2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 11. 3. 주식회사 XX은행(이하 'XX은행'이라 한다)으로부터 일본 국법화 6,000만 엔(이하 '이 사건 외화부채'라 한다)을 차입하여 그 차입금으로 전주시 XX구 XX동 0가 00의 00 지상에 연면적 661.38㎡ 규모의 3층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 2003. 3. 17. 원고 앞으로 소유권보존등기를 경료한 후, 2003. 4. 3. 이 사건 건물에 관하여 XX은행 명의로 채권최고액 일본국법화 7,800만 엔의 근저당권설정등기를 경료하여 주었다.

나. 원고는 2003. 2. 18.경 부동산임대업 사업자등록을 마치고 이 사건 건물 내 점포 들을 임대하는 부동산 임대업을 하였고, 2003. 3. 3.에는 한의원 사업자등록을 마치고 그 무렵부터 이 사건 건물에서 'OO참한의원'이란 상호로 한의원을 운영해 왔는데, 2005년 및 2006년 귀속분 종합소득세 과세표준확정신고를 함에 있어 이 사건 외화부채에 대한 외화평가손익(화폐성 외화부채의 원화기장액과 당해 연도 종료일 현재의 환율에 의하여 평가한 원화금액과의 차손익을 의미한다) 및 이자비용 등을 손익계산서에 계상하지 아니하고 신고하였다.

다. 피고는 2009. 5.경 원고에게 2005년 및 2006년 총수입금액에 이 사건 외화부채 에 대한 외화평가이익이 계상되지 아니하였다는 통보를 하였고, 이에 따라 원고는 2009. 7.경 이 사건 외화부채에 대한 외화평가이익(2005년 9,121만 원 및 2006년 3,546만 원, 이하 이를 통틀어 '이 사건 외화평가이익'이라 한다)을 수입금액에 산입하여 피고에게 2005년 및 2006년 귀속분 종합소득세 과세표준수정신고를 하였다.

라. 그런데 원고는 2010. 3. 12. 피고에게 이 사건 외화평가이익을 반영하지 아니한 당초의 종합소득세 과세표준확정신고가 적법하다고 주장하면서 2005년 귀속 종합소득세를 수정신고에 따른 34,689,031원에서 15,200,742원으로 19,488,289원을 감액하고, 2006년도 귀속 종합소득세를 수정신고에 따른 32,436,670원에서 22,107,816원으로 10,328,854원을 감액해달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2010. 4. 20. 화폐성 외화부채에 대하여 외화평가이익이 발생하였으면 이를 각 과세연도의 총수입금액에 산입하여야 하므로 이 사건 외화평가이익을 반영한 수정신고 내용이 타당하다는 이유로 원고의 각 감액경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 7. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2010. 12. 13. 심판청구가 기각되었다.

바. 한편 원고는 이 사건 외화부채의 만기일인 2005. 10. 28. 대출연장을 위하여 이 사건 외화부채를 XX은행에 상환처리함과 동시에 과목대체 없이 2007. 9. 27.을 상환 기일로 하여 엔화운전자금대출을 재실행 받았다가, 2007. 9. 18. 이 사건 외화부채를 모두 상환하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2, 4, 5호증, 을 제2호증, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 피고의 이 사건 처분은 위법하다

1) 과세관청은 사업관련 자산 및 부채만을 대상으로 사업자의 총수입금액과 필요경비를 산정하고 이를 근거로 사업자에게 종합소득세를 부과하여야 하는데, 이 사건 외화부채는 원고가 사업을 개시하기도 전에 발생한 채무이므로 사업관련 부채에 해당한다고 할 수 없다.

2) 원고는 이 사건 외화부채를 개인채무로 삼으려는 의사로 사업용 회계장부에 이 사건 외화부채 원금 및 그에 대한 지급이자 등을 계상하지도 아니하였는바, 회계장부에 계상하지 아니한 이 사건 외화부채는 사업관련 부채로 볼 수 없고 개인채무에 해당한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1)법정 경정청구기한 경과 여부에 대한 판단(2005년도 귀속 종합소득세에 대하여)

원고의 주장에 대한 판단에 앞서 먼저 원고의 2005년 귀속 종합소득세 감액 경정청구가 적법한지 여부에 관하여 살피건대(피고는 이 부분을 본안전 항변 사유인 것처럼 주장하고 있으나 이는 본안에 대한 판단 사유이므로 여기에서 판단한다), 법 제70조는 '당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다'고 규정하고 있고, 국세기본법 제45조의2 제1항은 '과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 법정신고기한경과 후 3년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다'고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의하면 2005년 귀속 종합소득세의 법정신고기한은 2006. 5. 31.이고 그 경정청구는 그 날로부터 3년이 되는 날인 2009. 5. 31.까지 이루어져야 한다. 그런데 앞서 1.항에서 인정한 바와 같이 원고가 2010. 3. 12.에 이르러서 이 사건 경정청구를 하였으므로, 원고의 이 사건 2005년 귀속 종합소득세 감액경정청구는 위 경정청구의 제척기간을 도과한 것으로서 부적법하다. 따라서, 원고의 2005년 귀속 종합소득세 감액경정청구거부처분의 취소를 구하는 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다{이 사건과 같은 조세감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에 있어서 과세관청은 당초 내세웠던 거부처분 이외의 사유도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있으므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 설령 피고가 이 사건 처분시 위와 같은 제척기간 도과 의 주장을 하지 않았다 하더라도 위 판단에 아무런 영향을 미치지 아니한다}.

