2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 울산세무서장이 2014. 1. 13. 원고에게 한 양도소득세 144,199,338원의 부과처분과 피고 울산광역시 남구청장(이하 '피고 남구청장'이라고 한다)이 2014. 3. 3. 원고에게 한 지방소득세 본세 6,107,140원, 가산금 622,890원의 부과처분을 각 취소한다.

가. 양도소득세 신고・납부 경위

1) 원고는 2004. 10. 6.경 구AA으로부터 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 산○○○-○ 임야 16,266㎡(이하 '이 사건 전체토지'라고 한다) 중 13224/16266 지분(이하 '이 사건 토지'라고 한다)을 매수하고, 같은 날 김BB는 이 사건 전체토지 중 나머지 지분을 매수한 후, 원고와 김BB는 2005. 7. 14.경 이 사건 전체토지를 권CC, 김DD(이하 '권CC 등'이라고 한다)에게 매도하였다.

2) 원고는 이 사건 토지를 권CC 등에게 매도한 후 양도가액을 14,633,714원으로,취득가액을 11,040,000원으로 하여 양도소득세를 신고 ・납부하였다.

나. 2011. 6. 1.자 경정처분1) 권CC 등이 2008. 9. 10. 이 사건 전체토지를 ○○○산업개발 주식회사에게 매도한 후 그 취득가액을 442,800,000원으로 신고하자, 피고 울산세무서장은 원고가 신고한 이 사건 토지에 대한 양도가액인 14,633,714원이 실지거래가액이 아니라고 판단하고, 2011. 4. 25.부터 2011. 5. 9.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였다.

2) 피고 울산세무서장은 세무조사결과에 따라 이 사건 토지의 실지양도가액을359,989,376원으로, 취득가액은 환산가액인 277,325,148원으로 하여 양도차익을 산정한 후, 2011. 5. 11. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세 65,226,710원을 부과할 것을 예고하는 통지를 하였다.

3) 이후 피고 울산세무서장은 2011. 6. 1. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세 65,226,710원의 부과처분을 하였고, 원고는 위 양도소득세 65,226,710원을 전액 납부하였다.

다. 2013. 8. 1.자 경정처분 피고 울산세무서장은 재조사를 통해 이 사건 토지의 취득가액은 환산가액이 아닌 실지거래가액을 적용하여야 하고, 실지거래가액은 11,040,000원임을 전제로 양도소득세를 산정한 후, 2013. 8. 1. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세 234,861,160원을 추가로 부과하면서 지방소득세 23,486,116원을 함께 부과하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 당초처분'이라고 한다).

라. 양도소득세 등 감액처분

1) 원고는 피고 울산세무서장으로부터 이 사건 당초처분을 고지 받은 후, 2013.12. 3. 피고 울산세무서장에게 이 사건 토지의 실제 취득가액은 140,000,000원이고, 실제 양도가액은 243,000,000원이라고 주장하면서 고충민원을 제기하였고, 피고 울산세무서장은 이 사건 토지의 취득가액을 1억 2,000만 원으로 인정하여, 2014. 1. 13. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세 90,661,820원을 감액하는 경정처분을 하였다(이하 '이 사건 감액경정처분'이라고 하고, 이로써 남은 144,199,340원에 대하여만 다투고 있다).

2) 또한 피고 남구청장은 피고 울산세무서장이 2014. 1. 3. 이 사건 감액경정처분을 하자 감액된 양도소득세에 따라 지방소득세를 산출한 후, 2014. 3. 3. 원고에게 감액되고 남은 지방소득세 본세 6,107,140원, 가산금 622,890원 합계 6,739,030원의 납부를 고지하는 처분을 하였다(위 각 감액경정처분을 합하여 '이 사건 감액경정처분'이라고 한다).

