2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가， 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 1983. 12. 20. 시흥시 OO동 000 소재 각 토지 14필지(이하 통틀어 '양도 토지'라고 한다)를 상속받아 보유하다가， 2008. 5. 2. 소외 주식회사 BB에 위 각 토지를 양도하고 2008. 7. 31. 양도 토지 중 시흥시 OO동 000 소재 토지(60%의 중과세율 적용)를 제외한 나머지 각 토지에 관하여 36%의 기본세율을 적용하여 피고에게 해당 양도소득세 000원을 신고・납부하였다.

나. 그런데 피고는 2010. 2. 9. 양도 토지 중 시흥시 OO동 000 소재 각 토지 5필지를 소득세법상 비사업용 토지로 보고 60%의 중과세율을 적용하여 원고에 대하여 2008년 귀속 양도소득세 425，103，021원의 과세예고통지를 하였다.

다. 이에 원고는 2010. 3. 9. 국세심사위원회에 과세전적부심사청구를 하였는데， 국세 심사위원회는 2010. 4. 6. 구체적인 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 결정하라는 내용의 결정을 하였다. 피고는 위 결정에 따라 재조사를 실시한 후 "양도 토지는 토지구획정리사업계획결정이 고시된 1993. 12. 24.부터 토지구획정리 사업지구지정이 해제된 2009. 12. 9.까지 사실상 건축행위가 제한된 것으로 볼 수 있으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다 는 이유로 위 과세예고통지를 취소하였다.

라. 그러나 피고는 "위 재조사 결정 당시 사실판단 및 인용 예규에 오류가 있었다 는 이유로 다시 재조사를 실시하였다. 그 후 피고는 양도 토지 중 시흥시 OO동 000 토지 중 99㎡， 같은 동 000 토지 중 52㎡， 같은 동 000 토지 중 484㎡， 같은 동 000 토지 중 411.2㎡' 같은 동 000 토지 중 160.5㎡， 같은 동 0003 토지 중 33㎡ 를 각 비사업용 토지로 보고 중과세율(60%)를 적용하여 2010. 10. 5. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 000원(가산세 포함)을 부과・고지하였다.

마. 원고는 위 양도소득세 부과처분에 불복하여 2010. 12. 28. 국세청에 심사청구를 하였으나 2011. 5. 12. 위 청구가 기각되었다.

바. 그런데 피고는 2012. 9. 28. 양도 토지 중 시흥시 OO동 000 대 220㎡， 같은 동 000 전 344m 같은 동 000 대 52㎡， 같은 동 000 전 67.95㎡， 같은 동 000 대 16.2㎡， 같은 동 000 답 54.25㎡， 같은 동 000 전 243㎡， 같은 동 000 전 33㎡(이하 통틀어 '쟁점 토지'라고 한다)가 소득세법상 비사업용 토지에 해당한다고 보아 위 양도소득세액에서 000원을 감액하여 위 부과처분은 000원(가산세 포함)으로 감액 경정되었고， 2012. 11. 12. 위 부과세액 중 신고불성실가산세 000원 및 납부불성실가산세 000원 합계 000원을 감액하여 위 부과처분은 다시 000원으로 감액 경정되었다(이하 원고에 대한 2010. 10. 5.자 양도소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 3， 5호증， 을 제1， 2， 4 내지 12호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 가산세 000원의 부과처분 취소청구 부분의 적법 여부

직권으로 살피건대， 피고가 2012. 11. 12. 원고에 대한 2008년 귀속 양도소득세액 000원(가산세 포함)에서 신고불성실가산세 000원 및 납부불성실가산세 000원 합계 000원을 감액하여， 원고에 대한 2010. 10. 5.자 양도소득세 부과처분이 000원으로 감액 경정된 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건 소 중 양도소득세 가산세 000원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 원고의 나머지 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

(1) 쟁점 토지를 포함한 시흥시 OO동 000 일원은 1993. 12. 24. 토지구획정리사업 계획결정이 고시된 이후 2009. 12. 9. 토지구획정리사업지구지정이 해제될 때까지 약 16년 동안 주무관청인 시흥시의 접수거부 등으로 인하여 위 지역 내 건축허가 신청이 단 한 차례도 접수되지 않았다. 따라서 쟁점 토지는 위 기간 중 법령 또는 행정청의 통제로 인하여 그 사용이 전면적으로 금지 또는 제한되어 있었던 것으로 보아야 하므 로， 위 기간은 비사업용 토지 여부의 판정기준이 되는 토지 보유기간에서 제외되어야 하고， 위 기간을 비사업용 토지 보유기간에서 제외하면 쟁점 토지는 소득세법상 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. 그럼에도 피고가 이와 달리 쟁점 토지를 비사업용 토지로 보아 원고에 대하여 양도소득세를 중과하는 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