2) 원고의 주장에 대한 판단1)

가) 이 사건 외화부채가 사업관련 부채에 해당하는지 여부

살피건대, 앞서 1.항에서 살펴 본 바와 같이 원고가, ① 이 사건 외화부채의 차입금을 신축자금으로 하여 이 사건 건물을 신축하였고, 이후 이 사건 건물을 이용하여 부동산 임대업과 한의원 영업을 하고 있는 사실, ② 이 사건외화부채의 대출자인 XX은행에 이 사건 건물을 담보로 제공하고 근저당권을 설정하여 준 사실 등에 비추어 보면, 이 사건 외화부채는 원고가 영위하는 부동산 임대사업의 기반이 되는 사업용 자산인 이 사건 건물의 취득 비용을 조달하기 위한 것으로서 원고의 사업과 무관한 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 거주자의 부동산임대소득금액을 계산함에 있어서, 임대용 부동산의 취득비용으로 사용된 당초의 차입금과 그 당초의 차입금을 다른 차입금으로 상환한 경우 그 다른 차입금 등도 모두 부동산임대업을 영위하는 데 필요한 자산에 대응하는 부채로서 사업에 직접 사용된 부채에 해당한다고 보아야 할 것이므로(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두1799 판결 참조), 이 사건 외화부채의 차입금이 이 사건 건물의 취득 자금으로 사용되었고 원고가 사업을 개시할 당시 이 사건 외화부채가 상환되지 않고 잔존하고 있었던 이상, 형식적으로 원고가 사업자등록을 마치기 전에 차입 행위가 이루어졌다고 하여 이를 개인채무에 해당한다고 할 수는 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 사업용 회계장부에 계상되지 아니한 부채가 사업관련 부채에 포함되는지 여부

(1) 국세기본법 제20조는 '기업회계의 공정성과 객관성이 보장되는 한 세무회계는 이를 토대로 하여야 하고, 다만 세법상의 특수한 목적에 따라 최소한도의 세법적 조정만을 행하여야 한다'고 규정하고 있는바 이는 기업회계존중의 원칙을 선언하는 규정이고, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 '법' 이라고만 한다) 제39조 제3항은 '거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산 ・ 부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정 ・ 타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다'고 규정하고 있는바 이는 '총수입금액과 필 요경비의 귀속연도와 자산・부채의 취득 및 평가'에 관하여 이러한 기업회계존중의 원칙 을 구체적으로 확인하는 취지의 규정이며, 법 시행령 제97조는 법 제39조에 따라 총수 입금액과 필요경비의 귀속연도를 정함에 있어서 '환율변동에 따라 화폐성 외화자산・부 채에 관하여 발생한 평가차손익'을 당해 연도의 필요경비 또는 총수입금액에 산입하도 록 하는 규정이다.

이러한 법 제39조 및 법 시행령 제97조의 문언과 취지를 종합하여 보면, '환율변동에 따라 화폐성 외화자산・부채에 관하여 발생한 평가차손익'은 시행령 제97조에 따라 당해 연도의 필요경비 또는 총수입금액에 산입되고, 그 '당해 연도'나 '액수'를 정함에 있어서 만약 '거주자가 위 평가차손익에 관하여 적용하여 온, 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 기업회계기준'이 있다면 이를 참고하여야 한다. 그러나, 법 제39조 제3 항이 '어떤 소득이 사업소득에 해당하는지 여부'에 관해서까지 기업회계존중의 원칙을 확인하는 취지의 규정이라고 볼 수는 없고, 거주자의 어떤 소득이 법상 사업소득에 해 당하는지 여부는 어디까지나 법 제19조에 따라 결정될 문제이므로, 단지 거주자가 위 평가차손익에 관하여 기업회계기준을 적용하지 아니하였다는 사정만 가지고 위 평가차손익이 그 사업소득의 필요경비 또는 총수입금액에 산입되지 아니한다고 해석할 수는 없다.

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 설령 원고가 그 주장처럼 이 사건 외화평가이익에 관하여 기업회계기준을 적용하지 아니하고 사업용 회계장부에 계상하지 아니하였다고 하더라도, 그러한 사정만 가지고 이 사건 외화평가이익이 원고의 사업소득 총수입 금액에 산입되지 아니한다고 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 그 자체로 이유 없다.

(3) 또한, 원고는 이 사건 건물을 임대업을 위한 사업용 자산으로 취득하면서 이 사건 외화부채의 차입금을 그 취득자금으로 사용하였으므로, 그 차입금은 원고의 임대업과 관련하여 사용된 것이고, 따라서 이 사건 외화부채에 관하여 발생한 이 사건 외화평가차익은 원고의 사업에서 발생한 소득인 동시에 시행령 제97조 제1항 소정의 이익으로서 원고의 사업소득 총수입금액에 산입되어야 하므로 이 점에서도 원고의 주장은 이유 없다.

다) 따라서, 이 사건 처분에는 원고의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.