원천징수대상인 근로소득에 대하여 원천징수의무자가 원천징수세액을 납부하면 그 납부된 범위 내에서 원천납세의무자의 납세의무가 소멸하는 것이어서 이를 소득자에 대하여 종합소득세로 부과할 수 없다고 할 것이므로 ( 대법원 1974. 10. 8. 선고 74다1254 판결 , 대법원 1981. 10. 13. 선고 80누288 판결 , 대법원 1984. 4. 10. 선고 83누540 판결 등 참조), 과세관청이 소득처분에 의한 소득금액의 변동으로 그 소득의 귀속자에 대하여 특정 연도 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액을 다시 결정한 후 그 연도의 원천징수분으로 납부된 세액을 뺀 나머지 금액을 그 연도의 귀속 종합소득세로 부과ㆍ고지한 경우에 있어서는, 원천징수분으로 납부된 세액에 해당하는 부분은 이미 납세의무가 소멸된 것이어서 그에 관한 종합소득세의 부과처분이 있다고 할 수 없다.

원심은, 군산세무서장이 소외 주식회사에 대하여 이 사건 군산시 임야의 매수대금 2,018,410,000원(1996년도 1,039,930,000원 + 1997년도 978,480,000원)과 1997년도 이 사건 장수군 임야의 매도대금 880,000,000원을 각 익금산입한 후, 위 익금산입액 상당을 소외 주식회사의 임원인 원고에 대하여 상여로 소득처분하고 2001. 9. 1. 원고와 소외 주식회사에게 원고에 대한 1996년도 귀속분 및 1997년도 귀속분 소득금액변동통지를 한 사실, 피고는 2001. 12. 1. 원고에게 상여로 인정된 부분에 관하여 1996년도 귀속 종합소득세액을 416,257,053원, 1997년 귀속 종합소득세액을 743,680,663원으로 결정한 다음, 각 해당연도의 원천징수분으로서 소외 주식회사로부터 납부된 세액(1996년도분 412,799,274원, 1997년도분 740,113,004원, 이하 ‘이 사건 원천징수분’이라 한다)을 공제한 나머지 종합소득세액 1996년도분 3,457,770원, 1997년도분 3,567,650원을 부과ㆍ고지한 사실을 인정하였다.

사실관계가 이와 같다면, 앞에서 본 법리에 비추어 볼 때 이 사건 원천징수분에 대하여는 피고의 부과처분이 있었다고 할 수 없고, 따라서 그에 대한 취소청구는 부적법하다고 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심은, 이 사건 원천징수분에 대해서까지 피고의 부과처분이 있은 것을 전제로 하여 그 취소를 구하는 원고의 청구의 당부를 판단한 끝에, 1996년도분 중 412,799,274원 및 1997년도분 중 381,431,236원에 대하여는 원고의 청구를 인용하고, 1997년도분 중 358,681,768원에 대하여는 원고의 청구를 배척하고 말았으니, 원심판결에는 원천징수에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이다. 이 부분의 원심판결은 그대로 유지될 수 없다.

2. 나머지 원고 패소부분에 관한 원고의 상고이유에 대한 판단

이 사건 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 그 채용한 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 후 원고가 소외 주식회사의 소유이던 원심판시의 이 사건 장수군 임야를 소외 주식회사에 대한 근로의 제공이나 다른 대가 없이 사실상 취득하였다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 원고의 상고이유에서 주장하는 바와 같은 심리미진, 채증법칙 위배 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 나머지 피고 패소부분에 대한 판단

피고의 상고장이나 상고이유서에 이 부분에 관한 상고이유의 기재가 없다.

4. 그러므로 원심판결의 1996년 귀속 종합소득세에 관하여는 피고 패소부분 중 원천징수분 412,799,274원 부분을, 원심판결의 1997년 귀속 종합소득세에 관하여는 원고 패소부분 중 원천징수분 358,681,768원 및 피고 패소부분 중 원천징수분 381,431,236원 부분을 각 파기하되, 그 부분 사건은 대법원이 직접 재판하기에 충분하므로 자판하기로 하여, 그 부분에 해당하는 제1심판결을 각 취소하고, 그 부분의 소를 각하하며, 원고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.