1. 사업자가 다른 사업자에게 재화나 용역의 공급 없이 매출세금계산서만을 작성·교부한 가공거래는 부가가치세 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없어 그에 대한 부가가치세 납세의무가 성립한다고 볼 수 없으므로 그 가공매출액은 부가가치세의 과세표준에서 제외되어야 한다( 대법원 1990. 6. 26. 선고 88누4522 판결 , 대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 참조).

그리고 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 에서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 등의 경우에 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있도록 하고 있기는 하나, 이러한 경정청구제도가 있다고 하여 과세관청이 납세의무자가 당초 신고한 세액을 증액하는 부과처분을 한 경우에도 납세의무자가 이에 대하여 항고소송을 제기할 수 없다거나 그 항고소송에서 과세관청의 증액부과사유를 다투는 외에 당초 신고한 과세표준이나 세액이 과다하다는 주장을 할 수 없다고 볼 것은 아니다 ( 대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 참조).

2. 원심은 그 채택 증거를 종합하여 원고가 2005년도 제1·2기분과 2006년도 제1기분에 대하여 한 부가가치세 신고 또는 수정신고 내용 중 각 매출세액 및 매입세액에 남대문상가 상인들 사이에 부가가치세 납부세액을 조정하기 위하여 실지거래 없이 이른바 ‘교차거래’로 주고받은 허위의 매출·매입세금계산서가 포함된 사실 등을 인정한 다음, 피고가 위 매입세금계산서가 사실과 다르다는 이유로 이를 매입세액 공제 대상에서 제외하여 신고 내용을 경정하는 부과처분을 한 이상 원고로서도 위 경정부과처분을 다투는 이 사건 소송에서 당초 신고한 과세표준 및 이에 따른 세액이 과다하다는 주장을 할 수 있고, 위 인정 사실에 의하면 원고가 신고한 과세표준 중 위 허위 매출세금계산서에 의한 부분은 가공매출에 해당하여 그 부분 공급가액은 부가가치세의 과세표준에서 제외되어야 할 것임에도 피고가 이를 그대로 과세표준에 포함시켜서 한 이 사건 경정부과처분은 위법하며, 결국 피고로서는 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명자료를 근거로 하거나 추계과세의 방법으로 다시 정당한 과세표준과 납부세액을 산정할 수밖에 없다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 보면 이러한 원심의 판단은 정당하다고 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 과다신고를 한 납세의무자가 항고소송에서 다툴 수 있는 불복사유의 범위에 관한 법리를 오해하거나 가공매출의 입증책임에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다. 아울러 기록에 의하면 피고 스스로 허위라고 인정한 세금계산서에 기한 매출세액이 피고의 매입세액 부인액을 초과함을 알 수 있으므로 원심이 이 사건 부가가치세 경정부과처분을 전부 취소한 데에 과세처분의 취소범위에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 볼 수도 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.