가. 청구인은 1963.4.10. 취득한 OOOOO OOO OOO OOOOOO 도로 119.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2008.12.4. 양도하고, 취득가액을 1991.1.1. 기준 개별공시지가로 환산한 194,229,879원으로 하여 2010.7.12. 양도소득세 22,617,450원을 기한후 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점토지의 취득가액을 2개 감정평가기관의 1990.1.1. 기준 감정가액의 평균액인 27,741,000원으로 하여, 2010.10.15. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 43,328,480원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청이 적용한 1990.1.1. 기준 감정가액 369,000원/㎡은 감정평가기관 2곳의 감정가액이 동일표준지, 동일 토지가격 특성표를 적용하여 동일 감정가액으로 판정된 것으로서, 개별성, 독립성이 결여되었고 합리적으로 판정되지 아니하였다. 개별공시지가는 1991.1.1. 기준 1,060,000원/㎡부터 2010.1.1. 1,090,000원/㎡까지 20년간 30,000원 상승(2.87%)하는 데 그쳤으나, 1990.1.1. 감정가액이 369,000원/㎡으로 산정됨으로써 1991.1.1. 개별공시지가가 전년에 비해 691,000원/㎡이 상승( 187%)하게 되었는데, 도로인 쟁점토지가 상승호재도 없이 대폭 상승하는 것은 비상식적이며, 설령 비교표준지 선정이 적법하더라도, 쟁점토지(도로)와 비교표준지(OOO OOOOOO, OO)는 이용상황 등이 상이하여 가격배율의 차이가 큰데도 이를 고려하지 아니하였고, 1997.2.1. 시행된 국세청 ‘개별공시지가가 없는 토지에 대한 가격평가지침’의 절차도 지키지 아니하였다. 개별공시지가가 고시되지 아니한 것에 대해 청구인의 귀책사유가 전혀 없음에도 ‘도로’라는 지목상의 특수성으로 인하여 청구인은 부동산임대수익을 얻지 못하는 불이익이 존재하였고, 세법 내용이 불분명한 경우, 납세자에게 유리하게 해석하여야 하나 청구인에게 불리한 표준지에 근거하였으며, 토지특성조사표상 합리성과 연속성이 보장되지 아니한 비교요소를 반영함으로써 청구인이 불이익을 보게 되어 부당하므로, 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 1990.1.1. 기준 개별공시지가가 없었으며, 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지에 대하여 2 이상의 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있도록 규정한 「소득세법 시행령」 제164조 제1항 제4호에 의하여 2개의 감정평가법인의 감정가액의 평균액인 369,000원/㎡을 1990.1.1. 개별공시지가로 하여 쟁점토지의 취득시 기준시가를 27,741,000원으로 결정하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

개별공시지가가 누락된 쟁점토지에 대하여 2개 감정평가기관의 감정가액의 평균액을 기준시가로 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

⑴ 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는환산가액

제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가.토 지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만,개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

⑵ 소득세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서“대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)

④ 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 「지방세법」상 시가표준액을 말한다.

1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가

×

취득당시의 시가표준액

─────────────────────────

1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액

⑶ 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조【표준지공시지가의 적용】① 국가ㆍ지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 그 밖에 대통령령이 정하는 공공단체가 다음 각호의 목적을 위하여 토지의 가격을 산정하는 경우에는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 하나 또는 둘 이상의 표준지공시지가를 기준으로 하여 당해 토지의 가격과 표준지공시지가가 균형을 유지하도록 하여야 한다. 다만, 필요하다고 인정하는 때에는 산정된 지가를 다음 각호의 목적에 따라 가감조정하여 적용할 수 있다.

1. 공공용지의 매수 및 토지의 수용ㆍ사용에 대한 보상

2. 국ㆍ공유토지의 취득 또는 처분

4. 그 밖에 대통령령이 정하는 토지가격의 산정

② 국토해양부장관은 제1항의 목적을 위한 지가산정을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 표준지와 지가산정대상토지의 지가형성요인에 관한 표준적인 비교표(이하“토지가격비준표”라 한다)를 작성하여 관계행정기관 등에 제공하여야 하며, 관계행정기관 등은 이를 사용하여 지가를 산정하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

⑴ 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1963.4.10. 취득한 쟁점토지를 2008.12.4. OOOOOOOOOOOOOOOO에 양도하고, 2010.7.12. 양도가액을 314,552,691원, 취득가액을 1991.1.1. 개별공시지가로 환산한 194,229,879원으로 하여 양도소득세 22,617,450원을 기한후 신고하였으며, 처분청은 1990.1.1. 기준 개별공시지가가 누락된 쟁점토지의 개별공시지가를 2개 감정평가기관의 감정가액의 평균액인 369,000원/㎡, 쟁점토지의 기준시가를 27,741,000원, 기준시가로 환산한 쟁점토지의 취득가액을 67,613,973원으로 하여, 2010.10.15. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 43,328,480원을 부과한 것으로 나타난다.

⑵ 청구인은 감정평가기관이 산정한 쟁점토지의 1990.1.1. 기준 개별공시지가가 너무 낮게 평가되는 등 아래와 같은 이유가 있어 부당하다는 주장이다.

