1. 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제52조 제1항 은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제87조 제1항 은 “ 법 제52조 제1항 에서 ‘대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자’라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.”고 규정하면서 그 각 호에서 ‘주주 등(소액주주를 제외한다)과 그 친족( 제2호 )’ 등 당해 법인과 일정한 관계에 있는 법인 및 개인을 특정하여 열거하고 있다.

위와 같이 법 제52조 제1항 은 납세의무자인 법인이 특수관계자와 한 거래 또는 그로 인한 소득금액의 계산을 부당행위계산부인의 대상으로 규정하면서 특수관계자의 범위를 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임에 따라 시행령 제87조 제1항 은 납세의무자인 법인과 같은 항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 특수관계자로 규정하고 있으므로, 문언상 납세의무자인 법인을 기준으로 하여 그와 위 각 호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다고 보아야 한다. 이와 달리 납세의무자인 법인과 거래를 한 상대방을 기준으로 하여 납세의무자인 법인이 위 각 호의 1의 관계에 있는 경우에 그 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 위 시행령 조항의 문언에 반하여 허용될 수 없다 ( 대법원 2011. 7. 21. 선고 2008두150 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 납세의무자인 법인이 그 거래상대방인 다른 법인의 주주에 해당한다고 하여 다른 법인을 시행령 제87조 제1항 제2호 의 ‘특수관계자’에 해당한다고 볼 수 없다.

2. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고는 2001. 6. 21. 총발행주식의 100%를 보유하고 있던 자회사인 주식회사 한일정보통신(이하 ‘한일정보통신’이라 한다)의 유상증자에 단독으로 참여하여 신주 190만 주(1주당 금액 5,000원)를 95억 원에 인수하고, 2001. 10. 8. 총발행주식의 98.87%를 보유하고 있던 자회사인 케이에프텍 주식회사(이하 ‘케이에프텍’이라 한다)의 유상증자에 단독으로 참여하여 신주 560만 주(1주당 금액 5,000원)를 280억 원에 인수한 사실(이하 원고가 위와 같이 인수한 신주를 ‘이 사건 신주’라 한다), 피고는 이 사건 신주의 인수 당시 한일정보통신과 케이에프텍이 원고의 자회사로서 시행령 제87조 제1항 제2호 의 특수관계자에 해당한다는 점을 전제로, 원고가 시가보다 높은 가액으로 이 사건 신주를 인수함으로써 이 사건 신주의 시가와 그 인수가액의 차액 상당액을 위 회사들에 분여하였다고 보아, 법 제52조 제1항 , 시행령 제88조 제1항 제1호 등을 적용하여 위 차액 상당액을 원고의 2001 사업연도 소득금액 계산상 익금산입하여 소득처분하고 같은 금액만큼을 손금산입하여 사내유보로 처분하는 한편, 원고가 이 사건 신주에 대한 투자주식 감액손실을 손금에 산입한 2002 사업연도의 소득금액 계산상 위 차액 상당액의 손금산입을 부인하여 원고에게 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리와 규정에 비추어 살펴보면, 한일정보통신과 케이에프텍이 원고의 주주에 해당한다거나 다른 특수관계자에 해당한다는 점에 대한 증명이 없는 이상, 원고가 위 회사들의 주주였다는 사정만으로는 위 회사들이 시행령 제87조 제1항 제2호 의 ‘특수관계자’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 그 전부가 위법하다고 할 것이다.

3. 그런데도 원심은 이와 달리, 피고가 한일정보통신과 케이에프텍이 시행령 제87조 제1항 제2호 에서 정한 원고의 특수관계자에 해당한다고 본 것 자체는 적법하다는 전제 아래, 피고가 이 사건 신주의 시가와 그 인수가액의 차액 상당액을 계산하면서 케이에프텍이 발행한 신주의 시가를 잘못 평가하였다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분만이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 법 제52조 제1항 , 시행령 제87조 제1항 제2호 에서 정한 특수관계자의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다.

4. 그러므로 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.