1. 헌법상의 평등원칙 위반 등의 상고이유에 관하여

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제29조 제1항 본문은 “비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”고 하고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제56조 제1항 은 “ 법 제29조 제1항 본문 중 ‘대통령령이 정하는 단체’라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 단체를 말한다.”고 하여 제1호 에서 ‘ 제36조 제1항 제1호 에 해당하는 단체’를 들고 있는데, 시행령 제36조 제1항 제1호 (마)목 은 ‘종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’를 규정하고 있다.

법 제29조 제1항 은 원칙적으로 비영리내국법인에 대하여 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용하면서, 그와 설립이나 운영 등의 면에서 유사성이 있는 단체에게도 그 혜택을 확대하려는 취지에서 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 법인으로 보는 단체의 범위를 대통령령으로 정하도록 위임하고 있는 것으로 보이는 점, 시행령 제36조 제1항 제1호 각 목 에서 규정하고 있는 단체에 해당하여 시행령 제56조 제1항 제1호 에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체들은 대부분 비영리내국법인과 마찬가지로 관련 법령에 따라 주무관청의 관리감독을 받고 있는 점, 주무관청의 관리감독을 받는 단체와 그렇지 않은 단체는 사회적 기능이나 수익금의 지출용도에 대한 사후관리의 용이성 등에서 차이가 있을 수 있으므로 고유목적사업준비금의 손금산입 여부를 달리하는 것이 현저히 불합리하다고 보기 어려운 점, 종교단체의 경우 현행법상 주무관청에 등록할 방법이 없어 법인설립 여부에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 여부가 달라지는 결과가 된다고 하더라도 그것만으로는 종교의 자유를 침해한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 시행령 제56조 제1항 이 주무관청에 등록되지 않은 종교단체를 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 법인으로 보는 단체의 범위에 포함하여 규정하지 아니하였다고 하여 헌법상 평등원칙이나 종교의 자유조항 등을 위반하거나 법 제29조 제1항 의 위임범위를 벗어나 무효라고 할 수 없다.

같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 헌법상 평등원칙이나 위임입법의 한계 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.

2. 원고가 시행령 제56조 제1항 제1호 , 제36조 제1항 제1호 (마)목 이 규정한 단체에 해당한다는 상고이유에 관하여

원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 현행법상 원고와 같은 종교단체가 주무관청에 등록할 방법이 없다거나 원고가 산하단체인 재단법인의 설립을 통하여 주무관청의 관리감독을 받아왔다는 등의 사정만으로는 원고를 시행령 제56조 제1항 제1호 , 제36조 제1항 제1호 (마)목 이 규정한 ‘종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체’에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였다.

관련 규정과 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 고유목적사업준비금의 손금산입이 허용되는 단체의 범위 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.