(2) 피고는 2010. 2. 9. 원고에 대한 양도소득세를 중과하는 과세예고통지를 하였다 가 2010. 4. 6. 국세심사위원회의 결정에 따라 재조사를 실시하여 위 과세예고통지를 취소하였는바， 이는 원고에 대하여 추후 양도소득세를 중과하지 않겠다는 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 있다. 그럼에도 피고가 이를 번복하고 다시 양도소득세를 중과하는 이 사건 처분을 하였는바， 이는 신뢰보호 내지 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다.

(3) 설령 그렇지 않다 하더라도， 쟁점 토지 중 시흥시 OO동 000 소재 각 토지의 경우 재산세가 50% 감면되어 분리과세되는 토지이므로 비사업용 토지 에서 제외되어야 하고， 쟁점 토지 중 시흥시 OO동 600-3 토지의 경우， 전체 토지면적(= 321㎡)의 약 80% 가량을 고물상 부지로 사용하고 있었으므로 해당 부분은 비사업용 토지에서 제외되어야 한다. 그럼에도 피고가 위 각 제외부분까지도 비사업용 토지에 해당한다고 보아 원고에 대하여 해당 양도소득세를 중과한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

(가) 관련법리

1) 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제 104조의3 제1항 제4호 다목， 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제168조의6 제1호， 제168조의11 제1항에 의하면， 지목의 실제 현황이 대지이고 토지 소유기간이 5년 이상인 경우， 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간， 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간， 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 동안 거주 또는 사업에 직접 이용되지 않으면 원칙적으로 비사업용 토지에 해당한다. 다만， 구 소득세법 제104조의3 제2항은 "제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다 고 규정하고 있고， 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 및 제4호는 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 사용이 금지 또는 제한된 기간'(제1 호)，'그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한， 토지의 현황・취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령이 정하는 기간'(제4호) 동안 각 거주 또는 사업에 제공된 것으로 보아 그 기간을 비사업용 토지의 기간기준에서 제외하고 있다. 나아가 그 위임을 받은 구 소득세법 시행규칙(2009. 4. 14. 기획재정부령 제71호로 개정되기 전의 것) 제83조의5 제1항 제1호에 의하면，토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가・허가(건축 허가를 포함한다).면허 등을 신청한 자가 건축법 제12조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지의 경우，'건축허가가 제한된 기간' 동안은 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 그 기간을 비사업용 토지의 기간기준에서 제외하고 있다.

2) 위 각 규정의 내용 및 취지에 비추어 보면， 법령 그 자체에 의하여 토지의 사용이 금지・제한되거나， 행정청이 행정작용의 일환으로 건축허가를 일률적으로 통제하여 현실적으로 토지의 사용이 금지・제한됨으로써 토지를 사업에 사용할 수 없었던 기간은 비사업용 토지의 기간기준에서 제외되지만， 그 외 납세의무자의 개인적・경제적 사유 등으로 토지 사용이 사실상 제한된 경우에는 이러한 비사업용 토지의 기간기준 제외 사유에 해당하지 않는다고 보아야 한다.

3) 또한， 건물을 신축하는 등 토지를 사용함에 있어 관련 법규에 의하여 제반 선행절차가 이행되어야 한다고 하더라도 건축허가가 가능한 길이 열려 있다면， 이는 당해 토지에 대하여 가하여진 특별한 제한이 아니라 통상적으로 수인하여야 할 제한에 불과하므로， 법령에 의하여 토지의 사용이 금지・제한된 것으로 볼 수 없다(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누2333 판결 등 참조).