마. 전심 절차

원고는 2014. 4. 11. 피고들을 상대로 이 사건 토지에 대한 취득가액 및 양도가액을 산정함에 있어 위법이 있음을 이유로 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 이 사건 감액결정처분은 이 사건 당초처분을 일부취소하는 효력을 갖는 것에 불과하여 독립된 처분이라 볼 수 없어 이 사건 당초처분만이 취소의 대상이 되는데, 원고가 이 사건 당초처분을 고지받은 날로부터 90일이 경과하여 심판청구를 하였으므로 이는 불복기간을 도과한 것으로서 부적법하다고 보아, 피고 울산세무서장을 상대로제기한 심판청구는 2014. 6. 23.에 피고 남구청장을 상대로 제기한 심판청구는 2014.9. 2.에 각 각하결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제4호증, 제9호증 내지 제12호증, 을가 제1호증 내지 제4호증, 을나 제1호증 내지 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고의 주장

이 사건 당초처분 중 이 사건 감액경정처분으로 취소된 부분을 제외한 나머지 부분은, 원고로부터 이 사건 토지를 매수한 권CC 등이 허위로 작성한 매매계약서를 근거로 이 사건 토지의 실제 양도가액인 243,000,000원이 아닌 359,989,376원을 이 사건토지의 양도가액으로 보고, 취득가액 역시 실제 취득가액인 1억 4,000만 원이 아닌 1억 2,000만 원만을 인정한 후 그 차액을 기준으로 양도소득세와 지방소득세를 산정한것으로서 실질과세원칙에 반하고, 원고가 이 사건 토지를 양도한 후 양도소득세를 신과하는 과정에서 취득가액과 양도가액을 모두 공시지가를 기준으로 하였다고 하더라도 이를 사기 기타 부정한 행위로 볼 수는 없으므로 5년의 제척기간이 적용되어야 함에도 위 처분은 제척기간이 경과한 후에 이루어진 것이며, 국가의 조세채권은 양도소득세과세표준확정신고 기간만료일 다음날로부터 5년간 행사하지 않으면 그 소멸시효가 완성됨에도 불구하고 위 처분은 소멸시효 완성 후에 이루어진 것이므로, 위 처분은 위법하다.

또한 2011. 6. 1.자 경정처분에 앞서 한차례 세무조사를 시행하였음에도 이후 특별한 사정 변경이 없는 상태에서 재조사를 통해 이 사건 당초처분을 한 것은 위법하다.

나. 피고들의 주장

이 사건 당초처분이 있은 후 피고들이 이 사건 감액경정처분을 한 경우, 항고소송의 대상은 이 사건 당초처분이지 이 사건 감액경정처분이 아니므로 고충민원처리 과정에서 이 사건 토지에 대한 양도과정을 재조사한 결과 피고들이 이 사건 감액경정처분을 하게 되었다고 하더라도 취소의 대상은 이 사건 감액경정처분이 아니라 이 사건 당초처분이 되어야 하는바, 이 사건 감액경정처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 소는모두 부적법하다.

또한 원고의 피고들에 대한 소를 이 사건 당초처분의 취소를 구하는 것으로 본다고 하더라도, 피고 울산세무서장을 상대로 제기한 소의 경우 원고가 적법한 전심절차를 거쳤다고 볼 수 없고, 피고 남구청장을 상대로 제기한 소 역시 제소기간을 도과하여 제기한 것이므로 모두 부적법하다.

설령 이 사건 소가 적법하다고 하더라도, 이 사건 당초처분 중 이 사건 감액경정처분으로 취소된 부분을 제외한 나머지 부분의 처분은 세무조사를 통해 확인된 취득가액과 양도가액을 통해 적법하게 산정된 것이다.

3. 본안전 항변에 대한 판단

우선 피고들의 본안전 항변에 관하여 살펴본다.

가. 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초의 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정처분으로도 아직 취소되지아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 아직 취소되지 않고 남은 부분이고, 그 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초처분을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 3. 31. 선고 2012두2370 판결 등 참조). 또한 고충민원처리제도는 특별한 사정 등으로 이의신청 등 불복청구의 기회를 놓쳤거나 불복청구를 할 처지에 있지 아니한 특정한 납세자의 고충을 고려하여 예외적으로 심리한 후 처분의 시정 등을 권고하는 국세청 훈령(제1799호, 2009. 10. 23.) 납세자보호사무처리규정에서 정하고 있는 것으로, 위 규정 제20조는 고충민원에 대한 처리결과는 국세기본법 제55조에 규정하는 불복의 대상이 되지 않는 것으로 정하고 있다.

