용역의 내용을 종합하면, 이 용역은 주택재개발사업의 착수에서부터 완료에

이르기까지 일련의 단계에 필요한 용역들로서 전체적으로 보아 주택재개발사업의 전반

적인 업무에 관련된 것이지, 주택재개발사업용 토지의 취득만을 위한 것은 아니므로 그

에 관한 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아니라 이 사건 사업 전반에 관련된 공통매

입세액에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

① 원고는 2010. 6. 14. ㈜JI씨엔씨와 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의 업

무는 '토지등소유자 홍보, 홍보요원 교육, 추진위원회 변경동의서 및 조합설립동의서

징구'이다.

② 원고는 2008. 2. 20. ㈜ENI건설과 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의

업무는 '정비구역수립을 위한 내역서 작성(지적현황조사 등), 조합설립추진위원회 승인,

조합설립인가, 사업시행인가, 관리처분계획서 작성, 기타 서류 작성'이다.

③ 원고는 2007. 5. 31. ㈜GH엔지니어링종합건축사사무소와 용역계약을 체결하

였는데, 위 회사의 업무는 '정비계획수립, 정비구역지정, 환경성 검토, 교통성 검토, 경

관성 검토, 문화재 지표조사 등'이다.

④ 원고는 2011. 5. 9. ㈜ECO이앤지와 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의

업무는 '환경, 소음, 일조권 등에 대한 컨설팅'이다.

⑤ 원고는 2011. 5. 2. ㈜DH지적측량원과 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의

업무는 '실측건물현황측량, 지형측량'이다.

⑥ 원고는 2011. 5. 9. ㈜DS지오텍과 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의 업

무는 '지반조사'이다.

⑦ 원고는 2011. 5. 3. ㈜DS과학연구원과 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의

업무는 '교통영향분석, 개선대책수립'이다.

⑧ 원고는 2011. 5. 11. ㈜GH이엔씨와 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의 업

무는 '촉진계획변경 수립, 촉진계획변경 수립 고시'이다.

⑨ 원고는 2011. 5. 12. 디자인시인과 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의 업무

는 '심의도서 작성, 경관심의 관련 업무'이다.

⑩ 원고는 2011. 5. 3. ㈜BA엔지니어링과 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의

업무는 '지장물 조사'이다.

⑪ 원고는 2011. 5. 11. ㈜JW엔지니어링과 용역계약을 체결하였는데, 위 회사

의 업무는 '사전환경성 검토'이다.

⑫ 원고는 2007. 5. 31. ㈜JM시엔디와 용역계약을 체결하였는데, 위 회사의 업

무는 '추진위원회 업무, 정비구역지정, 조합설립인가, 사업시행인가, 관리처분인가'이다.

⑬ 원고가 2011. 11. 3. ㈜DH플랜으로부터 수취한 세금계산서는 부동산개발

OS용역비에 대한 것이다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지주문과 같다.

가. 원고는 2007. 4. 15. 인천광역시 남구청장으로부터 조합설립추진위원회 승인을 받고, 2010. 10. 4. 조합설립인가를 받은 조합이다.

나. 원고는 2011년 제1기와 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 주택재개발사업을 추진하면서 ㈜JI씨엔씨 등으로부터 총 공급가액 4,137,550,484원의 매입세금계산서를 수취하여, 그 매입세액 413,755,047원을 과세‧면세사업의 공통매입세액으로 보아 그 중 면세관련 매입세액 274,071,605원을 제외한 과세 관련 매입세액 139,683,442원을 부가가치세 확정신고 및 경정청구를 통하여 환급받았다.다. 피고는 2014. 7.경 원고에 대하여 법인통합조사를 실시하여 원고가 수취한 위 매입세금계산서 중 공급가액 2,763,552,000원의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)에 해당하는 용역이 공통매입세액 안분 대상이 아니라, 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액인 것으로 보아 매입세액 공제‧환급대상에서 제외하여 2014. 11. 1. 원고에 대하여 2011년 제1기분 부가가치세 106,882,880원(가산세 33,600,139원 포함), 2011년 제2기분 부가가치세 36,685,940원(가산세 10,532,137원 포함)을 경정 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 2. 9. 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2015. 4. 7. 이를 기각하였다.

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[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2호증(제1호증은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고가 ㈜JI씨엔씨 등으로부터 제공받은 이 사건 용역은 조합설립동의서 징구, 정비계획수립 등 재개발사업에 필요한 서비스 및 컨설팅 업무로서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하지 않으므로, 이 사건 용역에 따른 지출을 '토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액'으로 보아 그 전부를 공제대상 매입세액에서 제외한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고만 한다) 제17조 제2항 제6호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투

자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액'을 들고, 그 위임에 따른 법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고만 한다) 제60조 제6항은 법 제17조 제2항 제6호에서 '대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액'이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하면서, 제1호에서 '토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액', 제2호에서 '건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액', 제3호에서 '토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액'을 들고 있다.

2) 갑 제3, 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하여 인정되는 아래와 같은 이

심급 사건

참조조문