제105조 제6항 본문이 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다는 점에서 담세력이 있다고 보기 때문이므로 ( 대법원 2014. 9. 4. 선고 2014두36266 판결 등 참조), 위 조항에 의하여 취득세의 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단하여야 한다.

따라서 구 지방세법 제105조 제6항 본문, 구 지방세법 시행령 제78조 제3항 , 제2항 에 의하여 과점주주의 주식의 비율이 증가되었는지 여부 역시 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단하여야 한다.

나. 원심이 확정한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 소외 1은 이 사건 주식의 인수 과정에서 명의를 대여해 준 자에 불과하고, 이 사건 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 지위에 있었던 것은 원고 1이라 할 것이므로, ○○건설 설립 당시인 2004. 1. 6. 과점주주이었던 원고들의 주식 소유 비율과 2007. 3. 30.경 원고들이 다시 ○○건설 주식을 취득하여 과점주주가 된 때의 주식 소유 비율은 모두 100%로 동일하여, 이는 구 지방세법 시행령 제78조 제3항 에서 말하는 다시 과점주주가 된 당시의 주식의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식의 비율보다 증가된 경우에 해당한다고 할 수 없다.

그럼에도 원심은 이와 달리 원고들의 주식 소유 비율이 이전보다 증가되었다고 보아 피고의 원고들에 대한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.