㈎ 처분청은 「소득세법 시행령」 제164조 제1항, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항에 의거 OOOOOOO이 표준지와 지가산정대상토지의 지가형성요인에 관한 표준적인 비교표(이하 “토지가격비준표”라 함)를 작성하여야 하는 평가과정을 생략한 채, 두 곳의 감정평가법인의 감정가액을 그대로 쟁점토지의 평가액으로 산정하여 20년간(1991 ～2010년) 상승률이 2.87%에 불과한 쟁점토지를 1년간(1990 ～ 1991년) 상승률을 187.26%로 평가하여 합리적이라 할 수 없다. 즉, 쟁점토지는 임대수익이 없는 도로이고, 지방세 과세수익도 없는 비과세 토지로서 상승요인이 없었음에도 처분청의 감정가액에 의할 경우 비합리적으로 대폭 상승하게 되고, 감정평가법인 두 곳의 감정가액은 동일 표준지 및 동일 토지가격 특성표를 적용하여 동일하게 판정함으로써 개별성, 독립성이 결여되었으며, 쟁점토지는 인근 표준지(OOO OOOOOO) 대비 개별공시지가의 비율(비교반영요소율)이 1991년 및 1992년은 평균 0.784, 2008년 이후 3년은 평균 0.33으로서 차이가 있음에도, 1990년 개별공시지가 평가시 2008년 이후 반영률인 0.33을 반영하여 합리성과 일관성이 결여되었다.

㈏ 쟁점토지(도로)와 비교표준지(대지)는 이용상황 등이 상이하여 가격배율의 차이가 큰데도 이를 고려하지 아니하였고(OOOOOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO, OO), 평가절차도, ① 평가할 토지의 지적도를 포함한 도시계획확인원을 발급받아 평가할 토지의 이용상황 등이 유사한 인근의 비교토지를 선정하고, ② 비교할 토지의 토지특성조사표 사본 징취 및 개별공시지가 확인, 평가할 토지에 대한 토지특성비교표를 작성한 후, ③ 토지가격비준표상 특성별 가격배율을 곱하여 산출한 특성비교표상 조정률(총가격배율)에 따라 토지가격평가서를 작성하도록 한 「국세청 ‘개별공시지가가 없는 토지에 대한 가격평가지침」(1997.2.1. 시행)을 지키지 않았다.

㈐ 개별공시지가가 고시되지 아니한 것은 청구인에게 귀책사유가 없음에도 ‘도로’라는 지목상의 특수성으로 인하여 청구인은 부동산임대수익을 얻지 못하는 불이익이 존재하였고, 세법 내용이 불분명한 경우 납세자에게 유리하게 해석하여야 함에도 청구인에게 불리한 표준지에 근거하였으며, 토지특성조사표상 합리성과 연속성이 보장되지 아니한 비교요소를 반영하여 청구인은 납세의무를 해태하고자 하는 의도가 없었음에도 불이익을 보게 되었고, 1984.11.30. ～ 1994.1.1. 쟁점토지대장상 토지등급과 표준지 토지등급을 보면, 쟁점토지는 인근 표준지(OOO OOOOOO) 대비 가액 비율이 1984.11.30. 기준 1, 1990.1.1. 기준 0.866임에도, 처분청이 적용한 1990.1.1. 기준 표준지 개별공시지가 대비 쟁점토지 개별공시지가 비율은 0.3295로서 현격한 차이가 발생하여, 시간적 연속성, 일관성, 합리성이 결여되었고, 조세권 행사에 있어서 예측가능성이 보장되지 않았다.

⑶ 쟁점토지의 환산취득가액이 적정한지 살펴본다.

㈎ 부동산등기부등본 등에 의하면, 쟁점토지는 1963.4.10. 취득한 것으로서 취득가액의 확인이 불가능한 것으로 나타나는바, 처분청은 2010.7.20.부터 2010.8.5.까지 청구인의 양도소득세를 조사하면서 소명자료를 요구하였으나 관련 증빙이 제출되지 아니하였고, 쟁점토지는 1990.1.1. 기준 개별공시지가가 없으므로 2개의 감정평가법인의 감정가액의 평균액인 369,000원/㎡을 1990.1.1. 기준 개별공시지가로 하여, 취득시 기준시가를 27,741,000원으로 하고, 기준시가로 환산한 취득가액을 67,613,973원으로 하여 양도소득세를 부과한 것으로 나타난다.

㈏ 감정평가액 산정과정을 보면, 처분청은 2010.7.27. 쟁점토지 소재지 관할 OOOOOOOO OOOOOO OO OOO OO OOO OOOOO, OOOOOOO OOOOOOOOO OOOOO(OOOO) O OOOO OOOOOOOO에 쟁점토지의 개별공시지가 산정을 의뢰한 후 감정평가기관의 감정평가결과를 2010.8.19. 처분청에 회신하였던바, 쟁점토지의 1990.1.1. 기준 개별공시지가는 감정평가기관 2곳 모두 369,000원/㎡으로 나타난다.

㈐ 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서는 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하도록 규정하고 있고, 「소득세법시행령」 제164조 제1항 에서는 개별공시지가가 없는 토지와 지목 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할 세무서장이 평가한 가액을 적용하도록 규정하면서, 이 경우 관할 세무서장은 「지방세법」 제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나, 2 이상의 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있도록 규정하고 있다.

㈑ 그렇다면 쟁점토지는 1990년 이전에 취득한 토지로서 「소득세법 시행령」 제164조 제4항의 규정을 적용한 가액을 취득 당시의 공시지가로 적용하여 취득가액을 산정하여야 하며, 1990년도 개별공시지가가 존재하지 않으므로 처분청이 쟁점토지 소재지를 관할하는 반포세무서장에게 요청하여 산정된 2개의 감정평가기관의 감정가액의 평균액을 1990.1.1. 기준 개별공시지가로 평가하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.