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대구지방법원 2017.08.11 2015구합24293

부가가치세등부과처분취소

주문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고들의 지위 1) 원고들은 어업인과 수산물가공업자의 자주적인 협동조직을 바탕으로 그 지위 향상과 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 수산업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인이다(수산업협동조합법 제1조, 제4조, 이하 수산업협동조합을 ‘수협’이라 한다

). 2) 원고들은 조세특례제한법농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(이하 ‘특례규정’이라 한다)에 따라 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류로서 부가가치세 등이 면제되는 면세유(이하 ‘면세유’라 한다)를 공급관리하는 업무를 수행하고 있다.

나. 국세청의 면세유 관리실태 점검 지시 및 이 사건 각 행위의 적발 1) 국세청은 어업용 면세유에 대한 기획점검을 실시한 결과 부정 유통 혐의가 있다고 보아, 2013. 9.경 피고들을 비롯한 전국 세무서장에게 관할 구역 내 소재하는 면세유 관리기관인 수협에 대하여 면세유 관리실태 및 부정유통 혐의를 점검한 후 수협이 면세유류 구입카드 등(출고지시서 포함)을 부정발급하거나 잘못 발급한 것이 적발될 경우 해당 수협에 대하여 조세특례제한법 제106조의2 제11항 등 관련 규정에 따라 감면세액에 대하여 가산세를 추징할 것을 지시하였다. 2) 국세청이 각 일선 세무서장에게 지시한 구체적인 점검방법 및 유형별 조치현황은 아래 표 기재와 같다.

점검 대상년도 : 2008. 1. 1. ~ 2012. 12. 31. 유형별 처리요령 폐선박이 공급받은 석유류 - 폐선박은 수협이 관할 지방자치단체 또는 선박안전기술공단 등에 조회하거나, 출고지시서 발급 및 면세유를...