2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 5. 11. 원고에 대하여 한 부가가치세 00,000,000원의 처분을 취소한다.

가. 원고는 2002. 6. 1.부터 개인사업자등록(사업자등록번호: 000-00-00000, 이하, '이 사건 개인사업자'라 한다)을 하고 음료 도소매업을 영위하던 중, 2010. 1. 19. 주식회사 AA을 설립하고 2010. 1. 21. 법인사업자등록(사업자등록번호: 000-00-00000, 사업장 소재지 : □□ □□군 □□면 □□리 000-0, 업종 : 음료 도소매업, 이하, '이 사건 법인사업자'라 한다)을 하였다.

나. 원고는 이BB에게 이 사건 개인사업자의 명의를 대여하기로 하고 2010. 1. 28. 이 사건 개인사업자등록 정정 신고를 하여 상호를 'AA'에서 'CC'으로, 사업장 소재지를 '□□ □□군 □□면 □□리 000-0'에서 '□□ □□군 △△면 △△리 000-0'로 각 정정하고, 업종(빵, 떡 제조업)을 추가하였으며, 이BB는 이 사건 개인사업자 명의를 이용하여 추가된 업종을 영위하였다(이BB는 2010. 3. 22. 이 사건 개인사업자의 상호를 'DD'로 변경 등록하였다).

다. 원고는 2010년 제1기부터 2010년 제2기 부가가치세 과세기간까지 이 사건 개인 사업자의 음료 도소매업과 빵 제조업의 각 수입금액을 합산하여 부가가치세를 신고하였다.

라. EE세무서장은 2012년 1월경 이 사건 개인사업자에 대한 거래질서관련조사를 실시하여 2010. 1. 28. 이후에는 사업장이 실질적으로 존재하지 않았던 것으로 보아 이 사건 개인사업자의 사업자등록을 2010. 1. 28.자로 직권 폐업하였다. 또한, EE세무서장은 음료 도소매업에 대한 매출 및 매입은 이 사건 법인사업자가 영위하였고, 빵 제조업은 실물 거래 없이 세금계산서만 발행된 것으로 보아 2010년 제1기분 부가가치세 0,000,000원, 2010년 제2기분 부가가치세 00,000,000원, 2011년 제1기분 부가가치세 00,000,000원, 2011년 제2기분 부가가치세 00,000,000원, 합계 00,000,000원을 원고에게 환급하였다(당초 합계액 000,000,000원의 부가가치세를 고지하였다가 조세심판절차를 거쳐 감액경정처분을 하면서 일부 부가가치세를 환급함).

마. ○○지방국세청장은 주식회사 FF 및 GG 주식회사에 대한 조사를 실시한 후 이 사건 개인사업자의 부가가치세 신고 내용이 가공거래에 의한 것으로 보기 어렵다고 판단하고 그 과세자료를 피고를 거쳐 EE세무서장에게 통보하였고, 이에 EE세무서장은 2015. 1. 6. 이BB에 대한 부가가치세를 경정・결정하는 한편 원고에게 종전에 환급한 합계 00,000,000원에 대하여 이를 부과(또는 환수)한다는 결정을 고지하였다.

바. 피고는 2015. 5. 11. 이 사건 개인사업장이 2010. 1. 28. 보유하고 있던 상품 재고액을 000,000,000원(2009. 12. 31. 기준 손익계산서에 계상된 이월 재고액 000,000,000원+2010. 1. 1.~2010. 1. 25. 발생 매입액 000,000,000원-매출액 00,000,000원)으로 의제하여 원고가 폐업시 위 재고액을 잔존 재화로 공급 받은 것으로 보아 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하, '구 부가가치세법'이라 한다) 제6조 제4항에 근거하여 2010년 제1기분 부가가치세 00,000,000원을 경정・고지하였다(이하, '이 사건 처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 7. 1. ○○지방국세청에 이의신청을 하였으나 2015. 8. 28. 위 신청이 기각되었고, 다시 2015. 12. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 5. 3. 위 청구가 기각되었다.

2. 이 사건 처분이 적법한지

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장 요지

가) 원고는 이 사건 법인사업자를 설립한 후에는 대부분 이 사건 법인사업자를 통해 음료 도소매업을 영위하였으나, 거래처 이전이 되지 않은 일부 거래처에 대하여는 이 사건 개인사업자를 통해 다음 표 기재와 같이 2010. 12. 31.까지 거래하였다. 따라서 과세기간을 2010. 1. 1.부터 2010. 1. 28.까지로 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나) 피고는 실지조사의 방법으로 이 사건 개인사업자의 폐업 시 재고재화의 시가를 산정하였어야 하고, 이 사건 개인사업장의 장부에 기재된 재고액은 2002년부터 장부에 누적되어 온 숫자에 불과하고 실제로 존재하는 재화가 아니어서 재고재화의 시가를 반영하기 적절하지 아니함에도, 피고가 재고자산의 장부가액을 기초로 재고재화의 시가를 추계한 다음 이를 과세표준으로 하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 원고는 2010. 1. 28. 이후로는 이 사건 법인사업자를 통해서만 음료 도소매업을 영위하였고, 2010. 1. 28. 이후 이 사건 개인사업자를 통해 발행된 세금계산서는 원고가 이 사건 법인사업자를 통해 발행되어야 할 것을 착오로 이 사건 개인사업자 명의로 발행하였을 뿐이므로 이 사건 개인사업자의 폐업일은 2010. 1. 28.이다.

