원심판결서울고등법원 2010. 6. 10. 선고 2009누40218 판결

구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조 제5호, 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제79조의2 제1항 제9호는, 거주자가 구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 구 도시 및 주거환경정비법(2007. 12. 21. 법률 제8785호로 개정되기 전의 것, 이하 '도시정비법'이라 한다) 제4조의 규정에 의하여 정비구역을 지정한 날 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 도시정비법에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 양도소득세 과세표준을 산정함에 있어 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다(이하 '이 사건 과세특례규정'이라 한다).

한편 도시정비법 제8조 제3항, 제4항은 도시환경정비사업은 토지 등 소유자로 구성된 조합 또는 토지 등 소유자가 시행할 수 있으며 시장・군수는 일정한 사유가 있는 경우 토지 등 소유자를 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다고 정하고, 제28조 제1항은 사업시행자가 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획서 등을 시장・군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다고 정하며, 제38조는 사업시행자는 정비사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 토지・물건 또는 그 밖의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다고 규정하고 있다. 그리고 도시정비법 제85조 제7호는 사업시행인가를 받지 아니하고 정비사업을 시행한 자는 2년 이하의 징역 또는 2천만 원 이하의 벌금에 처한다고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언내용과 입법취지, 특히 도시정비법이 사업시행자에게 정비사업의 시행에 필요한 부동산에 대한 수용권한 등을 인정하고 있어 양도인이 협의에 의하여 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권이 상당히 제한될 수밖에 없으므로 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 양도소득세 부담을 완화함과 동시에 정비사업의 원활한 시행을 도모하는 데 이 사건 과세특례규정의 입법취지가 있는 점, 도시정비법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가를 받지 아니하고는 정비사업을 시행할 수 없는 것이 원칙인 점, 토지 등 소유자가 사업시행자로 되고자 하는 경우 도시정비법 제8조 제4항에 의하여 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 사업시행인가를 받은 때에 비로소 구체적으로 사업시행자로 확정되는 것이므로 사업시행인가 전까지는 사업시행자를 특정하기 어려울 뿐만 아니라 사업시행인가가 예정되어 있다고 할 수도 없고 수용권한 등도 아직 부여되어 있지 아니한 점, 사업시행인가를 받기 전의 토지 등 소유자에게 부동산을 양도한 경우에도 이 사건 과세특례규정을 적용하게 되면 그 기준시점이 불분명하여 이 사건 과세특례규정의 감면요건 자체가 불명확해질 수 있는 점, 도시정비법 제28조는 사업시행인가 신청의 절차를 규정하고 있을 뿐 그 전후 문맥상 사업시행인가를 받기 전에도 사업시행자로 인정될 수 있음을 전제로 한 것이라고 단정하기는 어려운 점 등을 고려하면, 토지 등 소유자가 시행하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지 등 소유자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토지 등 소유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다.

원심판결 이유에 의하면, 원고는 1985. 9. 5.과 2002. 5. 20. ○○ ○○구 ○○동 소재 이 사건 부동산을 취득하였는데, 2005. 7. 7. 주식회사 □□씨에게 이를 매도하기로 하는 계약을 체결하였다가 2005. 7. 20.경 주식회사 △△트(이하 '소외 회사'라 한다)가 그 매수인 지위 등을 승계함에 따라 2006. 12. 7. 소외 회사로부터 잔대금을 지급받음으로써 이 사건 부동산을 양도(이하 '이 사건 양도'라 한다)한 사실, ○○ ○○구 지역이 2005. 6. 30.자로 구 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역으로 지정된 후 이 사건 부동산이 위치한 ○○구 ○○1구역이 2006. 3. 13. 도시정비법상 도시환경정비구역으로 지정・고시된 사실, 소외 회사는 2006. 12. 22. ○○구청장에게 ○○1구역 도시환경정비사업 시행인가신청을 하였고 ○○구청장은 2007. 5. 25. 소외 회사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가를 한 사실, 이 사건 양도에 관하여 원고는 실지거래가액에 의한 양도소득세를 신고・납부하였다가 이 사건 과세특례규정의 적용대상이라는 이유로 기준시가에 의한 양도소득세와 당초 납부한 세액과의 차액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나 피고는 이 사건 양도 당시까지 소외 회사가 도시환경정비사업의 사업시행자로 지정되지 아니하여 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 양도 당시에는 소외 회사가 토지 등 소유자로서 도시환경정비사업을 준비하고 있었지만 그 사업시행인가를 받기 전이었으므로 이 사건 양도가 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 할 것임에도, 원심은 도시정비법 제28조가 사업시행인가를 받기 전에도 사업시행자로 인정될 수 있음을 전제로 한 규정으로 보이고, 소외 회사가 사업시행인가를 받기 위하여는 미리 토지소유권의 취득 등이 요구될 뿐만 아니라 사후에 실제로 사업시행인가를 받았다는 등의 이유로 이 사건 양도가 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 된다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 이 사건 과세특례규정에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리・판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.