2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 주식회사 AA의 유화사업부문을 분할하여 2001. 12. 28. 설립된 회사로 서 석유화학 및 화학공업제품의 제조가공업 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인인바, 2002 사업연도 법인세 과세표준을 13,792,272,317원, 세액을 2,649,499,491원으로, 2003 사업연도 법인세 과세표준을 17,625,322,875원, 세액을 3,981,470,934원으로, 2004 사업연도 법인세 과세표준을 131,501,467,049원, 세액을 34,402,958,929원으로 각 신고하고 위 각 세액을 납부하였다.

나. 부산지방국세청장은 원고에 대한 2002 내지 2005 사업연도 법인세 정기조사를 실시한 후, 특수관계자에 대한 업무무관가지급금 관련 인정이자 계산, 지급이자 손금불산입, 접대비한도초과액 손금불산업, 임시투자세액 부당공제 사실 등을 확인하여 피고에게 과세자료로 통보하였고, 이에 따라 피고는 2006. 12. 5. 원고에게 2002 사업연도 법인세 4,019,324,090원을, 2003 사업연도 법인세 357,344,570원을, 2004 사업연도 법인세 83,562,320원을 각 증액하여 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 각 증액경정처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 각 증액경정처분에 대해 2007. 3. 2. '주식회사 AA은 진부화된 유형자산에 대해 장부가액과 회수가능가액의 차액을 유형자산감액손실로 기록하여 세무상 유보로 관리하여 왔고, 원고는 분할과정에서 위 유형자산감액손실 중 151,246,262,765원(이하 '이 사건 감액손실액'이라 한다)을 세무상 유보사항으로 승계받았으나 이에 대하여 2002 사업연도 이후 별도로 세무조정을 하지 않았으므로 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산하여야 하고 2002 내지 2004 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하여야 한다'고 주장하며 국세심판원에 심판청구를 하였다.

라. 국세심판원은 2008. 1. 21. '원고가 2002 내지 2004 사업연도의 법인세 신고시 자본금과 적립금 조정명세서상 세무상 유보로 관리하고 있는 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 각 사업연도별 감가상각범위액을 재계산하고 각 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하고, 2006. 12. 5. 고지된 법인세 경정액을 경정세액의 한도로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다'는 결정을 하였다. 피고는 2008. 2.경 국세심판원의 결정에 따라 이 사건 각 증액경정처분 중 2002 사업 연도 법인세 4,019,324,090원을, 2003 사업연도 법인세 357,344,570원을, 2004 사업연도 법인세 83,562,320원을 각 감액하여 경정ㆍ고지하였다(이하 '제1차 각 감액경정처분'이라 한다).

마. 한편, 원고는 2006. 4. 20. 피고에게, '이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산하여야 하고 2003, 2004 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하여야 한다'고 주장하며 2003, 2004 사업연도 법인세에 대하여 경정청구를 하였고, 이에 피고는 2008. 3.경 2003, 2004 사업연도 법인세에 관하여 아래 표 '추가 환급세액'란 기재 각 금액을 감액하여 경정ㆍ고지하였다{이하 '제2차 각 감액경정처분'이라 한다. 원고는 피고에게 당초 신고 납부한 2004 사업연도 법인세 중 12,587,068,186원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 신고된 감가상각시인부족액(10,832,617,244원)이 실제보다 과대하게 신고된 것을 확인하고 10,600,295,714원으로 재계산하여 손금에 가산함에 따라 12,264,938,830원을 환급하게 되었다}.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증(각 가지번호 포함), 갑 제3호증, 을 제3, 7호증의 각 1, 2, 을 제4 내지 6, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의주장

국세기본법 제22조의2 제1항의 신설과 관계없이 원고의 당초 신고와 이 사건 각 증액경정처분은 하나의 추상적 납세의무를 확정하기 위한 일련의 과세절차라는 점에서 당초 신고는 이 사건 각 증액경정처분에 흡수된다고 해석함이 상당하다. 따라서 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산한 뒤 각 사업연도 별 감가상각시인부족액 범위 내에서 손금으로 추인하고 이월결손금까지 재계산하여 2002, 2004 사업연도 법인세는 증액경정된 세액부분뿐만 아니라 당초 신고 납부한 세액부분까지 취소되어야 한다.

3. 이사건소의적법여부

가. 피고의 본 안전 항변

1) 2002 사업연도 법인세부과처분 취소청구 부분의 경우, 당초 선고한 세액 부분은 이에 대하여 원고가 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구기간 내에 과세표준 및 세액의 경정청구를 하지 않았으므로 불가쟁력이 발생하였다. 가사 당초 신고를 흡수한 증액경정처분을 다투는 경우에 해당하여 당초 신고의 하자를 다툴 수 있더라도 그 항고소송에서 취소될 수 있는 범위는 증액경정된 세액 부분에 한정될 것인데, 증액 경정된 세액부분이 제1차 감액경정처분으로 전액 취소된 이상 취소의 대상이 존재하지 않는다.