나) 피고는 구 부가가치세법 제21조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것, 이하, '구 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제69조 제1항 각호의 규정에 따라 적법하게 폐업 당시 이 사건 개인사업자의 재고재화의 시가를 산정하였다.

나. 관계 규정

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 과세기간 산정이 위법한지(이 사건 개인사업자의 폐업일이 2010. 1. 28.인지)

가) 관련 법리

구 부가가치세법은 부가가치세는 사업장마다 신고・납부하여야 한다고 규정하고 있고(제4조 제1항), 구 부가가치세법 시행령은 위 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소라고 규정하고 있다(제4조 제1항).

구 부가가치세법 제5조 제6항은 '사업자가 폐업한 때에는 사업장 관할 세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다'고 규정하고 있는데, 이러한 사업의 개시, 폐지 등은 부가가치세법상의 등록, 신고 여부와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두8372 판결 등 참조).

한편 일반적으로 조세부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조).

나) 인정사실

⑴ 원고가 이의신청 절차에서 제출한 답변서에는 2010년 제1기부터 2011년 제2기까지 기간 중 음료 도매업 부분에서 발행된 세금계산서에 관하여, 업종전환일 이후에 음료사업과 관련하여 이 사건 개인사업자가 발급・수취한 세금계산서는 원고가 별도로 운영하고 있는 이 사건 법인사업자로 세금계산서를 발급・수취하였어야 하나, 거래처에 이 사건 법인사업자로 세금계산서를 발행할 것을 요청하지 못하여 착오로 발행하게 된 것이라는 취지가 기재되어 있다.

⑵ 원고가 이의신청 답변 보정서에 이 사건 법인사업자를 통해 거래하였으나 착오로 이 사건 개인사업자 명의 세금계산서를 발행하였다고 인정한 부분 중 HH농협, II농협, JJ농협, KK농협에 관한 부분은 다음과 같다.

⑶ HH농협, II농협, JJ농협, KK농협의 매입실적결과(갑 제6호증의 1 내지 4)에 기재된 이 사건 개인사업자와의 거래내역, 원고 명의 농협 계좌의 입금 내역, 원고가 위 보정서에서 이 사건 법인사업자를 통해 거래하였다고 인정한 거래 내역을 표시하면 다음 표 기재와 같다.

⑷ 원고는 이 사건 처분에 대한 이의신청 및 조세심판 절차에서는 이 사건 개인사업자의 실제 폐업일을 2009. 12. 31.로 주장하였다.

⑸ 이 사건 개인사업자의 사업자등록 정정신고시 제출된 임대차계약서의 내용은 다음과 같다.

다) 원고가 2010년 제1기부터 2010년 제2기 부가가치세 과세기간까지 이 사건 개인사업자의 음료 도소매업에 관하여 부가가치세를 신고한 사실, 원고가 이 사건 개인사업자 명의로 2010년 12월경까지 HH농협, II농협, JJ농협, KK농협과 거래한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제9호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 개인사업자의 매입매출장(갑 제9호증)에는 이 사건 개인 사업자가 2010. 1. 28. 이후에도 LL 주식회사 LL지점, MM 주식회사 MM지점, NN 등으로부터 음료를 매입한 것으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 한편으로 앞서 든 증거 및 위 인정사실에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 2010. 1. 28. 이후로는 이 사건 법인사업자의 사업장 소재지에서만 음료 도소매업을 영위하였고, 이 사건 개인사업자 명의로 된 2010. 1. 28. 이후의 거래 내역은 이 사건 법인사업자를 통한 것이라고 봄이 타당하다.

원고의 이 부분 주장을 받아들이지 아니한다.

⑴ 원고가 2010. 1. 28. 이후 거래하였다고 주장하는 거래처 중 HH농협, II농협의 경우 각 매입실적 조회표(갑 제6호증의 1, 2)에는 2010. 4. 30.까지와 2010. 6. 24.까지의 거래 내역만 기재되어 있으므로 각 2010년 4월, 2010년 6월까지의 거래만을 인정할 수 있는데, 원고는 이의신청 절차에서 HH농협과의 2010년 2~4월 거래 및 II농협과의 2010년 2~6월 거래가 모두 이 사건 법인사업자를 통한 거래임을 인정하였다. 또한, OO농협 OO지점의 경우 예금거래확인서(갑 제14호증의 6)에 기재된 입금 내역이 OO농협 OO지점 매입실적 조회표(갑 제6호증의 5)에 기재된 거래 내역과 일치하지 않는다. 따라서 원고가 2010. 1. 28. 이후 이 사건 개인사업자를 통해 HH농협, II농협, JJ농협, KK농협, OO농협 OO지점과 거래하였다고 보기 어렵다.

