가. 원고는 서울 종로구 B 대 697.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 지상 주택을 1980. 8. 26. 취득하였다가, 2015. 5. 18. 19억 5,000만 원에 양도하였다.

나. 원고는 2015. 7. 4. 관할 과세관청에 고가주택인 이 사건 토지 및 지상 주택의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서, 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제3항, 구 소득세법 시행령(2015. 6. 1. 대통령령 제26302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라 양도차익과 장기보유 특별공제액을 산정하였고, 특히 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제2항 표2(이하 ‘표2’라고 하고, 한편 같은 항 표1은 ‘표1’이라고만 한다)가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를 적용하여 양도소득세를 신고납부하였다.

다. 그런데 피고는, 원고가 2013. 8. 23.에 이르러 이 사건 토지 위에 기존의 지상 2층, 지하 1층 주택(정착면적 91.8㎡, 이하 ‘제1주택‘이라 한다) 외에 새로이 단층 주택(정착면적 64.86㎡, 이하 '제2주택’이라 한다)을 건축하여 취득하였다고 보고, 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어 이 사건 토지를 제1주택과 제2주택의 정착면적 비율에 따라 제1주택의 부수토지와 제2주택의 부수토지로 구분하여 제1주택 부수토지에 대하여는 표2가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를, 제2주택 부수토지에 대하여는 표1이 정한 1세대 1주택 외의 보유기간 10년 이상 공제율 30%를 적용하여, 2015. 11. 2. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 67,246,900원(가산세 포함)을 경정고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 라....

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