2) 2004 사업연도 법인세부과처분 취소청구 부분의 경우, 피고는 2008. 3.경 원고의 경정청구에 대하여 일부 기각하는 결정을 하였는데, 이에 대하여 원고가 불복기간 내 에 심사청구 및 심판청구를 제기하지 않았으므로 당초 신고 납부한 2004 사업연도 법인세 중 제2차 감액경정처분에 의하여 취소되고 남은 세액부분은 불가쟁력이 발생하였다. 가사 당초 신고를 흡수한 증액경정처분을 다투는 경우에 해당하여 당초 신고의 하 자를 다툴 수 있더라도 그 항고소송에서 취소될 수 있는 범위는 증액경정된 세액 부분 에 한정될 것인데, 증액경정된 세액부분이 제1차 감액경정처분으로 전액 취소된 이상 취소의 대상이 존재하지 않는다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 2002 사업연도법인세부과처분취소청구부분

2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정된 국세기본법에서 신설된 제22조의2는 '경정 등의 효력'이라는 제목으로 그 제1항에서 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다"고 규정하고 있는바, 증액경정처분은 당초 신고하거 나 결정된 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가하는 것이 아니라 증액되는 부분 을 포함시켜 전체로서 하나의 세액을 다시 결정하는 것인 점, 부과처분취소소송 또는 경정거부처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정하거나 과세표준신고서에 기재된 세액의 객관적 존부로서 청구취지만으로 그 동일성이 특정되므로 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 점, 국세기본법 제22조의2 제1항의 주된 업법 취지는 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고 또는 결정에서의 세액만큼은 그 불복을 제한하려는 데 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 국세기본법 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조). 따라서 납세의무자가 당초 신고 또는 결정을 흡수한 증액경정처분을 다투는 경우에 당초 선고 또는 결정의 위법사유를 포함하여 하나의 전체 과세단위에 관한 위법사유를 주장할 수 있다고 할 것이나, 당초 신고 또는 결정이 불복 기간의 경과로 확정된 경우에는 국세기본법 제22조의2 제1항에 따라 당초 신고 또는 결정에 의하여 확정된 세액의 변경은 허용될 수 없고 증액경정처분에서 증액된 세액만 이 취소의 대상이 된다.

살피건대, 당초 선고한 세액 부분(2,649,499,491원)은, 원고가 구 국세기본법(2005. 1. 5. 법률 제7329호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 소정의 경정청구기간(법정 신고기한 경과 후 2년) 내에 과세표준 및 세액의 경정청구를 하지 않아 불복기간의 경과로 확정되어 그 세액의 변경은 허용될 수 없고, 2002 사업연도 법인세에 대한 증액 경정처분에서 증액경정된 세액만이 취소의 대상이 될 수 있다. 그런데 피고가 원고의 2002 사업연도 법인세 중 증액경정으로 증액된 세액 전액에 대하여 제1차 감액경정처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 2002 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분은 제1차 감액경정처분에 의하여 취소되었다고 할 것이다.

따라서 위 취소청구 부분은, 2002 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분이 더 이상 존재하지 아니함에도 불구하고 증액된 세액이 존재함으로 전제로 그 취소를 구하고 있어 그 대상적격을 결하여 부적법하다.

2) 2004 사업연도법인세부과처분취소청구부분

살피건대, 원고는 2006. 4. 20. 피고에게 당초 신고 납부한 2004 사업연도 법인세 34,402,958,929원에 대하여 12,587,068,186원의 감액을 구하는 취지의 감액경정청구를 하였고, 피고는 2006. 12. 5. 이 사건 각 증액경정처분을 하였다가 2008. 2.경 국세심판 원의 결정에 따라 2004 사업연도 법인세 중 증액경정으로 증액된 세액 전액에 대하여 제1차 감액경정처분을 하였고, 2008. 3.경에 이르러 과대 신고로 인한 부분을 제외한 원고의 감액경정청구를 모두 받아들여 제2차 감액경정처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

따라서 2004 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분은 제l차 감액경정처분에 의하여 취소되었다 할 것이고, 위 취소청구 부분은 2004 사업연도 법인세에 대한 증액경정 처분이 더 이상 존재하지 아니함에도 불구하고 증액된 세액이 존재함으로 전제로 그 취소를 구하고 있어 그 대상적격을 결하여 부적법하다(또한, 이 부분 청구를 당초 신고 납부한 2004 사업연도 법인세 중 제2차 감액경정처분에 의하여 취소되고 남은 세액부분의 취소를 구하는 것으로 보더라도, 우선 남은 세액 중 위 2006. 4. 20.자 경정청구에서 인용되지 않은 322,129,356원 부분에 대하여는 그 경정청구거부처분의 취소를 구할 수 있을 뿐 이 사건 원고의 청구와 같이 제2차 감액경정처분에 의하여 취소되고 남은 세액부분의 취소를 구할 수는 없고, 나머지 세액부분에 대하여는 신고납세방식의 법인세에 있어서 납세의무자에 의한 과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되므로 원칙적으로 과세관청에 의한 세액확정을 위한 과세처분이 개입할 여지가 없어 납세의무자는 신고내용에 착오가 있음을 이유로 국세기본법 제45조의2에 따라 경정 청구를 할 수 있음은 별론으로 하고 감액경정청구조차 하지 않은 부분에 대하여는 존재하지도 아니하는 과세처분의 취소를 구하는 것이어서 허용될 수 없으므로, 원고의 청구는 어느 모로 보나 부적법하다 할 것이다).

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.