⑵ 원고는 이 사건 개인사업자 명의로 PP농협 PP지점과 2010년 1월부터 12월까지 거래를 하였는데, PP농협 PP지점장은 2010년 제2기에는 이 사건 법인사업자를 통해 거래하였다고 회신하였고, 원고는 이의신청 절차에서 2010년 제1기 중 2, 3월의 거래는 이 사건 법인사업자를 통한 거래임을 인정하였다.

⑶ 원고가 주장하는 거래 중 일부 거래(PP농협 PP지점과의 2010년 4, 5, 6월 거래 및 QQ농협과의 거래)는 이 사건 법인사업자를 통한 거래임을 입증할 명확한 증거가 없으나, 다음과 같은 사정을 고려하면 해당 거래 역시 이 사건 법인사업자를 통해 이루어졌다고 봄이 경험칙에 부합한다.

㈎ 원고는 이의신청 절차에서 2010년 제1기부터 2011년 제2기까지 기간 중 음료 도매업 부분에서 발행된 세금계산서는 이 사건 법인사업자로 세금계산서를 발급・수취하였어야 하나, 거래처에 이 사건 법인사업자로 세금계산서를 발행할 것을 요청하지 못하여 착오로 발행하게 된 것이라고 답변하였다.

㈏ 원고는 이의신청 및 조세심판 절차에서는 이 사건 개인사업자의 실제 폐업일을 2009. 12. 31.로 주장하였다가, 이 사건에서는 폐업일이 2010. 12. 31.이라고 주장하였고(소장), 다시 2011년 제2기까지 이 사건 개인사업자를 통해 거래하였다고 주장하는 등(2016. 11. 9.자 준비서면) 폐업일에 관하여 여러 차례에 걸쳐 주장을 번복하였고, 2010. 1. 28. 이후의 거래처 및 거래기간에 관하여도 주장을 번복하였다.

㈐ 이 사건 개인사업장 소재지는 □□ □□군 □□면 □□리 000-0이다가 □□ □□군 △△면 △△리 000-0로 정정된 것을 비롯하여 2011. 1. 11.까지 4회에 걸쳐 정정되었는데, 정정된 사업장 소재지의 임대인은 모두 이BB가 운영하는 회사이고, 'DD' 사업장의 관리이사로 2009년 11월부터 재직한 김RR은 관련 형사 사건에서 세무조사를 받기 전까지는 원고를 알지 못하였고, 원고는 'DD' 사업장의 영업에 전혀 관여하지 않았다는 취지로 진술하였으며, 이BB도 같은 취지로 진술하였다. 따라서 원고가 2010. 1. 28. 이후 이 사건 개인사업자의 사업장으로 등록된 곳에서 상시 주재하며 거래의 전부 또는 일부를 행하였다고 보기 어렵다.

㈑ 더욱이 이 사건 법인사업자는 2010. 1. 21. 이 사건 개인사업장 소재지였 던 위 □□리 000-0을 사업장 소재지로 하여 등록되었는데, 원고가 이 사건 개인사업자의 사업장 소재지와 같은 곳에서 이 사건 법인 사업자를 통해 같은 종류의 영업(음료 도소매업)을 영위하면서 굳이 일부 음료 거래만 이BB가 빵 제조업을 영위하는 사업장에서 영위한다는 것은 경험칙에 반한다.

2) 추계과세가 적법한지

구 부가가치세법 제21조 제1항 제4호, 구 부가가치세법 시행령 제68조 제2항 제3호는 과세관청은 사업자가 폐업상태에 있어 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하도록 규정하고 있고, 구 부가가치세법은 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서・장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우에는 추계하여 과세할 수 있도록 규정하고 있으며(제21조 제2항 제1호), 구 부가가치세법 시행령은 국세청장이 사업의 종류별・지역별로 정한 일정기간 동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율에 의하여 추계할 수 있다고 규정하고 있다(제69조 제1항 제4호 마. 목).

이 사건의 경우 원고가 적법한 절차를 거치지 않았고, 그 탓에 피고가 직권으로 소급하여 폐업 조치를 하고, 구 부가가치세법 제6조 제4항에 따라 재화의 공급을 의제하게 된 이상 과세표준을 계산할 증명자료가 없게 되었다. 그에 따라 피고는 납세자인 원고가 적법하게 신고한 기말 재고액을 근거로 재고액을 산정하였고, 원고가 취급한 음료의 특성에 비추어 이를 시가로 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장을 받아들이지 아니하고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.