(나) 판단

1) 갑 제1， 3， 5， 23호증， 을 제15 내지 18호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면，① 경기도지사는 1993. 12. 24. 경기도 고시 제1993-462호로 쟁점 토지를 포함한 시흥시 OO동 000 일원에 관한 토지구획정리사업(반월도시계획사업)계획 결정을 고시한 사실，② 시흥시장은 1994. 3. 4. 구 건축법(1994. 12. 22. 법률 제4816호로 개정되기 전의 것) 제12조 제2항에 근거하여 시흥시 OO동 000 일원 등지에서 1994. 3. 4.부터 1995. 7. 31.까지 건축허가 및 신고행위， 옹벽 및 공작물의 축조신고 행위를 제한하는 내용의 건축허가 제한공고를 하였고， 이후 위 건축허가 제한 기간은 1998. 7. 31.까지로 연장된 사실，③ 시흥시장은 2009. 12. 9. 시흥시 고시 제114호로 시흥시 OO동 000 일원에 대한 토지구획정리사업지구 지정을 해제하는 내용의 시흥도시관리계획결정(변경)을 고시한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면， 시흥시장이 공고한 건축허가 제한기간인 1994. 3. 4.부터 1998. 7. 31.까지는 쟁점 토지의 사용이 법령상 금지・제한되었던 것으로 볼 수 있다.

2) 그러나 갑 제l 내지 3， 5， 7 내지 10， 12 내지 18호증， 을 제3， 5 내지 8， 10 내 지 18호증(각 가지번호 포함)의 각 기재， 시흥시장에 대한 일부 사실조회결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래의 각 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면，위 건축허가 제한기간 이후인 1998. 8. 1.부터 원고의 쟁점 토지 양도일인 2008. 5. 2.까지는 법령에 의하여 쟁점 토지 사용이 금지・제한되거나 행정청의 건축허가 통제로 인하여 쟁점 토지의 사용이 전면적으로 금지・제한된 것으로 볼 수 없으므로， 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 경기도지사는 1995. 6. 14. 쟁점 토지가 포함된 시흥시 OO동 000 일원에 대한 토지구획정리사업의 시행을 명령하였으나， 주무관청인 시흥시가 지정기간 내에 사업시행인가 신청을 하지 아니하여 이후 토지구획정리사업이 실시되지 못하였다. 위 지역에 대한 토지구획정리사업은 2009. 12. 9. 토지구획정리사업지구 지정이 해제될때까지 추상적인 사업계획 결정 단계에 머물러 있었을 뿐， 구체적으로 사업시행인가 등 후속절차가 개시되어 토지소유자 등에게 법령상 토지사용 금지・제한의무가 부과된 사실이 전혀 없다.

② 시흥시 도시계획위원회는 1997. 4. 29. 시흥시 OO동 000 일원에 대한 토지 구획정리사업 폐지안을 가결하였고， 시흥시 의회는 1997. 12. 22. 위 폐지안을 최종 가결하였다. 이에 따라 위 토지구획정리사업은 사실상 백지화되었고， 시흥시는 이후 2009. 12. 9. 시흥시 OO동 000 일원에 대한 토지구획정리사업지구 지정이 해제될 때 까지 위 지역 내의 건축행위를 제한하는 행정지도 내지 행정지침을 시행한 사실이 없다.

③ 구 도시계획법(2000. 1. 28. 법률 제6243호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항， 제4조 제1항에 의하면， 토지구획정리사업계획이 실시될 구역에서는 토지의 형질변경이나 건물의 신축행위 등에 관하여 시장 또는 군수의 허가를 받도록 되어 있을 뿐， 해당 구역에 대한 주무관청의 건축허가권 자체를 제한하고 있지는 아니하다. 따라서 쟁점 토지에 관하여 토지구획정리사업계획 결정이 있었다는 사정만으로 위 토지가 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 금지・제한된 토지에 해당한 다고 볼 수 없다.

④ 또한， 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제1호에 의하여 비사업용 토지의 기간기준에서 제외되려면， 토지를 취득한 후 당해 사업에 관한 인・허가 등을 적법하게 신청하였음에도 관련법규 또는 행정지도에 따라 건축허가를 받을 수 없게 된 경우 여야 한다. 그런데 원고의 주장에 의하더라도 원고는 쟁점 토지를 취득한 이후 위 토 지의 사용에 관하여 건물신축을 위한 형질・지목변경신청이나 건축허가신청을 한 사실 이 없다는 것이므로， 쟁점 토지는 비사업용 토지에서 제외되는 기간기준 요건을 충족 하지 못하였다.

⑤ 원고는 쟁점 토지에 대한 건축허가 제한기간 만료일인 1998. 8. 1.부터 쟁점 토지의 양도일인 2008. 5. 2.까지 위 토지를 사실상 나대지로 방치하였다. 원고가 위 기간 중 쟁점 토지에 관한 건축허가를 받기 위한 준비행위에 착수하는 등 이 사건 토지를 이용하려는 어떠한 시도나 노력을 한 흔적을 찾아 볼 수 없다.