따라서 이 사건 당초처분이 있은 후 이 사건 감액경정처분이 있었다고 하더라도 이는 이 사건 당초처분의 변경에 불과한 것이므로 이 사건 감액경정처분 자체는 항고소송의 대상이 되지 아니한다. 설령 고충민원처리 결과에 따라 피고들이 이 사건 감액경정처분을 하였다고 하더라도 납세자보호사무처리규정에서 정한 바와 같이 항고소송의대상이 되지도 않는다. 따라서 이 사건 감액경정처분에 대한 취소를 구하는 원고의 이사건 소는 모두 부적법하다.

나. 원고의 이 사건 소를 이 사건 당초처분의 취소를 구하는 것으로 선해한다고 하더라도, 아래에서 보는 바와 같이 원고의 피고들에 대한 소는 모두 부적법하다.

1) 국세기본법에 의하면, 조세부과처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치거나 감사원법에 따른 심사청구를 거치지 아니하면 제기할 수 없는데(제56조 제2항, 제4항), 심사청구 또는 심판청구에 앞서이의신청을 하는 경우 이의신청은 당해 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하고(제66조 제1항, 제6항, 제61조 제1항), 그 경우 심사청구 또는 심판청구는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터90일 이내에 제기하여야 한다(제61조 제2항). 또한 지방세기본법에 의하면 지방세의부과처분에 불복하여 그 취소를 구하기 위해서는 그 처분이 있었음을 안 날로부터 90일 이내에 소송을 제기하여야 하고, 이에 앞서 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 하기 위해서는 처분이 있었음을 안 날로부터 90일 이내에 이의신청 등을 하여야 한다(제118조, 제119조 제3항).

2) 살피건대, 원고가 이 사건 당초처분에 대하여 피고 울산세무서장에게 고충민원을 제기하여 이 사건 토지의 양도과정에 대한 재조사결과에 따라 피고들이 이 사건 감액경정처분을 하였다고 하더라도 항고소송의 대상은 이 사건 당초처분 중 이 사건 감액경정처분에 의하여 아직 취소되지 않고 남은 부분에 한정됨은 위에서 본 바와 같다.

따라서 원고가 이 사건 당초처분 중 양도소득세 부분에 대한 취소소송을 제기하기 위하여는 이 사건 당초처분을 통지받은 날로부터 90일이 경과하기 전에 심사청구 또는심판청구를 하여 적법한 전심절차를 이행하였어야 하고, 이에 앞서 이의신청을 하더라도 이 사건 당초처분이 있은 날로부터 90일이 경과하기 전에 이의신청을 하였어야 한다. 그런데 원고는 2013. 8. 14.경 이 사건 당초처분을 통지받았음에도 불구하고 그로부터 90일이 훨씬 지난 2014. 4. 14.에야 행정심판을 제기하였으므로, 적법한 전심절차를 거쳤다고 볼 수 없다. 설령 원고가 피고 울산세무서장에게 제기한 고충민원을 이의신청으로 선해한다고 하더라도 원고는 이 사건 당초처분이 있었음을 안날로부터 90일이 경과한 2013. 12. 3.에야 고충민원을 제기하였으므로 적법한 이의신청이 있었다고볼 수도 없다.

또한 이 사건 당초처분 중 지방소득세 부분에 대한 소가 적법하기 위하여는 이 사건 당초처분을 통지받은 날로부터 90일 이내에 이 부분에 대한 행정소송을 제기하거나, 또는 위 통지를 받은 날로부터 90일 내에 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 하였어야 한다. 그런데 원고는 이 사건 당초처분을 통지받은 2013. 8. 14.부터 90일이 경과한 후인 2014. 4. 14.에야 조세심판원에 심판청구를 하였음은 위에서 본 바와 같고,이 사건 소 역시 2014. 9. 22.에야 제기하였음은 기록상 명백하며, 달리 위 90일이 경과하기 전에 이의신청 또는 심사청구를 제기하였음을 인정할만한 증거가 없다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 소는 모두 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문