상고 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

본건 세금계산서 미제출 가산세의 과세요건 발생 당시 시행되던 부가가치세법(1978.12.5 개정법률 제2934호) 제16조 제 1 항 의 규정에 의하면 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하였을 때에는 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하도록 되어 있고, 동법 제20조 제 1 항 과 제 2 항 의 규정에 의하면 사업자가 동법 제16조 제 1 항 의 규정에 의하여 교부한 세금계산서를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 정부에 제출하여야 하고 예정신고와 함께 제출하지 아니한 세금계산서는 당해 예정신고 기간이 속하는 과세기간의 확정신고와 함께 제출할 수 있도록 하였으며, 동법 제22조 제 2 항제 1 호 는 사업자가 교부한 분에 대한 세금계산서를 위 규정에 의하여 정부에 제출하지 아니한 때에는 법인의 경우그 공급가액의 100분의 2, 다만 예정신고기간 중의 세금계산서를 당해 과세기간의 확정신고시에 지연 제출한 때에는 그 공급가액의 1000분의 10에 상당하는 금액을 세금계산서 미제출 가산세로서 부과하도록 규정하여 부가가치세제의 적정한 실현을 위한 증빙자료로서의 세금계산서 제출을 강제하고 있고, 이와는 별도로 동법 제22조 제 3 항 제 1호 는 동법 제18조제 1 항 (과세표준 예정신고)또는 제19조 제 1 항 (과세표준 확정신고)의 규정에 의하여 과세표준과 납부세액을 신고하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달할 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 과세표준 미신고 가산세(또는 과세표준 과소신고가산세)로서 납부세액에 가산하도록 규정하고, 동항 제 2 호 는 동법 제18조 제 2 항 또는 제19조 제 2 항 의 규정에 의하여 예정신고 또는 확정신고와 함께 각 그 과세기간에 대한 납부세액을 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 미납가산세로서 납부세액에 가산하도록 규정하고 있고, 위 과소신고 가산세와 미납 가산세의 적용 관계에 관하여는 동항 단서에서 양 가산세가 동시에 해당하는 경우에는 그 중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 양 가산세의 금액이 같은 경우에는 과소신고 가산세만을 적용한다고 규정하고 있다.

한편, 본건 과세요건 발생 당시에 시행되던 국세기본법(1978.12.5 개정 법률 제3097호) 제45조 는 납세의무자가 과세표준신고서를 제출한 후 그 기재 사항에 누락, 오류가 있는 것을 발견한 때에는 당해 국세의 법정신고 기간경과 후 30일( 제 2 조 제 1 호(바) 에 계기하는 부가가치세의 경우에는 10일)내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하고, 동법 제49조 는 정부는 동법 제45조 의 규정에 의하여 과세표준 수정신고서를 제출한 자에 대하여는 당초의 신고의 과소로 인하여 부과하여야 할 가산세를 그 수정된 범위 내에서 면제한다고 규정하고, 동법 제46조 는 세법에 의하여 과세표준 신고액에 상당하는 세액을 자진 납부하는 국세에 관하여 제45조 에 규정하는 과세표준 수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준 수정신고액에 상당하는 세액에 미달한 때에는 그 부족액을 과세표준 수정신고서의 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다고 규정하고, 동법 제50조 는 정부는 제46조 의 규정에 의하여 세액을 추가하여 납부한 자에 대하여는 당초의 납부의 과소 또는 불이행으로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다고 규정하고 있다.

이상의 각 규정을 종합 검토하면 부가가치세법 제22조 제 2항 제 1호 의 세금계산서 미제출 가산세 및 제22조 제 3 항 제 1 호 과세표준 과소신고 가산세 및 동항 제 2 호 의 미납세 가산세는 각 종류와 세율을 달리하는 부가가치세 가산세의 세목으로서 법률에 각 감면 규정이 없는 한 감면될 수 없다 할 것인바, 국세기본법 제49조 의 과세표준 수정신고서를 제출한 자에 대하여는 당초의 신고의 과소로 인하여 부과하여야 할 가산세를 그 수정된 범위 내에서 면제 한다는 규정은 해석상 그 면제대상은 과소신고 가산세에 한하는 것이지 세금계산서 미제출 가산세까지 포함한다는 취지로 해석되지 아니하며 위와 같은 해석은 위 미납세 가산세에 대하여는 국세기본법 제50조 에 과세표준 수정신고시에 과소신고 세액을 추가하여 납부한 경우 미납 가산세액의 50퍼센트를 감경한다는 규정을 두고 있는 점에 비추어 보아도 합당한다고 보여지고 나아가 부가가치세법 제22조 제 2 항 단서에 과세표준 예정신고 기간 중의 세금계산서를 당해 과세기간의 확정신고시에 지연 제출한 때에는 그 공급 가액의 1000분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다는 규정을 두어 특별히 세금계산서 미제출 가산세를 감경하고 있으면서 과세표준 확정신고 기간경과 후 수정신고시의 세금계산서 지연 제출의 경우에 대비한 경감규정을 두고 있지 아니한 점, 과세표준 확정 신고시의 세금계산서 미제출 가산세율을 과소신고 가산세나 미납세 가산세에 비하여 높게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면 부가가치세제의 확립 및 적정한 운영에 있어 중요한 증빙자료가 되는 세금계산서를 당해 과세표준 확정신고시까지 제출하지 아니하였으면 당해 수정 신고시에 세금계산서를 제출하였다 하더라도 세금계산서 미제출 가산세 납부의무는 면제되지 아니하는 것으로 해석함이 상당하다 할 것이다. 이와 같은 취지에서 사업자가 부가가치세 과세표준 확정신고까지 세금계산서를 정부에 제출하지 아니하였으면 그 후 과세표준 수정신고서를 제출하면서 세금계산서를 함께 제출하였다하더라도 원고의 본건 세금계산서 미제출 가산세는 면제되지 아니한다고 판단하여 원고의 본건 청구를 기각한 원심판결은 정당하고, 거기에 논지가 말하는 바와 같은 국세기본법이나 부가가치세법 등 법령의 해석적용을 그르친 위법은 없으므로 논지는 이유없다.

따라서, 원고의 상고를 기각하고, 상고 소송비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.