2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 (재)기독교○○○○○○○○ ○○교회에 재직하고 있는 목사로서, ○○ ○○○구 ○○○동 0000 ○○아파트 상가동 0층 001호, 002호, 003호, 004호(이상 대지 187.337㎡, 건물 282.75㎡. 이하 '이 사건 상가'라 한다)를 ○○○동상가아파트재건축조합으로부터 분양받아 1999. 4. 26.과 1999. 5. 13.에 원고 명의로 소유권보존등기를 경료하였다가 이 사건 상가 중 001호, 002호는 2004. 7. 27. △△△에게, 003호, 004호는 2004. 8. 9. ☐☐☐에게 각 양도하였으나 그에 대한 양도소득세 신고는 하지 않았다.

나. 이에 대하여 피고는 2005. 5. 1. 원고에게 2004년도 귀속 양도소득세 24,401,600원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 한편, ○○교회는 (재)기독교○○○○○○○○에 소속된 교회일 뿐, 회계 등 모든 운영이 독자적으로 이루어지고 있는 것으로 보인다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑2, 5호증(각 가지번호 포함), 을1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

비록 이사건 상가가 원고 명의로 명기되어 있다고 하더라도, 이 사건 상가로 재건축되기 전의 구 건물을 교회신도들이 출연한 헌금으로 취득한 후 ○○교회로 13년간 사용하였고 재건축한 이 사건 상가에서도 일부이긴 하지만 약 6년간 ○○교회 지교회로 사용하였다가 양도한 것이므로, 이 사건 상가를 법인재산으로 보아 세법을 적용하고 양도소득세를 비과세하여야 함에도 불구하고, 원고 개인이 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

■ 소득세법

제1조(납세의무)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 "거주자"라 한다)

③ 법인격 없는 사단・재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 사단・재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.

■ 국세기본법

제13조(법인으로 보는 단체)

① 법인격이 없는 사단・재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)중 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단・재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단・재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단・재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이유지되는 것으로 본다.

1. 사단・재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단・재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유・관리할 것

3.사단・재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무사장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일로부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간 까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청・승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 국세기본법 시행령

제8조(법인으로 보는 단체의 신청・승인 등)

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단・재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 기타 필요한 사항

②관할세무사장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일로부터 10일내에 통지하여야 한다.

③제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」제8조 제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무사장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.

다. 판단

(1) 위에서 인정한 사실에 의하면, 원고는 이 사건 상가를 원고 개인 명의로 취득하여 보유하였다가 타인에게 양도하였음을 알 수 있는 바, 특별한 사정이 없는 이 사건 상가는 원고 소유임이 추정되고 달리 위 추정을 번복할만한 증거도 없으므로, 이 사건 상가의 소유자 및 양도자는 원고로 봄이 상당하고, 따라서 이 사건 상가의 양도소득에 대하여 원고를 납세의무자로 하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다.

(2)설사원고의 주장대로 이 사건 상가를 원고가 아닌 ○○교회의 소유로 본다고 하더라도, 아래에서 보는 바와 같이 ○○교회는 국세기본법상 '법인으로 보는 단체'에 해당하지 않아 법인으로 볼 수 없는 것이어서 소득세법상의 1거주자(개인)에 해당된다고 할 것이고, 따라서 ○○교회의 대표자인 원고에게 이 사건 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 여전히 적법하다 할 것이다.

첫째, 국세기본법 제13조 제1항에서 법인격이 없는 사단・재단 기타 단체 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단・재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것(같은 항 제1호)과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것(같은 항 제2호)에 대하여는 이를 법인으로 보아 세법을 적용한다고 규정하고 있는바, 우선 위 제2호와 관련하여, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지고 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용・수익할 수 있다고 할 것이므로(대법원 1999. 7. 7. 97누17261판결 참조), ○○교회를 법인격이 없는 사단으로 볼 수는 있어도 법인격이 없는 재단으로 볼 수는 없다 할 것이어서, 위 제2호에서 정한 '공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단'에 해당하지 아니하고, 다음으로 제1호와 관련하여 이 사건 상가의 양도 당시 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 것이 아니고, 주무관청에 등록한 것도 아니므로, 위 제1호에 의하여도 ○○교회를 법인으로 볼 수는 없다 할 것이다.

둘째, 국세기본법 제13조 제2항에서 '제1항에 의하여 법인으로 보는 사단・재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 일정한 요건을 갖춘 경우로서 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.'고 규정하고 있으나, 갑6호중의 2 기재에 의하면, ○○교회는 이 사건 상가 양도후인 2005. 7. 6. 피고로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 인정되므로, 이 사건 상가의 양도 당시에는 위 규정이 적용될 여지가 없다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.