따라서 예약매출에 해당하는 아파트 분양사업을 하는 법인이 수급인에게 공사의 일부 또는 전부를 도급하여 아파트를 건설하는 경우, 도급계약과 관련하여 작업진행률 산식의 분자인 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’에 포함되어야 하는 공사비는 도급계약에 따라 지급의무가 확정된 공사비가 아니라 ‘수급인의 실제 공사 진행 정도에 따라 그 법인에 사실상 지급의무가 발생한 공사비(=도급금액 × 수급인의 작업진행률)’이다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

가. 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제69조 제2항 본문은 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함한다. 이하 ‘건설 등’이라고 한다)의 계약기간이 1년 이상인 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 ‘작업진행률’이라고 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 규정하고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행규칙’이라고 한다) 제34조 는 제1항 에서 작업진행률은 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액 ÷ 총공사예정비’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라고 한다)에 의하여 계산하되, 건설 외의 경우에는 이를 준용하여 계산하도록 규정하며, 제2항 에서 각 사업연도의 익금에 산입하는 금액은 계약금액에 작업진행률을 곱한 금액에서 직전 사업연도 말까지 익금에 산입한 금액을 뺀 금액으로 하고, 손금에 산입하는 금액은 당해 사업연도에 발생된 총비용으로 하도록 규정하고 있다.

이들 규정의 문언 내용과 공사 등의 진행 정도에 맞추어 손익을 배분함으로써 기간손익의 왜곡을 방지하려는 입법 취지 등을 종합하여 보면, 이 사건 산식의 분자인 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’은 당해 사업연도 말까지 목적물의 건설 등을 위하여 실제 투입된 총공사비의 누적액을 말하고, 이는 공사 등의 일부 또는 전부를 제3자에게 도급하여 목적물의 건설 등을 완료하는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다. 따라서 예약매출에 해당하는 아파트 분양사업을 하는 법인이 수급인에게 공사의 일부 또는 전부를 도급하여 아파트를 건설하는 경우, 그 도급계약과 관련하여 이 사건 산식의 분자인 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’에 포함되어야 하는 공사비는 그 도급계약에 따라 지급의무가 확정된 공사비가 아니라 ‘수급인의 실제 공사 진행 정도에 따라 그 법인에 사실상 지급의무가 발생한 공사비(= 도급금액 × 수급인의 작업진행률)’라고 할 것이다 .

나. 원심은 채택 증거에 의하여, 아파트 분양사업을 하는 원고가 이 사건 아파트의 건설공사를 주식회사 대우건설(이하 ‘대우건설’이라고 한다)에 도급한 사실, 원고는 당초 이 사건 아파트 분양사업과 관련하여 ‘대우건설이 도급계약상의 공사대금 지급조건에 따라 청구한 공사대금’과 ‘원고에게 별도로 발생한 공사비’를 합한 금액을 이 사건 산식의 분자인 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’으로 보아 계산한 작업진행률을 기준으로 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 사실 등을 인정한 다음, 피고가 ‘대우건설이 도급계약상의 공사대금 지급조건에 따라 청구한 공사대금’이 아니라 ‘대우건설의 이 사건 아파트 건설공사에 대한 작업진행률에 따라 산정한 공사대금’을 기준으로 원고의 이 사건 아파트 분양사업과 관련된 작업진행률을 재계산하여 이 사건 2003 사업연도 내지 2005 사업연도 법인세를 경정한 것은 적법하다고 판단하였다.

다. 앞서 본 법리와 기록에 비추어 보면, 원심의 이러한 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 익금과 손금의 귀속시기나 작업진행률에 관한 법리 등을 오해한 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

가. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않지만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다( 대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).

나. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 대우건설은 원고와 같은 아파트 분양사업 시행사로부터 도급을 받아 건설공사를 하면서 ‘영업비밀’임을 이유로 시행사에 그 작업진행률을 거의 알려주지 않았고, 이에 따라 원고도 이 사건 아파트 건설공사의 작업진행률을 알 수 있는 마땅한 방법이 없었을 뿐만 아니라, 그 작업진행률은 당시 시행되던 구 주택법(2005. 1. 8. 법률 제7334호로 개정되기 전의 것) 제24조 등 관련 법령에 따라 작성된 이 사건 아파트 건설공사에 대한 감리보고서상의 공정률과도 차이가 있었던 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사정에 더하여, 2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정된 법인세법 시행규칙은 제34조 제1항 제1호 단서를 신설하여 ‘이미 투입되었거나 완성된 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등의 비율’에 의해서도 작업진행률을 산정할 수 있도록 규정하고 있는데, 이는 원고와 같이 제3자에게 도급하여 목적물의 건설 등을 하는 경우에는 실제 공사 등에 투입된 비용을 제때 알기 어렵다는 점도 아울러 고려한 것으로 보이는 점, 원고가 이 사건 아파트 분양사업과 관련하여 신고한 총분양수입은 피고가 조사한 내용과 차이가 없고 다만 그 귀속시기만을 일부 달리하는 점 등 기록에 나타난 제반 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 2003 사업연도 내지 2005 사업연도 법인세 과세표준 등을 과소신고함으로써 결과적으로 그 의무이행을 해태하였다고 하더라도 원고에게는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하다.

다. 그런데도 원심은, 원고가 대우건설의 작업진행률을 합리적으로 파악하는 것이 가능하였다는 등의 이유를 들어 원고의 법인세 과소신고 및 과소납부에 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 가산세 부과의 면제사유인 ‘정당한 사유’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 원심판결 중 가산세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.