처분청은 1995.2.7. 설립된 청구인이 주택건설을 목적으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 산 ㅇㅇ번지 토지 12,056㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 1996.11.23. 취득(1996.11.26. 등기)한 후 5년 이내인 1997.7.1. 매각하였으므로 법인의 비업무용 토지 및 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기에 해당된다고 보아 그 취득가액(400,259,200원)에 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조제2항 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 62,440,440원, 농어촌특별세 5,723,700원, 등록세 57,937,330원, 교육세 10,556,840원, 합계 136,668,310원(가산세 포함)을 2001.2.14. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 취득세 등 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로,

첫째, 청구인은 1996.11.23. 이 사건 토지를 취득한 후 아파트를 신축하기 위하여 사업계획 승인절차를 진행하였으나, 그 당시 국토이용관리법상 준농림지역에서는 30,000㎡미만의 범위 내에서 민간차원의 개발이 가능하였는데도, 처분청이 1994.8.8. 관계법령의 규정에서 위임하지도 아니한 사항을 자체 내부지침(「준농림지역 운용관리계획」)으로 정하고, 동 지침에 의거 공동주택 건축허가를 불허함에 따라 주택건설사업을 포기하고 부득이 이건 토지를 매각한 것으로서, 이러한 사유는 정당한 사유에 해당하며,

둘째, 설령 주택건설목적으로 취득한 이 사건 토지를 매각한 데에 정당한 사유가 없다고 하더라도, 청구인의 경우 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로서 1년 이내에 목적사업을 변경하여 매매업에 직접 사용하였으므로 법인의 비업무용 토지로는 볼 수 없는데도 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 주택건설용 토지를 취득한 후 고유업무에 직접 사용하지 못하고 매각한 데에 정당한 사유가 있는 지와 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 볼 수 있는 지의 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제112조제2항, 구 지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항제1호 및 같은 조 제4항제10호에서 주택의 건설·공급 또는 임대를 목적사업으로 하는 법인이 주택건설을 목적으로 토지를 취득한 후 4년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 구 지방세법 제138조제1항제3호, 구 지방세법시행령(1997.10.1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것) 제101조제1항제5호와 제102조제1항 및 제2항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입 이후 5년 내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대해서는 등록세를 5배 중과세 하지만, 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업의 경우에는 등록세 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조제2항에서 주택건설사업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 중과세 하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 주택건설업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 1996.11.4. 이 사건 토지상에 단독주택 및 상가를 건축할 목적으로 토지거래허가를 받고, 1996.11.23. 이 사건 토지를 취득한 후 주택건설용에 직접 사용하지 아니하고 5년 이내인 1997.7.1. 매각하였으므로, 처분청은 이 사건 토지의 취득·등기에 대하여 법인의 비업무용 토지 및 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 해당된다고 보아 취득세와 등록세를 중과세 하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대한 청구인의 주장을 차례대로 살펴보기로 한다.

첫째, 토지를 매각한 데에 정당한 사유가 있는 지 여부를 보면, 위의 규정에서의 『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다(같은 취지의 대법원 판결 1992.6.23, 92누1773) 할 것인 바, 1993.8.5. 국토이용관리법이 개정되어 준농림지역에서 30,000㎡미만의 범위 내에서 민간차원의 대지조성사업이 가능하게 됨에 따라, 이로 인한 부작용이 발생할 여지가 많으므로 ㅇㅇ부(현 ㅇㅇ부)가 1994.6.22. 이를 방지할 목적으로 준농림지역 운용관리지침을 수립 시달(ㅇㅇ 토이 58214-517)하였고, 처분청은 동지침에 따라 1994.8.8. 난개발에 따른 도시문제 등을 해결할 목적으로 준농림지역 운용관리계획을 수립하여 20세대 이상의 단독주택 및 공동주택 건축을 제한한 것이므로 위임범위를 일탈한 것으로 볼 수 없으며, 또한 청구인의 경우 1996.11.4. 단독주택 및 상가 건축목적으로 조건부로 토지거래허가를 받고, 1996.11.23. 이 사건 토지를 취득하였으므로 취득당시부터 이 사건 토지상에 20세대 이상의 공동주택 건축이 사실상 불가능한 사실을 알고 있었음에도, 공동주택 건축이 가능한지 여부를 처분청에 구두로 질의를 하였다가 공동주택 건축이 불가능하다고 함에 따라 당초 취득목적대로 단독주택 및 상가를 건축하기 위하여 아무런 노력도 하지 아니한 채 당해 토지를 매각한 이상, 그 귀책사유는 청구인에게 있다 할 것이므로 구 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호 및 제102조제1항의 규정에 의한 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

둘째, 부동산매매업에 공여된 것으로 볼 수 있는 지 여부를 보면, 청구인의 경우 주택건설업 및 부동산매매업 등을 목적사업으로 하여 1995.2.7. 설립된 법인으로서 1996.11.23. 이 사건 토지를 취득할 당시에는 목적사업을 개시하지 아니하였으며, 이 사건 토지를 취득하여 대차대조표상 재고자산으로 회계처리하지 아니하고 고정자산으로 회계처리 하였으나, 이 사건 토지 취득당시 주택 및 상가 건축목적으로 토지거래허가를 받은 사실을 보면, 당해 토지를 재고자산으로 회계처리 해야 할 것을 고정자산으로 회계처리 한 사실이 인정되고, 당해 법인의 총자산가액(700,531,704원)중 부동산매매업에 공여되는 자산(재고자산)가액(424,758,910원)의 비율이 60.63%로서 100분의 50이상을 초과하므로, 청구인의 주업이 부동산 매매업임을 알 수 있으며, 또한 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 주택건설용 토지를 취득하였다가 1년 이내에 이를 매매용으로 전환하여 매각한 경우 유예기간 내에 고유업무(매매업)에 직접 사용한 토지로서 법인의 비업무용 토지에서 제외된다는 대법원 판례(1997.7.11. 96누17561)의 취지에 비추어, 청구인과 같이 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 이 사건 토지를 취득하였다가 1년 이내에 매매용으로 전환하여 매각한 경우는 고유업무에 직접 사용한 토지로서 법인의 비업무용 토지로 볼 수는 없는 것이라 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2001.2.27. 제2000-76호)이다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 5. 28.

행 정 자 치 부 장 관