⑥ 갑 제4， 6， 11， 22호증， 을 제3호증의 각 기재 및 시흥시장에 대한 일부 사실 조회결과에 의하면，㉠ 시흥시는 시흥시 OO동 381 일원에 대한 건축허가 제한기간이 만료된 후인 1998. 8. 1.경 이후부터 토지구획정리사업지구 지정이 해제된 2009. 12. 9.경까지 위 지역 내의 건축허가 신청을 접수하거나 건축허가를 해 준 사례가 없었던 사실，㉡ 위 지역 내의 일부 주민이 위 기간 중 시흥시의 허가를 받지 않고 물건을 적치하거나 건물을 신축하여 시흥시로부터 원상복구 등의 계고처분을 받은 사실，㉢ 시흥시는 2005. 4. 13. 위 지역의 택지개발사업 타당성 검토를 위한 용역수의계약상대자 선정에 관한 입찰공고를 한 사실은 인정된다. 그러나 앞서 본 각 사정에 비추어 위 인정사실만으로는 시흥시가 시흥시 OO동 000 일원에 대한 토지구획정리사업을 이유로 위 지역 내의 적법한 건축허가 신청의 접수를 일체 거부한 것으로 보기는 어렵고， 달 리 이를 인정할 증거가 없으므로， 행정청의 건축허가 통제로 인하여 쟁점 토지의 사용이 전면적으로 금지・제한된 것으로 볼 수 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는， 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고，둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며， 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고， 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며， 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이 익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2006. 2. 24. 선고 2004두13592 판결 등 참조). 위 법리에 기초하여 이 사건에 관하여 보건대， 피고가 2010. 2. 9. 원고에 대한 양도소득세를 중과하는 과세예고통지를 하였다가 2010. 4. 6. 국세심사위원회의 결정에 따라 재조사를 실시하여 위 과세예고통지를 취소한 사실은 앞서 보았으나， 위 인정사실만으로는 피고가 원고에 대하여 추후 양도소득세를 중과하지 않겠다는 공적인 견해를 표명한 것이라고 보기 어렵다. 나아가 원고가 위 재조사 결과의 내용을 신뢰한 데 기인하여 어떠한 행위를 하였고 이후 피고의 이 사건 처분으로 인하여 원고의 위 신뢰 이익이 침해되었다고 인정할 만한 사정도 찾아볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 세 번째 주장에 관하여

(가) 먼저 쟁점 토지 중 시흥시 OO동 000 소재 각 토지가 재산세가 감면되는 분리과세대상 토지이므로 비사업용 토지에서 제외되어야 한다는 주장에 관하여 본다. 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호에 의하면， 지목의 실제 현황이 나대지로서 '지방세법 또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지(가 목)' 또는 '지방세법 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지(나 목)'의 경우 비사업용 토지에서 제외된다. 그리고 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제 10221호로 개정되기 전의 것) 제182조 제1항은 토지에 대한 재산세 과세대상을 종합 합산과세대상， 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하면서 각호 및 시행령에서 그 구체적인 분류기준을 제시하고 있다. 그런데 쟁점 토지 중 시흥시 OO동 000 소재 각 토지의 경우 현재까지 그 재산세가 매년 감면되기는 하였으나， 2010년도까지는 지방세법 또는 관계법률의 규정이 아니라 지방자치단체인 시흥시의 조례에 의하여 재산세가 감면된 것이고， 그 감면비울도 50%에 불과하여 재산세가 전액 비과세되거나 면제된 것으로 볼 수 없으므로， 위와 같은 사정만으로 위 각 토지가 비사업용 토지에서 제외된다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 나머지 점에 관하여 더 살필 필요 없이 이유 없다.

(나) 다음으로 시흥시 OO동 000 소재 토지의 약 80% 가량을 고물상으로 사용 하고 있었으므로 해당 부분이 비사업용 토지에서 제외되어야 한다는 주장에 관하여 본다. 을 제11호증， 갑 제14， 20호증의 각 일부 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면， 원고가 쟁점 토지를 양도할 무렵， 시흥시 OO동 000 전 321㎡중 65㎡만이 고물상 영업을 위한 재활용품 적치 용도로 사용되고 있었을 뿐， 나머지 256㎡는 해당 사업과는 무관한 개사육장 또는 공지로 방치되어 있었던 사실이 인정된다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

라. 소결론

따라서 쟁점 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 위 토지의 양도에 관하여 60%의 중과세율을 적용하여 해당 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면， 이 사건 소 중 피고가 2010. 10. 5. 윈고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 가산세 000원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하고， 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여，주문과 같이 판결한 다.